紹宗皇帝紀
紹宗襄皇帝（校者案：「清史紀事本末」卷八載：『永曆十四年夏四月，上思文皇帝謚號曰「紹宗襄皇帝」』。今據以補入）諱聿鍵，小字長壽；高皇帝九世孫也。父義，以唐世子追封裕王，國於南陽府；母毛氏。聿鍵生三歲，祖端王惑於嬖妾，囚世子承奉所；聿鍵從之囚。稍長讀書，即能識大義。年〔二〕十八，尚未請名。世子為其弟毒死，端王諱之；將傳國於次子。守道陳奇瑜入吊，謂端王曰：『世子薨逝不明，若又不立其子，事必發覺』。端王懼，始為聿鍵請名，立為世孫。
崇禎五年，聿鍵年三十有一，襲王位；選妃曾氏，諸生曾文彥女也。
七年，流寇披猖，南陽當其衝；又其城庳薄，王捐千金謀修築。太守陳振豪不授功，王疏參之；烈皇帝震怒，逮振豪置理。王又援潞王近事，乞增兵三千人、設參將一員；不許。
八年冬，賊再犯南陽。王上疏云：『臣府護衛一千二百人，近制以其半為汴梁班軍，給撫臣以下繇役，無謂；惟明詔念臣困阨，以全軍見還』。詔報曰：『南陽班軍番直，祖制已久，朕不敢變』。
時烈皇帝欲行宗室換授之法，陳子壯署禮部事，執不可。王貽書子壯，稱說典訓、援據經傳以相駁難；上乃下子壯獄。王每薄公卿為不足重，而爭宗藩體統；劾總督盧象昇不朝。其所建請煩多，廷臣忌之。
會九年京師戒嚴，王率護軍勤王。汝南道周以典止之，不聽。至裕州，巡撫楊繩武以聞；嚴旨切責。以擅離南陽，十一月下禮部議；給事馮可賓、鍾炌議廢為庶人，安置鳳陽高牆。押發官同知張有度欲以檻車行，王自裁，不殊。至鳳陽，守陵奄人索賄不得，墩鎖以困苦之；病幾殆，曾妃割股以進，始愈。有司廩祿不時，資用乏絕。時有望氣者曰：『高牆中有天子氣』；言於淮撫路振飛。〔振飛〕因假賑罪宗入牆見王，心獨異之；王告以吏虐狀。振飛疏請加恩罪宗；贍以私錢，且謫其吏之無狀者。
南都建號，大赦得出；封南陽王，遣官送寓廣西。道杭州，而南都陷。王勸潞王監國；三日，而潞王出降。初，清師屠揚州，乘勝至瓜州。時鄭鴻逵鎮京口，與清帥張天祿相距。天祿故史可法愛將也，鴻逵陣傷其一目；而清師編筏向京口，別由上流暗渡，遂襲破鄭師。鴻逵揚帆東遁，而戶部主事蘇觀生亦自南都走浙，與鄭胥會於杭，遂奉王入閩。
弘光元年（清順治二年、乙酉）六月二十六日，次建安。王下令曰：『昔我太祖高皇帝掃蕩群氛，統一區宇；成祖文皇帝燕都定鼎，威震華夷。仁涵義育，累洽重熙；何期數當陽九，天降鞠凶。昔年薊北，獨深蒙難之悲；此日金陵，復有南轅之恨。孤愁涼德，雪恥未遑；念切同仇，請纓有志。今爾臣民連箋勸進，至再、至三。謂寇迫杭城，人無固志；賊臣有屈膝之議，舉國同蒙面之羞。孤覽斯言，撫膺隕涕。痛統緒之幾墜，悵天下之無君。孤不得已，俯順輿情，允從監國。謹於六月二十八日朝見臣民於建安，收拾餘燼，恢復南都；張皇六師，迎還玉輅。萃皇靈於渙散之後，出百姓於湯火之餘』。又諭鄭鴻逵出示安民於八府一州曰：『寡人布素十年，毫無煩擾；今除下程小飯，該縣官備辦外，一切供億並氈綵無益等事，俱各免行。當百姓剝膏見骸之日，寡人誓約己以安天下；違旨者，治以不忠擾民之罪。隨侍官校不過十人，敢擅取民間根薪、粒米，即時察啟請究，定然綑打八十，割耳遊示。寡人生平真性實心，字字真誠。爾各官一體遵行，毋負寡人惓惓至意』！
翰林學士黃道周進誓師文、監國諭、祭告文、登極詔共四通，並繳賜勞銀三兩。手敕答云：『所進撰文，俱能寫孤意中事；且典核有體，孤心嘉悅，留至日備用。孤今晝夜焦勞，新創諸事，方盼先生速至，便議戰守並監國禮儀。至在途之費，上下所共需也；同艱分濟，典非溢格，不准再辭。著即祗受，稱孤軫恤至意』！又諭鄭鴻逵敕曰：『昨據先生啟請，中標黃將官領兵二千名，令把守仙嶺等關；業即俞允，兼令發犒矣。孤發旨後，思念兵將跋涉之苦，孤目親睹；今使兵將把關，必要失足其月餉，然後好責其成功。茲諭先生：各兵將一概應支糧餉。除前欠糧支並先生捐資代給者通算欠數，俟孤到省陸續照補外，今將現令把關兵將二千名，即將浦城縣現存正項銀兩，每名先給與現月（六月）一月，並再預支閏六月一月，示孤軫念兵將至意。其額兵二千，傳諭該將：一、不許兵冒領；二、不許縱兵淫、酗、賭博等弊，抖擻精神，一意防守外，仰先生即將標下大小將領年齡、籍貫、履歷速造簡明文冊一本，再歷來各將照給支餉數目、各兵行坐每名支餉數目，並自今年正月起至六月各餉支過幾月？通共領過銀數若干？現欠幾月？每月欠銀若干？通共欠餉若干？先生賠應若干？曾那應補公家別項若干？某餉斷宜急補、某宜稍緩補給，俱一一速造簡明文冊一本，共冊二本，一、二月即造進來！其發過犒銀並支過該縣兩月餉銀，給發後再行造冊；一面具啟、一面移部，以憑開銷。孤以困頓之餘，宮內生長，不諳軍國大事；惟先生竭力輔孤不逮，以全奉孤南來精忠大節』。
時閩廣軍門劉若金欲駐福寧州，以抽洋稅；州中士民及鋪戶恐致騷擾，粘帖拒之，遂罷市激變。
二十九日，總兵南安伯鄭芝龍進冰紗十端，漳紗、葛紗、軟紗、永春布各五端；啟曰：『芝龍盥手跪誦唐王殿下賜諭，如絲如綸，感高厚之恩。惟是天步艱難，正望蕩平之日；幸殿下神聖，允為中興之主。芝龍前得胞弟鴻逵手信，慎重之過；恐武備未周，致有窺伺，故意從迂遠之行。茲奉令旨諭示，芝龍即亟會撫按、司道及縉紳、孝廉、貢監、生員，無不歡欣鼓舞，共慶升平。人心如此，天意可知。禍亂之作，皇天所以開聖人也，其在斯乎！然眾議亦云：只先監國而後登極，此與芝龍之愚見暗合矣。又據差官鄒泰傳諭：欲居貢院。察貢院系山腋，稍雨即患水；當以布政司為行宮。若布政司一時未便搬移，芝龍總兵衙門亦可駐蹕；即與撫、按各官議妥，不敢有煩睿慮。其諭旨賜芝龍胞弟芝豹者，因芝龍在省督船、彼在安平練兵，相去六日路程，方差人賫去，未及取啟回報；統惟慈宥！芝龍一味拙直，心口如一；苟有率誤，更望天涵到底，方信芝龍之無他腸也』。手敕答云：『自古英雄相遇，凡功業之鉅細，正在相信之淺深。啟內一切慎舉動、擇行在，識慮周詳，任事堅決，孤更感激。另啟所進衣著，孤即受用，以昭與卿一體之忠愛云爾』。芝龍隨進箋，勸以監國恢復中興。手敕答云：『漢、唐中興，各有成資；今止一隅，勢非昔比。況孤庸質，恐羞祖烈。惟是先生兄敬弟忠，勳猷夙著；前靖虜（校者據「海上見聞錄」補「虜」字）伯奉孤南來，實惟先生是奔是依。自孤勉允監國之後，專望先生兄弟在朝，則孤之心膽也；在邊，則孤之左右臂膊也。孤佔先生等才，不愧太祖臣子。至於諸將，則均有安危之寄。一統告廟，功成封侯，孤必不負』！又諭芝龍云：『把守關隘一切急務，先生業豫料理有緒，孤不勝嘉慰！措餉之難，其來已久；孤今惟實至儉至勞，布素外朝，以先天下。餘俟監國之後，與先生等面議而行。至委先生兄弟守巡總督重任，出孤獨斷。倚任之專，先生不可辭此官，即孤不可辭監國。閏六月初一日當過建寧，一切監國事宜，俱要豫備。一統所基，關繫甚重。勉之慎之』（校者案：此諭與「思文大紀」所載小異）。
〔閏六月〕初二日，福建布政使周汝璣、參議傅雲龍、張文煇、副使僉事柴世埏、陸懷玉、李長倩、羅萬爵、張夬、劉柱國、張晉徵、王芋、都司陳績、郭軻、楊陞誠具箋迎賀，有云：『分班（校者案：「思文大紀」作「珪」）錫寵，宗支首重於維城；壓（校者案：「大紀」作「嘉」）紐儲祥，嗣服莫先於監國。殷憂啟聖，式聆基命之歌；多難興邦，載輯景山之頌（校者案：是下「大紀」尚有兩聯）。恭惟殿下忠懷皇室，孝篤天經。國號從唐，化治順堯天之則；藩封移秀，派演流涓水之芳。錫玉輅以疏榮，執桐珪而作寶。豈謂遭家不造，遂俾國步多艱！念主上之播遷，敷天疾首；痛臣民之流散，率土寒心。苟非白馬之盟，孰繫紫宸之重？爰揆神異，允葉禎符；是用師錫僉同，天人交與。金枝千葉，獨推一本之向陽；玉水萬流，共仰朝宗之入海。閩封雖褊，負水憑山；閩眾雖孱，本忠依孝。一成一旅，少康王自有仍；三讓三推，孝文來於代邸。精克勵於膽嘗薪臥，勢終充於泉達火然。保四海而非難，王天下其再見。汝璣等涕淚餘生，遭逢盛舉；悲已深於集蓼，喜忽動於開熙！朝上國之麟圖，繄僅有光赤社；歌高皇之龍種，行將繼美朱陵。伏願持危以慮，雪恥勿忘；世德作求，榮（校者案：「大紀」作「永」）懷安輯。一新君臣上下之往轍，嘗思光武中興；亟回東西南北之人心，必奏昆陽大捷。想片時虜運（校者案：「大紀」作「胡運」），不過腐鼠孤雛；計一統皇輿，佇慶遊麟巢鳳』。手敕答云：『孤允藩院公啟，定於本月初七日駕臨布政司監國矣。切望文武協恭，各捐夙謬；共圖恢復，仰慰高廟。彝典酬功，孤必不靳』。
初三日，舟次水口驛。驛乃古田縣地，為入省之噤喉。先時，驛遞有坐駕大船，祗候水次；王卻之不御。惟乘民間小舫僅載數人者，宮眷在焉；不設綵縵及鼓吹。觀者舉手加額，以為儉素如此，吾民其有瘳乎！鄭芝龍迎於舟次，即賜接見；傳諭各官，俱候登驛朝參。及登驛，各官恭迎道左；至驛階下，行四拜禮，王謙抑賜答兩拜。傳諭各官暫退，仍親標二十員名進。在東者，南安伯臣鄭芝龍、靖虜伯臣鄭鴻逵、巡撫僉都御史臣張肯堂、閩廣總督臣劉若金、巡按御史臣吳春枝、屯鹽道臣羅萬爵、福兵備道臣張夫、分巡道臣王芋，都司僉書臣陳績、內臣王承恩；在西者，戶部侍郎臣何楷、大理寺卿臣鄭瑄、通政司左通政臣馬思理、光祿寺少卿臣林銘鼎、尚寶司少卿臣鄭崑貞、四川按察司按察使臣曹學佺、科臣陳燕翼、張利民、道臣郭貞一、黃錫袞。時鄭瑄、馬思理、曹學佺俱在籍，穿吉服。何楷等俱自南京來，穿素服待罪；監國寬仁，憐其不得已之故，有旨勿問；賜坐、賜茶。即面諭云：『省城聞行在擇布政司，一時官吏搬移並修理未能猝辦，暫於總兵府駐蹕。各宜仍舊，勿得營造，致滋勞費』。隨諭跟役捧出御用剩銀一百五十兩（系淮陽巡撫呈進者），除在途犒賞買辦外，即充修葺丹堊之施，勿取諸民。時有議修理宮費酌派各屬者；曹學佺言於芝龍曰：『仁聲仁聞，王政之先；豈宜睿駕未臨，而先派多金修理？是播侈風於下里也。不肖有司，藉此而括庫藏、科百姓，增美之謂何？而彰其過乎』！芝龍即示禁止之。
又諭：『守關進取，決不可無兵；有兵，決不可無餉。餉出之民，有民而後有餉；安民以裕餉，必須戶部得人。茲眾卿在廷，即僉擇其可者』。於是咸舉侍郎臣何楷；楷力辭曰：『臣尚負罪，俟明法誅戳，奚敢肩茲重任』。叩頭懇辭賢者。監國以舉出諸公，俯答其拜而堅欲用之。又諭吏部曰：『天步方艱，餉為兵命。戶部重任，得人甚難。茲特面允文武公舉戶部侍郎何楷，廉而能計（校者案：此下「大紀」有『鉅以識微』句）。孤於崇禎乙亥親閱邸報，亦服其侃侃掖垣。危難仗義之人，必於直言敢諫中求之。古人成說，孤奉為範。何楷升戶部尚書，即日到任理事；慎勿再辭，致耽急務。該部即會同何楷確議，推擇清吏司郎中一員，以便呈堂行事；並即推攝文選司郎中事一員』（校者案：此諭與「大紀」所載頗有異同）。又命巡按都御史張肯堂速鑄大小衙門印，印文俱冠以「行在」二字。特授浦城訓導王兆熊翰林院待詔，專理睿覽書籍事務。兆熊字念葛，福寧州人；歲貢，任浦城訓導。監國入關，即為扈從；後出使溫、臺。監國稱其真忠如金石、真清如冰玉，故有是授。
是晚，命於水口驛下關泰山廟議推各要緊衙門職員。次早，至芋原驛始定，具疏以聞。
初四日日午，舟次洪塘，登岸。擇吉入城監國，乃暫憩民家。庭無供張，市不易肆。愚民以為天子來，更靜於縣吏。戌時，奉令旨云：『孤今監國閩省，遵照祖制，舉用閣部等官，虛心聽納，惟慎惟公。除不忠先帝、皇上負國害民者概不錄用外，藩院諸衙門既會議確當，即允所啟，分別攝事還職』。
初五日，敕司禮監傳諭：『天氣炎暑，公件緊極。各啟朝者概從簡便，在任文武及大小紳衿、百姓俱止行一拜三叩頭禮。續到者，免朝』。福州知府熊經啟請冕服式，敕照依「會典」。
太常寺少卿曹學佺朝見，啟進三款：一、為福建解京錢糧，俱宜屬兵餉項下；祈勿他用，恐防不繼。一、為禮成之後，即宜遣靖虜伯鄭鴻逵抵關，相度防守、進取事宜以聞。一、禁戢逃兵沿途搶掠害民，似宜急諭逃將，令其識認部下之兵，收拾什伍，示以赦辜復用之意，暫紓民患。三者皆實著可行。監國目之曰：『此海內名儒也。孤在唐國聞名久矣，茲幸在此得見，以慰數年景慕之意』。因賜坐、賜茶。
傳諭禮部：『初七日入城監國，先祭告天地、太廟、唐國宗廟，俱用太牢，設陳簠、簋、籩、豆如禮。仍擬祭文三篇，攝禮部臣劉若金會太常寺少卿曹學佺撰述。陳設俱遵諭行』。
初六日，諭布政司速造諸祖神位設太廟，曰：『自古忠臣孝子未備居室，宗廟為先。今孤瞻仰孝陵，不勝憤痛。既議監國於茲，必先祭祖，方敢攝政。速於該省擇一公所，匾曰「行太廟」，屆期行禮』。
初七日，監國入城。以南安伯府為行在，群臣慶賀如禮。
特授貢生薛瑞泰司經局正字。瑞泰字幼安，侯官人；嫻掌故，大中丞鳴宇公子也。聞監國右文稽古，以家藏「御覽玉篇」、「太平廣記」、「資治通鑑」各書計五百餘本疏獻之；敕授此官。旋以年老不任仕進辭；監國溫旨慰之曰：『瑞泰以喬木世臣之家，敦禮義廉恥之節，巍然如魯殿靈光。所進書籍，雅體孤心。如此京職，原敦怙（校者案：此字疑有訛；「大紀」缺）勸；不准辭，仍候登極後即行召對，全孤愛重老成之意』。後瑞泰因餉額不足，復捐助五百金；即進翰林院五經博士。
監國特頒親制便覽序文：一曰「戎政略」，曰：『孤惟人君能以至公待天下，方可責人臣以無私；苞苴不入司馬門，天下始得真將之用。將真，六軍之命安矣。蓋文武一剛柔也，剛柔一動靜也。譬之身，文筋而武骨也、文背而武胸也，分明體用，合則一身。文蔑武、武蔑文，亦必不能獨立矣。論者謂文以節武（校者案：此句「大紀」衍為一節），此自尋常之將言耳。若夫唐之李、郭，宋之岳、韓，我朝之徐、常，今奉孤之兩鄭，皆大將也；將大不待節制、相大不妨專擅，不妨、不待，皆得自靖（校者案：「大紀」作「師」）其心。此天地之閒氣必有為而生也（校者案：此下「大紀」尚有數語）。目今劄弁滿天下（校者案：此下「大紀」亦有數語），孤必求真大將親拜而授之鉞，以立見孝陵、復東南澤國為半功，再復西北以報烈宗深仇為全功；半則以徐魏國處之，全則以郭汾陽酬之。詔列甚明，惟天下英雄速圖自奮（校者案：此下「大紀」尚有數語），成孤中興之烈』。二曰「縉紳略」，曰：『孤惟帝王之御世也（校者案：此下「大紀」有十四字），必與文武之賢者共之。始於得賢將相、終於得賢百職，四海兆民方有攸賴。民安，則華強夷服矣。然歷稽世道之污隆，機握於守王之宇量；宇量必包乎天下，始可以總統乎千官。千官當而民治，民大治而帝王始安（校者案：「始安」，「大紀」作「安矣」）。帝王量狹，一統必割據；帝王量大，割據必一統（校者案：此下取與「大紀」比看，多節去）。蓋量大則識必高，識高始能用；彼聲色貨利，又何有於東林門戶魏黨、馬黨之紛紛哉？嗚呼！三黨成偏安矣，四黨成一隅矣；今孤臥薪而望孝陵、嘗膽以圖一統，焦勞昕夜，惟賢是求！追維洪武二十四年王祖分封唐國，祖訓命名詩曰：『嘉曆協銘圖』。往時未詳，於今有悟。我天我祖既預兆之，敢不孜孜敬天法祖，與我文武誓復舊疆，仰答我上帝之休命乎？彝典酬功，信如皎日』。
命參將金錡齎監國赦款，宣諭金、衢。
又諭吏、兵二部，起大學士蔣德璟於泉州。敕曰：『今中興伊始，孤志切親征。密勿必得匡贊之臣，始可分任從行、居守之重。舊輔蔣德璟，簡重於先帝，久欽（校者察：「大紀」作飫）其經綸；況學博古今，度具忠亮。著以原官起用佐理。著新任行人司張廷榜星速敦聘，即來行在，與孤分勞』。德璟辭以足疾；復敕云：『卿宏才偉度，海內具瞻；孤昔奉藩，聞之尤悉。先帝簡任既至，孤實眷倚非輕（校者案：「非輕」，『大紀」作「舊臣」）。南京之召未起，是卿進退節全。孤雖莫當明主，志清陵廟（校者案：此句「大紀」作『聖志自信，清我陵廟』），焦勞彷徨，盼卿如渴！昨虛傳卿奉召至，孤喜而不寐。隨諭侍臣，不必拘套，即著速至便殿召對。既而寂杳，孤心惘然！孤望卿之切如此。乃復往還，動淹旬月。辭奏一到，大悲孤心。足恙未痊，自有體裁之法。經濟名臣堅不我顧，孤誠薄德；還念先帝、念高皇，定不准辭。十日之內，斷望即到，慰孤至懷』。
