正月初七日（丙子），常青奏言：彰化賊匪林爽文等，攻佔城池，先經臣派撥三路官兵赴剿。惟是調往官兵雖有六千，內水師提臣黃仕簡帶領本標及調取南澳、銅山等營守兵，共計二千數百名。其由閩安出口派赴淡北之官兵一千五百名，臣於十二月十三日，據淡水同知程峻之子程必大稟報，竹塹地方亦被賊人佔踞，因飭領兵之海壇鎮總兵郝壯猷，相度情形，非於新莊堵御，即赴南路應援。而鹿耳為台地咽喉，尤須厚集兵力，庶可近護郡城，遠赴攻剿。茲臣復添派督撫二標兵一千名，檄令原任閩安協副將徐鼎士帶領，由省城南台口配船；又調福寧鎮並銅山、羅源等營兵一千名，檄令福寧右管遊擊延山帶領，於福安縣白石口配船。俱從各該處出口，候風直渡過台，經由鹿耳門進口，交與水師提臣黃仕簡，聽其調度；俾軍容益昭壯盛，賊匪克期殄滅。臣一面仍再於各營兵丁內，預為挑備，酌量機宜，隨時策應。
同日，浙江巡撫琅玕奏言：臺灣賊匪滋事，先經督臣常青咨會，臣即飛咨提鎮各臣，並飭沿海各營及地方官嚴密防範，毋致匪徒內竄。再於接壤之江山縣起至嘉興府屬出境止，酌添腰站馬匹、驛夫，以速郵報。茲又準福建撫臣徐嗣曾咨會：於附近水師營內酌撥備戰兵二、三千名配齊器械，在交界本境駐紮，以便徵發，亦可藉為聲援等因。查浙省溫州府地方，由海至閩省之廈門，最為捷近，自應於附近之水師營內酌派。現在飛咨提鎮各臣，即於提標同溫州、黃岩二鎮標所屬營內，共揀派練習兵三千名，配齊器械，攜帶糧餉，在於本境交界之處駐紮，以待徵調。其應派將備帶領前往一切事宜，現咨提臣陳大用酌定具奏。臣仍檄飭溫處道陸瑗隨同鎮臣在彼彈壓。此等匪徒，均系一時烏合之眾，現當閩省官兵合剿，不日即可殲盡。其匪黨自必四散避遁，各海口均關緊要，臣已分委道府等官，酌派兵丁，實力盤查截拿，俾無竄逸。均奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、黃仕簡、任承恩、徐嗣曾、琅玕曰：從前剿捕朱一貴、黃教二案，調兵若干名，該督自有成案可查。今常青既令任承恩帶兵由鹿耳門前進，又復加調官兵陸續渡台，並咨會粵東、浙江酌備戰兵，以資策應。臺灣常有糾眾不法之事，此次常青等何以張皇畏懼至此？徐嗣曾亦有移咨鄰省一體預備之舉。而琅玕此奏，尚有主見，不至過於惶遽。著傳諭該督等，務宜鎮定妥辦，不可張大其事，使沿海民人心生恐懼，於地方大有關係。至常青摺內稱：『探得澎湖兵於十二月十四日到台郡安平，林遊擊亦帶兵赴援，現在賊勢稍退』等語。郡城防守嚴密，全台根本尚不致有他虞。黃仕簡等，務須俟各路官兵到齊，約會日期，同時並力夾攻，自無難一舉蕆事，剿捕淨盡。常青、徐嗣曾、琅玕，尤宜嚴飭沿海文武員弁，截拿逸回匪犯，毋使一名幸脫。
