康熙二十二年癸亥六月十八日，琅與吳英、朱天貴等坐快哨，從虎井過桶盤嶼、內外塹，遙觀賊城各處砲臺並賊船灣泊安所；未時回■〈舟宗〉。奈船多人眾，咸憂無水；偶兵士上八罩，就沙中挖開見水，嘗之味淡，遂挖開數窟，悉是淡水。貓嶼等處亦然。眾大稱異，遂不乏水。十九早，北面黑雲滾滾而起，且風亦微北，浪聲渰動，眾各懷疑。琅仰天祝曰：『皇天當憐沿海人民，受困已極。琅奉命進剿，切不可起暴，祐琅成功』。忽然雷震，眾軍大喜（語云：『六月一雷止九臺，七月九臺從雷來』）。琅加額曰：『皇帝之威靈也』。琅又帶羅士珍、張勝、何應元、劉沛、曾成等各坐趕繒船，從澎湖外汛，由內塹細察形勢。邱煇、江勝見琅船在外颺駛，亦即浮椗起頭帆。琅望見賊船搖動，立即轉舵放砲，收諸船回■〈舟宗〉。
二十、二十一兩日，琅再申軍令：令各船將所配坐鎮將營備以及隨征千把等官姓名，大書帆上，以便遙觀，知其進退。
二十二日，琅命令其六子世驃同隨征都督陳蟒、魏明、副將鄭元堂，同領趕繒、雙帆艍船共五十只為一股、從東畔峙內直入雞籠嶼、四角山，為奇兵夾攻；又令七子世驛同隨征總兵董義、康玉、外委守備洪天錫等，領趕繒、雙艍帆船共計五十只為一股，從西畔內塹直入牛心澳，作疑兵牽制。又將大鳥船五十六只分為八股，每股七只，各作三疊。琅自居中，以便調度，為一股；令四子世驥同黃勇、陸臣、楊林淳、程道明等為中股之末，作一股；同安總兵吳英領一股，居左；平陽總兵朱天貴，領一股，居右；金門總兵陳龍領一股，居次左；提標後營遊擊曾成同提標遊擊何應元，合領一股，為次左之右；銅山總兵陳昌同提標中營參將羅士珍，合領一股，居次左之左；海壇總兵林賢領一股，居末右；廈門總兵楊嘉瑞領一股，居末左；其餘八十只，分為二大股，以為後援。直從娘媽宮前而進。國軒聞外塹山頂瞭望砲連發，立即掌號。各船齊起帆碇，發砲吶喊，從娘媽宮前而出迎戰。互將斗頭熕交打，飄揚攻擊。朱天貴站在尾樓上高叫曰：『親家！汝看我現任總兵！爾可棄邪歸正！速來投誠』（天貴與戎旗一鎮林應是兒女姻家；應又與江勝、勝與邱煇，俱是婿門親家，故天貴系四門親家）。邱煇應曰：『天豈容汝此等背義之人』！發令施砲直庫將左邊熕安好（直庫乃船中施砲之名），喝舵公轉舵，順勢開打。天貴不防，被砲穿脅而死。林賢在末右之右，遙見天貴傷砲船潰，遂衝■〈舟宗〉入援。正逢劉國軒坐風之上，督邱煇、陳起明、江勝、蔡明、王隆、施廷、林應、張顯、林德、莊起、廖義、陳政、蕭武、洪邦柱、楊文炳、黃良驥、陳士勳等船，環圍攻擊；其火箭、藥罐、矢石、砲火，好如星雨。賢督眾環敵，力戰逾時，左臂貫甲，連傷三箭。將士死者傷者，悉無完膚。藥罐、矢石、砲子三者咸盡，無奈將船中鐵鍋打碎，入砲以禦。自分必死，正在酣戰危急之際，欲取火擲藥自焚，幸其中營遊擊許英、左營遊擊吳煇、右營遊擊江新同隨征遊擊施應元、隨征遊擊紀功廳、李廷彪（元字乾長，別號統齋，泉之同安人；後官四川建昌總兵。