二月初六日（甲辰），孫士毅奏言：拿獲匪犯許阿協等四名，供：『上年七月十日在漳州地方，被賴阿邊等糾引入天地會。其會起於乾隆三十二年，以大指為天，小指為地。凡入其教者，用三指按住，以坎為號，便可免於搶奪；被搶銀兩亦可要回』等語。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、孫士毅、徐嗣曾曰：天地會名色起自三十二年，為時已久；且該犯等輒敢轉相糾約，暗用記號，奪取財物，毫無忌憚。而許阿協等俱在漳州地方被誘入夥，並未渡台，可見此等邪教閩省內地已有，尚不止臺灣一處。從來倡教立會，最易煽惑人心，為地方之害。上年大名糾眾戕官一案，段文經亦借立八卦會為名，互相勾引，遂成逆案。而閩省匪徒公然立天地會名色，肆行搶奪，較之大名邪教，其案更久。此總由地方官平時不肯實力查察，及遇有犯事者，又不能徹底根究，以致姑息養奸。即如上年臺灣楊光勳一案，所立會名，即系現經查出之天地會，乃地方官改作「添弟」二字，明屬化大為小，希圖規避處分。此次，林爽文等滋事不法，即由從前養廱貽患所致，不可不嚴切究辦，以淨根株。著該督等於事定後，密訪嚴拿，痛予懲創，勿再稍留餘孽。並將三十二年以後，失察邪教之督撫及文武大小員弁，徹底查明，據實參奏。其辦理楊光勳一案，將「天地」二字改作「添弟」字樣之臺灣地方官，其咎更重，並著確查嚴參，以示懲儆。至許阿協供出勾引入教之賴阿邊等犯，俱籍隸漳州，該督等俟台匪辦完後，即飭屬嚴緝，務獲訊明黨羽，按名究辦，毋任奸徒漏網。
初七日（乙巳），常青奏言：賊匪於十二月三十及正月初一等日，分路攻逼郡城，經鎮道督率文武員弁兵民義勇人等，協力剿殺，槍砲打死賊人甚多，賊匪四散奔逃。又台灣府知府印務，先經飭令福州府同知楊紹裘署理。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、常青、黃仕簡、任承恩曰：此次與賊打仗，文武官弁及兵民義勇人等，協力剿殺，奮勇得勝，保護郡城，實屬可嘉！俟常青抵臺灣於剿捕完竣後，查明實在出力人員，分別奏請交部議敘。所有義民鄉勇激發公義，協力剿賊，尤堪嘉獎！僅令地方官分別獎賞，尚不足以示鼓勵，著常青於抵臺灣後，查明各義民鄉勇內，如系務農經商生理者，即酌免交納賦稅；若系首先倡義紳衿本有頂帶者，即開列名單奏明，酌予職銜，以示優異。至黃仕簡、任承恩於正月初四、初六前後抵台，迄今已一月有餘，何以尚未據奏報剿賊消息？該提督等系專閫大員，抵臺灣已久，即待厚集兵力，克期進攻；亦應將賊匪情形，隨時奏報。乃至今總無消息，所辦何事？黃仕簡、任承恩，著傳旨嚴行申飭！看來，黃仕簡、任承恩全不諳事理輕重緩急；且彼此俱系提督，不相統攝，竟有互相觀望之意，於剿捕事宜，不能得力。近來，常青屢次奏報，甚有主見，籌辦一切，頗合機宜。此時，李侍堯自己抵泉州，常青交印後，即速渡臺灣督同黃仕簡等剿捕賊匪，務將賊首林爽文、王芬及此外有名頭目擒拿解京，盡法懲治，不可任其逸入內山。原任山東按察使楊廷樺，曾任臺灣道，且在閩省年久，於該處情形自所熟悉，其獲咎因監犯越獄，究非私罪可比，前已有旨交與李侍堯帶往差遣委用。現值用人之際，即著楊廷樺補授臺灣府知府，仍帶革職留任；並傳諭常青俟李侍堯到閩，即令楊廷樺渡臺灣接印任事。