初八日（丁丑），常青奏言：前派赴淡官兵，因聞竹塹已被賊踞；旋又據巡檢王增錞稟報，於艋舺地方召募鄉勇人等設守，隨又密飭統兵之總兵官郝壯猷，相度情形，非於新莊抵御，即赴南路應援。今該撫臣又經派兵一千五百名前往，實為緊要得力。惟是臣續調之督撫二標兵一千名，已派令副將徐鼎士帶領；而撫臣所謂之督撫二標兵一千五百名，據稱亦派該副將帶領，實緣省城距泉相隔數百里，同時調派，以致關會不及。至查督撫兩標除派撥防守外，統計備戰兵四千四百名，現在派出之數，已共三千三百名，會垣重地，尚須駐兵留守。據撫臣札稱，復調上游之建寧、延平鎮營兵一千名來省，以備調遣。應俟該二處兵丁到省，即留於會城駐紮。其撫臣所調之督撫二標兵一千五百名，即令副將徐鼎士帶領，前赴北淡。臣隨改派在省之延平副將林天洛帶領臣續派督撫二標兵一千名，仍遵前奏，由省城南台配船飛渡，經由鹿耳門進口，隨同水師提臣黃仕簡協力進剿。
同日徐嗣曾奏言：臣以淡水地方緊要，即將派備之省兵一千五百名，飭令閩安協副將徐鼎士、臣標遊擊吳秀等統領，克日進發。連日接據蚶江通判陳惇、廈門同知劉嘉會稟報：『查訊鹿仔港回棹商船，鹿仔港亦有泉州、興化、廣東客民各用布書寫「義民」字樣，共相守護』等語。復准提臣黃仕簡，亦因王增錞稟報，咨會撥兵救援。臣現已雇備船隻，添派督標都司朱龍章、獲水師營參將羅禮璋，隨同副將徐鼎士等，迅速領兵前赴。正在候風遄發，接准督臣來咨，於未接臣咨之先，督標撥兵六百名，臣標二營撥兵四百名，交副將徐鼎士統領，由閩安出口至鹿耳門協剿等因。查淡水、新莊等處，待援既急，而鹿耳門一路，誠如督臣籌酌，尤當厚集兵力。臣前摺奏明預調延建兵一千名，原以備督臣調遣之用，與督臣所調兵數，適相符合，應即飭令赴泉，聽候督臣派員統領，赴鹿耳門進剿。查廈門對渡鹿耳門，較之由閩安出口，更為便捷。臣飛札廈門速備船隻，該兵到廈之日，即可飛渡。同日，浙江提督陳大用奏言：接准福建撫臣徐嗣曾咨會：『浙省水師兵內挑撥備戰兵二、三千名，前往交界處所，以備調遣。溫州、黃嚴二鎮各撥兵一千名，尚少一千名、於提標及所屬水師兵內酌量選撥。並將一切戰船軍械妥協料理』等因。臣隨選派標下右營兵五百名，附近之鎮海營兵五百名，共足三千名之數；委派署右營遊擊俞世盛、左營遊擊裴起鰲、馮颺、鎮海營參將白國樑、右營守備江得勝、署守備張殿魁，並千把外委三十員，於十二月三十日帶領起程，赴閩浙交界之平陽縣屬北關洋面處所，以為聲援。並即飛咨督臣常青，酌量調用。再查有溫州鎮總兵魏大斌、瑞安營副將詹殿擢，均由福建臺灣水師升補來浙，彼處情形，素所熟悉，隨派委該鎮將作為總領，統率前往。其溫州地方，界聯閩省，現飭樂清協副將李長庚前往彈壓稽查。至寧波沿海口隘，均關緊要，現在臣會同寧紹台道印憲曾選派員弁，時刻留心稽察，分路查緝截拿。均奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、徐嗣曾曰：總督統轄管制全省兵弁，凡有調遣，自當聽督臣主政。巡撫雖亦有封疆之責，不得稍存膜視；但調發兵弁，應札商督臣公同檄調。況無迫不及待之情形也。此乃國家體制，不可紊越。今徐嗣曾惟恐毫無調度、跡涉推諉，是以紛紛徵發，以見留心努力；並咨會廣東、浙江等處，挑備戰兵，預資策應，使本省兵弁號令兩岐，事權不一；且省垣重地，自應多兵駐守，今輾轉更調，亦非慎重根本之道。該撫於此案初起時，尚能鎮定，其後何以冒昧若此？但究屬為地方起見，尚無大咎。亦不得因有此旨，過於畏葸，而置要務於不問。且督撫因此或致不睦，更於公事無益。徐嗣曾惟當與常青彼此和衷，籌酌機宜，協同妥辦，以期迅速蕆事。至該督等摺內所稱，鹿仔港等處有客民義民共相糾集，守護地方等語。該此商民等，激發公義，保護地方，甚屬可嘉！著該督撫俟事竣後，會同查明，分別獎勵。