時鄭鴻逵疏『請正位號；不然，恐無以壓眾心而杜後起』。芝龍意別有在，諸大臣多言『監國名正，出關尺寸，建號未遲』。而李長倩有『急出關、緩正位，示監國無富天下心』一疏，不報。而擁立者豔翊戴功，競勸登極。乃於是年（清順治二年、乙酉）閏六月二十七日祭告天地、祖宗，即位於福州。詔曰：『朕以天步多艱，皇家未造，憂勞監國，又閱月於茲矣。天下勤王之師既以漸集，向義之心亦以漸起，匡復之謀亦漸有次第。朕方親履行間，鼓舞率勵，以觀厥成；而文武臣僚咸稱「萃渙」之義，貴於立君；寵綏之方，本乎天作。時哉不可失，天定靡不勝。朕自顧缺然，未有丕績以仰對上帝、克慰祖宗。而臨安委轡，尊攘無期；大小汎汎，如河中之木。朕敢不黽勉以副眾志，而慰群望！朕稽載籍，漢光武聞子嬰之信，以六月即位鄗南，即以是年為建武元年，誕膺天命；昭烈聞山陽之信，以四月即位漢中，即以是年為章武元年，立宗廟社稷艱危之中。豈利大寶，亦惟是興義執言，繫我臣庶之望故也。以今揆古，即以是年為元年。其承天翊運定難功臣，悉以次第進爵行賞；分茅胙土，稍俟恢復，以勒勳庸。其翊運宣猷、守正文臣，亦以次進級；別需來章（校者案：「來章」，「大紀」作「表章」；屬下句，似當）。孝秀、耆宿、軍民人等，俱依前諭優給。行在所山川鬼神，除淫祠外，皆遣正官精禋祭告，以示朕纘緒為天下請命之意』。大赦；改是年七月一日以後為隆武元年。頒詔於八府、一州，有一十八款；時於行在午門外宣讀，臣民跪聽者數千人。先是，五鼓，駕自南安伯府，移入布政司。庭燎輝煌，軍容壯麗。各官咸以次入，芝龍戎裝騎馬行於駕前，鴻逵率禁軍殿其後。至司，即入行宮，百官鵠立，始聞環佩之聲。寅時，駕用袞冕朝服，升殿受朝賀。初行五拜三叩頭禮，繼又行二十四拜。
以布政司為行殿，額鼓樓門為「行在大明門」；以福建省為福京，以福州府為天興府。
追尊唐國高、曾、祖、考謚號，遙上弘光帝尊號曰「聖安皇帝」。
進封靖虜（校者據「海上見聞錄」補「虜」字）伯鄭鴻逵為定清（校者據「思文大紀」補「清」字）侯、南安伯鄭芝龍為平夷（校者據「思文大紀」補「夷」字）侯，並賜號「承天翊運定難功臣」；鄭芝豹為澄濟伯、鄭彩為永勝伯。以按司為芝龍第、都司為錦衣衛、監運司為通政司、巡撫署為吏部、海道署為戶部、提學署為都察院、稅課司為南察院，餘各官皆僦民房受事。
封弟聿■〈金粵〉為唐王，主唐國祀；叔器■〈土鼎〉為鄧王。
設六部九卿，並賜號「翊運宣猷、守正文臣」；以張肯堂為吏部、李長倩為戶部、曹學佺為禮部、吳春枝為兵部、周應期為刑部、鄭瑄為工部、馬思理為通政使、鄭廣英為錦衣衛都督。
以天、建、延、興四府為上游，汀、邵、漳、泉四府為下游，各設撫按；縣升府、府升道，道轉內卿。一命以上，咸與寵錫。
是時敷求耆碩，自何楷、蔣德璟、黃景昉、黃道周、蘇觀生、陳洪謐、林欲楫、朱繼祚、黃鳴俊、姜曰廣、吳甡、高弘圖、路振飛、陳奇瑜、鄭三俊、熊開元、黃士俊、林增志、李先春、顧錫疇、陳子壯、王應熊、楊廷麟等皆起為大學士。然或至、或不至；其遠不能至者僅列其名，遙授而已。閣臣至三十餘人，俱閒無事，不令票旨，皆帝親為之。德璟、欲楫、景昉皆力疏辭；行人以死請之，乃至。
隆武元年七月初六日，誅清朝使人馬得廠。
改天興府學為國子監。先是，颶風壞學宮，郡紳馬思理與諸生鄭澤等謀重修之。至此；落成。因命鄭澤等准貢入監，馬思理升級有差。
設五城巡視御史及兵馬司。
特旌錢塘令崑山人顧咸建死節。
諭司經局正字薛瑞泰：『搜訪遺書，不論新舊、硃藍批閱。至十六朝實錄，尤為要典。著爾留心，朕不負此忠款』。
諭文武臣民：『朕誓擇於八月十八日午時，親率御營中軍平夷（校者據「思文大紀」補）侯鄭芝龍、御營左先鋒定清（校者據「大紀」補）侯鄭鴻逵統率六師，御駕親征。尚賴文武臣民勇效智力、謀富才能，同報祖宗，以救百姓。有功者，朕必重賞，再無食言（校者案：此諭開首斥清數語，備載「思文大紀」）。即日，發示安民。
司禮監太監龐天壽傳諭：『行在合用物件，惟以儉樸為本。有司官不得違旨阿奉，以害民生』。□敕諭：『行宮中不許備金、銀、玉各器用，止磁、瓦、銅、錫等件；並不許用錦繡、洒線、絨花帳幔、衾褥，止用布帛。件件俱從減省，稱朕恬淡愛民至意。違者，即以不敬不忠治罪』。
時帝長齋布素，日與大臣講求政治於便殿。又性好書籍，搜閱不丙夜不休。自敘曰：『朕始祖唐定王，高皇帝二十二子；母李貴妃出。洪武二十四年，受封永樂；六年之國。傳子靖王，早逝；無嗣，弟繼為憲王。王長子悼簡世子早薨，次子殀，第三子舞陰王襲封為莊王。王子成王無嗣，二弟浙陽王亦絕；三弟文城，恭靖王長子入繼為敬王，追封恭靖為唐恭王。王繼統三十餘年，壽七十有一；子順王。順王子端王，端王子追封裕王。裕王萬曆二十二年封世子，長子即朕也。家庭多難，端不悅裕。在內官宅，母毛娘娘生朕於萬曆三十年四月初五日申時；先有雲神擁送之兆，後有遍身麟錦之祥。祖不悅，而曾祖母魏悅之。八歲，延師僅辨句讀。十二歲，曾祖母薨；祖即將朕與父同禁。篝佛燈，日夜苦讀。禁十六年，朕二十八歲，尚未報生焉。崇禎二年二月，父為叔鴆；朕誓報仇。賴有司持之公，天啟祖考心，請於烈廟，奉敕准封。本年十二月十二日，祖考亦薨，朕乃奉藩。五年六月初三日受封，九年六月初一日請覲。七月初一日報仇。二十日請勤王，八月初一日起行。十一日，見部咨寇梗，回國。十一月二十一日，奉降遷之命，責朕以越關擅離。十年三月二十日，到鳳陽高牆。五月，大病；中宮割股。十二年，朱大典請宥；十四年，韓贊周請宥；十六年，路振飛請宥更切。十七年十二月十三日，奉旨：『該部即與議覆』；而有三月十九日之事，不及全受先帝恩矣，痛哉！今朕四十四歲，共分四節：一節二十八歲，為家難。二節自二十八歲至三十五歲十一月，為治國；九年十一月奉譴，三十六歲至四十三歲八月，皆高牆囚禁八年事；第三節、第四節，則上年至今年也』。
翰林院學士黃道周至自衢州，即日召對便殿，談恢復事宜，稱旨。帝譽之曰：『真朕中興名相也』；即拜大學士，入閣贊助機務。
時永定土寇劣生王叔光、王中慶、王鳳來等因南都之變，招集亡命數千攻大埔等縣，屯錦風窯地方，去城三十里而陣。又聞武平失守，勢益鴟張，攻圍永定縣七日。知縣徐可久陳鄉勇、嚴保甲，用間設奇，直擣其巢，擒斬二百餘人。餘黨解散，叔光僅以身免。
汀州大旱，斗米銀三錢。
敕禁各關兵將：毋得放逆輔馬士英入關。初，士英在金陵賣官納賄，顛倒賢奸；三尺童子，咸為唾罵。及金陵之變，聖安出奔，士英不顧，獨奉慈禧太后至杭。杭人不能相容，勢逼，又棄去；獨擁重貲，與部下將士數千奔逃各處，方國安、朱大典咸數其誤國之罪而驅逐之。聞帝即位閩海，又謀入關。芝龍素善士英，獨以為士英不即叛降，而亟亟求太祖子孫而立之一念可嘉。帝下其議於廟堂；議云：『士英蠹國僨師，禍延宗社；擅權納賄，怨結生靈。養私兵以致寇，為凶暴於國門；擁天子以出居，遂賣君於中道。由昔言之，誤我聖安皇帝、誤我慈禧太后蒙塵播遷，罪在天下，當為天下之所共誅；由今言之，不奉隆武之朔、不請藁街之辜，矯虔狼戾，罪在興朝，當為興朝之所共討。今江右有馬兵、象兵，皆云滇南遺孽；湖東有惠登相、金聲桓，亦舊與奸輔關通。士英若能圖功自贖，以黔人收滇兵，為功甚易；以馬兵收象賊，奏效非難。僅有桑榆之勳、略寬銜橛之路，亦諸臣所以曲體天心、弘開法網者也』。帝以為然，故行文於各關凜奉確遵。
以李世奇為左春坊左庶子、賴垓為右春坊右庶子，俱兼翰林院侍讀。
十三日，召對永勝伯鄭彩於便殿，以唐王為監國、鄧王為協守，改都察院為唐王府、南察院為鄧王府，命工部造御前令箭三十枝備親征用。帝親出芋江，父老遮道懇留，乘輿復返。議者謂東南仰望王師，急如拯溺；遲出關一日，則人心一日瓦解，國家之失在此著也。
改庶吉士為庶萃士。特開儲賢館，定取士以十二科，命蘇觀生為翰林學士以領之，考課無虛日。既而碔砆似玉、魚目混珠，招徠者多羊質虎皮；帝亦厭而罷之。
浦城令施■〈火豦〉以貪酷被劾。帝方恨貪官之失人心也，欲以高皇帝之法行之；中有羅織之者，兼以問官挾仇，遂斬之。
命副總兵施福守崇安關。
十九日，廣寇攻陷武平。時城內猶於西街演戲，有奸人為內應，打口號三聲，賊遂攻入；百姓自相踐踏而死者無算。
江西廣信府永豐縣原任大理寺卿詹兆恆、上饒縣原任廣西南寧府知府楊聞中上賀表推戴，溫旨答之。
時內外文武濟濟，而兵餉戰守機宜專委芝龍一人。芝龍，泉州南安縣石井巡司人；所居地名東石，即泉州郡城南三十里安平鎮也。父紹祖，為泉州庫吏。蔡善繼為泉州守，府治後衙與庫街相望。芝龍時十歲，戲投石子誤中善繼；擒治之，見其秀麗，笑曰：『法當貴而封』。遂釋之。安平濱海，有李習者，以商舶往來日本；芝龍以父事之。習授芝龍萬金寄其妻子，會習死，芝龍乾沒之；與弟芝虎流入顏振泉黨中為海盜。振泉死，其夥遂推為長。久之，而所得不貲。崇禎中，受巡撫沈猶龍招撫。芝龍娶日本長崎王族女為妻；凡為日本贅婿者，例不得歸。就撫後，芝龍乃挈其妻還東石。當是時，海舶不得鄭氏令旗，不能往來；每一舶，例入三千金。歲入千萬計，芝龍以此富堪敵國。乃築城於安平，宮室縱橫數里，海梢直通臥內；可舶船徑達海。其守城兵餉自給，不取於官。旗幟鮮明，戈甲堅利。凡賊遁入海者，檄付芝龍，取之若寄；故八閩以鄭氏為長城。猶龍母誕日，芝龍進珊瑚高尺餘，飾以珠龍金盒；猶龍歎賞，復進一株。制生犀、黃金為甲；每出，則百餘人如一人，莫辨其孰為芝龍也。芝龍有弟芝虎，次鴻逵、次芝豹，一門聲勢烜赫東南。時南安有苟憨、惠安有劉香，皆稱富強。苟憨先亡，劉香恃眾不就撫。朝命芝龍討之，戰於五虎門之定海所。芝龍力不敵香，而芝虎勇甚，望見香乘大艦指揮兵士，以輕舟超艦而上，直前取香；左右惶急莫敢縱兵，香亦勇格虎，兵器墮，遂徒手而搏，相持入海而死。芝龍遂並其眾，勢益強。南都建號，封芝龍南安伯；及擁立帝，遂進爵為侯，開府於福州。坐見九卿，入不揖、出不送。
時廷議戰守兵額二十萬，自仙霞關外，宜守者一百七十處，守兵計十萬。其十萬，令冬精練、明春出關；一枝出浙江、一枝出江西。統二十萬之兵，合兩浙、兩粵之餉尚猶不足。芝龍乃奏請兩稅內一名預借銀一兩，分遣侍郎科道各府徵發。以浦城訓導王兆熊為吏部主事兼御史，管義餉。兆熊沿門搜括，不輸者榜其門曰「不義」。義餉者，撫按以下皆捐俸助餉，名官助；官助外，有紳助、有大戶助也。於是，東南鼎沸。又察括府、縣庫積年存銀未解者，釐毫必解。又大鬻官爵：部司價銀三百兩，後減至百兩；武劄僅數十兩，或數兩。於是倡優廝隸，盡列冠裳；然無俸、無衙，空名而已。其黠者，倩軒蓋、僱僕役，拜謁官府，鞭撻里鄰。晉江令金允治蒞訟，兩造皆稱「職官」，則立而語，互毆於庭，竟不可制。民不堪其苦，反望清師之至。謠曰：『清行如蟹，曷遲其來』？芝龍又請清理寺囚納贖，可得八十萬；帝不聽。戶部李長倩請開事例，從之。
舊輔傅冠入朝，自請恢勦江右；帝允其請。既而遷延邵武，為諫官所劾而罷。
帝賜大臣宴，鄭芝龍以侯爵位宰相上。首輔黃道周謂：『祖制：武職無班文官右者』。相與爭執，終先道周；而芝龍不悅。諸生佞芝龍者，上疏言『道周迂腐無能，不可居相位』。帝敕督學御史按之。初，芝龍、鴻逵恃援立功，汲引姻婭要地清流，口授帝前；如吏科給事朱作楫、戶部主事葉正法，皆門下也。帝不盡從，頗懷怨望。及郊天於南臺，二鄭皆稱疾不出。閣部何楷劾之，言『朝廷大典，無過郊天。而二勳不出陪祭，無人臣禮』。帝重其風裁，令掌都察院事。已而鴻逵扇於殿上，楷呵止之，二鄭益怒。楷知不為二鄭所容，請告再三。帝欲兩全之，暫令回籍；諭以『收復兩京，即召總憲』。楷出都甫四十里，遇盜戕其一耳。蓋芝龍使其部曲楊耿為之也。
時曠昭巡撫江西，而清將劉一鵬統數百騎至南昌；牌先至，昭即命士民出迎，而身自扁舟遁去。江省風靡，獨贛州不下。帝命太僕少卿萬元吉、左春坊左庶子楊廷麟等協力守贛，措置有方。蘇觀生請帝出關幸贛州，廷臣亦章滿公車，僉謂贛居山川上游，豫不能仰面攻；且左為楚、右為閩浙、背為粵東，足以控制三面，使四方豪傑知朝廷有恢復大計也。帝亦欲躬履行間；鄭氏方欲挾帝以自重，力以缺餉沮之，不報。觀生遂先赴南安，帝親於殿門祖之。
帝幸國學，祭酒賴垓進講。三品以上官坐聽，其餘侍；圜橋觀者如堵。
時鄭氏無經略之志，而江西義旅響應。二十二日，遂命黃道周以師相出關，募兵聯絡江西，救徽、援衢。道周慨然自任，曰：『立君以救民，吾之素志。今主上親征在即，分道而進，滅寇復仇，機會難失。我為大臣，寧惜以身先之；庶人心有知，不至泄泄也』。當時餉缺，自辦一月之糧而往。芝龍竟不與一錢，帝惟給以空劄付百函為行資而已。因加鴻臚寺序班趙士超兵部職方司主事，赴黃輔臣軍前監紀。士超字玄卿，閩縣人。祖榮，正統初，授中書；英宗北狩，兩使沙漠，歷任二部尚書。後以討曹賊功，蔭一子世襲。士超雖諸生起家，夙有才幹；輔臣一見深相器重，故特疏薦之。士超見兵餉寡少，遂傾餘橐得千金，募壯士百餘人。其父璧，官防海參戎；且力贊成之。士超遂偕壯士而行。
道周既出，何吾騶至自廣東，用為首揆；錫以銀章，文曰「輔佐中興」。
八月初四日，頒刻「皇明祖訓」及自制登極、親征、監國三詔於各郡王鎮國將軍，賜白金十兩。初五日，命天興府重鑄「福建等處承宣布政使司」之印。初六日，命中書頒敕書一道、旗牌八面於前軍都督府左都督鄭芝豹。命禮部頒「祖訓」五十七本於內閣六部諸臣工，務令熟記遵行。大學士林欲楫等表謝云：『聖祖開天，方策軼鼎彝之重；神孫繼統，羹牆憑琬琰之垂。用孝作忠，昭哉嗣服；以守為創，允矣中興！恭惟皇帝陛下（校者據「思文大紀」補），天符握赤，聖略凝玄。練五色石而補鼇巔，白水啟宛城之駕；起半壁天以息龍火，黃衣耀閩海之祥。世統上纘高皇，並道統亦同一揆；治法遠紹開代，即心法可以萬年。刻成「祖訓」一書，遍賜臣工百職。或治內、或制外，篇篇蕊笈琅函；若緯武、若經文，字字禹圖軒鼎。宣威布德，自宮禁以逮夷蠻；杜漸防微，由藩封而及政府。煌煌大冊，曄譁洪謨。九重方且率祖訓以攸行，多士亦用秉文而覿德。此真凝興朝之永命，而肇一統之洪休者也。臣等念切憲章，身慚文獻！圖呈金鏡，欲勒貞觀政要之編；名企玉書，竊陋汾水大風之制。伏願聖不自聖，新又日新！因時制宜，聲為律而身為度；得意忘象，口成文而筆成書。則訓行且遍臣民，而顯承益光謨烈矣。臣等………』云云。
敕錦衣衛堂上官曰：『國家新創，禁門啟閉，一以更定（校者案：據「大紀」當補「漏盡」二字）為期。朝日，大臣許帶三人、小臣許帶一人；其直科抄疏諸臣，各帶十人。鐘鳴之時，俱於午門外伺候。如有青衣、小帽雜於班聯之後、或借用僭戴冠帽者，即行拿究；各官護短爭執者，並究。各官應帶牙牌，工部察奏』。又敕工部修理後殿垣牆低缺處，以肅清禁地。
時浙江塘報：靖□伯黃蜚在湖州屢經破敵；特改造銀印賜之。
初八日，丁祭。先期，命太常寺卿曹學佺詣文廟供辦陳設各項事宜，恭進祝版，候填御名。至期，遣大學士行禮；啟聖公祠，提學御史行禮。
通政司左通政周汝璣恭進二祖聖容暨勳臣六人真像，溫旨答之。
戊子，禮部請例應致祭太社、太稷。時以大雨故，宮中具衣冠遙拜；命定清（校者據「思文大紀」補）侯鄭鴻逵恭行代攝。
諭太常寺設鼓於宮門，如遇祭期，鳴鼓三通，以示諸臣齊集班聯。
欽天監恭擇十八日丁酉，與聖誕「壬寅、乙巳、丙申、丙申」丁與壬合、乙丙丁相會，為日月星三奇照耀大明之象；允宜聖駕親征，大張九伐。
著禮部給事中陳履貞至郊外欽迎平夷（校者據「大紀」補）侯鄭芝龍，問其途中勞苦；准休沐一日，即來勤政殿召對。以兵部右侍郎唐顯悅協理戎政，給以敕諭、關防。
欽天監奏進新曆，敕下禮部速刻頒行。
惠州流賊袁王總殘破武平、上杭二邑，檄定清（校者據「大紀」補）侯標下將官黃廷等統兵（校者案：「大紀」作『平夷侯標下將官黃延等領官兵二千八百名』）前往協勦，仍敕撫臣劉柱國相機調度，毋致蔓延；事平，破格酬功。