臣等謹案林爽文結黨肆虐，一時義民鄉勇或首先倡義、或應募急公，其義憤激發，足見小民具有天良。我皇上深為嘉予，以僅由地方官獎賞，不足以示鼓勵，特諭令督臣查明，農商酌免賦稅，紳衿給予職銜。隆恩逾格，彰優異而務普霑，宜乎志切同仇，倍加感奮也。
上又命軍機大臣傳諭李侍堯、常青曰：該匪等私行倡立天地會，已閱二十年之久。在其黨者，自必隨同搶奪；而被搶者，豈有甘心隱忍，不行呈控之理？乃從未見該督有查辦會匪搶奪之案。若被搶之人呈控到案，該地方官又何所回護、竟置不辦，其故殊不可解？且事曆多年，其黨羽必多，著李侍堯、常青均俟剿捕完竣後，李侍堯在閩省內地各屬密訪嚴拿；常青在臺灣地方即速嚴行搜緝，毋得稍留餘孽；仍應不動身色，妥協辦理。並將此會究系起自何年？該省有無被搶控告，地方官沉擱不辦之案？確查參劾。
同日，常青奏言：水陸兩提臣到台日久，迄今未得殲賊確信，必因南北兩路往復熟商，以籌並力合攻，動出萬全，不無少需時日；但臣盼望愈切，夙夜靡寧。至臺灣郡城及鹿仔港、新莊一帶，俱能攻殺賊匪，保護各境，今當大兵四集，定可克期掃滅淨盡。又逆匪林爽文等，糾眾蔓延，佔踞彰化、諸羅、鳳山等縣，守土文武各官，或臨敵捐軀、或奮身殉節，除臺灣知府印務，先經飭委福州府海防同知楊紹裘前赴署理；今經大兵進剿，被陷地方以次收復，所有知縣、同知各缺，均應遴員速往經理。臣隨飭令原任同安縣知縣黃嘉訓前往署理諸羅縣知縣事務；候補知縣宋學灝前往署理彰化縣知縣事務；其鳳山縣缺，即以現准調補之張升吉速赴任事。又理番同知一缺，委令原任俸滿理番同知王雋署理；淡水同知一缺，飭令現准升署之徐夢麟前往任事。至各廳縣印信，除淡水同知關防已據摧送到泉，即發交徐夢麟攜帶備用；其餘，尚應查追下落；先飭將各經歷、縣丞印信、關防借給備用，俾得各昭信守。所遺彰化等屬縣丞、巡檢、典史各缺，亦俱隨時派委前往。至被害武職各官，咨令水師提臣黃仕簡，即於現在領兵到台之副將、參將、都守內就近酌量委用，統於事竣之日，循例分別題咨辦理。再查臺灣府知府孫景燧，系在彰化拿賊被害，所有印信亦恐遺失，飭署府楊紹裘借用臺灣府經歷印信。其內地府經縣丞借用印信、關防，俱令布政使暫給木戳，以資應用。奏入，報聞。
初八日（丙午），藍元枚奏言：二十一日馳抵泉州。查鹿仔港及北路之艋舺等處，皆有官兵率同義民各相保護。提臣黃仕簡等俱於初四、初六等日進港，會合剿捕。臣受茲重任，所有地方情形一切事宜，凡思慮所及，惟有勉竭心力統向督臣常青商籌辦。奏入，報聞。