彪，武舉，晉江人；後官果北口總兵）遠從外攻救，賢奮勇督擊，內外夾攻。忽蔡明船被攻沈碎，而王隆船又被江新火罐擲過發火，諸船方潰散，國軒亦退。賢方合賢追殺。賢斯役也，琅親登其船視傷痕，並詢其力戰禦敵情由。撫賢背曰：『今日得澎湖者，公其魁也！他日侯伯勳爵，琅當讓之』。惜其旋師未久即逝，贈太子少保，世襲。國軒見琅等今日戰陣諸船各用命爭先，復令劉明督其右鎮尤俊龍、驤左鎮莊用、侍衛中鎮黃德、右鎮蔡智、驍翊協蔡添、領旗鎮林亮、勇衛前鎮曾遂、中提督總理陳國俊、右武衛隨征二營梁麟、水師二鎮前鋒鎮營李富、左營張欽、水師三鎮右營許瑞、水師四鎮右營林耀、折衝鎮左鎮左營陳勇、右提督後鎮左營王受等戰船、熕船、趕繒船、鳥船、雙帆艍船，合■〈舟宗〉齊擊。正遇在左吳英督一股舟師進，英令總領旗黃登、副領旗湯明（登，漳之漳浦人，官粵東提督。明亦漳浦人，字德侯，官至海壇總兵）在船頭，己在尾樓督戰力敵。明身中數箭，而英被鹿銃飛過右耳，為火氣傷裂，負痛死敵。忽船又被潮退擱淺，眾咸慌焉。登等喝『無恐』！急拔■〈木超〉，連■〈木超〉數■〈木超〉，乘微風，船方逐浪移流。而邱煇、江勝合諸船亦至，鋒勢愈銳。琅見，急揮羅士珍、曾成、何應元、陳昌等暨浯嶼營遊擊王朝俊、閩安協副將蔣懋勳、海澄營副將林葵、烽火營遊擊王祚昌、江東協副將詹六奇、平海營遊擊李全信、海澄城守左營遊擊卓策合陳龍、楊嘉瑞、銅山鎮右營遊擊阮欽為、左營遊擊曾春龍、江東守備韓進忠、灌口營守備黃富、海壇中營守備李琦、提標中營千總林顯達、提標左營千總胡泮、後營守備戴名芳、督標左營參將林寶、海壇鎮中營遊擊許英、提標右營守備方卻、金門鎮中營遊擊許應麟、金門鎮右營守備林芳、督標左營署守備千總葛永芳、提標右營千總鄧高、海壇標右營千總林正春、提標前營千總林鵬、千總蔡琦、鳳園頭遊擊陳義、隨征加功守備李光琅、隨征左都督何義、二等侍衛吳啟爵、隨征遊擊施世騄、隨征外委守備陳玉路、隨征副將黃昌、都司黃勇、外委守備施世■〈马龍〉、隨征參將許光遠、陳致遠、隨征遊擊方鳳、外委守備施世驃、隨征副將湯貴、隨征參將鄭雲、外委守備施世忠、隨征參將洪雲、隨征遊擊廖程、外委守備施世驤、隨征副將林元應、外委守備施世輔、李雲、隨征參將鄭英、金門鎮左營遊擊曾榮、廈門鎮右營遊擊陳蘭、廈門鎮左營游擊朱明等合攻，砲如雨下，煙燄蔽天，諸船各奮勇圍擊。忽同安城守右營遊擊趙邦試被江勝一砲，碎腦而死。勝亦被陳儒、廖程、朱明、林鳳等環圍，傷死者半。而陳蘭、遊觀光、韓進忠、黃富合至奮擊；勝見勢危，難以脫遁，恐遭擒，將兩邊大砲齊發，登時沈沒（懋勳，浙江人，官溫州總兵。葵，漳之漳浦人，官至鶴慶總兵。泮，泉之惠安人，官浙江溫州總兵。寶，漳之詔安人，官河北總兵。芳，江南人，官至粵東黃岡副將。爵，粵之湖州海洋人，六奇第四子，官天津總兵。