初十日（己卯），上諭內閣曰：臺灣奸民林爽文等糾眾滋事一案，該督常青剿捕逆匪，一切調度堵御機宜，辦理尚屬鎮靜妥協。現在，水陸兩提督業經渡台，會剿逆匪，自無難立時撲滅。惟是海疆重地，將來善後事宜，均須妥協籌辦。常青系初任總督，恐未能料理裕如，李侍堯久任封疆，雖於軍旅未嫻，而辦理地方事務，於輕重緩急機宜，較為熟練。李侍堯著調補閩浙總督，即馳驛前赴新任。湖廣系腹地省分，且地方寧謐無事，常青自能勝任，即著調補湖廣總督。俟李侍堯到閩接印後，常青即來京請訓，再行赴任。現在李侍堯自京啟程，常青到楚，往返尚需時日。李封年老，兼署督篆，恐精神未能周到。所有湖廣總督印務，著舒常馳驛前往署理，俟常青抵任後，再行回京。
臣等謹案林爽文糾眾滋擾，府城經該鎮道等保護無虞，淡水、鹿仔港等處，又有義民幫同守御，爾時兩提督渡台，即可合兵痛剿；而督臣常青於一切調度機宜，尚無貽誤。我皇上先事預籌，以常青初任總督，恐未能料理裕如，特命李侍堯調任閩浙，委以內地諸務，令駐廈門，用資經畫。厥後，總兵郝壯猷失守鳳山，退回府城，而黃仕簡病中昏憒，人心未免驚慌，次日，常青即抵府城，郡治得以無慮，兵民咸獲安堵。若非聖主知人善任，算秉幾先，則鳳山一失，郡城必至失守，迥非常情所能窺測萬一也。
上又命軍機大臣傳諭常青、徐嗣曾曰：常青甫經摺用總督，即遇地方有此等案件，亦其年運所致，會逢其適。但伊於辦理此案，尚無不合。惟是事定後，一切善後要務，均須妥協籌辦。常青究系新任，恐未能料理裕如，李侍堯久任封圻，能知事體之緩急輕重，是以降旨將伊與常青對調。所降諭旨，俟李侍堯將次到閩時，再行發抄。若不然，該省一聞李侍堯來閩之信，常青必心疑獲咎，恐欽差查辦、意存畏懼，轉致驚惶失措，於事尤屬無益。常青接奉此旨，固不可因調任在即，於調度剿捕一切事宜，稍存觀望；尤不可稍露端倪，致地方文武員弁聞總督業經更換，各存弛懈之見，以致呼應不靈。並傳諭徐嗣曾一體慎密，諸事幫同常青實力妥辦。若稍有洩漏，致文武員弁聞知，常青遇事掣肘，朕必重治其罪，恐徐嗣曾不能當此重戾也。
同日常青奏言：署淡水營都司守備易連稟稱；『因營兵稀少，先發示招募義民七千餘人，鋪戶捐備口糧器械，實力防御。十二月初十日，有八芝蘭賊首賴水、郭穩等，樹立大旗，招匪千餘人，遣夥吳異人（即貢生吳志趙同胞叔）、吳尊、伊弟吳淑、夜遊異等，挺身到艋舺，聲稱「帶兵前往接應，借道經過，不必驚惶阻撓」等語。經防御義民報知易連，將吳異人等四人拿解營中，訊確，隨押赴教場斬首梟示。同日，賊匪四處蜂起。新莊賊首林小文、劉長芳、林三奇、賴欲等，下鹿仔、中港厝賊黨黃祖成、葉山林、陳軒、李壬等，擺接莊賊黨賴樹、賴國等，戶尾、八里坌、長道坑等莊賊黨何馬、何記、吳三奇、莊漢等，各招匪千餘人，俱豎立大旗，佔踞各處地方民房、店房，男婦老幼俱被焚殺，拆毀新莊衙門。