初九日（丁未），徐嗣曾奏言：連日接據臺灣鎮道具報，鳳山滋事不法之賊首王啟郎、曾錦等，亦被拿獲。該鎮柴大紀等又偵知賊匪於三十日分路來攻，預為準備，官兵用槍砲斃賊百餘名。該道永福等分路捕剿，殺賊無數。蔡攀龍見賊匪由南蜂擁而至，復率兵民奮勇截殺，槍砲打死賊匪甚多。鄭嵩奮力夾攻，追趕十餘里，賊俱散退等語。是，賊匪屢經剿殺，業已膽落，今聞提臣黃仕簡兵到，即已紛紛散去。加以陸路提臣隨後踵至，並力夾攻；臣竊計現在官兵會剿窮搜，賊匪必無稽誅之理。特恐其潰逃竄逸，復又嚴飭沿海地方注意巡防堵緝；其賊匪船隻之經臣與督臣先後檄飭嚴加搜燬，並飭台地文武於商船出口時，盤詰稽查，毋致夾帶偷渡；既杜其逋逃之路，復絕其偷越之根，自可不致一名漏網。至於內地漳民，疊次廣為曉諭；漳屬民人，現有紳士耆民教率子弟族黨於各海口地方密拿匪犯者，當即分別獎賞，以示風勸。臺灣屢有奸民械鬥之案，此次林爽文等竟敢攻犯城池，皆由地方官辦理各案，止期就案完結，並未徹底嚴辦，以致刁民肆無忌憚。臣查逆匪林爽文所住之大裏杙莊，從前謝笑械鬥案內，即有該莊林姓多人；而諸羅縣楊光勳案內逸犯張烈等，現因逃入林爽文莊內，地方文武往拿遇害，可見奸民結會樹黨，氣類相通。仰惟聖明洞鑑，實於數千里海外情形，了如指掌，自當凜遵痛加誅剿，以淨根株。又查辦要犯家屬，惟有處以鎮靜，出以縝密，不使稍露端倪，令該處民人坦然無疑，犯屬自不致兔脫漏網。奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、常青、徐嗣曾曰：王啟郎、曾錦系鳳山滋事賊首，與高文麟等四犯無異，既經拿獲，著該督撫等押解來京，聽候審辦。其遊擊蔡攀龍督率兵民，奮勇殺賊，尚屬可嘉！並著事竣後，給咨送部引見。此時，各路官兵早已齊抵臺灣，賊人望風膽落，勢必紛紛逃竄，各口岸巡防堵緝，尤為最要。李侍堯於二月初二日經過杭州，計日內已可抵泉州。常青交印後，迅即前往臺灣，遵節次所降諭旨，妥協督辦，總期迅速蕆事。
十一日（己酉），常青奏言：接准黃仕簡咨稱：『帶領官兵於正月初四日到台，經將查辦情形，於初五日具奏』等因。查該提臣所稱初五日具奏一摺，並未到泉，似系被風阻滯。而任承恩由鹿仔港登岸之後，迄今尚無進兵確信，探聞，現駐紮彰化。此時南北兩路，自必聲息相通，軍威益壯。至查閩省先後派調官兵共計一萬。內兩提臣管帶四千四百名，總兵郝壯猷管帶一千五百名，普吉保續帶六百名，副將林天洛管帶一千名，俱已陸續到台。又遊擊延山帶領福寧等兵一千名，亦經配渡前進。惟副將徐鼎士管帶督撫標兵一千五百名，由閩安出口，屢被風阻，據蚶江通判探報，十五日到東湧放洋，又復因風飄散，現止千總陳玉光兵船一隻，於十八日自滬尾港登岸，其餘各船尚未抵淡。但核計到台官兵，已共八千數百名，兵力不為不厚。所有廣東兵一千名，即可令其轉回；其浙省派備兵三千名，亦應撤令歸伍，以省糜費。惟漳州一帶，地方緊要，應將粵省撥赴潮州兵二千名，暫行留駐，俟台地剿匪事竣，再令歸營。臣等與署陸路提臣藍元枚商酌，意見相同，現已分咨廣東、浙江督撫各臣查照辦理。又接據臺灣鎮於十二月十八、二十一、二十七等日來稟，內稱：十二月十四日，遊擊楊起麟搜捕各莊，獲賊康里等五名。十五日遊擊林光玉搜捕竹籠等，獲賊之楊元等八名。十六日守備楊彲、把總李春魁等搜捕大洲等莊。賊匪數千圍攻。該鎮督率弁兵飛往攻擊，槍砲打死賊匪百餘人，生擒康合等五人。十八日守備楊彲等搜捕溪塘各莊，獲賊王齊等五名；又獲奸細陳老二、林保保二名。