騄，字逸園，泉之南安人，系琅第五子（一作琅侄），陝西榆林總兵。玉路，漳州人，中浙江武進士，官湖廣副將。勇，漳之詔安人，本姓沈，官粵東順德總兵。驃，字怡園，琅之第六子，官歷閩粵提督。雲，官潼關參將。程，漳之詔安人，字希南，官定海鎮中營遊擊。明，興化人，官南澳總兵。按凡水戰，彼此望見，即發斗頭熕。將近，或發左邊砲；轉舵，發尾送砲，再發右邊砲；不敢兩邊齊發。如遇緊急，左右齊發，則船隨即沈沒矣）。其陳立、林順、陳政、黃國助、何有德、莊用、施廷、薛衡、林德、張顯、廖義、楊文炳、陳士勳、洪邦柱等船，我師果以五船合圍一只，或被火罐所燒、或被砲擊沈，跳水自焚，不可勝計。惟邱煇一船，往來接應，揮砲亂擊，其勢雄猛，而江新、陳儒、曾成、陳義、施世驃、黃勇、許英、李光琅等合攻。儒搭鉤鉤住煇船，煇一刀砍斷開去；其左足被觀光砲打斷，尚抖擻精神，船中跳舞，督其左右拋擲火罐、火桶、火箭、矢石以禦，負痛死戰。迨見勢迫，遂自拋火於官艙，藥桶齊發，焚死。國軒率曾瑞、黃德、尤俊、林亮、吳福、吳遜、陳昇、陳國俊、梁麟、李富、林欽、林耀、陳勇、王受諸船，橫攻直擊，往來死拼。然琅有令在先，遇賊船一只，即會數只合攻，又連打沈曾瑞、黃德、吳遜、吳福、王受等船。而陳蟒、鄭元堂、康玉諸船從東西畔咸進，琅復催齊進。軒見諸軍喪沒七八，欲乘勢沖出遁去。我師船隻如葉，塞滿各港，即插翅難飛；惟吼門一港無船堵截。軒合黃良驥、洪邦柱、林應、尤俊、林亮等殘敗船隻，順流而退，終為死地。乃謂舵公楊福曰：『急走吼門』！福曰：『吼門礁線甚多，從無船隻敢過』。軒情急，免冑跪於戰棚上禱曰：『國軒今日奉命守禦澎湖，師敗不得脫，欲從吼門而出。果天命有在，國軒壽數當終，船過，立礙礁線，登時沈沒！如有後福，乞皇天假我潮水，俾軒得以東歸』！祝畢，喝舵公從吼門出。福見追兵將近，勢在危急，隨勒舵向吼門行，果水漲風順無礙。黃良驥、林應等殘敗船隻餘船■〈舟宗〉，悉尾後遁臺灣。琅望而奇之，令陳蟒率快哨追擒。蟒港路不熟，趕弗及，遂率眾回師。時日將西，鳴金收軍，打旗招降。並撥小哨，沿海撈救跳水未死之賊。其守娘媽宮砲城者，乃將軍果毅中鎮楊德、遊兵鎮陳明、中提督前鎮黃球、右先鋒鎮領兵李錫、遊兵鎮前營薛勇、中軍施辰、前鋒鎮黃茂、遊兵鎮左營劉斌、提督後鎮領兵徐其昌等，以孤島無援，遂各卸甲投戈，出海請降。琅望見，即令杉板差官持令箭上山，招降薙髮，並造報花名冊呈繳。又差官坐快哨，各持令箭，分撫諸島。其守外塹果毅後鎮吳祿、右鎮林韜、中軍嚴澤、親隨營阮恢、管理大砲衝鋒營林武、中提督右鎮右營蔡穆等暨守內塹侍衛後鎮顏國祥、果毅右鎮左營林新、遊兵鎮中營周烈、管理大砲衝鋒營吳陞、守四角山璧宿鎮楊章、桶盤嶼果毅中鎮領兵曾勝以及守風櫃尾果毅後鎮左營林和、內峙果毅後鎮領兵洪陞、鐵線尾征營徐秋、將軍澳果毅左鎮右營邱膚等，各豎降旗。