易連于十二日辰刻，帶領兵民先攻新莊，以扼其吭。守備董得魁、把總蘇升等，帶領義民五百名，由艋舺渡河直攻下莊，至草店尾大街。千總席榮等帶兵三百名，由草店尾河坡先斷浮橋，進攻國王廟邊。李因、鄭追等督率義民五百名，由武朥灣進攻中港厝。監生黃朝陽、林講等督率義民六百名，由中港厝分路進攻海山頭。又廣省義民邱龍四、林貴陽等，埋伏彭厝莊，四面攻剿，殺死賊匪五十餘人。義民亦被害數十人。十三日派撥戶尾莊蔡才、陳許、林球等率領義民三百名，和尚洲莊鄭■〈宀公心，上中下〉、楊景、黃天麟、趙暢等，率領義民六百名，大坪頂莊黃英、王倍、王步雲等率領義民等進攻戶尾、八里坌、長道坑等處，殺死賊匪五十餘人，救出同知程峻並前任新莊巡檢李國楷兩家眷屬。守御港口。十四日同千總張正耀等率兵三百名，和尚洲莊鄭享、蔡論、陳唇等率領義民五百名，由北投、琪里岸，孫立勳、黃採、黃辛元、黃光等，率領義民等由上埤頭抵內湖集，攻八芝蘭，殺賊五十餘名。義民血戰，餘賊逃散，奪回大旗四桿、馬一匹。是夜，賊匪蜂擁至擺接一帶，豎立大旗，紮備竹排，正欲渡河。時方回軍之際，立即嚴行堵御。至十五日巳刻，仍同各處義民分頭攻打擺接。易連督同營兵三百名，又陳必強、徐固、黃世四等督率義民六百名，由溪州登岸，直攻芎焦腳。千總張正耀、把總譚朝亮等率領義民八百名，由加臘仔過溪，攻打南勢角。林賀、翁滿、陳抱率領義民五百名，由大坪林攻打暗坑仔等處。四面會合，殺死賊匪百餘人。義民被殺五十餘人。賊散入藤藔坑、山頂等處；奪得大旗鐵銃等件。又派撥石頭街莊廣東義民徐勤佳、戴華元等督率義民七百名；三角勇莊龔東、陳海、陳誰、李恍等督率義民七百名，合攻柏仔林，分投殺賊，賊巢盡行燒燬。但賊匪雖皆奔散，現在復聚暗坑仔等處，不時出沒。艋舺一隅之地，兵民力竭，難以抵敵，望速發兵由五虎門赴八里坌口進剿。現獲賊匪劉長芳、賴吞、鄭昌盛、蔡洪、賴欲等五名，已經囚禁，嚴行訊供另稟』等情。竊思小醜竊發，竟至四路響應，是其蓄謀不軌，必非一日。其所稱天地會名目，尤屬不經，是否與諸羅匪犯楊光勳等所設之天地會，暗樹黨援，互相勾結？應一面蕩平惡孽，一面嚴切跟求，務期水落石出。至該署都司稟稱義勇殺賊事宜，如果屬實，尚屬奮勉勤事。臣已飛檄曉諭務須共明大義，志切同仇，毋為賊眾搖亂。至臺灣郡城，為根本重地；雖經探聞澎湖副將等帶兵赴援，賊勢稍退，而水師提臣黃仕簡，計此日已可前抵鹿耳；陸路提臣任承恩於十四日自蚶江登舟，十七日開駕赴口，天氣陰雨，海道難辨，不能前進；二十日復起風暴，連日猛烈，難以放洋。一俟風定，立即飛渡。現在兵力雖已厚集，恐尚有隨宜應變之處，臣密為挑備，以資策應。務期膚功速奏，以靖海氛。奏入。
上諭內閣曰：林爽文於光天化日之下，膽敢糾眾戕官，佔踞縣城，實屬罪大惡極，法不容誅。該署都司易連於賊夥吳異人等前往助賊時，即擒拿斬梟，以安民心，所辦甚屬可嘉！易連俟事竣後，著該督給咨送部引見。至該處生監商民激發公義，糾眾攻殺賊匪，保護地方，實可嘉獎！著該督等查明分別旌賞，以示優獎。其義民內有被賊傷害者，並著該督等於事竣後，查明具奏，照陣亡兵丁之例，一體議卹。