是月，粵西靖江王亨嘉自稱監國於桂林，號桂林為西京。初，靖江篡位自立。其後，嫡嗣及其宗二十餘人上疏告訐，天、崇兩朝迄無寧歲。王厚賂朝貴，以故輒直王而下訐者於獄。南都建號，王表賀登極；因偽奏全、永、連、三州皆為土賊所據，撫按匿不以聞。又南都陷，王遂睥睨神器。以總兵楊國威為大將軍、推官顧奕為吏科給事，臬司曹燁等皆俯首聽命，推置僚屬。會閩詔至，不受。將發兵至梧州，撫臣瞿式耜移書總制丁魁楚為備，且檄思恩參將陳邦傳防梧，又止狼兵勿應靖〔兵〕；於是以大義啟靖江曰：『兩京相繼陷。大統懸於一髮，豪傑睨睨逐鹿。閩詔既頒，何可自興內難為漁人利』？靖江怒，遣桂平道井濟促式耜入桂，弗應。未幾，靖江提兵至梧，式耜堅坐梧城。靖江謁者促式耜朝，式耜曰：『王也而朝，禮也』。謁者曰：『易朝服』。式耜曰：『王烏用朝服，以常服朝，禮也』。靖江知式耜不可奪。一日，迓式耜語。式耜未及靖江舟，忽拽上一小艇，靖江宦官門正劉應科羅之，護衛指揮曹升持刃加式耜頸，逼巡撫敕印；式耜曰：『敕印可刃求耶』？桂推官顧奕遮式耜項拽過數舟，數仆數起。式耜坐，神稍定，曰：『我朝廷開府重臣，若欲為帝，曾廬陵漁戶之不若矣』！靖江假撫軍令，入署索敕印；撫軍家人疑有變，奉敕印惟謹。靖江實慮西撫與東督應，而西撫情形已達數周，促兵之羽飆馳矣。靖江乃用小艇挽式耜上桂，塞其艙竇，不令見人，但聽水石灑灑聲。至桂，閉於王邸。式耜日凝坐，不與諸靖人語；王邸人進食，式耜未嘗食也。先是，五月，式耜知靖江必有變，先遣標官徐高至桂察王動靜，高幼子得出入宮中。至是，得進饘粥云。高後為坐營，掛制勝將軍印，永曆四年（清順治七年）殉始安王難者也。式耜以隆武之立也非序，故不勸進。且素防靖江有變，處之泰然。而式耜夫人邵晝夜啼泣；因遣家人周文賫疏至閩，賀帝即位，並乞師曰：『嶺表居楚、豫上游，嶺表失，則豫無所憚；楚未得通，天下事益不可為矣。臣式耜朝以死，則粵中夕以亡，豈惟一省之憂』！因陳靖江形勢有必敗狀。及靖江挾式耜而西，將逼廣東。九月，丁魁楚、陳邦傳討靖江，敗之。靖江返桂時已深秋，式耜猶著單紗衣；靖江送飲食及衣，俱不受。一日，趣式耜撫軍令調狼兵；式耜曰：『戴罪之臣，曷可蒞戎事』！瞑目不食，求自斃。諸靖人畏之，送居劉仙岩，距桂城五里許。靖江以符調狼，狼不應；外兵且急，復迓式耜入，請還撫軍治。式耜曰：『戴罪之臣，曷可再還撫軍治』？送敕印至，式耜免冠南面拜而受之；諸靖人為懾然，復請蒞撫軍事，不答；日使數往返。薄暮，還撫軍治，城中人士始帖然。時湖南列校宣國公焦璉為總鎮，楊國威旗鼓知所事非正，陰歸撫軍，撫軍授之計；會陳邦傳兵亦應檄至，璉夜縋城下，入邦傳軍，復絙邦傳上城，陴守皆璉兵，隨擒國威、顧奕等。五鼓，攻靖邸。戒軍士第擒靖江，以安人心；他無擾。厥明大定，誡兵將除蠱惑靖江者數人外，無侵株。
特諭：『守困恩官路振飛，非僅一時豆粥、麥飯之感。察訪莫過，晝夜為思。能訪致者，賞千金與五品京官』。於是吳江縣諸生孫可久（校者案：「可久」，「大紀」作「久中」）上言：『昔曾聞其寓於洞庭，蹤跡可據，願往訪之』。是冬訪而得之，立授可久都督府經歷；振飛入閣辦事。振飛第三子年十七，入朝，賜名太平；授錦衣百戶，改兵部職方主事。尋轉廣西按察司僉事；後奉敕升撫，適丁父艱南歸，與其兄居洞庭東、西兩山之間。
十一月，原太子少保禮部尚書翁正春孫男，進伊祖所藏「國朝實錄」一部，自高皇〔帝〕至莊皇帝十有二朝。
帝親餞太子太師肅虜（校者據「思文大紀」補）伯黃斌卿，授以印劍、敕書，復賜銀幣。文武羅列郊外餞送，軍容整肅，觀者夾道。敕書有云：『一統不全，即朕不孝；三吳未復，即卿不忠。盼望我孝陵，羹牆如見；可憐我百姓，湯火曷歸』！復製詩以送之曰：『朕今伸大義，卿任董恢征；寸心達聖祖，一德壯留（校者案：「大紀」作「神」）京；將廉天地祐，恩遍事功成。終招封勞報，君臣共治平』。鄭鴻逵於餞送時，解所束玉帶贈之。
十三日，冊立皇后曾氏。詔曰：『朕惟乾坤合德，風化之方圓攸在；日月儷體，生物之健順所彰。自古君必立后，所以承祖廟、裕後昆，建極於萬方者也。朕賴文武、臣民不忘高皇帝聖澤勸進，紹統中興；於前（閏六）月二十七日卯時即皇帝位於天興府南郊，恭即祭告祖宗，謚唐國高、曾、祖、考四代，親上洪號後，即於是日謹遵祖制，欽命朕元妃曾氏為皇后於宮中。顧念時事倥傯，冊寶、冠服未備。同朕登極之日雖加中宮之稱，然立后大典，朕亦何敢草率而行。於是申令禮部爰稽舊章，擇吉於今日辰時，朕親御冕袞，祭告天地祖宗御殿，遣差勳輔大臣平夷（校者據「大紀」補）侯鄭芝龍持節、定清（校者據「大紀」補）侯鄭鴻逵、內閣輔臣蘇觀生、朱繼祚各捧冊寶、冠服，立元妃曾氏為皇后。即於是日追封后父江西南昌府府學廩膳生員曾文彥為吉水伯、后母何氏為吉水伯夫人。皇后自十九齡作配朕躬，荷蒙毅宗皇帝於崇禎五年六月初三日遣官揚武侯薛濂、兵科左給事中許世藎持節捧冊寶封朕為唐王、皇后為王妃，同日拜命。十餘年來，皇后忠敬貞淑，與朕同修嘉行。朕性時有過剛，皇后婉贊，補益弘多。至同困苦八年，割股再延朕命。皇后之賢，遠不愧高、曹、向、孟，近無忝於孝慈祖后。朕恭承天序，明運中興；朕為天下報祖之君父，皇后為天下忠君之母儀。朕託內助於法宮，並示懿軌於億兆。傳不云乎？「陰陽和而雨澤降，夫婦和而家道成」。皇后（校者案：「皇后」，「大紀」作「大臣」）其明敷五教、播訓三從，四海同遵王化，萬方共仰皇風；華夷隨唱，稱朕意焉。布告天下，咸使聞知』。十四日，百官進賀中宮表。百官命婦進賀中宮，禮官引進行在宮外，候駕到鳳輝堂升座，請旨，乃允進宮；於內勤政殿依序行一拜三叩頭禮，名曰「拜殿」，才到內太和殿朝見中宮。一品、二品賜宴，三品賜茶，四品以下免待（校者案：「大紀」「待」作「侍」）。
賜平夷（校者據「大紀」補）侯鄭芝龍長子國姓，名成功；即芝龍妻日本女出也。成功原名森，於弘光時入南都太學，聞錢謙益名，執贄為弟子，謙益字之曰大木；丰彩掩映。及帝建號，成功時年二十有一。入朝，帝奇之；芝龍因是唆帝賜今姓名，總督禁旅，以駙馬體統行事，封忠孝伯。每帝意所向，成功輒先得以告芝龍。由是，廷臣無敢異同者。
初，帝之未至閩也，建昌告警，邵武知府吳文煒、推官朱健咸移眷屬出署。至是，彼此不和，乃互訐。帝以其守土之官，不能安輯訛言，反至倡逃，罪不可原；吳殺而朱絞。
廣信知府解立敬碎牌拒敵、鉛山典史周寅生死守孤城，咸加級銜以旌異之。謚榆林僉事郭應響為「忠烈」，贈太常卿，附祀西郊二周忠烈祠。
敕禮部鑄靖夷伯印，賜方國安。
追謚學士陶安為「文端」、少卿李習為「忠恪」，從內閣中書舍人陶光翔請也。
午時，召對淡溪王並諸子及奉新王四姪。
始議行保甲法：閩縣一百八鋪、侯官一百三十二鋪，令各戶自備利器以戒不虞，並互察奸宄。逐鋪換補柵隘，十家設一儲水具，以防火患。張肯堂為巡撫時，嘗行是法；至是，再重申之，故有是命。
工部營繕司造寶纛一座，中繡文曰「天子之命」。
敕上游撫臣吳春枝速移駐邵武，以確探虔中消息。時傳聞虔撫李永茂先具舟移眷屬駐粵東境內，且與軍民不協，訛橫日聞；宣言寇至之日，反戈相向。閣臣林欲楫、朱繼祚、蘇觀生密以為言，令吏、戶、兵、工四部會議虔事。吏部尚書張肯堂上疏救之，尋得溫旨。
臺州魯王不受詔，相見陳兵。賜肅虜（校者據「大紀」補）伯黃斌鄉上方劍，令統水師，於八月初二日從福寧出甯、紹、金、衢等處，合兵進勦。斌卿莆田人，先以禦倭功，叨世廕；旋以水戰功，又叨世廕。臨行，懇請移廕；乃敕諭之曰：『功成且帶礪茅土之是酬，乃先朝應與之恩廕而不與卿乎？卿兩弟，准即襲職金吾；卿子二人，朕為改與欽名：長曰世爵、次曰世勳，以兆卿家世世昌盛，為我中興世臣之意』。
以兵科給事張家玉監永勝伯鄭彩軍，命兵部多給劄付，以為家玉鼓舞人材之用；不宜吝、亦不宜濫，濫則人視之太輕，弊且有甚於吝也。家玉東莞人，號芷園；崇禎癸未進士，改庶常。甲申闖賊破京師，家玉抵書罵賊；賊縛之，使兩武士夾之，問以故。家玉年少貌秀拔，聲巨辭辯。賊歎曰：『吾殺此曹多矣，臨死澌戰不能作一語；未有若此人者』。竟釋不殺。家玉慮不得脫，乃偽為文譽賊，乘間南走金陵。會柄國者方借周鍾等案以傾東林，而家玉與鍾同館，又出周文民鳳翔之門，益惡之；竟羅織削籍，居錢塘。及與總兵鄭鴻逵、副使蘇觀生等奉帝入閩監國，以家玉為侍講。至是，遂兼兵科，使監彩軍。彩駐邵武，家玉先驅抵廣信。時益藩方潰圍而出，建昌遂陷於賊；南豐、廣昌亦獻冊投降。撫臣具疏認罪，且言『楚督何騰蛟集兵三十萬、拓地數千里已至荊、岳，憐臣夙昔之交、聯絡之義，以見地、見兵待陛下之用。然陛下之所以用騰蛟者，必由建、贛始達星、沙；若不函出勁兵救還建、贛為通達湘、楚之路，使賊得襲二郡而據之，則騰蛟隔在異域，即有強兵壯馬、廣地豐糧，聲教不及，何由為陛下用乎？一絲千金，所關極重；惟勿以臣言之瀆，遂棄天下重也』。帝遂於二十八日，先發御營右先鋒永勝伯鄭彩統大兵由杉關援應虔撫。
斌卿既出，道遇撫臣楊文驄慶賀發極章疏，並繳鎮東伯方國安、總督朱大典、東陽縣諸生趙忠楨各札與文驄者。斌卿為上之；乃諭內閣撰敕書各一道、禮部鑄關防各一顆與撫臣楊文驄及子鼎卿。敕諭文曰：『爾夙負英才，博綜多藝；朕在京口屢相接對，深所面悉。數月以來，頓成奇變（校者案：此下「大紀」尚有數語）。靖虜奉朕間關至閩監國登極，力肩危統，誓惟勤民雪祖，焦勞晝夜不遑。錢塘遇鼎卿，朕以故人之子待之。元勳鴻逵前後奏朕：浙東賴爾先弭未萌之隱害，復振久氾之人心；朕大悅慰，業即欽授爾以兵部侍郎，職理浙東；鼎卿亦進宮銜（校者案：「大紀」作「官銜」）。今覽奏賀並詳敘吳越情形，則爾父子則朕之大耿、小耿矣。雲龍風虎，各有其時；丈夫相厚，豈有已乎！其益懋厥績，協同勳輔，先清東浙之塵，繼掃臨安之寇！朕若早見孝陵，定許破格酬報』。文驄賀表有云：『一人有慶，新開一統之祥；八郡無疆，大普八紘之瑞。正值隆華之伊始，寧云劫運之方終！慶洽華夷，歡騰朝野。蓋自統肇神堯，必以陶唐為祖；功開神禹，還從明德興基。淮水戈橫，寶劍直開新日月；滁陽鞭指，鐵衣重換舊江山。掃電轟雷，當年奏捷；櫛風沐雨，屢世辛勤。三百年德澤在人心，比於商、周，咸謂過矣；十三宗太阿由己手，賢於堯、舜，不亦遠乎！兵農禮樂，本朝之軌則實詳；內外華夷，大明之疆界自整。時當末季，邊防撤而胡馬渡彼陰山；禍至近郊，朝政濁而蛇虺噬乎上國。抱有君無臣之痛，三策何人？深出此入彼之悲，兩京胥沒！王綱掃地，帝統在天。茲蓋伏遇皇帝陛下（校者據「大紀」補）乘乾御宇，撥亂救民。萬載瞻依，兆協白水真人之地；六龍驂服，祥起赤伏帝子之靈。日生滄海，浴玻璃九萬里而神龍出；雲幙武夷，開錦繡五百年而王者興。地裂天崩翻聖水，幾至於六宇無民；雲興霞蔚過錢塘，因之而八方得主。克勤克儉，大禹之無間然；至孝至仁，周文之有敬止。似三犁倏清夷（校者據「大紀」補）穴，向北揮鞭；如百川爭赴谷王，在東立極。黃龍痛飲、腥羶掃淨，比周武王之甲子更自昭明；白鳳鳴岐、肅穆重臨，想漢光武之乙酉於今為烈。臣資本駑駘之賤，謬司虎豹之關。然志本報韓，子房之椎未墜；奈天不祚漢，曹沫之恥空存！念此膝一屈不復伸，敢斬賊（校者據「大紀」補）頭南走越；雖寸心既枯猶不死，願隨馬足北吞胡（校者據「大紀」補）。況春從天上，袞衣曾錫翠雲裘；香自日邊，瓊食共分青玉案。當此彌天負罪，賴龍文待以不死之科；若使隨地自全，俾羊裘得遂再生之日。感極而十行俱下，喜深而五體齊捐。伏願乾坤再造，水犀百萬下蛟門；南北並收，熊羆一聲還鳳闕！採薇作頌（校者案「大紀」作「誦」），慶中國之有聖人；天保興歌，即外夷知戴天子。卜年卜世，從茲為有道之長；永福永康，自此賀無窮之曆矣』。
十五日，帝於午門外以親征事祭告天地。駕回升殿，行常朝禮。十六日，祭告太廟。十七日，禡祭。命工部造大銀斧鉞四把；柄端龍頭、柄末龍尾，鉞端龍口吞珠、柄纏金龍，其長五尺。十八日，駕出洪山橋，餞正先鋒鄭鴻逵、副先鋒鄭彩。帝親御甲冑，登壇授鉞。先鋒率諸將士跪聽號令，叩頭畢，遂按部伍建旌旗、鳴金鼓，揚兵就道；執鉞官在先鋒前行。帝乃解甲冑，御翼善冠袍，回駕。是日，方授鉞而大風雨，吹臺上所懸匾墮中鉞柄，折為二；太祖神牌亦倒，三軍失色。而先鋒啟行，更有墮馬之兆。
中宮懿旨：令司禮監覓女廚十口，務要選備精潔婦女；用價平買，不許勒騙。帝竟卻之曰：『不可輕選，失朕大信。朕寧自苦，以慰民心』。
十九日，遣平夷（校者據「大紀」補）侯鄭芝龍詣太廟、宗廟行禮。「會典」：皇后將謁宗廟，致齋三日；齋滿，皇帝先遣用牲牢行事，告以皇后將祗見之意。茲立後已五日矣。二十日，皇后廟見。二十七日丙午，祀天於南郊。
嚴禁水口驛立膳夫名目，令居民津貼。
監察御史吳春枝糾劾不職邵武通判陳王謨、古田知縣吳士燿、汀州（校者據「大紀」補「汀州」二字）知府王國冕；奉旨：『各官贓私可恨，皆紗帽下虎狼也！若不嚴懲，民生何賴？都革了職。該撫速解來京究問，追贓充餉』。
命兵部主事徐州彥，頒詔於四川。州彥，重慶人，初為光澤令，以墨聲下獄。登極宥罪，授以駕部。捧詔入川，贈川撫陳士奇、兵部左侍郎，廕一子入監讀書。士奇，漳浦人；字弓甫，號平人。富於文藝，言論侃侃。天啟乙丑，成進士。當成都破時，士奇已交代出署，猶罵賊不屈，身被百創，磔死階前。蜀王同日被難。至是，贈卹焉。
浦城百姓請留縣令鄭為虹，有「十不可去浦」之疏；命御史察議。後以為虹為御史，巡仙霞關。
敕史部云：『方今中興事重，政務繁多。惟舊輔黃景昉受簡先帝，敏慎弘亮，才堪救時；舊輔高弘圖直道壯節，望重具瞻。即著該部補本起用，仍著中書舍人陳翔遵旨敦聘』！
命御史林蘭友巡按江西，敕書關防諭之曰：『爾此行，著顯破情面，明豎擔當，大展忠猷；令人指之曰：如此行事，方是中興之驄馬；如此激揚，方是天子之法臣。爾是朕親簡之臣，爾之不善，即朕不明；爾之有為，亦朕善用。江民憔悴於貪政久矣，切切。以朕「先教後刑、先情後法」八字行之；又八字，曰「小貪必杖，大貪必殺」。真能代朕行此十六字，始不負人君耳目之寄。根心而行，休說慌話。至諭切諭！想著記著』！
敕諭內閣：『陳燕翼既改翰苑，朕身監國登極兩月，政令全無紀載，後世何徵？即著燕翼專理中興史職，同協理史事劉以修輪直和衷堂，與聞機務，以便編摩。即日傳行入直』。
吏部左侍郎王志道進「本朝實錄」。
發銀牌一面，令吏科都給事陳燕翼頒與本科給事中掌印朱作楫，旌其直言。
以何九雲為編修。九雲，字舅悌，晉江人；癸未進士，選庶常；大司空喬遠之子。文行俱優。王兆熊劾其從逆，塚臣曾櫻疏薦之。有旨云：『九雲名家子弟，有品有學；兩京日期甚明，何得一概牽詆！即著湔洗冤情，速令前來供職，纂修「威廟實錄」。不得再有託陳，不許人言再為誣蔑』！
召對閩縣八十五歲老人周良屏於便殿，訪地方利病，稱旨。
考選推官周之夔，御批其對策云：『之夔此作，畢竟是老作家；學識兩到，尤堪詞林之選』。即以之夔為翰林院編修。
以太常卿曹學佺署翰林院事國史總裁，專設蘭臺館以處之。
吏部主事王兆熊舉十義士林化熙、張倫、黃弘光、姚毓靈、梁春暉、張伯彥、姚毓震、薛濱、陳邦良、陳洪謨等往富室大家倡義勸輸。帝以國用不足，從之。再諭十人：『當體王兆熊為國真誠，不得一毫錯負！功成日，從優議敘』。
贈川撫邵捷春兵部左侍郎，予祭葬。捷春，字肇復，號劍津；侯官人。萬曆己未進士，歷官四川副使。時獻賊作亂，省城有謀內應者；捷春緝獲奸細宗人某某，保全闔省。蜀王疏薦之，遂超授巡撫。適與同年督輔楊嗣昌議論不合，索餉甚力，答曰：『吾兵吾餉，僅足辦蜀』；遂失嗣昌意，特疏糾之。緹騎入蜀，蜀民擁泣不與開讀者月餘；復率百餘人伏闕，蜀王公疏繼之。捷春面諭百姓曰：『豈有王命而可以私意請者？爾輩為此，吾罪愈大矣』。乃與緹騎謀約私遁。至半路，始得開讀就逮，緹騎亦憐其冤。抵京下獄，遂飲藥卒。是時長子明俊上疏鳴情，特加贈卹。明俊因助餉銀三千兩，帝錫以金匾曰「義冠閩臣」，復拜官武選郎。諭吏部曰：『公道，天地之元氣，無時不流注於兩間。惟在朝廷則治、在草野則亂，好惡合則安、是非分則危。朕覽邵捷春撫蜀群情號呼事節，為之愴然！雖近來飾說紛紜，究竟真假難昧。奏內捐助三千並求雪父冤，雖孝子之用心，豈古今之通義！邵捷春若情真罪當，則雖百萬赤金豈可翻案一字？若實蒙冤，則朕為天地神人之主，前後百世之公道，亦朕分所當明；況近事乎？況明臣乎』？