獨有守把西嶼頭戎旗二鎮吳潛，遙望眾師已敗，欲率神威營林好、管理大砲衝鋒營李德等下救，又苦無舟楫；惟督諸砲手發砲亂打，虛作聲勢而已。及見國軒退從吼門遁去，滿港悉系施琅船隻，嘆曰：『若聽江勝、邱煇之言，亦不致有今日』！時林好勸曰：『事既如此，莫非天意』？潛曰：『余不恨事之不濟，恨大丈夫不能死於疆場耳』！好曰：『諸島悉降，此處難守，速當為計』！潛曰：『大丈夫既不能為國驅馳；豈可偷生苟活』！遂拔劍自刎。好率其眾降。
於是，三十六島咸歸順焉。琅大悅，悉令薙髮。造報偽鎮將，共一百六十五人，賞以袍帽；偽兵四千八百五十三名，給以銀米。出示安民；即飛報澎湖大捷於督撫。
琅繕疏露布，遣吳啟爵齎馳進京。正值八月十五日，上大悅，遂解所御之衣賜琅。又御書於卷一軸曰：『海氛不靖，艨艟出沒，波濤震驚。濱海居民，魚、鹽、蠶織、耕耯之利，咸失其業，朕心恆憫惻焉！邇者，滇、黔、隴、蜀、湖、湘、百粵，悉底敉寧；蕞爾臺灣，險阻負固。爾施琅銜命徂征，決策進取。樓船所指，將士一心。遂克島門，逼其營窟。勇以奪其氣，誠以致其歸。捷書到闕，時值中秋；對此佳辰，欣聞凱奏。念瀛壖赤子，獲登衽席，用紓南顧之憂，惟爾丕績！即解是日所御之衣馳賜，再褒以詩曰：島嶼全軍入，滄溟一戰收！降帆來蜃市，露布徹龍樓。上將能宣力，奇功本代謀！伏波名共美，南北盡安流』！此諭即交吳啟爵齎回以賜，另賜吳啟爵御衣。又授琅為靖海將軍，晉封靖海侯，世襲罔替（余曾於甲子冬，欲觀新闢之地，浮海過臺灣。舟次澎湖，登其地，偶成一律曰：煙霞蕩漾漁人處，已作霸圖保障關。退守聚成雄海國，進窺釁隙動華山。百千萬士咸空壯，三十六峰險亦閑。南顧將軍誠有賴，德流教化逮荒蠻）！
六月二十二日，劉國軒等幸脫出吼門，又苦風微不順，二十三晚方到臺（一作至二十四日午刻到臺灣）。見鄭克塽、馮錫范、陳繩武、洪磊等，陳其喪敗情由。臺灣兵民聞知，各懷戒心，市井風鶴。錫范即馳令守鹿耳門鎮將：嚴加謹防！又諭禁：不許兵民越出村落！大會文武，相議戰守之策。建威中鎮黃良驥曰：『今日澎湖失守，臺灣勢危，不如將大小戰船暨洋船配載眷口兵士，從此山邊直下，取呂宋為基業』。提督中鎮洪邦柱挺身向前曰：『建威中鎮所言取呂宋者，誠當！柱與良驥願領為先鋒』。塽猶豫未決。錫范曰：『以全師取呂宋亦易事；但不知人民土地如何』？中書舍人鄭德瀟曰：『議取呂宋以避鋒銳，此策甚妙！有地圖在此』。並陳可取事宜，略曰：『呂宋者，南海之外國也；橫亙數千里，當中國丙離之位。山川綺麗，中包巨湖。四序溫燠，盛夏南風發則微涼。田禾四時皆可種，亦產木棉。其水土和甘，人民白晰，百姓繁生，不亞中國。從閩、廣舟行七十二更，順南北風來往，僅七日程耳。前代不載王會圖，至萬曆三年，國王遣其臣隔老察朝賀，上嘉納之。閩、廣人數貿易其地，云山有金，亦未曾見；惟有大小銀錢，亦佛郎機酋從其祖家干系臘載以來用也（按佛郎機，在西南，干系臘在東北。