訊供：系賊軍師陳天先差令探聽黃仕簡已未到台，及鹽埕營盤有兵若干？並以諸、彰二縣俱乘大雨攻破，今亦俟天雨再來劫營攻府等語。又接到同知楊廷理札會，彰化義民張明義等解到賊匪楊牛、林活潑等，供稱：首犯林爽文在鹽埕被砲打傷，逃去醫治；伊叔林清招匪復圖攻擊。隨將陳老二、林保保正法。十九日午後，雷雨，賊眾果三面擁至。官兵力戰一夜，至二十日辰刻，臺灣縣義民亦來助戰，兵丁余海首先趕入賊陣，放槍打死一賊；各弁兵繼進殺賊百餘名，生獲賊匪陳廷等八名，一並解交台道究辦。二十六日賊人又攻鹽埕橋。自辰至申，槍砲打死賊匪數百，並打死騎馬賊一名，賊眾始退。隊內兵丁陳成金、徐富二名，畏葸退後，即行梟首示眾。餘兵奮勇追趕，殺死賊人數十名；生獲賊匪林大興等三名，就軍前正法等情。又將拿獲之匪犯簡鳩、張文、朱開、劉實（即黃實）、林天球、林耽、鍾祥等七名提訊，鍾祥與逆首林爽文素相熟識；張文、朱開、劉實、林天球並林耽之子林萬，均系林爽文、王芬糾邀入會；簡鳩原系畫匠，並非會內之人，因與已獲賊目楊振國素識，令其畫旗，隨同入夥。匪等當逆首林爽文糾眾劫營攻城之時，鍾祥一犯持刀入城，遇理番同知長庚撲捕，遂加戕害；張文殺死兵丁一人，復在城縱放監犯；朱開殺傷官兵一人；劉實、林天球二犯，據供並未傷人，惟持木棍隨同附和；林耽先充彰化縣役，年老點退；其子林萬原屬會匪，該犯於攻城時主使其子在內接應，迨林爽文分攻諸羅、淡水，派令各該犯在彰化踞守。經署備陳邦光率同義民往收彰城，將該犯等先後擒獲。其天地會名目起自何時及入會人數多寡，反覆究詰，不能指實。即將各該犯分別凌遲斬決，懸首梟示。各犯家屬財產，分飭各縣照例查辦。林耽之子林萬，雖據供稱已被義民殺死，是否屬實，仍飭確查。又陳邦光拿獲賊目楊振國等四犯，應坐家屬俱在彰化，已咨會提臣嚴行搜捕。嗣後，如有續獲要犯，其家屬住居原籍者，統俟剿匪事竣，會同提臣查拿究辦。
同日，黃仕簡奏言：郡城為全台根本，週垣廣闊僅系木柵環植，本非峻險城隍，臣抵台後，加緊守御，保固府城。初六、初九、初十、十二等日，計擒獲賊匪王鍛等二十三名，及賊目陳拱福、賊夥陳捷等；並奪獲刀械等項；審明正法梟示。十二日金門、南澳、銅山等標營官兵續到，臣隨遣海壇鎮總兵郝壯猷率同副將丁朝雄、參將那穆素里、遊擊蔡攀龍、都司羅光照等，帶領兵丁二千三百五十餘名，前往南路剿匪，恢復鳳山。又遣臺灣鎮總兵柴大紀率同參將潘韜、遊擊李隆、楊起麟、林光玉、守備邱能成等，帶領兵丁二千二百三十餘名，前往北路進剿，恢復諸羅、彰化等處。臣帶本標官兵，會同臺灣道永福在南北路衝要處所堵御擒捕，往來策應，以壯聲援。仍分遣弁兵往沿海口岸扼守堵截，飭令在城文武官弁嚴守郡城，務期迅殲逆賊，恢復各縣城池。至府城民居稠密，去冬被賊迫擾，未免驚惶，臣到臺灣後，復出示曉諭安民。現在，市肆開張，商賈貿易如常，民情安堵。又上年十二月內，逆賊林爽文等疊攻府城，經臺灣道廳縣各雇募鄉勇數千守城，台府居民鋪戶亦募義民數千，幫助兵丁敵賊；臣到台之後，各加獎賞，申明大義。人人感戴皇上恩威，愈形踴躍。