十三日（壬午），兩廣總督孫士毅奏言：現在提臣黃仕簡帶兵渡台督剿，粵東與閩省水陸緊接，查拿堵截，更應格外加嚴。現已密派妥幹弁員於各隘口商船漁艇往來處所，改裝易服，梭織遊巡，不露圭角，遇有形跡可疑之人，立即盤詰究辦，以絕奸匪鬼蜮伎倆。至南澳一鎮與廈蚶地方互為犄角，提臣黃仕簡移咨南澳鎮臣預派左營戰兵三百名，以備調遣。臣恐兵數太少，不足以壯軍威。臣現於附近閩省各鎮協營內共挑選水師戰兵一千名，配定戰艦，備足軍火器械，裹帶一月口糧，並派撥得力之統領將備員弁，一一料理停妥。設有徵調，便於立即起程，以資策應。此外，再於戰兵內挑選水師五百名，陸路一千五百名，共二千名，預備調遣。再查潮州府與閩省接壤，聲息相通；自潮州至廣州府省城，尚有一千二、三百里。臣恐在省得信較遲，除咨會署提臣彭承堯先赴潮州稽查彈壓，臣將督撫兩署事務，於數日內略為料理，即親赴潮駐紮，以便遇有防範徵調事宜，即可就近辦理，以期迅速。省會現有將軍都統同城，臣令藩、臬兩司隨同督察，足資料理。奏入。
上命軍機大臣傳諭孫士毅曰：閩粵境壤毗連，臺灣賊匪糾眾滋事，孫士毅接準咨文，派兵前往預備策應，及嚴飭各隘口嚴密盤詰，此系當辦之事。至孫士毅系鄰省總督，止當鎮靜地方，堵拿逸犯，豈得輕離省城，以至粵東內地民人心懷疑惑。外省各督撫遇有此等事件，每以親身前往，見其急公而不權事理之輕重緩急。孫士毅此時如尚未起程，即毋庸前往；若業已起程，亦即速回省。
同日，徐嗣曾奏言：前預調建寧、延平鎮營兵一千名來省，以備督臣調派。據准督臣咨會：『於督撫二標派兵一千名，令延卒協副將林天洛帶領·由南台配船至閩安出口，前抵鹿耳門會剿。建、延官兵即留於省城駐紮』等因。查延平兵五百名，業經到省；建寧離省較遠，所派官兵現尚未到。臣即照督臣札會，於督標內派兵六百名，臣標內派兵四百名，備齊船隻，由南台開行至閩安候風放洋。其延建兵到齊之時，即留省城駐紮。再查淡水、新莊等處，現已據都司易連稟：『率勵義民奮勇剿殺，賊匪雖暫奔散，現在復聚暗坑仔等處，請速發兵進剿』等情。查總兵郝壯猷所帶之兵，近准督臣札會，催令仍赴淡水救援；及臣所派調閩安協副將徐鼎士帶兵前後進發。是淡水一路兵勢已為壯盛，一渡八里坌進口，便可得力。臣仍令遣熟諳路徑之小船，往來探報。奏入，報聞。
十四日（癸未），臺灣鎮總兵柴大紀奏言：本月初六日，賊匪佔據諸羅，分路來犯郡城。臣於初七日拿獲奸細林馬一名，嚴審供出：賊匪分二起，一自諸羅山下茄苳來犯府城北門；一在笨港將營盤燒燬，知鐵線橋一路有官兵駐紮，難以經過，隨往海邊拿小船由海道來犯府城西門等語。臣相度形勢，惟有鹽埕橋地方，可以截拿水陸兩路。一面將該犯林馬正法，一面飛飭在城文武員弁，嚴守城池，並飛飭台協水師多撥哨船，沿海堵禦。臣即督率官兵飛馳鹽埕察看，海邊一帶已有小船數百隻，浮水而來，俱系賊匪。飭令弁兵施放槍砲，被母子砲打沉小船數十隻，餘船遠逃。又見遍野賊匪萬餘，蜂擁而至，隨督率弁兵奮勇與戰。初九日，賊匪被槍砲打死者，不過數十名；旋退旋來，全無畏懼。初十日復來，自巳至亥，賊匪被大砲打死者，約四、五百名；被牌槍打死者，約二、三百名；生擒賊匪二名，即行正法；賊匪稍退。