史科都給事陳燕翼因賜「旌直」銀牌於朱作楫，〔作楫〕遂陳十事疏曰：『臣以崇禎甲戌進士，筮仕廣東程鄉縣。六年行取，苦無資斧，不得抵京。不得已，乞丐於一、二同事故人。逡巡後至，遂稽初次考期。壬午十一月，寇薄都門，始獲先帝召對於德政殿。寒月霜夜，燈燭熒煌。遭遇先帝聳身案外，視臣者再、問臣者三；果脯茗酪，捧出大內。至今念之，五情空熱。然猶為權奸所扼，僅循次補工垣。時周延儒柄政，爵列恩幸咸出其門。臣疾其所為，自春徂冬，不肯投刺一謁其面。入垣，即極言其賣官鬻爵，並羈縻薊督陰脫門生范志完縱寇入口之罪；同列咋舌。聞諸閣臣：先帝日置臣劾疏袖中，徑不發票；其念臣至此。其得不與熊開元杖者，開元言顯而臣言隱耳。然終以建言決汴不應敘功，力駁臺臣黃澍之疏，票擬處分。計臣爾時在垣，不過五月。然臣雖謫，而先帝猶手臣疏，目視延儒。爾時閣臣吳甡等、塚臣鄭三俊、憲臣劉宗周等咸是臣議，或有謂慷慨陳言、亟攄忠憤者，或有謂其真孤鳳之鳴、勝讀「出師表」者。臣奉使抵家，塞胸直氣，道路榮之。無何，里中縉紳之禍起，通國縮朒；臣以諫垣餘氣，折衷直言，幾遭捃摭。今顧瞻里中，尚不免談虎色變，是臣之直言不敢行於臣里者一也。臣以癸未仲春抵里，甲申之變天地反覆，豈意自全。無何，南中臺省祁彪佳、李沾等交章薦臣，荷聖安皇帝起臣原官。臣賜環於七月，入朝於十一月；先後局面，判若隔世。遙想當年論澍，偶出一時意氣；豈復意澍後來有借題翻身、回身皈正、抗阻王命一事，前後公案各分兩重。聞今歲舉兵東下，過師滁陽（校者案：「大紀」作「池陽」），搜索舊銓鄭三俊不遺餘力；蓋三俊亦嘗劾澍者。觀其搜索三俊，計必不肯忘臣。言官論事自其職掌，豈意當年殿上之爭，遂貽後來舟中之敵！親識家族，相持為戒。是臣之直言所不敢行於朝廷者二也。陛下龍飛海甸，每事留意臣科。凡奉「該科記著，再會核議」之旨屢矣。臣雖頑鈍，人非木石；寧不感奮！然其所遴者，率強半臣里中人；宦情如火、媒（校者案：「大紀」作「躁」）進如飴，片言彈駁，即恨深寇讎者也。猶憶賫捧之役，陛下欲核用一人；臣聽憑部議，半字未加。邇來蒙恩得意之後，遽修前郄，扯臣殿廷，裂帶批頰。臣於此舉未著片字，猶橫遭侮辱若此！若其（校者案：「大紀」作「真」）言之，禍起旋踵。是臣之直言所不敢行於朝廷者三也。然雖如是，臣竊觀陛下兩月來用人行政，臣未嘗不頃刻憂心及之；出止游衍，未嘗一刻不在陛下左右而冀效忠於萬一也。臣猶憶宋臣蘇軾之告其君及之；出止游衍，未嘗一刻不在陛下左右而冀效忠於萬一也。臣猶憶宋臣蘇軾之告其君曰：「陛下求治太急，聽言太廣，用人太驟」；臣少學蘇氏、師其忠鯁，竊不自揣亦以此言進陛下。精神意量，可以囊括海內；學問文章，可以灌注百王；機權驅駕，可以羅絡高光。所願少進者，「重」之一字耳。論語曰：「君子不重則不威」；老氏亦云：「重為輕根，靜為躁君。君子終日行，不離輜重；雖有榮觀，燕處超然」；周易曰：「君不密則失臣，臣不密則失身；機事不密則害成」（校者案：此下「大紀」有『君子知微、知新、知柔、知剛，萬夫之望十四字）。凡若是者，言皆不貴示人以太盡，而使邪佞輩為可測也。陛下撫有六合，權借閩中為漢中耳。普天推戴，悉王悉臣；何分厚薄，何論遠近？先後凡為人臣斤斤道推戴者，為梯榮計耳；君子薄之。臣竊意此後凡「擁戴」與「同盟」字面，雖陛下厚恩不忘故人私語，然規模已狹，且近文士習氣，不宜數出帝王口中。臣之欲效忠者，一也。定清（校者據「大紀」補「定清」二字）勳侯一見決聖（校者案：「大紀」作「策」），奉駕來閩，使明朝再造，海國奠安，不受兵革；功在社稷，伊誰之力！然尚餘後來一步，為恢疆復仇之舉，始覺竿頭著（校者案：「大紀」作「更」）進，圓滿無恨。今日報功，似當稍留餘地，微寓「持盈保泰」之意；使延世勳臣有百年億世之量而後氣局悠長，可與帶礪同久。臣之欲效忠者二也。祖宗用人必由部銓，而陛下自行票擬，銓部反覺無權；一人之身倏用、倏舍、倏重，倏輕。夫人之材質，生下已定；非有裏背旁側，可任那移塗改之理。今一官安頓，或至數易，果其為人擇官，抑真如不得已？使營進者咸起躁心，而掄材者轉無持操。遐邇觀聽，所窺至微。臣之欲效忠者三也。古之帝王，或起徒步、或起中葉，然其初政大端，率不過發一二言、行一二事、用一二人，傳之中外而天下已服矣；源源來歸，絡繹踵至，不在多也。今陛下新政美不勝書，仰窺聖意，直欲以三五盛王數百年所不及措手之大業，而數月了之；其摶捖規局，真可目空今古。然時會機緣、緩急先後，詎能一一應手？如一事未當，多益為累。臣之欲效忠者四也。在昔光武起事南陽、肅宗即位靈武，慮皆於草莽中立國，惟是君臣上下摶心戢志，專意治兵；度于他務亦皆不暇旁及。今漫漶數時，似皆以升官雜務耗其專營，而於用兵吃緊時日，反坐無事。甲裏匪頒，物力亦為減汰。臣之欲效忠者五也。先帝勵精十七年，值邊寇交訌、中外多故，屬望廷臣鮮有當意者。於是不得已而旁求之，保舉、換授、特用、副榜等科明經選舉幾半天下，欽授破格差擬國初。而究竟邊腹行間、賜劍秉鉞俄頃驟貴之徒，迄未有半人隻士出乎奇傑如古班超、陳湯等輩翻空（校者據「大紀」補）絕域、塞應明詔者。而反以苦心輕信之過，為人所用。方面大耳、美髯豐下者，即為將材；舌滑唇油，走空如騖者，即為邊料（校者案：「料」，「大紀」作「材」）。
金繒顯列，糜費無算；言之痛心。陛下試觀從古皇皇汲汲乞官求進之中，豈有真品！南陽高臥，惟恐人知；東山捉鼻，相戒不免。尚能勉強一出，差有所立。今流品混淆，攪同油面；辨析切（校者案：「大紀」作「窮」）研，如鏤空彩。無已，亦惟擇精良無偽、踏實硬做者，假以歲月、寬以文網，庶幾積久自見成功。其紙上鋪張、口中誇大者，悉不可聽。臣之欲效忠者六也。吏道以貪廉為歸、臣節以順逆為案，計典間雜私怨是矣。而祖宗深意，豈因以一二概許全翻。北案或有傳疑似矣，而先皇精爽，決不忍以賊孽重汙聖化。近日南都馬士英、阮大鋮、張孫振輩（校者案：「大紀」作「馬士英、阮大鋮、陳鑑、張振、劉應賓輩」）借四鎮以挾制朝廷，翻盡計典、用盡從逆者而國隨之。當時臣具有「中興政自可為，人心不容壞盡」一疏，醜詆已甚。而若輩掩耳盜鈴，不恤也。已事無及，可為哽噎。若是者，非欲陛下誅既往，但欲懼將來耳。不然，是乾坤之兩番改易倒置，而祗為群奸諸不逞者燃灰起用之地，無怪乎有識痛恨者謂「南北兩陷，皆諸奸黨怨望失職，利其深入以為自己出頭伸眉之日」；非過論也。臣之欲效忠者七也。自五月逆寇（校者據「大紀」補「逆寇」二字）渡江以來，雖所在蹂躪，而浙直、江右等處士紳、百姓亦皆各有義聲，發憤破產、募兵舉動；差足振醒群情、倡激忠義。而閩以乘輿所在，自二勳、二伯、閣部先聲之外，別無一旅足以佐發中軍；一錙一顆，皆仰給朝廷。簡髮而櫛、數米而炊，竊竊然幾成市道。夫江右之與兩越，譬之人身，則亦今日行在京師之兩臂也。一臂痿痺，則置之而□若罔聞；一臂靈活，則用之而惟恐不敝。萬一右臂不仁，左臂其能起乎？臣竊以今日團練鄉兵一著，在在郡縣所宜專責一人，著實舉行；而上游與近京城鄉，尤宜全力飭治，以緯官兵所不及。凡所在街巷、村落，責令公舉一頭目，人自連結布置，如捍怨敵；庶幾先聲可奪奸魄。不然，貪日前官爵近便之可樂、鄉居室家三窟之可戀，而先後糜爛究竟同觀，淫掠焚屠遐邇不免；此在眉睫，顧諸臣不察耳。先臣董應舉有云：「殺運將至，人心先愚」；惟大聖人起而救之。臣之欲效忠者八也。桐江一絲，繫漢九鼎；計其時高風未播，亦不過富春一釣徒耳。試之以事，安知不與樊英、殷浩同譏。惟爾時漢主客之，列諸外臣，使之高睨千仞，以陰助王化。夫以帝王之勢屈官一故人，何啻雀之適羿，而孰知東漢之所得者為已多乎！方今廢籍白丁，所在城市；乞墦登壟，投拜門牆。苟負人形、粗識句讀，或能雇倩代筆上疏者，咸思攛掇做官；一隅幾何，堪此橫溢！即如中書舍人，唐制：以為宰相宣麻先兆，何等貴重？而今販夫傭隸，皆得隨意濫叨。諸如此類，不可枚舉。爾時南京有「都督量成斗，職方滿街走」之謠，可為痛戒（校者案：此下「大紀」尚有兩聯）！士人惟負此一具骨氣，頂天立地；若其平居不能自勝於利祿富貴，又何怪其一遇寇賊，靡然屈膝！目今開國之初，承兩朝末流、廉恥頹喪之後，似宜首以濯磨士大夫氣骨，為復仇先務；不然，未有不能有恥而能不辱者。臣之欲效忠者九也。我朝（校者案：「我朝」下、「尊禮」上，「大紀」尚有十八字）尊禮孔、孟，使人緣帖括之陋，以親見聖賢；階制科之榮，以擔荷學脈。所以列聖朝真儒輩出，如河東、崇仁、餘干、新會、姚江、泰州、盱江、吉水諸賢（校者案：此下「大紀」有『間出於時』句），鼓吹休明、揚扢聖化。其服官、居鄉，一切不苟，而超然自能勝於塵垢之外；出處、窮達，各成本領。神宗中葉以後，學脈寖微；然猶若曉燄辰星，耿然未散。自魏忠賢焚棄書院之後，士大夫相戒不談，而斷然以濡首利欲為安心立命之奧。其高者，乃以氣魄聞見、空慧雜毒當之；然施之世道人心，遠不相中。臣竊觀陛下洞達昭融、淡泊確苦，安如窮士，誠有得於光明緝熙之學（校者案：此下「大紀」尚有數語）。此時人間機械、沉溺、蔽錮已深，一旦驟與之證顏、思之傳，格格難入；第於孟子「浩然」、曾氏「反身」處指其入路，揭之以一「誠」，庶有救正。昔劉安世學於司馬、張九成致於孝宗，惟此一字。朱熹亦云：「吾平生所學，惟正心誠意四字；豈隱默不以告君，後世迂之」。然當時張德遠輩，實用此四字不著。嗟呼！今日君臣上下皆能克己去私、實實體此四字而有不能滅賊（校者案：「滅賊」下，「大紀」有「破逆」二字）者，臣不信也。臣之欲效忠者十也。凡此十事，臣懷之兩月來積誠欲獻，徒以日不暇給，憤鬱至今。茲因陛下「旌直」之舉，內愧不安，集而上之。伏惟陛下赦臣「字數踰格冗長」之罪』！御批答之曰：『所奏十事，國勢（校者案：「大紀」作「是」）、人心無不洞悉；直中興第一名疏也。朕錄一通，置之座右，朝夕省覽（校者案：此下「大紀」尚有數語）。著加升一級，以勸直言』。
十二月初二日，帝親征。以唐、鄧二王監國；鄭芝龍留守，料理兵餉。王戎服登舟，百官鱗集，號令嚴明；泊芋江之渚五日，乃發。南平縣民張安禮、林中柱、張孝直數百里躬進米、豆、酒、漿，遠迎王師。帝嘉納之，命御營兵部分賜諸將；且給與序班冠帶，賜號「忠良處士」，各賜銀牌一面，以旌義舉。古田縣一都水口驛民有輸助者，亦以銀牌賞之。河南兵備副使邵起遣官入賀，敕命起為總理豫、楚、直、陝、晉、齊六省提督軍務兼理糧餉，討逆安順，便宜行事。
十五日，命周新■〈火鼎〉賫親征詔四通，往溫、臺、寧、贛四處開讀。並順賫手敕與輔臣黃鳴俊曰：『自卿辭朝，朕切盼出關之信；乃聞今日尚滯福寧，殊可異也。況卿不由衢而從溫，廷議不然；倚卿甚重，何逗留如此？朕今親征行矣，朕若至建寧，卿必至衢州；朕若出關，卿必至江上。不然，公議無私，甚可畏也。親征詔及諭魯王書並示於卿，其善宣朕意焉。餘與周■〈火鼎〉新議之。特諭』。
先是、七月，徽州起義師，右僉都御史金績於聲溪山中立十有三寨，各以副將主之。績溪四圍皆山如壁立，止前一路可通；聲等以大木為前營，堅不可拔。會鄉官黃澍時已降清，來說聲以天命；聲艴然叱之；澍陽為婉順，而陰間其上下。由是，各寨稍稍離心。是月，清師從寧國山中間道襲績溪，執聲至南都；不屈，被殺，闔門十餘口皆自縊。徽州遂陷。時洪承疇為南都內院，招撫江南，蒞殺金聲。聲既死，屍猶立不僕；比洪還署，見聲儼然危坐堂上，洪大驚入內，恍惚不敢出者數日。
初，道周之救徽也，軍無見糧。苦心聯絡，激勸忠勇，給劄為功賞；得之者榮於誥敕。至有僧軍鉏耰棘荊以隨其後者，名曰「扁擔兵」；糾合九千餘人，從廣信抵金、衢；安插殘黎，孤城捍衛，前後擒斬以百計。救徽援衢，厥有成績。適衢撫與道周議論合，忌其屯師境上，遂密疏其短於朝；道周初未之知也，既而請兵不至、請餉不給，始知其由。乃與監紀趙士超議曰：『朝廷遣鄭兵各路七月於茲矣，未見與敵一矢相加遺；敵勢愈猖，不幾笑朝廷無人耶？我輩為天下倚重，必先聲一舉，為諸路倡』。遂決意長驅，將入婺源。婺源令，道周門人也；馳書誘道周，許為內應。道周信之，遂深入谷中；至明堂里，而清師四合。道周親冒矢石，誓不俱生；兵盡矢窮，遂為張天祿所擒。以道周忠烈，不忍加害；曰：『當生致於南京，洪內院得一忠義人，勝於得數十州郡也』。遂及監紀趙士超、中書毛玄水、蔡時培、賴叔儒四人，並械送金陵。道周作詩四章，大罵不屈；絕粒，積十有四日不死。洪承疇，故道周同鄉也；一見恐為所詬，乃託故不與通。命操江陳姓者說之，道周閉目掩鼻不言。洪乃疏救；言『道周清節夙學，負有重望。今罪在不赦，而臣察江南人情，無不憐憫道周者。伏望皇上赦其重罪，待以不死』。清廷不允，尋同士超四人駢斬於市。士超臨刑時，數承疇之罪而罵之曰：『誤國老賊！夷我宗社、害我赤子，吾恨不生啖其肉』。復囑道周曰：『吾師神魂勿亂！同去孝陵見太祖，當為厲鬼陰殲之』。
二鄭既出關，疏稱候餉，駐師不進。內檄切責如雨，乃踰關行四、五百里而還；仍疏言餉絕，留滯如故。帝乃遣錦衣衛康永寧航海乞師安南，風逆，自崖而返。
是歲，安南入貢；使人衣冠頗類中國，但椎髻跣足。所貢惟金龜、銀鶴、銀爐、香絹，無異物也。
其冬，滇中亦有沙定洲之亂。定洲者，臨安蒙自土司也；父源。崇禎初，與阿迷州土人普明聲、吾必奎等奉調江西，破水烏之賊。既而京營御史傅宗龍受命按黔，知明聲勇黠，特請隨行。滇撫閔洪學入奏，言：『自明聲東行，滇土司兵益弱』。其為時所重如此。明聲至黔，水西賊隨就撫。明聲回滇，授阿迷土知州，日益驕蹇。崇禎五年，巡按趙洪範至臨安，明聲率兵迓之，戈甲旗幟列數里。洪範惡之，貽書撫軍王伉，謂其養癰。伉亦習聞明聲不法，遂列奏請調黔、蜀兵會討。是年冬，三省漢土兵俱集。以黔鎮商士傑掌兵政，伉自出臨安督糧，布政使周士昌監軍；擊明聲，敗之，進圍阿迷。明聲使其下偽約降，陰使人以重賄誘吾必奎曰：『君不聞兔死狐悲乎？阿迷平，兵行及元謀矣』。既而官軍與賊戰，必奎賣陣先走，官軍大敗。事聞，大司馬熊明遇以起釁為伉罪，遂與洪範俱被逮；士昌陣歿。明聲仍巧詞乞撫，廣西郡守張繼孟奉委撫明聲，思以計殺之；每稱『明聲才武且有功，不宜摧毀；以致變亂，皆有司之過也』。明聲聞之喜。一日，繼孟將謁兵備道於臨安，先誡其下必取途阿迷。見明聲將至，故熟睡輿中，其下不得請。醒而問，所次已踰其境數里矣。佯怒，責其從行者；且曰：『我有事急至臨郡，往返恐後期；可沿途置騎俟我。我今回見普公』。遂盡屏輿蓋先行，獨與從者馳數騎趨阿迷。明聲先已有人偵繼孟，聞其言益大喜，出迎謁，語甚歡。方持茶餉客，繼孟戲曰：『常聞南中土司善藥人，我不敢飲』。明聲驚，遽指天誓曰：『方德公無以報，何有此！公果疑明聲，請先飲』。竟易盞飲之；不知繼孟執茶時，手中預藏毒藥置茶內矣。明聲留治饌，辭以有事謁兵備急；俟回，當痛飲。明聲聞其途中言信之，因別去。繼孟疾馳易數馬，即夕達臨安。明聲藥發始覺，命其黨率兵追之，不能及；明聲竟死。明聲妻，沙源女也；無子。江右賈人萬姓者有女，故伎也；明聲嬖之，狡而淫。明聲死，萬氏據其眾，選部下壯而美者更番入侍；沙源諸子定海、定洲、如琦等皆與之私。既久，覺無以服人，乃招定海為贅婿；已復嫌其樸陋，而定洲年少白晰，更竊殺定海而贅定洲，定洲之年與其子服遠相若也；服遠恥心，與萬分寨而居。後服遠病死，定洲乃兼蒙自、阿迷之眾，遂輕黔國公沐天波以為可取而代也。是年八月，定洲約吾必奎聚眾反，連陷武定、祿豐、楚雄諸郡縣。吾必奎者，其先元謀土知縣；久絕不嗣矣。至必奎，以戰功得官，仍居故地。自阿迷賣陣後，桀驁日甚。至是，沐天波檄官軍及土官祿永命、龍在田等擊敗必奎，擒之。永命，寧州土知縣；在田，石屏州土人；俱以水烏之亂，有戰功者也。十一月，定洲兵至而必奎已伏誅，遂大失望。會奸人饒希之、余錫朋等逋騙天波金寶無以償，以貿易往來各土司營中，誇天波家饒富。定洲心動，陰結都司阮韻嘉、張國用、袁士弘等為內應。以十二月朔入城辭行，天波以家忌未出見；定洲入門大呼，其下蜂起焚劫。天波由小竇出西城，時祿永命在省，方巷戰拒賊；從官周鼎止天波留討賊，天波疑鼎見誘，殺之，遂走楚雄。其女陳氏、妻焦氏，亦走城北普吉村之金井巷，即夕自焚死。天波弟天澤、天潤，皆遇害。定洲因盡得沐氏所有，盤踞省城；劫巡撫吳兆元為題請，言『天波叛，沙定洲起兵定之；應以定洲代天波鎮滇』。兆元不可，拘之別室；奪其印，以偽疏入告福京。定洲遂行府事。又至祿豐，執家居大學士王錫袞置貢院，脅之與兆元傳檄各郡縣。龍在田在安寧，與祿永命等各引所部歸。萬氏在阿迷聞變，驚曰：『吾家當為此賊敗矣』。謀至省，執定洲以投誠。既至，見定洲氣燄赫然，資用饒給，更喜過望。夫婦坐八人輿，持刺與撫、按往來，欣然自得也。沐天波至楚雄，定洲率眾追之。是時，楚雄新為吾必奎所破。金滄道副使楊畏知奉調監軍至楚雄，楚人留之畏知遂駐楚。聞定洲西出，與天波計守西禦之具，未集。曰：『公在楚，賊以全力聚攻，城必破；公不如西走永昌，使楚得為備。賊即西追，恐楚塞其後；留攻楚，又恐公從西來。首尾牽制，上策也』。天波從之。定洲至楚雄，城閉不得入，為畏知所紿，遂去；遣其黨王朔、李日芳等分攻大理、蒙化陷之，屠殺以萬計。畏知乘間撤城外居民盡入城，清四野、築隍陴，檄調漢土兵，郡縣多遙應之。
隆武二年（清順治三年丙戌）春、正月己酉朔，帝不受朝賀。以三大罪自責，布衣蔬食；諸臣各戴罪。
敕上游巡撫吳春枝選募健丁精勤訓練，曰：『上游關係，不減關中、河內。朕方倚卿以蕭何、寇恂之任，幸自勉旃，以膺重賞。新募兵糧，准照各營例給』。
平夷（校者據「大紀」補）侯鄭芝龍僭用「監國留後」四字詔改正之曰：『福京任二王為居守，卿以勳輔為留後；原無監國字面，卿還，將題奏文移照敕填注，不可錯誤』。