均奏入。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、常青曰：黃仕簡雖系病後，但身為專閫大員，既抵臺灣，理應親身帶兵剿賊，何得僅以派員前往了事？且彰化縣城久經守備陳邦光收復，而該提督摺內何以尚稱令柴大紀前往收復彰化等處？任承恩由鹿仔港登岸，系在北路，即當知會黃仕簡分路夾攻辦理，方中窽要，乃迄今月餘尚無進兵確信。看來，伊二人竟各不相下，心存觀望，此即朕於事起時，不欲令任承恩去之意，今竟不出所料；常青不可不迅渡臺灣督率辦理。並著常青於到臺灣後，即行秉公嚴查。如該提督等實有觀望不前之處，即當據實嚴參，不可因業已調任，意存回護兩可完事。再任承恩，似此遲延不奏，則該提督及副將徐鼎士前後奏守風待渡之說，亦恐不足信。並著常青一並據實查奏，如該督稍有瞻徇，將來朕查出，即首領亦不能保，不可不慎也。至該督雖巳調任湖廣，但此事究系伊在閩浙任內之事，尤宜督同妥速辦竣，方可將功補過。即李侍堯以現任閩浙總督駐紮泉州，凡臺灣剿捕等事，亦應聽常青就近調度，協同幫辦，和衷共濟。其各弁兵內，如有因常青系別省總督，呼應不靈，致誤機宜者，該督不妨竟按軍法從事，使士卒鹹知儆惕。現在帶兵大員，有總兵柴大紀、郝壯猷、普吉保三人，足以分路剿捕。著常青於抵台後，留心察看，若黃仕簡實系病體未愈，即留於彼處，亦屬無益，可令其回至廈門本任調養。又，常青審明賊夥正法摺內稱：劉實、林天球二犯，據供並未傷人，惟持木棍隨同附和等語。此等叛賊，豈可復以尋常附和而論；況該二犯業於審明後正法，摺內又何必為聲說，致蹈辦常案故套。著該督嗣後於拿獲賊匪時，其首要各犯，仍遵前旨派員解京；其餘各犯審明後，即一面正法，一面具奏，以淨根株。
上又命軍機大臣傳諭黃仕簡、任承恩曰：前據常青奏，鹿仔港署守備陳邦光帶領弁兵，率同泉州、粵省義民攻復彰化縣城，擒獲賊目高文麟等四犯。又據徐嗣曾奏，鳳山滋事不法之賊首王啟郎、曾錦等，已被拿獲。賊人於十二月三十日來犯郡城，鎮道親督義民與遊擊等，分路剿殺賊匪無數各等語。是彰化縣城久經陳邦光等收復，其鳳山等處亦經柴大紀等派兵分路剿捕，郡城已無事矣。何以黃仕簡摺內僅稱派委總兵等分赴南北二路進剿，恢復縣城？竟似該處軍情全未知悉者。看來，黃仕簡竟思安坐郡城，並不親赴各該處督率剿捕，大屬非是。提督為專閫大員，領兵是其專責，黃仕簡深受朕恩，現帶兵剿賊，雖系病後，理宜奮勉出力，乃於剿捕事宜奏報遲延，全不得行軍要領，該提督所司何事？試思臺灣郡城，經賊人屢次攻犯，該鎮道等當大兵未剿之先，尚能保護無虞，焉有此刻又添提督所帶大兵，轉須協同守御之理？豈黃仕簡竟欲以守護郡城為名，遷延坐視耶？黃仕簡著傳旨嚴行申飭。至任承恩由鹿仔港登岸，即應將該處賊匪情形及辦理剿捕事宜，先行具奏，乃日久並未據有奏報。現據常青摺內稱該提督尚無進兵確信，探聞現在駐紮彰化等語。任承恩系自請前赴臺灣剿賊，既由鹿仔港一路進兵，即應督同陳邦光等上緊追捕殺賊，並知會黃仕簡分路會合夾攻；何以駐守彰化漫無籌畫？其心何居？任承恩亦著傳諭嚴行申飭。