其用大小銀錢：最小者四分半，次者九分，又大者一錢八分；三錢六分者，名曰中錢；七錢二分者，名曰大錢。以中錢為一個錢用，不論大小輕重）。其人貓眼鷹準，拳髮赤鬚，諸國中之最桀黠者。四海行賈，不至則已；至則圖謀人國。呂宋亦為其陰謀併奪焉（按佛郎機人互市得利，遂奉黃金為呂宋王壽，向王乞地得一牛皮大。王許之。佛郎機酋陰截牛皮細條，相連圈圍，已逾百丈。王有難色，但業許之。佛郎機酋立將其地築城，城內置樓臺、城上列大砲以自固。後殺王兄弟，並其眾）。用巴禮僧天主教，稱天日「寥氏」，用其術鼓煽四方，名為化人。日本國曾受其害，至今國人深惡絕之。漳、泉逐利之夫多往焉。城外仍廬舍置市，名曰「墹」。貪色輩亦娶妻置產，雖生子，不許讀中國書。禁鐵器，無深閨高閣。三、五載，借事殺唐人，名曰「洗街」；恐其大盛生事也。平時毆詈，不敢回手；殺傷，從無抵償。諸島番，惟呂宋待我中國人最無禮。先王在日（指成功也），每欲征之，以雪我中國人之恨，因開創無暇。至世藩，業已興師，因接耿藩之變，遂移兵過廈。細查呂宋，其兵眾不過千有餘人；所恃者，城上數門大熕而已。然佛郎機之得國，非有信義，守國又無材武，徒藉巴禮僧。廣設禮拜寺，七日一會。男女自赴，燃燭羅拜，凡七日內所行事及陰私必告；不告，則瞞寥氏，罪在不赦。告之，則為懺悔，名曰「解罪」。初入其教，誘以銀錢；既墜其術，惑以登天。人死其地者，有子則請巴禮僧當面開數財產，半入廖氏；無子，則盡沒入禮拜寺。耕植雖不徵賦稅，而每丁月有票例。是憑無稽之梵唄，罔愚蠢之生靈，役使如牛馬，斬芟又如蓬蒿。竊據茲土，已百四十餘年矣。漳、泉人積骸其地者，何啻數十萬；羈魂厲魄，痛恨何極！夫積怨者，神人所共憤；而叢貨者，興盛所取資也。呂宋初無重寶，故不炫於外國。自干系臘舶銀至，而後貿販富饒甲於諸國。今之積於公班、巴禮者數十百萬，是皆昔所誘惑貪愚，死而括藏之物。天下安有久積而不散，虐侮而不復之理乎？又安知非天之鐍其藏，以待興王之探取也哉？觀天運，自北而南，漸啟文明之象。稽古聖威武四方、有截海外之權，欲建非常之功，當與非常之人謀之。昔司馬錯、張儀爭論秦惠王前，張儀欲攻韓、司馬錯欲伐蜀，謂：「富國，務廣其地；強兵，務富其民；王者，務崇其民德。三者備，而王隨之矣」。原夫秦之所以雄諸侯，由司馬錯之計得也。愚謂：今日時勢有似於此，故以議取呂宋為上策』。錫范閱其圖及其條陳，大悅曰：『公何留心之細且詳也』！即啟克塽，令鄭明同黃良驥、洪邦柱、姚玉等領前隊為先鋒；其餘船隻分配眷口，陸續待行。
何祐守淡水，接二十二日失澎湖之報，密遣其子何士隆從淡水港坐船往澎湖軍前，納款獻臺。不俟克塽令，悉徹所統師回。其林亮、董騰、蔡添等，亦密與偵者通謀；請琅速攻臺灣，願為內應。