罰舊糧道夏尚絅萬金以助兵餉；復命御史陸清源『核其素行，不得一毫含隱，以廣懲貪、勸廉之風尚』。絅貪聲載道，時吏部主事王兆熊以為言；尚絅有死灰再燃之意，故樂助云。
左都督楊鼎卿細陳起義情由，詔答之曰：『人君大柄，止在知人善任；人臣大義，惟是勿欺至公。朕久曆艱難，稍識情偽；朝廷壞於朋黨，祖廟由此兩危。北京之失，東林之罪何辭？南都之陷，魏黨之咎莫謝。其餘門戶聲氣，朕自有萬古鑑衡以禦天下（校者案：此下「大紀」尚有數語）；諸臣萬疏千章，豈能奪朕心公斷！靖夷侯方國安大扼江乾，大功實在宗社。朕今親征在邇，指日相見；未盡之情，還俟面奏。楊鼎卿父子還終始調聯，以待王師之至』。
御營吏部尚書路振飛進「奮練義勇說」，帝曰：『此真安攘大略，書策留覽，暇當為卿序之』。
時天興府貢生鄭獻可謀立生祠，以祝萬壽；詔責之曰：『朕紹大統七月，祖陵不見、疆土不復；臣子因循不能變、百姓湯火不能援。擢朕之發，不足數朕之罪。惟此一念：身殉太祖，天地臨之。自登極八閩，上無血牲擔當之依、下無愛民如子之臣，出餉之徵累我百姓，朕實痛心！有何功德而作此旡妄建祠之事？且即中興一統，亦斷不學喪心文武，剝了民還受諛獻生祠之事。鄭獻可速速行（校者案：「大紀」作「停」）止，無重累吾民，增朕之罪過。御營該部，速行文與該撫、按傳示』。
是月，沙定州攻楚雄不能下。一日，楊畏知坐城樓，賊發巨砲擊之，煙燄所指，正罩畏知，賊謂必死；須臾煙散，畏知端坐如故，惟擊去左幘耳，因驚歎以為神。畏知視賊懈，輒出奇兵奮擊前後，所殺甚夥。賊引去，東攻石屏。石屏守亦堅，復攻寧州，破之。永命死，龍在田在石屏與其黨許名臣竄大理。定洲既定迤東，復西攻楚雄；分兵為七十二營，環城挖濠為久困計。畏知守益堅，終不能入。未幾，而四將軍之師自黔入滇，定洲解楚雄之圍，陳兵草泥關以拒。四將軍以兵五萬突之，沙兵大敗。四將軍者，孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇是也；皆獻賊義男。獻賊伏誅，去偽號，欲迎黔國以輔王室。會閩中遣太監孫興祖調沙兵入衛，四人謂孫興祖曰：『朝廷遠不知滇事始末，今若徵之，是獎亂也；不如討平沙逆、迎還沐爵，使之引兵東向』。興祖然之。傳檄至雲南，定洲殺故大學士王錫袞以宵遁。
鄭芝龍、方國安合疏薦舊輔馬士英；兩人，故士英門下也。時國安營錢塘江上，士英在其營。詔即充為辦事官，軍前辦事，許以圖功自贖；俟恢復杭城，復官。
敕諭楚督何騰蛟曰：『國運中微，朕勉繼統；雲龍風虎，舍卿其誰！今朕親征暫駐建水，先遣輔臣蘇觀生瞻奉山陵、宣安兵將，與卿同心先復江省、繼靖南京。並撫鎮劉廣胤（校者案：「大紀」作「承胤」）等，復江省者封世伯、復南京者封世公、復北京者封真王，具如明詔；卿其勉之（校者案：此下「大紀」尚有『先遣精甲一萬，迎朕湖東』等十數語）！又諭云：『楚、粵、雲、貴近有異聞，卿可挽（校者案：「大紀」作「援」）「天無二日」之義，以全朕骨肉之情；尤所殷望』！
提學御史毛協恭進同鄉各臣書疏，帝讀畢感痛云：『江南士紳，無不灑涕思明，枕戈待舉。朕必親提黃鉞、張皇六師，以慰臣民之望。大小文武，當時時刻勵爾志，毋狃偏安』！
諭督勦蜀寇兵部尚書王應熊曰：『輔臣密勿重任，出總軍旅，原非常之艱難、託非常之親信，當使萬里之外，宛如咫尺綸扉。朕以臣民擁戴，繼統危微；倚卿元老，如身有臂。祖宗疆宇凡有未復，即朕躬之有罪，亦耆輔之深羞。朕或用人行政之不善，卿當有聞即告。況四川為卿之桑梓、朕之版圖，大小文武舉用，一以委卿；一切軍民機務，即假卿便宜』。應熊又疏陳西南形勢，復手敕答之曰：『覽卿奏詳陳興復次第、天下形勢，朕意豁然；深嘉卿碩畫。朕自慚虛薄，何能負荷多難；但稍秉仁孝之性、切勵除雪之誠：一誓清孝陵，二誓葬烈廟，三誓迎聖安。半載恨無寸功，親征暫蹕建水，天以元老留輔朕躬，將以中興全功託卿，豈但西南倚賴！餉濟維艱，朕必從長力行撫措。朝廷時切兵行餉設（校者案：「大紀」，「餉設」作「糧隨」）之籌，卿亦預申老師匱財之戒；上下交警，不日功成矣。切望、切望』！
敕江西輔臣楊廷麟、督臣萬元吉、冏臣曾之遴（校者案：「大紀」作「曾應遴」）、陳泰來速備兵迎駕。手敕輔臣蘇觀生曰：『朕以卿與楚督定興伯（校者據「大紀」補封爵）何騰蛟為左右兩臂，卿兩人必無一毫矛盾，百事一德一心，以釋朕慮、以佐中興。兩美必合，預防宵小交構。戒之、記之』（校者案：「大紀」此諭尚有發印等一大節）！
時王應熊上疏，言恢復蜀中諸郡縣。帝答云：『卿力恢殘敗封疆，屢勝猖狂逆寇，用餉僅十五萬，不取空城偽印為功；信從前覆京弊端，賴我元臣一洗。朕志削平天下，聞此大慰於心。至獻賊之殘忍，手砍數十萬生靈，朕實不勝痛憤！若不速救斯民，何賴（校者案：「大紀」作「顏」）對我太祖！望卿力任平賊，朕必有請立應。至搖、黃諸寇罪原輕於獻賊，卿還善用戎索，俾為我用。若能以搖平獻，釋過賞功，必不失信。卿以不殺止殺，圖機出之仁惻，尤足嘉悅』。
粵督丁魁楚辭封伯爵；不允。諭之曰：『朕當艱危繼統，全賴閩、粵合濟中興。卿有聞檄擁戴之大忠，又有迅平逆寇之巨績；王守仁當全盛之時、無推奉之事，以卿比之，功實為過。世伯之頒，卿當欽受！乃奏引四咎，愈見奇勳（校者案：「大紀」尚有『若不拜表擒逆，高廟神靈何倚』語）。況朕繼統半載，寸功未立；倚卿兩粵，如臂護身。還宜勉奉恩綸，仍舊督理。俟朕得拜孝陵，另敕召卿入覲，誓成中興君臣。始終言出真切，不可再辭，負朕激望至意』！
特禁雲山禪寺僧宗德聚眾建醮誦諸天菩薩寶號。
大理寺少卿熊化疏請恢復之策，必先首定江西；且曆陳關外隱（校者案：「大紀」作「急」）著。帝答諭曰：『恢復始江西，自是正著。但隨機應變，亦難執定一局。其錫璽書與永寧，授閻、羅、宋等以官職，俱已行了。至批答、咨度二事，關切朕躬；朕深嘉納。條陳氾濫希冀得官，實效罔聞，徒開幸竇，俱近日弊習；允當一一裁汰。熊化老成沉靜，無黨無偏，朕所孚鑑』。
川陝總督樊一蘅遣官入賀，帝答之曰：『太祖櫛沐之天下，兩都武陵三誤而有今日。朕勉答群請，繼統艱危（校者案：「大紀一此下尚有「夷寇草竊」等數語）。我君臣當盡改覆轍，打起精神，實實愛民、實實治兵；人心天意，興復可必。樊一蘅才名久著，萬里投誠，亟當勉佐中興，與雲臺之列云耳』。
甌寧縣知縣趙庾陳政事疏，帝嘉之曰：『趙庾此疏，言兵、言將、言餉、言戰守，包括已盡；即可為今日閩疆禦備之要著。下部看議，著實舉行。毋忽』！
益陽王私授縣官，詔禁之曰：『國家敦厚懿親，自有典制。朕復天性篤愛宗枝，王借受慈禧之命，又借勳鎮方國安之推奉；近日表奏雖來，公然用「監國」之寶。不知此寶授自何人？勳輔士英、國安疏王本末甚明，朕正不必顯戮（校者案：「大紀」作「示」）。乃到處騷擾，妄行升授。復聞播害龍遊，民苦不堪；又圖遂昌，尤礙法紀。著地方撫、按官速速止王回嚴，以明大義』。
敕廣督丁魁楚、按臣王化澄、鎮臣周仕鳳曰：『朕因兵力未厚，致稽出關。卿等仍照前旨募兵五千，不可為浮議疑阻；再召狼兵七千（校者案：此下「大紀」有「七千之兵」語），俱准支銷正項錢糧（校者案：此下「大紀」有『三月之內，朕要見卿之兵到』語）。仍命大將周仕鳳督至御營，隨駕征勦。朕親至虔入楚，以收天下全局；卿其力贊成功焉』！
敕兩廣事例銀五萬兩付何騰蛟，為收拾降兵，取江、克京之用，聯絡恢勦。兵部尚書楊廷麟疏留粵餉，以備大兵。帝以『粵餉為御營急需，萬不可留。但念卿勦事方殷，量留五萬、湊前五萬以成勦局，速復江省，以迓乘輿。俟地方恢復，動支正項並行勸輸的（校者案：「大紀」作「酌」）用』。
二月，廣督丁魁楚俘逆藩亨嘉及從逆顧奕、楊國威等，遣總兵馬吉翔械至建寧行在。帝命楚、淮諸王會議，免為庶人，於連江安置；敕奉新王『嚴加鈐束，不許令見一人、透出一字。若有毫釐疏虞，地方官從重加法；王責亦無所辭』。靖庶尋病死，顧奕等棄市。會冊封桂王，並封丁魁楚平粵伯，予世襲及鐵券；陳邦傳富川伯，晉瞿式耜司馬兼副都。式耜辭曰：『國家禍變，構難同室，詎臣子稱功地。西臣辦西，奚以功為』？不聽；乃復授兵部右侍郎。
是時，浙東亦奉魯藩監國紹興。
輔臣曾櫻薦晏日曙巡撫廣西；式耜得代，遂放舟東下，山水詩文自娛。
升馬吉翔都督同知，管錦衣衛事；尋領敕招撫流賊李錦。錦，即自成嗣姪也；號一隻虎。初，自成陷京師，沿邊鎮將望風披靡；獨關寧吳三桂乞師往征之。三桂美丰姿、善騎射，軀幹中人耳；而勇力絕人，沈鷙善謀。弱冠，中翹關高選；裘馬清狂，風流自豪。嘗嬖一玉峰妓曰陳沅者，即俗所傳陳圓圓也。年十八，籍梨園；每一登場，花明雪艷，冠絕當時。三桂欲娶之而未果。崇禎末，田妃擅寵，兩宮不協；而流氛日熾，羽書倉皇，宸宮不怡。戚畹嘉定伯以營葬歸蘇，將求色藝兼絕者，由母后進之，以分西宮之寵。因出重貲購圓圓，載之以北，納於椒庭。一日侍後側，上見之，問所從來？後對『左右供御，鮮同里順意者；茲女吳人，且嫻昆伎，令侍櫛盥耳』。上制於田妃，復憂國事，不甚顧；遂命遣還，故圓圓仍入周邸。時三桂已累遷節鎮，方奉詔出駐山海。嘉定伯餞之甲第，出女樂侑觴。圓圓適在列，輕鬟纖履，綽約凌雲。每至遲聲，則歌珠纍纍。三桂黯然魂消，停卮不語。詰朝，使人道意，有「紫雲見惠」之請。嘉定欲拒之，或說之曰：『方今四方多事，寄命干城；嚴關鎖鑰，尤稱重任。天子尚隆推轂之儀，將軍獨專受脤之柄；他日成功奏凱，則二八之賜降自上方，猶非所恡！君侯以田竇之戚坐膺紱冕，燕趙芳脂、吳越媚黛，皆得致之下陳，何惜一女子以結其歡耶』？嘉定許諾。三桂陛辭，上賜金三千；三桂分千金為聘。師行期迫，未及娶也。嘉定具奩飾，媵送其父勷家。十七年二月，賊勢孔亟。給事吳麟徵請棄山海關，外召三桂入衛。三月，始棄寧遠；詔封三桂平西伯，率兵入衛。以道梗，不得達。十九日，賊陷京師，執三桂父勷，勒令作書招之；隨遣使賞銀十萬犒三桂軍，賊素畏三桂故也。三桂得勷書，欣然從賊矣；既而詢使以陳姬安在？使以籍入告。乃按劍而起曰：『大丈夫不能保其室，何用生為』？作書以絕其父曰：『李賊猖獗，我國無人，遂致京城失守、聖主晏駕！意父奮椎一擊，誓不俱生；否則，刎頸以殉國難，亦分也。何乃隱忍偷生，而又訓以非義？父既不能為忠臣，兒亦安能為孝子？請從此訣』！勒軍人關，縞素發喪。賊得書，怒戮其家三十八口；繫勷東行。三桂妻亦遇害，而圓圓翻以籍入無恙。四月十九日，賊從一片石出口，東突外城，遂薄關門。三桂窘甚，乃乞師於清。隨清軍南下，三桂為前鋒、清九王（即攝政王，太宗文皇帝弟也）為殿；英王為左翼，統萬騎從西水關入；豫王亦統萬騎張右翼，從東水關入。先是，賊軍師宋矮子諫自成云：『皇爺去，皇爺不利；三桂來，三桂不利』。自成不聽，出師自山海關，與三桂接戰，三桂兵敗。宋矮子云：『明日午時，數當大凶；宜收兵回京』。又不聽。是晚，宋矮子忽失所在。次日日中，忽見塵沙山起，聲如雷鳴，軍士色戰。自成方錯愕間，而清師突至擊之，自成大敗，盡委輜重、婦女而奔；立梟勷首，懸之於纛。將殺圓圓，圓圓謂闖曰：『妾聞吳將軍已捲甲來歸矣；徒以妾故，又復興師。今殺妾何足惜，恐妾死而不利於王；奈何？為大王計，宜留妾以繫其心；當說彼不追，以報大王之恩遇也』。賊亦不能復戰，幸三桂之不即圖己也，乃棄圓圓而去。三桂方度關，至山西，晝夜不息；尚未知圓圓之存否也。其部將已搜訪得之，飛騎傳送。時三桂駐師絳州，將欲渡河；聞之，大喜。遂結綵樓、備翟茀、列旌旗簫鼓豆三十里，乘香輿以親近焉。既成婚，三桂遂置討賊事於不問。辛未進士吳偉業乃作「圓圓曲」以譏之，有『慟哭六軍皆縞素，衝冠一怒為紅顏』之句。自成奔至紫荊關，遣降賊將唐通守之；通復降於清師。自成復至陝西，部署殘兵，尚餘五十萬。而清師三千卒至，自成曰：『來何神也』！遂發兵圍之。三日夜人馬寂然，自成不敢擊；欲伺其動靜，方勦滅之。而清兵復至，三千騎從中奮起，金鼓齊鳴，左右衝突；內外夾攻，自成復大奔。追至黃州，自成單騎先奔；及通城九宮山，鄉寨王氏兄弟擊殺之。時自成餘眾尚三十萬，錦代領之；與自成妻高氏、氏弟一功並左營郝永忠等渡洞庭，竄踞山寨。吉翔招之，不從。而督師何騰蛟與堵胤錫往撫，乃受封號。封錦為左軍侯、掛龍虎將軍印，賜名「赤心」；高一功右軍侯，賜名「必正」；其他部將皆通侯，號「忠貞營」；並封高氏「貞淑夫人」。頒敕諭云：『朕念赤心昔日託身非所，乃今翻然悔悟，竭奉中興；雖名臣必待真主，亦賴其有賢母而端慈訓也。據督、撫連章報其至誠歸戴，已掛印封侯。俟朕駐蹕武昌，然後面錫鐵券；再允督、撫之奏，欽旌母德之貞。爾以善教為慈，赤心以遵母為孝；慈孝既萃於爾門，忠義必恆於功業。特賜爾封，給與恩詔；仍著有司豎坊，敕文「用淑贊中興」。朝廷風標萬方，爾門芳留百世。皇后聞之，再三嘉歎；面請加恩賜爾珠冠一頂、表裏四疋。令聞遠被，以顯恩綸。爾高氏當時以大義訓赤心，俾其一德明良於終始，全恢江省，立復金陵。一統功成，爾子拜爵於奉天殿，爾身奉恩於坤寧宮；史冊昭然，豈不偉歟！爾母子其欽承朕命』！時楚督何騰蛟疏聞『闖賊既滅，其黨郝搖旗有指示之功』；故特賜郝名曰「永忠」。
時嚴州告急，三衢震驚。督輔黃鳴俊具疏入告，特敕行在兵部速發兵三千應援衢州。
敕處州道臣董振秀：以麗水、青田、縉雲、宣平、景寧五縣餉銀給勳臣劉孔昭，以龍泉、遂昌、松陽、慶元、雲和五縣餉銀給楊文驄。時二臣互有爭執，復手諭之曰：『師飽在餉、師克在和，與其同餉而涉於爭，不如分餉而歸於和。今復兩臣同心協復，勿再爭競。近聞年荒餉急，民困難支；仍將民糧分限催徵，以息民力。兩臣亦不許差人至縣，辱官虐民；違者，該管官具疏參奏』。
金衢道臣疏陳『衢州士民驚竄，庫藏空虛；藩宗烏合之兵盤踞於內，淳、遂鴟張之寇蹂躪於外。如此艱危，速宜救援』。乃敕都督同知施福提兵出關，以壯聲勢。
歸化縣復徵十七年已免之糧，以備王師；詔禁止之。
諭兵部尚書郭必昌曰：『朕自登極以來，諸臣未有催發事件者，今始於卿見之。具見慎重關切，朕心嘉悅。每日文書甚多，俱經朕之手眼方行。此後卿部凡有要緊本章，即於封上搭一紅簽，上書六字曰：『要本乞速批行』；庶即先批發。以後卿切記著』。
兵部尚書朱大典擁重兵於金華，與方國安勢不相下。帝敕其協心和氣，共濟時艱。至是，賫和本至，乃加閣銜。大典疏辭，帝諭之曰：『卿忠勤幹濟，勞苦功高（校者案：「大紀」此下有『在輔臣振飛，固有同心』語）。朕衷實切眷倚，宜祗承明命，以慰朕遠懷』。大典因疏薦使臣兵科給事劉中藻思苦慮深、學純力定；帝召對稱旨。
松江捷書至，賜督臣荊本徹、鎮臣黃斌卿、張名振各銀二十四兩、表裏四端，以示激勸。餘將帥，各升級有差。
命戶科給事李日煒督汀、邵、惠、潮四府糧餉。其借助過者，准作三年預徵。
帝欲不次用人，鎮江諸生錢邦芑者，芝龍門下也；召對中旨，擢為監察御史。熊開元執不可，不聽。已而邦芑論開元，開元辭去。中旨以王期昇為總督、彭遇颽為僉都御史；路振飛、曾櫻封還內降。帝曰：『方今多事，用人必欲循調，非休休之度』。振飛言『遇颽新進士，降賊西南，乞憐馬士英；巡撫浙江，搜括民財，至於激變。期昇在太湖，奉劍州知州朱盛徵，始稱通城王，繼稱皇帝；賣官奪女，兩山百姓不容，故爾逃來。非臣等之私隙也』。帝乃罷二人。
先是，建寧行在（即巡方署）閣臣蔣璟所營也。以湫隘喧譁，屢形責讓。乃於三月初一日移駐城外伽藍〔寺〕。初六日登舟，十一日抵延平，以府署為行宮。
兵侍東閣陳洪謐在籍，遣內官鄧金趣之；不至。
馬金嶺兵變，命路振飛至浦城安撫。
廣東布政使湯來賀運粵餉十萬由海道至，擢兵郎右侍郎。督師江右御史艾南英言『來賀奸憸小人，周鍾自北逃回，來賀匿之揚署。其解餉之任，指揮僚佐所優為，豈日能賢；遽膺顯擢，何以示後』？不聽。
敕黃斌卿曰：『卿孤軍久處舟山，援餉不繼；朕每以為念。今得張名振資助萬金，克復蘇、松可望；其大鳥銃、硝磺、槍刀、鉛彈等項，一並給發』。
鄭芝龍進浙江（校者案：「大紀」作「浙直」）水陸圖，帝曰：『觀斯圖，備悉奇正之著。五路並出與合太湖義兵為策應，使西興將士為我出力，俱是全著急務。卿其速規進取，毋但僅託條陳』！
總兵胡來貢縱兵抄糧、焚劫，特詔禁之。
敕朱成功招置鄭彩逃兵，毋得令其驚擾地方百姓。
下游巡撫吳之屏疏陳時事孔亟，內防宜周。帝曰；『泉州新舊兵額一千一百餘名，歲需餉銀七千餘兩；除紳衿每田一頃助銀一錢及典鋪、車鋪、灣（校者案：「大紀」作「澳」）船、海船資助外，可足歲支之額，足見爾用心料理。務使兵民相安為要』！