因在黑夜，就地紮營。十一日卯刻，復來攻犯大營。賊以綿被透濕遮牛車上，向前當我槍砲；牌槍鉛子不能入。施放大砲始能打透牛車，賊匪不能抵當，打死甚多；於未時稍退。旋散而復聚，又復蜂擁前來。臣鼓勵弁兵奮勇力戰，賊匪被槍砲打死者亦多；生擒賊匪六名，凸正法。奪回母子砲二尊並器械火藥鉛子甚多，大紅旗一面，寫「順天」二字，餘賊前逃。追至木柵二十里外，天黑收兵。十二日早，賊眾數萬，復三面擁至。官兵施放槍砲，打死賊匪約有一百餘名。自卯至未，賊尚不退，守備邱能成打死騎馬賊一名。又臺灣知縣王露帶義民七、八百名，亦來助戰，我兵益振，打死賊匪二百多名，賊眾畏懼，始退。但彼眾我寡，又值黑夜，海霧濃布，不敢前追。十三日五更，飭令守備邱能成、外委蔡開祥帶兵三百名，潛往離營盤十餘里之大穆降埋伏，候營盤砲響，即轉攻其背。巳刻，遠見賊果復來。當飭官兵不許先放槍砲，俟賊漸近營盤，臣隨放號砲，督率官兵並臺灣義民，齊力向前，兵丁賴連升首先過橋放槍，打死一賊，各兵隨齊放槍砲。邱能成帶兵亦經殺到，前後夾攻，打死賊匪百餘名，殺傷騎馬賊一名，皆四散奔逃。查賊匪林爽文等，系漳州人，諸、彰漳民，所到附從；且台屬原有遊手棍徒，名為羅漢腳，從賊搶掠，所以猝然數萬。雖連日打仗，被我兵打死千餘名，尚不及十分之一。臣鎮守海疆，失陷城池，罪無可追。惟有奮不顧身，力圖恢復，誓不與賊兩立。又接臺灣道永福札稱：『鳳邑參將瑚圖里於十二日聞知賊匪有攻打鳳城之信，即帶兵三百名紮營城外。十三日天明，有賊匪二千餘名直攻縣城，瑚圖里施放槍砲，僅斃賊五、六人，賊勢稍退。瑚圖里放馬直追，賊匪乘虛由龜山北門撲入城內。斯時，官兵槍砲莫施，旋即潰散。瑚圖里縱馬由南而去，不知下落。賊人進入縣署，該縣湯大奎自剔』等情。隨飭澎協水師遊擊蔡攀龍帶兵七百名，城守右營守備邱能成帶兵三百名，前往南路剿捕，以復鳳山。臣仍紮鹽埕橋，截拿北路賊匪。再相度形勢，自鹽埕橋以北平原百有餘里，大小村莊，星羅棋佈，俱蓄■〈艹〈束刂〉〉竹為圍，賊眾奔逃，諒必散匿各莊。若我兵乘勝直前，彼四處潛聚出而截我後路，來攻郡城，更屬可慮。臣督率官兵各處搜捕，務使各莊俱無賊匪潛藏，即便長驅以進，恢復諸、彰二邑。賊勢雖甚猖獗，不過烏合之眾，臣惟有竭盡駑駘，以圖殲滅醜類。奏入。
上命軍機大臣傳諭常青、黃仕簡、任承恩、徐嗣曾、柴大紀曰：此次柴大紀與賊打仗，奮勇得勝，尚屬可嘉。北路賊勢蔓延，鹽埕橋系水陸扼要之區，該鎮自應仍在彼督率剿捕，未便遽回郡城，以致賊人踵後。且南路既經該鎮派撥澎湖協及城守兵丁共一千名前往，諒亦足資抵御。至林爽文等輒敢豎旗結會，並用槍砲攻犯城池，竟屬有心謀逆。此皆由從前辦理械鬥各案，該地方官等止期就案完結，將就了事，並未徹底嚴辦，以致刁民肆無忌憚，釀成巨案。此次，惟有痛加誅剿，以示懲創，斷不可使一名幸逃顯戮。但，此時不可稍露端倪，使賊匪自知必死，負嵎固守，轉於攻捕無益。總之，助賊者即系亂民，法無可貸；其不肯從賊及幫同官軍出力者，無分漳、泉俱系良民，自應一體獎勵，使賊勢日孤，易於竣事。