諭唐，鄧二王曰：『京中民情安堵、市肆不遷，朕心慰悅。親征原以安民，閩都根本重地，王等還多方曉諭，禁戢逃兵。朕若早覲孝陵，自有蠲免恩詔』。
帝將取道於汀；餉部侍郎李長倩以汀屬空虛，請留餉三萬，以訓練土著而備緩急。帝可其議。楚兵復需粵餉，以前十萬兩不足用；李長倩以為言。帝云：『留餉已有前旨，該鎮共事一方，著與通融接濟。俟朕至軍前，再行酌處，毋得紛爭』！
諭大學士熊開元曰：『卿以聰敏執持，受知簡用。朕昔不以人言而用，今豈以人言而舍；著調理安痊日，即來行在辦事。馬借人乘，尚為厚誼；豈君臣之際，任重綸扉，何必繳進？著留為病愈入朝之用』。
敕浙東巡按御史郭貞一賑恤驛遞曰：『祖制：地方設立驛遞，原為上下通達道路，流貫血脈；事關非細。近日文武諸臣，忠上之心既微、恤民之念更短，累我百姓，苦竄驛官。先帝屢下明禁，諸臣欺蔽相仍。今日殘疆驛騷尤甚，朕所痛恨。溫、處、衢之免應副，已奉明旨；其金、嚴、紹、寧、臺五府，所當一體恩恤。非是緊急軍機，一切不許應副。如有抗旨害民，三尺俱在。該撫恪體，以蘇吾民』！
馬士英叩關來朝。先是，曹學佺以罪輔不可入關揭士英，故帝數其罪，不許；諭守關官兵，毋納士英。士英前後七疏，列件自理；帝命付史館存案，以俟公論。
監國魯王遣柯夏卿、曹惟才來聘，帝加夏卿兵部尚書、惟才光祿寺少卿。手敕諭監國曰：『朕無子，王為皇太姪；同心戮力共拜孝陵，朕有天下，終至於王』。取浙東所用職官，同列朝籍，不分彼此。尋遣僉都御史陸清源解餉十萬給浙東，清源散餉不平，兵譁而遁（或曰：『士英唆方國安斬之』）。左都督楊鼎卿固卻魯藩令印，王手敕嘉之曰：『若鼎卿者，可謂忠藎，能明大義矣。朕與魯王原無嫌疑，前付柯、曹二使臣啟答王書，或未之見乎』！
諭左都御史熊開元曰：『宣德達情，全藉巡方御史。近來積弊因仍，貪者工攫取、傲者喜逢迎，以致民窮無告、盜賊繁興，殊可痛恨！卿還嚴訪詳諭，務令激揚得法，吏畏民懷。有不稱職的，即參來重處』。特設建言簿以壯敢言者之氣，從開元請也。
廣西撫、按報一僧自稱弘光，謂『黃得功營所獲者，非真也』。帝召九卿科道議迎請，群臣曰：『即真弘光，甫經失國，有遵奉而無迎請』。撫、按續報『有侍弘光者驗之，果偽；下獄究之，妄人假託以惑眾耳。即時處決』。
十四日，清師下吉安，又下撫州。初，汀、韶間有大帽山洞蠻強甚，屢征不伏。永寧王誘之出降，遂與清師屢戰屢捷，因復撫州。清師圍撫，鄭彩屯廣信，永寧請救；其監軍給事中張家玉以三營往撫，圍暫解。已而復合，彩遂棄廣信入關；撫州復陷，永寧王死之，洞蠻亦散。帝削彩爵，戴罪立功。
楚督何騰蛟遣長沙知府周二南誘降李賊餘眾四十八部，二南中流矢死。賊帥欲得騰蛟親至，乃降；騰蛟即往，賊帥皆驚喜下拜，至軍前聽用，一時驟增兵馬數萬。帝喜，告太廟，封騰蛟為定興侯兼東閣大學士；降帥皆授總兵。而長沙餉缺，降者稍解體；賊帥袁宗第及出、高諸部掠舟而去，獨郝永忠、王進才留麾下。
有泉人蔡鼎者多言，李籧密疏薦為前知。召至，以方外服見，封國師。然所言庸鄙，試以占策，亦無驗。彩既敗回，鼎請自試；一戰而蹶，逃回。
帝謂國家元氣之削，由於靖難。命禮臣追復建家帝年號；忠臣方孝孺祠設姚廣孝像，跪於階下。
自吉安失守，督師萬元吉、都憲陳賡、兵曹王其宖議列柵守張家渡；而潰兵勢不可止，陳賡收散亡入贛、萬元吉退守皁口，惟安遠江起龍兵三百人。時蘇觀生以閣部督師於贛，同鄉李陳玉、楊仁愿、丘壎、楊文薦、范六吉、周待詔、劉李礦皆請發師援皁口。觀生發新威營二百人，元吉以監紀程亮督之，下守端津灘；楚帥曹志建以二千人至，一夕，即噪而去。
四月初一日，關警頻傳，人心惑亂。敕唐、鄧二王力行保甲法，以固根本地方。
太僕寺少卿凌超疏陳『急做實做，不出「君謀臣斷」四字』；帝稱其要言不煩，下部議之。兵部主事張儼上「定廟算而後動」疏，帝覽之，歎曰：『此疏洞晰軍國事機，朕三復之不忍釋手。行在該部，其力行之』。
滇撫吳兆元疏辭敕書、印劍，帝諭其加意料理；曰：『卿久撫滇疆，弘宣猷績，正資善後，毋貽朕南顧憂。掃除沐天波，業有成命，不准辭；務令南人不反，以成一統豐功，朕復另有酬敘』。
諭德興王由枍（校者案：「大紀」作「枵」）曰『江民苦兵，甘為夷用，情罪可原；赦過之條，已括於「有髮為義民、無髮為難民」十字中』。
敕諭閣部諸臣曰：『國家雖當搶攘，乃文事、武備兩難偏廢。近據兩廣、雲、貴俱已開科，豈福京八府勸進、全節、守關、措餉之人不在大比之例？江、浙紳衿向風，尤尤不可不俯答其望（校者案：「大紀」此下有『宜定五月內閣中鄉試，浙東附試另卷，以便各省同來會試』等語）。行在禮科，確議奏行』！
先是，靖庶頒偽詔至貴州，巡撫范礦固卻之；且厲兵固圉。至是，礦進拱戴疏，帝以其忠義，加右都督。
黃斌卿久託舟山，未有寸功，虛糜廩餉；乃削伯爵。
魯監國以公爵封芝龍兄弟，遣左軍都督裘兆錦、行人林必達奉命而來。帝以其惑眾欺侮，兼以芝龍兄弟愧憤不出，諭令囚之，以候常朝日面質。後兆錦以金贖刑，必達亦復原官。
諭輔臣黃景昉曰：『福京訛傳驚避潰兵竄逸，山寇乘機抄掠，兵單餉絀；根本之地動搖如此，深為可憂！所議歸併事權，以憲臣兼制二撫及兵道移駐福清等事，卿其確議力行之』！
答諭史部主事鄭賡唐曰：『朕獨居，不御酒肉，力行已久，豈為難事；若王言屢易，時勢使然，朕豈得已哉？至求治過速，止為心切覲陵；爾言言藥石，遠識深心。朕心嘉悅』。謂侍臣曰：『近日兩京覆後，武臣冒濫，驕貪已極；怯禦夷而勇殺民、巧凌躐而無法紀，何能破其積習』！
初五日，帝誕辰。諸臣先一日請賀，帝不受。曰：『朕奉大統已近十月，孝陵不見自吉安失守，督師萬元吉、都憲陳賡、兵曹王其宖議列柵守張家渡；而潰兵勢不可止，陳賡收散亡入贛、萬元吉退守皁口，惟安遠江起龍兵三百人。時蘇觀生以閣部督師於贛，同鄉李陳玉、楊仁愿、丘壎、楊文薦、范六吉、周待詔、劉李礦皆請發師援皁口。觀生發新威營二百人，元吉以監紀程亮督之，下守端津灘；楚帥曹志建以二千人至，一夕，即噪而去。
四月初一日，關警頻傳，人心惑亂。敕唐、鄧二王力行保甲法，以固根本地方。
太僕寺少卿凌超疏陳『急做實做，不出「君謀臣斷」四字』；帝稱其要言不煩，下部議之。兵部主事張儼上「定廟算而後動」疏，帝覽之，歎曰：『此疏洞晰軍國事機，朕三復之不忍釋手。行在該部，其力行之』。
滇撫吳兆元疏辭敕書、印劍，帝諭其加意料理；曰：『卿久撫滇疆，弘宣猷績，正資善後，毋貽朕南顧憂。掃除沐天波，業有成命，不准辭；務令南人不反，以成一統豐功，朕復另有酬敘』。
諭德興王由枍（校者案：「大紀」作「枵」）曰『江民苦兵，甘為夷用，情罪可原；赦過之條，已括於「有髮為義民、無髮為難民」十字中』。
敕諭閣部諸臣曰：『國家雖當搶攘，乃文事、武備兩難偏廢。近據兩廣、雲、貴俱已開科，豈福京八府勸進、全節、守關、措餉之人不在大比之例？江、浙紳衿向風，尤尤不可不俯答其望（校者案：「大紀」此下有『宜定五月內閣中鄉試，浙東附試另卷，以便各省同來會試』等語）。行在禮科，確議奏行』！
先是，靖庶頒偽詔至貴州，巡撫范礦固卻之；且厲兵固圉。至是，礦進拱戴疏，帝以其忠義，加右都督。
黃斌卿久託舟山，未有寸功，虛糜廩餉；乃削伯爵。
魯監國以公爵封芝龍兄弟，遣左軍都督裘兆錦、行人林必達奉命而來。帝以其惑眾欺侮，兼以芝龍兄弟愧憤不出，諭令囚之，以候常朝日面質。後兆錦以金贖刑，必達亦復原官。
諭輔臣黃景昉曰：『福京訛傳驚避潰兵竄逸，山寇乘機抄掠，兵單餉絀；根本之地動搖如此，深為可憂！所議歸併事權，以憲臣兼制二撫及兵道移駐福清等事，卿其確議力行之』！
答諭史部主事鄭賡唐曰：『朕獨居，不御酒肉，力行已久，豈為難事；若王言屢易，時勢使然，朕豈得已哉？至求治過速，止為心切覲陵；爾言言藥石，遠識深心。朕心嘉悅』。謂侍臣曰：『近日兩京覆後，武臣冒濫，驕貪已極；怯禦夷而勇殺民、巧凌躐而無法紀，何能破其積習』！
初五日，帝誕辰。諸臣先一日請賀，帝不受。曰：『朕奉大統已近十月，孝陵不見、百姓不安；文因循於內、武擾害於外，中興事業茫無端緒。蔬菜自勉，豈可晏然自居，以聽群工慶祝耶？惟於行在所，總用太牢一分，遙祭二祖、列宗，唐國祖宗另設於旁』。
清師逼崇安，帝敕施福速統兵出關驅勦，命輔臣蔣德璟督之。福顧遷延，德璟復疏趣之；帝歎曰：『如此情景，與鄭彩進關、張家玉守新城何異乎』？
工部尚書鄭瑄為國姓成功請發鳥銃，帝曰：『國姓圖功雖是急務，御營兵器關朕躬命身，鳥銃豈可全發？如此等事，該部以司空大臣全無執裁，惟請朕躬為推卸之地，鄭瑄何無骨力至此？姑且不究』。
鄭芝龍疏陳閩省守關兵餉、器械、衣甲共用銀一百五十六萬。帝諭之曰：『卿兄弟純忠大節擁戴朕躬，中興大事，非卿誰託？據奏即竭三省之物力，亦不能不窮於接濟。地方錢糧只有此數，若不內外兼顧、勦守並行，大害大禍必然飆至。中興事業，必不忍言。未有籓籬不顧（校者案：「大紀」作「固」），止靠家門堵賊者；此理至明，不待再計也。前卿兩次議奏用兵四萬，猶恐用餉難繼；今必先議守、後議兵，以三萬守關口、一萬守腹裏。此數之外，再不可增；若持議不決，曠延時日，即朕自誤高皇也。卿當遵依，以全守關之事。若復再有爭執、再有推卸，是彼蒼不欲中興，朕亦只有避賢路而已』（校者案：「大紀」此下尚有『分配兵餉，和盤打算』等十數語）。
是月六日，清師至皁口；新威營先潰，江兵次之，萬元吉亦遂入贛。贛城民倉皇爭竄，元吉欲殺其妾之出署者，人心乃定。十一日，楊文薦自任城守，命中書康范生乞師於南雄；舊贛督李永茂遣副將吳之蕃、遊擊張國祚率兵五千人至。十四日，清師臨贛，蘇觀生率所部退守南康。滇、粵諸軍先後至南康者以數萬計，皆惴惴莫敢下。二十九日，閣部楊廷麟自雩都力促新撫閻總及張安各營兵四萬餘至贛，江撫劉廣胤自寧都召募二千人亦至，然皆未敢逆戰。
帝命建祠祀江西死難曾亨應、黃端伯、蕭漢、李大覺，名曰「四忠」；以曾筠、徐蜚英配享。時有王錫者，亦同死難；並敕禮部予謚以表之。
處州貢生李瑞庚（校者案：「大紀」作「唐」）疏陳恢勦三策、治安五要，帝覽其疏曰：『以擣淮為恢金陵、復江浙之神著，以出兵九江為破南昌、固嶺南之急著，以奇兵襲江口、以偏師復徽為上下應援之緊著三策，俱說得是。治安五要，於養民、任賢、生財、節用、獎廉、懲貪諸務深明洞曉，應是通才學古』（校者案：「大紀」作「學古通才」）。
敕諭楊文驄曰：『大明寶祚啟自太祖，兩遭覆陷；凡為太祖親孫有能攘臂先立，則太祖神靈有依，大明國祚斯立。朕與魯王，大義正在於先後、名分尤在於叔姪。魯王先立，朕雖叔輩，斷當北面魯王，以存太祖；若復後立，是名為爭。總一立也，先立以存太祖為孝、後立以壞祖宗為不孝。今朕先監國登極四十日，在萬古自有至公；豈今日一、二佞舌可以顛倒？楊文驄受知最早，殺蘇寇以明大義、勸魯藩而篤尊親，本末甚明；人言雖如其面，朕心自有鑑裁。所進陳函輝啟稿，不堪一笑；鬼蜮滿紙，宜靖夷侯參奏以為食肉寢皮之可恨也。朕愛姪王，萬不得已，業允勳鎮所請，以明太祖大法。該督尚慎終如始，善保地方、善行宣撫，得覲孝陵，朕必不負元功』！
贈松江死難原任長樂令夏允彝右春坊右中允，給祭葬；謚「文忠」。
帝覽戶科給事黃周星疏曰：『奏內三寒心處，真可寒心！盜賊公行、民生凋敝、兵將退縮、左藏罄懸、罪訾蜩沸、角戶分門，全不以國恤為念者，大小文武諸臣之罪也；政教不行、威令不信、舉措刑罰失中，廷議紛紜狡竊者，是則朕躬之過也。從今君務改絃，臣亦須猛省』！
敕諭御營內閣，傳示臣民曰：『臣民擁立朕躬，朕志誓救民雪祖。外（校者案：「大紀」作「逆」）寇雖狂，尚可暫守而養戰銳。諸臣議論紛紜，殊為道旁築舍。今徵士蔡鼎回報關上情形甚確，國姓成功巡關回來迎駕，暫至邵武，相機出關；二十八日之行且止。總之，自古創業中興，誰不危而後濟？朕惟以「寧進死、不退生」六字自誓，並以六字察驗臣工。此後除戰守、駐蹕一聽條陳外，若有敢請駕回天興並請退避廣東省諸臣，必從重議罷；餘必立斬以徇。朕心通於上帝，臣民仰體欽承』！
副都御史荊本徹疏請小艍（校者案：「大紀」作「船」）可資戰勝；帝諭以『閩中方用水師，覽此奏誠為要著，下部議之』。
閩縣、侯官縣耆老詣延津請駕回福京，帝感歎曰：『即位十有一月，無時不思靖祖救民。飛蹕既久，豈得回鑾！固知入虔嵐險艱辛之狀，但恨在閩不能安閩。閩民不負朕，朕負閩實多矣』。建寧諸生請駕再臨建水，帝曰：『朕進取之念甚堅甚切，萬無轉蹕之理。但謂農家力作征役宜寬，朕亦耿耿於中』。敕于華玉迎駕兵須嚴加約束；曰：『朕之焦勞日夜，誓救湯火之民。于華玉豪爽忠敏，才敵萬夫，受朕深知重倚；必要嚴約兵將，令民間草木不驚，方為扈駕時雨之師』。江撫劉廣胤以行宮刻期告竣，疏請駕臨。帝答之曰：『朕蹕位（校者案：「大紀」作「駐蹕」）虔南，收復江右，即移師入北，廟謨久定矣。祗以閩省三關嚴商守禦，乃爾耽延時日。太廟奉先，肅修備舉；諸臣分任功次，俟到日議酬』。
禮部右侍郎曹學佺疏陳駕駐延津所有關切四事：一、濬延河隄防，一、汰隨征冗役，一、通福京米船，一、事例銀兩許以生鐵准債。帝嘉納之。諭戶部侍郎梁應奇曰：覽爾所陳袪衙蠹、清隱匿、革火耗、禁牌票、去飛詭、除陪稅六事，皆去其害，足以裕國者。著逐款力行，遍為嚴飭；有踵前弊者，監司、守令、府佐立行糾參，以副委任至意』。
上游巡撫吳聞禮糾內臣戴照貪婪蔑法，帝命輔臣黃鳴俊先行提問後奏。
命兵部多給「獎功釋罪」榜文，星馳軍前宣佈。
敕順德知縣蔡柟曰：『順德系東粵鉅邑，地方多故，亟當軫恤民隱，加意撫綏；況履殘酷之後，倍宜施恩者乎？惠良興治，以侯報績』。
禮科給事龔善選進「大勢攸歸」疏，有曰：『楚留辰州，蜀留遵義，江留贛州、南安，浙留金華、溫州，信天意之有歸、人心之有待者乎』！帝然之。
嘉興起義舊塚臣徐石麟殉難死，其子爾谷疏稱：『先臣起義獨先，殉難獨苦』。帝傷悼之，官爾谷為中書；敕再從厚加卹，與同難侯峒曾一體。
禮部主事吳巒（校者案：「大紀」作「吳鍾巒」）請首克南昌，選鋒銳進最為上策。倘舍此他圖，關門一有騷動，全閩震驚矣。往虔非時，且人力舟車俱有未便。帝然之，諭餉部侍郎李長倩曰：『大師飛輓方亟，中興事業尤仗轉輸。該部一力擔承，以副倚畀至意』。江督萬元吉、御史黃賡（校者案：「大紀」作「黃廣」）疏請再召滇、黔兵馬，以圖恢復。帝曰：『東南只此幅員，生民只此膏血；不難於調兵，難於措餉。雖土司官兵忠義勇敢，必先議餉銀出於何處，然後召兵不難也』。
工部左侍郎葛寅亮疏言『務去飾治繁文，必收近取實局』。帝目為老成格言，『朕當書銘座右』。
敕督輔蘇觀生曰：『自卿行後，朕擬即幸虔州，以慰徯待。奈閩、浙士民戀戀難釋，不得不少為遲留，安此赤子。迎駕各兵，卿暫令其並力齊心克復湖東；清道之功，與扈蹕等。至措餉艱難，卿所久知。切戒以兵無擾民、勇必堪戰，勿致虛耗糧糗。湖西正在戰守，著於梁應奇餉內發三萬兩接濟』。
鄭芝龍於泉州建寺，名曰「報恩」。帝賜名「敕建報恩禪寺」，僧官、贍田俱如議遴選、置買，以永梵修。
江南布衣翟翬疏進直言，帝曰：『此疏於古今得失之局，亦有所窺。至規切朕躬處，言言藥石，誠可嘉尚；准隨便候對』。
諭兵部侍郎于華玉曰：『朕痛兩京繼覆（校者案：「大紀」此下有『全非夷寇之能』句），止因兵民扛恨，致危宗社。今日僅有彈丸資此民生，以期恢復一統。若復傷民，即促國脈。卿宜仰體朕意，實令民安。新兵譁譟擾民，乃未經節制者；卿當亟振刷陋規，毋徒憂畏讒謗』。
諭戶部曰：『納貢事例，原非得已。大縣量准四名、中縣三名、小縣二名，不得濫收。事平，即止』。
時清師逼湖東，亂民逃竄，有致恨於政令不一者。帝敕揭重熙與輔臣傅冠同事、何三省與督臣湯來賀同事，誠恐權任太分，翻多掣肘，號令重出，莫知適從也。
衢、廣警報狎至，御史鄭耀星疏陳『諸臣虛聲多、實際少』。帝深以為然，曰：『爾既知之，自當力挽之；毋僅託空談可也』。諭兵部尚書呂大器曰：『卿所言用人太濫，所用之人又轉相援引，虐民叢盜，望治何由？所見甚是。朕自今當急省改』。諭輔臣曰：『朕為天下臣（校者案：「大紀」作「生」）民之主，未能拯救蒼生，心實惻（校者案：「大紀」作「歉」）然！況可令官兵肆虐小民受害乎？聞沿途閻兵搶掠終日，所議招撫，是為何用？還著該督、撫各官申嚴約束，毋得任其驕縱害民』。御史朱盛濃疏請實行訓練兵卒。帝曰：『兵宜練，必練心、練膽、練力、練氣、練忠義，方成勁旅；不可徒放砲吶喊，如兒戲故態。著申飭行』！
太僕寺少卿凌超疏稱急舉、實做、密察三言及「謹慎」二字與「以浙人辦浙事，用奇用正、時至機動」等語。帝曰：『覽爾疏，俱有成算於胸中。吾久不見凌生矣，著即召對』。
山西道御史林蘭友疏陳：仙城釀亂激變，賊黨聚眾焚劫事。帝曰：『仙邑壬午之寇，由邑令殘酷、署官貪黷。豈惟仙邑，古今天下之亂，那一非守令不肖所致？據奏：李芳馨之豎旗、群盜之響應，禍始於無良胥役；縣官豈能無罪？除縣官有無贓跡實際別議外，今當先拿猾胥，以服潢池之心；次部署官兵，以為戡勦之用』。
帝謂首輔何吾騶曰：『文章之氣，可銷甲兵；多士奮庸，務收俊乂。朕念福京士子，亟宜賓興。茲定期六月，開科鎖闈三試，徹棘放榜，不許游移一日。監臨照兩京舊制定用御史兩員，提調則布政司、監試則按察司；一應科場事宜，即於五月杪報竣，不許苟簡滋玩。分考官務用甲科推知；不足，即就甲科中行官禮聘。其江西、浙江、湖廣及各省來試者跋涉可念，著地方官給與文書路引，以禦盤詰。現在流寓的，就赴福京督學考選。一應赴京恩、歲貢，照舊例著禮部考選』。
時三衢告急，兵部司務徐心箴疏陳「三可惜、四可憂」，帝目其切中時弊。
大學士曾櫻薦同鄉劉逵堪為御史。帝曰：『御史為朝廷法官，若不清勤激切，何以明目達聰？從來巡方積弊積玩，朕所親見；這所舉用劉逵堪巡粵左，即著允行』。
五月一日，清師圍廣信；諸軍先後潰散。江撫劉廣胤退避雩都，援兵益不敢前；廣信遂陷。
兵部主事徐州彥疏陳「間關入蜀宣佈皇恩，目擊情形」等事，臚列督輔、撫按在事諸臣王應熊、樊一蘅、李乾德、馬象乾、米壽圖、劉鱗長、王芝瑞、萬年策、鄭逢元、劉泌、范文光、牟道行、田華國、曾英、曹勳、莫宗文、楊展、賈登聯、譚詣等戮力殘疆，奉揚威命。帝曰：『川蜀頻年苦寇，民不聊生。聞諸臣提挈贊襄，朕心甚喜。州彥克盡使職，著即前來復命』！
諭靖夷侯方國安曰：『卿威望績勞，為江上諸帥之冠。至矢心奉戴，忠誠無二，朕尤鑒孚。卿無可間之嫌，朕豈聽讒之主。中外大小諸臣，須同心一德，乃能辦敵。切勿妄分彼此，使敵人（校者案：「大紀」作「醜夷」）聞之得計。卿其曉示將士，善體朕意』（校者案：「大紀」此下尚有提及馬、阮諸人數語）！方國安奏富、德、源三縣大捷，斬獲甚眾；由鎮臣方元科竭力支撐，傅明德、田勝、涂有聲協助。帝大悅。
初九日，廷試貢生，敕禮部『各察正身年貌，嚴核混冒、懷挾等弊，以作人文，上隆治典』。
廣西桂林等府、州進賀監國登極表四十六道；帝念其路遠遲延，不罪。
黃斌卿疏陳「古今多一精忠、中興少一名相」。帝覽奏曰：『輔臣道周精忠大節，就義從容，真足感動天人、爭光日月。朕方恢中興大業，而一代純臣先殉國難；撫念今昔，倍為愴懷。翁龍楠現在何處？著該部再行察訪，務得實信回奏，以憑從優卹錄。其毛玄水四員，並與察卹』。
禁地方官官買曰：『府、州、縣之行戶，實地方害民之惡政。官之稍有良心者，尚以官價買之，比市價十去五、六；全無良心者，直票取如寄。胥吏緣之，奸孔百出。朕昔潛邸，久知此弊，宜行永革』（校者案：此下「大紀」尚有數語）。
帝謂群臣曰：『輔臣道周委身殉難，其子子中備述之；鎮臣黃斌卿亦有此奏。讀絕命詩有「支天千古事，失誤一朝人」之句，朕亦不覺泣數行下。卹典著於五日內察例具奏。其子子中年俱幼稚，更可憐憫；准給銀二十兩，以助書資』。賜吏科給事朱作揖「旌廉」天字銀牌二面，曰：『作楫以羈旅之臣，直言受知；身處掖垣，能卻暮金，真濁世之靈光也』。
帝曰：『天氣炎蒸，輕犯豈宜淹禁（校者案：「大紀」此下尚有數語）；軍、徒以下，准俱保釋，以迓天和』。
福京監察御史王孫蕃、韓元勳疏陳：『減篇恤士，推一時之恩。惟是二書、三經，不若三書、二經為合式。其題目仍照七篇俱出，二場亦然；庶鐫之試錄，傳之天下後世，皆信為不刊之章程，興朝之盛美也』。帝准如議行。
監軍兵部主事黃師正進督師史可法遺表，帝曰：『可法名重山河、光爭日月，至今兒童、走卒咸知其名。方當擊節（校者案：「大紀」作「楫」）渡江，速圖恢復，乃為強鎮力阻、奸黨橫行，竟賫志以歿也，惜哉！讀遺表，令人憤恨。應得贈卹、祭葬、易名未盡事宜，行在該部即從（校者案：「大紀」作「行」）詳議具奏聞。其母、妻猶陷寇（校者據「大紀」補「寇」字）穴，一子未知存亡；作何獲尋，黃師正多方圖之』！
時瀘溪危念，揭重熙參督輔傅冠『身任督師，日午未起；未嘗至關上一步，人言嘖嘖』。帝怒其有負委託，准以原銜歸里。
帝謂諸輔臣曰：『臨民之官，豈可以銀而得。朕於閩、浙近地，凡有捐餉至二、三千而求為知縣者，朕斷不允。蓋為生民計，不可不周；況撫戢凋殘，有所未便耶』！復諭首輔何吾騶曰：『朕在延多日，漫云兼顧江、浙，終於江、浙何補？不如實實出關，拿定一件做去，尚為得力。且今地方止有閩、廣、江、楚四省，咽喉全在一虔；彼（校者案：「大紀」作「清」）所必爭，我所必守。今不自出，負祖、負民！朕之存亡猶其小者。今還要催林咨兵並陳天榜兵到，決意初一日必行』。
贈諸生翟翬翰林院待詔。翬，江南人，雅以復仇雪恥自負。聞監國登極，匍匐入閩；建言諫諍，不遺餘力。帝特官之，不受。至是病故，御史錢邦芑為陳其本末，帝憐其才，贈以是官；並賜銀二十兩為葬資。邦芑為繳還之。帝曰：『朕視忠臣過於骨肉，一臣之上，即少一助。翟翬賜金，著與制一碑碣，不必繳進。仍賜四語，俾勒於石曰：「生即盡君臣之義，死亦凜夷夏（校者案：「大紀」作「華夷」）之防；名稱大明正土，實關天地綱常」。錢邦芑等奉行』。
禮部繳進貴州試錄二十冊。
初，有曲周縣生員韓雄都者，與帝遇於淮揚，頗有獻納。繼乃與路振飛等起義太湖，同副總兵王羽、參將王奮武、中書路澤溥、澤淳、舉人楊廷樞等同仇敵愾，大挫敵鋒。至是，雄都入閩；帝稱為佳士，超拜兵部職方司主事。
帝聞江督萬元吉死守贛州，特加樞銜；江撫劉廣胤退避雩都，著革職聽勘。
諭吏部驗封司員外曹元芳曰：『東南為朕一人故，三遭寇虐，覽奏如痌瘝在躬。義師所在雲集，乘其怒而激勵之、因其勢而利導之，真恢勦一大機。元芳為國仇家難驚心，慷慨請纓，具見忠孝；但勇往難、往而有濟更難也』。
鄭芝龍疏陳：孤臣督輔黃道周矢志盡忠。帝特贈道周文明伯，謚「忠烈」；祭葬，即照伯爵例行。妻封一品夫人；四子，長為錦衣衛世襲指揮，次為錦衣衛世襲正千戶，三子著任行在尚寶寺丞，四子任中書舍人。仍敕有司一立廟於本鄉，名曰「報忠」；一立廟於福京，名曰「憫忠」，春秋致祭。並與立坊於家，篆額曰「中興藎輔」。其遺詩，即立碑於廟門。
特議加福京鄉試解額三十名，以示龍興首善、廣開薪槱至意。
督輔楊廷麟疏陳虔事危在旦夕，援兵半已潰亡。帝曰：『吉州失守，督臣萬元吉諸兵皆付一擲，撫臣劉廣胤先出雩都，副總陳丹、張琮、李源■〈氵符〉五月一日失機，成何法紀？此番功罪宜明，卿即詳悉入奏；惟虛惟公，勿僭勿骫！見在收拾殘敗，亦即中興根本；粵兵、狼兵三萬餘人，准卿召募。但作何招集、作何約束？必先議定。近日地方苦兵尤甚於賊，經過不慎、號令不嚴，驅虎進狼，綠林四起，豈必寇作戎首哉！包象乾、張家玉兵，卿還嚴諭：不得收聚兇徒，終成潰散。朕十日內，一定親蹕汀州，面議方略』（校者案：「大紀」此下尚有『誓在必行，決不失信』語）。
諭吏部尚書郭維經曰：『官員賢否，關民生之榮悴、切宗社之安危。若吏部有滿堂清官，天下必少呻吟百姓。朕於此選，至虛至公，力拔其尤而後已焉』。又謂兵部試司務蔣平階曰：『覽爾奏，多發人所未發。如一官五月而更易數人，一人數日而更三命；百里而督、撫並設，巡方與中使並差：皆害政之大者。至謂疑人復留用，募兵不問餉，有聽言之名而未收其用，去鋪張而存實意，相天下機而務持重，皆切要語。朕所嘉尚焉』。
吏部尚書郭維經疏列三吳起義死難士紳，各贈官有差：葛麟贈兵部郎中，錢振先贈參政，顧棻贈兵部主事，王日如贈兵部員外，馮翥贈副使，錢圭贈參政，王有容贈僉事，麻三衡贈國子監學正，凌宏煥、張明光、謝球俱贈訓導。
大田縣貢士樂英進「冊府元龜」一部。
琉球世子遣官航海入賀，並貢方物。
鎮臣黃蜚一家殉難，予祭葬；並行原籍建坊旌表。
敕鄭芝龍『撥兵遣將守江山，壯衢聲勢。未可卸遠調之擔，自撤籓籬』。
時海師議久不成，朝廷兵餉尚缺。禮部侍郎曹學佺謂『恢復之策，舟師直擣金陵，可冀其萬一。故罄竭家貲及鹽本諸項，勉成一萬以濟之』。左都御史張肯堂疏薦崔芝善於用海，有船五十餘號、有兵二千餘名，乞釋罪圖功，置臣標下。帝曰：『前楊耿糾其募賊入港，因發兵捕勦。卿既信其無他，即准隨卿前進；定限夏至前到，以便卿乘風吉行。崔芝俟再立功，即與掛印』。
翰林院檢討何九雲進家藏書四百八十四種，計三千五百本，令弟九祿賫投。帝曰：『朕性喜圖書，所進者縑緗殊富（校者案：「大紀」此下有『頓快素願』語），著即收進。內有重的，仍發與九祿領回。九祿著任國子監學正，以示酬勞』。
四川參政劉鱗長疏稱『恢復重、夔二府三州二十三縣，以川餉贍川兵，不敢虛糜破冒』。帝嘉其『不避艱危，盡抒方略，忠勞懋著；特升太僕寺少卿，俾其前來陛見供職』。
時有訛言駕回天興者，帝聞之怒曰：『朕以進戰自誓，豈有復回之理？誰為此言，以惑亂耳目！即應立刻察明斬首，以警其餘』。
行人司瞿昶疏陳楚、滇、蜀、黔事情：『楚在一事權、專任使；預敕重臣以待南昌、荊、襄之復，即遣大將以鎮之。蜀在結將士、收民心；用蜀人辦蜀事，搖、黃則勦撫並用，獻賊則殲厥渠魁。滇、黔則在外援鄰邦、內顧門戶；但近日勳臣、土司議論未定，其地近蜀之遵、永，楚之接界平溪、銅仁，俱宜防援』。種種皆扼要實著。帝嘉納之。
帝謂近臣曰：『信撫五易，而得周損；今又說損不可用。才能試而後見，俟到任後不效，另議未晚。信乎，用人之難也』。
禮部擬會試定用十月；移催各省、各府。有恩貢生陳元綸赴廷試，進所著「豳風」、「保治全書」、「五經涉錄」各一部；敕諭留覽，以啟所學。
六月，以楊鶚總督偏沅；何騰蛟因進「敕印一齊交付」疏。帝諭之曰：『卿宣勞江漢，功在社稷。復楚、恢豫，長驅燕、代，業以全擔付卿。楊鶚之推升，因彼時未審輿圖，偶為錯舉，豈有一柄兩操之事？今中樞需人，業召鶚入佐矣。朕與卿分則君臣、誼同父子，何不因疑奏明，遂為是舉；且「將在外，君命有所不受」，尚惟始終一心，力任危地，以必見孝陵、必葬威宗為任。朕與卿當共勉之』！後有「兩奉君命出江，百念回思顧楚」之疏，中有『願為愚，不願為智；不敢棄、不忍棄，不能以兩年死掙之城棄之他人之手』云云。帝始欣然曰：『閫外之事悉以賴卿，惟有早開雲臺以待』。
帝命翰林院新選萃士萬荊等十二名隨庶吉士後入閣，拜先師。復敕翰林院官時其教習，毋得作輟；其服色比庶常，而冠袍角帶焉。後兵部主事萬曰吉劾其非制，且有贗鼎見售之疏。帝曰：『拔士於貢中作養人材，事關特典；名為萃士，原不同於庶吉士。毋得慷慨（校者案：「大紀」作「憤激」）不平，暗行詆誹』！
敕臺臣艾南英，將其生平著作刊刻成帙者進覽。
時錢塘江上戰功，惟方元科為能用命；封為定胡伯，並發手敕以示優異。帝曰：『天下之壞，不壞於寇而壞於兵，不壞於兵而壞於官，殊可痛念！浙中無所事事之官，逍遙於家、騷驛於途，漁獵細民的，通著撫、按清察撤回，安輯地方』。
時清師數萬逼楚疆，李赤心等怯不敢前。監軍道章曠獨踰嶺督榆兵血戰，斬獲甚眾；清師屢卻。督部何騰蛟疏聞，特升曠都察院右僉都御史，提督軍務，恢撫湖北地方。
巡關御史鄭為虹叱責芝龍標下將官陳俊、鄒太爭舟。芝龍密訴於帝，帝曰：『干戈寧謐，全藉文武和衷。為虹叱責，亦是代卿約束。卿幸勿芥蒂，仍以王臣王事視為一體、等於虛（校者案：「大紀」作「同」）舟；尤所殷望』！
衢州知府伍經正不奉魯藩，帝以其義凜一尊、秉節不二，再與實加一級示勸。福京太僕寺卿甘惟爃上疏乞休；帝謂之曰：『同一去國，太平無事，人競進而已，獨退則為恬；國運多艱，人致身而已，思去則為避。此義諸臣所素知者。惟爃仍降一級，以警偷惰』？
命黃斌卿曰：『荊本徹雖非賊寇，乃爾騷擾地方，民恨實甚；殺了便罷！所招降將士，善為約束；勿令流毒，致重民怨』。
鄭芝龍制油扇五千五百握有奇，分給閩中應試生儒，以為卻暑；帝破例允行。改十五日鄉試首揚，四書三篇、經二篇；十七日二場，策三道、判二條：從減篇節省之旨也。是時，吳柄從江右單騎入關，帝命為布政司提調棘闈；而以編修劉以修為主試。以修字懋卿，號九一，閬中人；庚辰進士。先是，以修進「文昌化書」；帝曰：『「化書」勸人忠孝，朕甚嘉之。以修生長其鄉，即與門人較定，更當廣佈成書，以襄上治』。
福京吏部司務王士和疏陳六事；文職廣而脫卸者多，武弁盛而立功者少，升遷驟而責任益輕，議論煩而實用益寡，聽納博而精神愈紛（校者案：「大紀」作「棼」），移蹕頻而民生日苦。帝歎為苦口良藥，隨以士和為延平守。
是時，蘇觀生、陳賡多方鼓舞援軍將士，吳之蕃、張國祚兩營奮勇出戰，與清師遇於李家山、九牛之間，數戰皆捷。清師疑援兵至，撤圍退屯水西；之蕃、國祚亦退守南康。時贛守已閱兩月，奉詔勞苦，改名忠誠府；加楊文薦右都御史。二十四日，江起龍、趙印選、胡一清率師三千，南安同知劉清容引兵三百，蘇觀生部下遣師三千，粵帥餘卒三千，楊廷麟收散亡數千，大司馬郭維經、侍御姚奇胤召募滇、閩兵八千，閣部丁魁楚部下遣帥四千，先後皆至，營於城外，不下四萬餘人，皆欲一當敵先。時中書袁從諤出募砂兵三千，銓曹龔棻、兵曹黎遂球出募水師四千，留滯南安。萬元吉以為必待水師之至，並力一戰，安危在此一舉。王其宖曰：『今水涸不能汎巨舟，且其帥羅明受故海盜也，桀驁不馴；龔、黎二公如慈母之奉驕子，豈能如約』？
是月朔，皇子琳原誕生；群臣表賀，有『日月為明，止戈為武』語。帝歎賞，大赦覃恩。手詔封芝龍泉國公、鴻逵漳國公，尋改芝龍平國公、鴻逵定國公。鄭氏廝養俱得三代誥，撰敕及織軸者日不假給。
閣部顧錫疇流寓溫州。有鎮將與督學相結，取事例銀供餉，諸生鼓噪；鎮將縛一、二人殺之。錫疇欲疏劾，鎮將乃乘夜縛錫疇投之於江；子鎣遁免。鎮將者，賀君堯也。顧為佟邦年門生，邦年子為清朝嘉湖道；鎣在署中，適君堯以賂佟入官，鎣見之以告，乃置之死。
時清師陷蕭山，遂圍諸暨及紹興、嚴州，關門震動。
二十七日發榜，取中葉瓚等一百七十五名、副榜六十五名。錢邦芑請一榜盡賜登科，以成曠典。而是科弊中甚多，榜內李枚文理大謬，編修周之夔、御史劉霖懋取布政司原卷不通處疏糾之；帝即命黜，革逮房考推官王三俊追贓一萬兩，以助水師餉。其餘另旨令南城御史方元令覆試，黜落四名；仍發續榜，俱准為舉人。繼而三俊之贓甫完，而清師已至，幸免株連。
秋、七月，都督陳謙奉魯藩使，與行人林垐至關，趦趄不進。芝龍以書招之，乃入陛見。啟函，稱皇叔父而不稱陛下，帝大怒，下廷議禁獄。陳謙者，武進人。乙酉春，齎南都詔封芝龍為南安伯，比啟讀券，乃誤書安南；謙謂芝龍曰：『安南則兼兩廣，南安僅一邑耳。請留券而易詔，更晉伯為侯』。芝龍大喜，厚贈而別，半道而南都失守；故芝龍素德謙。御史錢邦芑乃密啟：『謙為魯藩心腹，與鄭深交；不急除，恐有內患』。或以告芝龍，芝龍謂刑所必經其門，臨期救之未晚。至夜半，內傳片紙，別移謙斬之。芝龍聞，伏尸哭極哀，以千金、百布葬謙，為文祭之，有『我雖不殺伯仁，伯仁由我而死』之語。因疏『海寇狎至；今三關餉取之臣、臣取之海，無海則無家，非遄征不可』。拜表即行。中使手敕云：『先生稍遲，朕與先生同行』。及之河，則飛帆過延平矣。芝龍既去，守關將施福盡撤兵還安平，聲言餉缺；蓋微聞錢塘信也。
雷州守將殺清知府趙最、推官李宣國；宣州府鄉兵逐清所置官，復其城。
詔以皇子恩，釋僉都御史田闢於獄。闢，河南人；甲戌進士。南都時，以戶部榷稅虔州。是年春，募兵入衛，改署都察院事。疏糾閣臣曾櫻，語連中宮；帝含怒未發也。既而遣錦衣衛王之臣往閱其師，併發月餉；之臣迎合意旨，疏糾詭兵冒餉，遂下詔獄。然兵籍俱實、餉又未發，班行多申救者，帝怒不解。至是，乃釋。後闢崎嶇楚、粵間，卒抗節而死。
督師黃鳴俊久駐衢州；八月，忽退入仙霞關。帝怒，適鳴俊子職方主事天復從駕，詔逮獄；而命建寧府羈鳴俊。鳴俊懼，請奮勇自效，尋統兵出關。
皇子琳原薨，謚「莊敬」。
鄭鴻逵駐關外，傳言清師至，則徒跣疾行三日夜而抵浦城。詢及後至者，則兵譁也。事聞，削其封爵。
帝因首輔何吾騶言，決意幸汀入粵。而芝龍力請旋蹕福京，且云『傾家相助，可四百萬；關門固守，決難飛渡』。帝不聽。芝龍歸，又令繼母赴行在力向中宮言，又不聽。時清師已輻湊關外，帝尚在延平。將幸贛州，特詔宣芝龍商留守事宜，芝龍不至。清內院洪承疇先紿芝龍，啖以閩粵王官爵；凡關隘水陸之兵，二月時俱早撤回。浙東既潰，清師從容入閩；而或由建、或由汀、或由福寧，俱走山谷間道出不意，不盡由仙霞也。
十七日，清師將至，浦百姓請出降，按臣鄭為虹不可；再請行，又不可。及清師至，擁見貝勒；為虹不屈，貝勒嘉其節，不忍殺，且勸薙髮。為虹曰：『負國不忠、辱先不孝，忠孝俱虧，我生何用？寧求速死，髮不可斷也』。明日，復召見，責輸餉。為虹曰：『清白吏，何處得金』？百姓爭欲代輸贖以不死；為虹以民窮財盡，持不可；噴血大罵。貝勒下令斬之。為虹，字天玉，揚州人；癸未進士。年少，美丰姿。初令浦城，潔己愛民。帝入關，聞其廉，欲置之左右；浦民留之，有十不可去浦之疏。遂寵其任為巡關御史，亦以恤浦民也。關將不法，為虹繩之。有曲護關將者，反露章彈為虹，市恩邀譽；帝知其忠，不問。復命巡按上游，關將頗為斂手。清師入關，為虹歎曰：『文武不睦，勢不可為也』。竟不屈死。科臣黃大鵬同日殉難，為虹義僕陳龍與標下中軍遊擊原某、浦城千戶張萬明及子都司張翹鸞、都督洪祖烈從死。百姓為之祠焉。
清師破延平，帝出狩，猶載書十車以從。時隨行者，止何吾騶、郭維經、朱繼祚、黃鳴俊數人。已而何與郭亦遁去，輔臣路振飛追駕不及，縊於邵武山寺。禮部侍郎馬思理、工部尚書鄭瑄俱扈駕，中途逃歸。思理詐死遁至海上，擁戴魯藩；瑄則爭先屈首而已。上游巡撫吳聞禮遁入山寺，人有勸之者；曰：『豈有堂堂撫臣而怕死耶』？後率鄉勇赴敵死。延平府王士和矢志不移，曰：『吾受國厚恩以守此土，不能持寸鐵與鬥，死有餘愧；可與之俱生哉』？乃正衣冠，經於堂皇。士和，臨川人；富經術。崇禎朝，領鄉薦；初為吏部試司務。帝入關，疏陳六事；帝嘉其直，升知府事，清正不阿。延人德之，痛哭如喪所親；鳩金斂焉。
永福降紳黃文煥、男琪逐縣令起兵，伐山開道至延平，朝清貝勒。時有貢生齊巽、中書張份、醫僧不空等鳩眾起兵，清師之遣掛示安民者，輒殺之。倉卒無餉，曹學佺助以千金，始克招募。黃琪密報貝勒王下福州，遂各逃散。時訛傳清師入閩，有『留髮不留人、留棺不留屋』之語，省城巨室移棺郊外，城中如洗。
二十八日，帝抵汀州。清師踵至，建寧知府楊三畏、延平道趙秉樞一路迎降。隨征御史王國翰以警急聞，帝怒，欲杖之；扈從皆遁。次日，有十餘騎叩城曰扈蹕者，乃追騎也；遂執帝及曾后去。國翰及子都督同知涼式、禮侍曹學佺、通政使馬思理俱縊死。后至九龍潭投水，帝崩於福京。或曰：代死者，為唐王聿釗；帝實未崩。其從亡之臣，則戊辰進士賴垓、河南丙子解元熊緯也。後粵中建號，尊帝曰思文皇帝。
是月，羅明受率水師至贛，清師截之於江。明受遁走，棄巨舟八十餘，兵士被獲者數百，贛城內外列營喪氣。清師於二十八日破廣營，二十九日破滇營。自是，東南城外無一卒。
九月三日，清師圍贛。城中留者，江起龍罷卒三千，汪國泰、金昌振四百餘，徐日彩新招虔人二百餘，郭維經部下三千餘；城外惟水師後營黃志忠二千餘而已。贛人登陴日久，勉強支持旦夕。
清師既下汀州，別遣李成棟、韓固山略定興、泉、邵、漳等處。九月八日，入泉州德化，縣令陳元青迎降；大學士蔣德璟絕粒死之。
十九日，清師至福州，從北門而入。城中百姓十留一、二，父老仍鳩各鋪羊酒郊迎。貝勒王駐札洪塘沙洲，出諭安民；禁兵士毋得入城肆掠。分職任官，悉如舊制。福州縉紳俱遁山谷，首至者某部尚書某一人而已；跪沙中竟日，貝勒不為禮，徐乃令去。曰：『爾官在明朝若大乎？茲不便用也；速去』！
時剃髮令下。有閩縣人趙卯，生三子矣；妻時已喪。卯乃多市魚肉，與父母暢飲；酒酣，請父母拜之。日暮，卯俟父母安寢，徘徊中庭，愾歎數四；呼其子曰：『爾讀書，筆硯可簡出，吾有用』。隨命三子先寢，乃濡濃墨大書於壁曰：『男子趙卯，不肯剃頭死』。擲筆，縊於中堂。時年三十有六。
禮部尚書曹學佺，字能始，號鴈峰。年十八，舉於鄉；二十一，成進士。宦轍所至，興利除害。工古文詞賦，富於著述；尤喜臨池，入晉、魏之室。熹宗朝，以序何總制士晉所著書，談及閹寺三案，削職追奪，幾陷不測。歸來，閉戶著「天下名勝志」、選古今十二代詩、撰「五經說」；繼乃旁通天文、禪悅、字說、語錄、二十一史，皆有纂緝。威宗朝，屢詔起之，不就。林夙知其名，初入閩，即起為太常；尋進少宗伯，特設蘭臺，令修「威宗實錄」。聞駕已離延津，即削髮入山寺為僧。有不知時勢者四人，思為恢復計，乃率里中無賴三十人直抵寺中而強之。學佺曰：『千金予不憚傾囊以應，奈時勢已至此何』？四人苦懇之，學佺惻然曰：『與其留為兒孫用，不如先為國家用；成敗利鈍，非予所知。諸君勉之』，翌日下山，予之如其數。四人者延學佺至帥府，時即九月十六日也。至十九日，清師入城，學佺乃呼家人告曰：『吾志已定，今日正吾盡節之日也』。遂沐浴正衣冠，縊於中堂。年七十有三，語不及後事。後五日，始得入棺。次年二月十九日，移櫬西郊二忠祠，葬祭成禮。右衛指揮胡上琛，字逢聖，號席公；直隸人。伊祖以功授燕山衛，後升福州右衛，遂占籍焉。上琛幼孤，依母家田氏。少長，嫻禮義、文詞。年十八，赴京襲祖職；折節讀書，耽於賦詠。多蓄書畫，有當意者輒典衣購之。帝入閩，升錦衣衛，扈從延平。及帝出狩，上琛徒步歸，閉戶不出。清師將入城，上琛密令人入山覓毒草；其愛妾劉蕙聞而笑曰：『君豈以我婦人，不知節義事而不與聞耶？吾有志久矣，特慮君志未決耳』。上琛喜動顏色，遂服冠裳，與妾拜天地、祖宗，並坐中堂飲藥酒而卒。上琛時年三十有八，蕙年二十有一。子四人，先時囑母氏撫養。
十月三日，贛城中有縋城而出者，清師獲之，以為鄉導。夜泊小東門而上，鄉勇猶巷戰刃之。四日黎明，清師四集，遂破忠誠府；萬元吉、楊廷麟投水死，郭維經入嵯峨寺焚死，兵科給事萬發祥、守道彭期生、吏部主事龔棻、御史姚奇胤、兵部主事于斯昌、王其宖、黎遂球、柳昂宵、魯嗣宗、錢謙亨、戶部主事杜珽、中書舍人袁從諤、劉孟鍧、劉應駟、贛州推官署府事吳國球、同知王明俊、臨江推官胡縝、知縣林逢吉、監紀通判郭登寧、鄉宦盧象觀、舉人劉曰佺、萬與升、馬芝、貢生楊述鴻、黃尚實、胡國偉、王明、管聲、元戴紱、段之輝、朱長應、賴尚佐、劉期錫等數十人不死於兵，即自盡投水耳。
十九日，清師入漳州，漳州道傅從龍、知府金麗澤以城降，皆仍舊職任事。不三日而鄉民兵起，殺從龍、麗澤。
當清師之未入泉州也，鄭芝豹先至，閉城索餉。諸紳不應者，即梟其首。縛親家母於庭，抵暮得數萬。又具火手五百，將盡焚城中宮室；以餉未足，遲至明日。俄報清固山兵將至，乃奔安平。
芝龍〔退〕保安平時，樓船尚五、六百艘；軍容烜赫，戰艦齊備，砲聲不絕，震動天地。以前約南都洪內院信未通，故猶豫未敢迎師。又自念早撤關兵，清師得通行無所累，有大功；而兩廣素屬部下，若招兩廣以自效，閩廣總督可得，猶南面王也。清貝勒令泉紳與芝龍最厚者郭必昌招之，芝龍曰：『我非不忠於清，恐以立王為罪耳』。會固山兵逼安平，芝龍怒曰：『既招我，何相逼也』？貝勒聞，刀切責固山，令離安平三十里勿駐軍。而遣內院二人持書至安平，其略曰：『吾所以重將軍者，以將軍能立唐藩也。人臣事主，苟有可為，必竭其力；力盡不勝天，則投明而事，乘時建不世之功，此豪傑事也。若將軍不輔立，吾何用將軍哉？且兩粵未平，今鑄「閩粵總督印」以相待。吾所以欲將軍來見者，欲商地方人才故也』。芝龍得書大喜，必欲降附；諸將多不從。其子成功痛哭而諫，勸之入海。而芝龍念田園遍閩、廣，秉政以來，增置莊倉五百餘所；駑馬戀棧，遂進降表，單騎以五百人自隨而降。成功母自縊死。芝龍過泉州，大張播告，誇投誠之勳；猶持貝勒書招搖，得官者就議價。十一月十五日至福州，朝見貝勒，握手甚歡，折箭為誓。遂命酒痛飲。飲三日，夜半，忽拔營起，挾之而北；從者五百人皆別營，不得見。惟狎客陳鼎隨之，亦不許通家信。芝龍乃面作家書數封，皆囑『無忘清朝大恩』語；而謂貝勒曰：『北上面君，乃芝龍本願；但子弟多不肖，今擁兵海上，倘有不測，奈何』？貝勒曰：『此與爾無與，亦非吾所慮也』。
芝龍既行，鄭彩、鄭鴻逵、鄭成功皆率所部入海；成功樹旗曰：「殺父報國」。張肯堂、沈猶龍等亦往舟山依魯王，芝豹獨奉母居安平。芝龍至京陛見，奉朝請。
十二月朔，成功會文武群臣於烈嶼，設高皇帝神位，定盟恢復；仍改明年丁亥為隆武三年。移於南澳，勤王者遠近至，軍聲頗振。
永曆元年、即鄭氏所奉之隆武三年（清順治四年）丁亥四月十八日，黔國城中人執阮韻嘉、袁士弘檻送楚雄，伏誅。二十四日，孫、李諸軍入城，秋毫無犯。定洲據省，凡五百五十日。
五月，李定國帥師向臨安。庚申至壬戌，拔之；改阿迷州曰開遠、蒙自曰樂新。遣使至楚雄，永昌楊畏知猶以流賊目之。
是月，鄭成功於廈門中左所設演武場。
六月，四將軍入迤西，楊畏知迎戰被執；四將軍解其縛，坐之上座，以為同獎王室，非有他也，俾作書通意於天波。畏知曰：『果爾，當從我三事：一不用獻偽號，二不殺百姓，三不擄婦女』。可望皆許之，即折箭對誓；迤西得免屠戮，畏知之力也。
七月，土司龍在田、許名臣降清。
鄭成功合鄭鴻逵軍圍泉州於桃花山，不克。
八月十八日，四將軍兵入鶴慶，又分兵入麗江，土知府木懿迎降。天波得畏知書，猶不敢信；遣其子中顯至營曰：『但得守永昌足矣，不敢復望故位』。劉文秀謂諸人曰：『沐世子來，猶國公也；請以國公之禮禮世子』。世子歸，以二十騎送之，悉反所得沐氏世寶。天波大喜過望，二十騎中有兩人歷階而上；中顯視之，愕然謂其人曰：『此即撫南劉將軍及王將軍某也』！天波乃與兩將軍還成都，車裂余錫朋、徐中和等以謝國人。文秀隨引兵討佴革菴。佴革菴者，定洲之老巢也。有九山最險，峒名溪烏；其外巢曰大莊，夷蠻黑老虎踞之。其戰口銜雙刀、手舞大刀，所向無前。文秀圍之，久不下；定國益師往，誅黑老虎。
定國之攻臨安也，定洲部目李阿楚拒戰甚力。定國穴地道置砲，砲發而城陷，阿楚赴火死；兵猶巷戰。定國怒，執城中紳衿、兵民盡戮之，所殺七萬八千餘人；而陣亡與自焚自縊者不與焉。又屠晉寧及昆陽、呈貢、歸化，又殺數十萬人。迤東被戮之慘，幾與蜀同。而迤西獨免，宜楚雄人至今尸祝楊畏知不衰也。十月四日峒人多出降，破之；執萬氏、定洲以歸。沙亂由於萬氏，滇人疑其如夏姬；及獻俘，魋黑奇醜，莫不大笑。
是月，朱成功（即鄭成功用國姓也）從大學士曾櫻議，頒明年閩中正朔（號戊子）大統曆，用文淵閣印印之。
永曆二年（清順治五年）戊子閏三月，成功攻同安、安溪，皆下；以吏部主事葉翼雲署同安事。五月，圍南安縣；七十日不克而還。八月，清師破同安，葉翼雲及鎮將丘進、金裕皆死之。遣光祿寺卿陳士京入朝於肇慶。
永曆三年（清順治六年）己丑，士京還自肇慶，晉封成功為延平王，始奉粵中正朔（校者案：即永曆以前皆稱隆武也）。六月，清漳浦守將歸降於成功。
永曆四年（清順治七年）庚寅，成功率師南征。
永曆五年（清順治八年）辛卯二月，清守泉州鎮將某偵廈門單薄，襲破之。曾櫻自縊，諸紳咸避於浯嶼。成功自南返，泉州攻者始退。十二月，成功攻漳浦，其令來降。
永曆六年（清順治九年）壬辰正月，清海澄守將赫文興舉城來降。成功圍長泰縣，清督帥陳錦來援，敗之。二月，成功復克平和、詔安、南靖三縣，進圍漳州府。七月七日，陳錦為其內司李進忠等五人所刺，以其首來降。八月，刑部侍郎王靈石至自五指山，言思文在彼為僧，繼而敕使至廈門；一時故臣皆不能決。九月，清金帥（校者案：即固山金勵）援漳，鄭師失利。
永曆七年（清順治十年）癸巳三月，五指山復避使來存問諸臣；使言『思文今離五指、駐平遠縣，將起兵』。故臣乃具公疏請敕驗視，卒不可得。五月，金帥以萬騎攻海澄；遇伏大敗。六月，鄭師南下，會潮州守將郝尚文來降；以定海李孟■〈山上〈弓攵〉下〉 署太守事。其屬縣潮陽、惠來相抗，成功赴勦。
永曆八年（清順治十一年）甲午四月，清廷議割漳、泉、惠、潮四郡地，令鄭氏薙髮；不受。清師復陷潮州。十一月，成功發水陸師應西寧王李定國粵東。十二月朔，成功克漳州；漳屬十縣而降者九，獨龍岩不下。十二日，泉州屬七縣而降者六。
永曆九年（清順治十二年）乙未正月，鄭師克仙游，攻凡半月。四月，鄭師援粵之師失利，統軍黃梧降級。五月，鄭師祭旗，大演陸師；戈甲耀日，集縉紳觀之。六月，鄭師祭海，大演水師。九月，南克揭陽、澄海、普寧三縣，命峻揭陽，毀澄、普。十一月，守舟山清將巴臣與興城來降於鄭師；發師已三月，阻風。至是，始抵城下。十六日，清師再遣使議和。
永曆十年（清順治十三年）丙申正月十一日，始頒粵中正朔十年大統曆，以前年有軍事也。守臺州將清馬信棄其城，降於舟山。二月，馬信及馮用、張洪德俱抵廈門，謁成功。五月，粵師失利歸，斬其將蘇茂。閏五月，改廈門中左所為思明州。六月二十四日，黃梧以海澄降清，縣令王元士從之；協將康雄不從，斷其手，得墜城出。七月五日，以陳忠勇侯留守思明州，成功率師北伐。奪閩安鎮，斬清將胡希孔，生擒百七十餘人。二十三日，戰於南臺，奪橋。又明日，戰於橋北，再勝。二十八日，戰於教場，奪馬二十五匹，擒延平援將張禮。八月四日，成功克連江。二十六日，清師陷舟山；總制陳雪之、英義伯阮進俱赴海死。
永曆十一年（清順治十四年）丁酉十二月，思明火藥局火。
永曆十二年（清順治十五年）戊戌正月，粵中以璽書通問於思明。二月，徐孚遠覲粵中行在，汎海取道安南入滇。成功會師浙海，以前少司馬張煌言為監軍。北上抵羊山，羊山故有龍祠，海舶過者致祭，必以生羊——即放羊於山，久而孳息日繁，見人恬不畏避，軍士競執之。時天朗波平，怪風猝至，海舶自相摐擊；義陽王溺焉。於是返旆。
永曆十三年（清順治十六年）己亥五月，鄭師悉眾北指。張煌言以所部亡命為前驅，入江抵瓜州城下。明日，成功至；清師禦之，滿、漢兵死者千餘。鄭師乘勝，遂克其城。成功南渡攻鎮江，煌言泝長江；未至儀真五十里，吏民迎降。六月二十八日，煌言抵觀音門，成功已克鎮江，水師畢至。七月朔，哨卒七人略江浦，取之。五日，蕪湖以降書至；成功謂煌言：『蕪湖上游門戶，倘留都不旦夕下，則江、楚之援日至。控扼要害，非公不可』。七日，煌言至蕪湖；傳檄郡邑，江之南北相率來降：郡則太平、寧國、池州、徽州，縣則當塗、蕪湖、繁昌、宣城、寧國、南寧、南陵、太平、旌德、貴池、洞陵、東流、建德、青陽、石埭、涇縣、巢縣、含山、舒城、廬江、高淳、溧陽、建平，州則廣德、無為、和，凡四府三州二十三縣。而下流之常、鎮屬縣，亦皆待時為迎降計。時有清大帥單騎東奔，飯於村店；店惟一老嫗，大帥皇遽問曰：『今待何如』？老嫗不知其為大帥也，合掌向天而謝曰：『聞殺北人盡矣』！大帥不敢飯而去。金陵亦竊議迎降未定，而諜知鄭師疏放，樵蘇四出，營壘為空；士且釋兵而嬉。用輕騎襲破其前屯，成功倉卒移帳，質明，軍灶未就，清師罄城出戰，鄭師大敗。成功遂乘流出海，並撤鎮江之師。煌言趨銅陵，與楚師遇，兵潰；變姓名，從建德祁門山中出天臺以入海。
成功之敗而歸也，以廈門單弱，方謀所向。中途遇紅夷船，其通事乃南安人；謂成功曰：『公何不取臺灣？臺灣，公家之故土也；有臺灣，則不患無餉矣』。臺灣，海中荒島也。崇禎間，熊文燦撫閩；值大旱民餓，上下無策。文燦向鄭芝龍謀之，芝龍曰：『公第聽某所為』。文燦曰：『諾』。乃招饑民數萬人，人給銀三兩、三人給牛一頭，用海舶載至臺灣，令其茇舍、開墾荒田為生。厥田惟上上，秋成所獲倍於中土。其人以衣食之餘，納租鄭民。後為紅夷所奪，築城數處：曰臺灣、曰雞籠、曰淡水；此外又有土城數十處。臺灣之城，疊亂石高數丈、厚丈餘，用火煆之，石化為灰，融結成塊。其門戶為澎湖；澎湖淡水，地勢低下；海舶至此，須易船而入；故險而易守。
成功往攻臺灣至澎湖，適遇水漲，竟以海舶渡之，直抵城下。城中紅夷不過千餘人，餘則皆鄭氏所遷之民也。以大砲擊城，堅不受砲。灣民導之曰：『城外高山有水，自上而下繞於城濠，貫城而過；城中無泉井，所飲惟此水。若塞其源，三日而告困矣』。成功從之，紅夷乞降，遂以大舶遷其家。
成功據其地數年，卒；子鄭錦（案即鄭經）嗣。後至甲寅，耿精忠反於閩，鄭氏人猶奉粵中正朔曰〔永曆〕二十八年（校者案：臺灣直至永曆三十七年始降清，時已清康熙二十二年矣）。
三餘氏曰：鄭氏以盜賊之智，習海島無君之俗，委身而託之；「祭則寡人」亦云幸矣，藉之謀國不已傎乎？黃道周輩號稱心膂，在承平固曰能賢；畢竟迂遠不達事變，其於弘濟時艱，全無影響。贛即後亡，而萬則自用頗專，楊亦遲於見事；豈所稱扶危定傾者耶？卒之君逃臣死，俱歸孟浪；適以速鄭氏之負篋擔囊而趨已耳。可慨矣夫！