閏六月初四日，馮錫范與諸鎮商議，欲往征呂宋，兵弁遂恃強橫為，訛言四起：『當大搶掠而去』。是以百姓驚惶，晝夜不安。國軒聞知，向范曰：『欲攻呂宋，雖是良策，可行於澎湖未失之前。今澎湖已失，人心懷疑，苟輜重在船，一旦兵弁利其所有而反目，尊公之前車可鑑也』（范父澄世，於甲申年在銅山欲過臺，其僕利其財，遂與諸船眾謀殺澄世，別往投誠）。范曰：『如此奈何？應分兵死守』？軒曰：『眾志瓦解，守亦實難；不如舉全地版圖以降？量清朝恩寬，必允赦宥』。范曰：『公言差矣！我二人受寄託之重，一旦請降，豈不為萬世羞』？軒曰：『公當細思，戰則難料，降則易安』。議論未定，忽琅遣國軒原副將坐營曾蜚前來招撫，許保題軒現任總兵。軒意遂決。啟克塽，命禮官鄭平英等詣澎湖軍前納款。范撓其事者再，軒攘之曰：『昔者張、卡二使至島議撫，則議不稱臣，以致兩島流離！今春黃朝用至臺再撫，則議不削髮，又致澎湖喪師。皆系公之操持不定！當此之際，尚且狐疑；倘一朝變起蕭牆，將奈何？從來識時務者為豪傑；大事已去，當速順天』！錫范無以答。時臺中諸將密納款獻臺者，不止一、二人。
軒啟塽，命禮官詣澎湖納款。范撓其議，塽曰：『本藩年稚，未諳軍旅；第承繼不久，一旦降人，捫心歉然。揆之天時人事，悉已順於清朝，若不見機，恐有不測，反為大丈夫之羞。今全舉版圖，清朝寬恩仁慈，未必深加罪譴』。軒立調鄭明等登岸，撥兵監守鄭氏子侄親疏，恐其漏脫遺禍。即令鄭德瀟修進降表曰：『延平王佩招討大將軍印臣鄭克塽謹奏：論域中有常尊，歷代紹百王為得統；知天意有攸屬，興朝宅九土以受符。誠五德之推移，為萬彙所瞻仰！伏念先世自矢愚忠，追懷前代之恩，未沾盛朝之澤。是以臣祖成功，蓽路以闢東土；臣父經，■〈革未〉韐而雜文身。寧敢負固重險，自擬夜郎？徒以保全遺黎，孤棲海角而已。茲伏遇皇帝陛下，高覆厚載，仁育義懷！底定中邦，如旭日昇而普照；掃擴六宇，雖浮雲翳而乍消。苟修文德以來遠人，寧事勝心而焚海國？乃者舳艫西下，自揣履蹈之獲愆；念此血氣東成，無非霜露之所墜。顏行何敢再逆，革心以表投誠也。昔也威未見德，無怪鳥駭於虞機；今者誤已知迷，敢後麟遊於仁圃？伏願視天地民物為一體，合象胥寄棘於大同。遠柔而邇寧，形民固無心於醉飽；貳討而服舍，依漁自適性於淵泓。夫且問黃耇之海波，豈特誓丹誠以皦日已哉？臣無任瞻天仰聖，激切屏營之至！謹奉表稱進以聞』。又修書與施琅曰：『側聞大將軍擅蓋世之名久矣，愚懵無從攀仰！遠避外荒，株守先祀，初未嘗妄生釁端！不虞樓船迅烈，震我門庭，僕知過矣！即不敢期將軍之深為布護，獨不為桑梓生靈繫念耶？順天之命，謹奉國制而遵敕諭，永為屏翰。蓋東寧遠在炎荒，若服而舍之，使守先祀，猶足以昭大同而靖南徼。茲遣協理禮官鄭平英、賓客司林維榮齎表赴轅門，祈鑑真誠，奏達宸聰！倘邀俞眷，實荷大德！更有不逮，惟祈指南。臨楮曷勝翹瞻』！劉國軒亦致書與琅曰：『澎湖之捷，已知天意有在矣。敝員曾蜚荷恩釋回，誦老親臺盛德諄諄，為萬靈造福，感念不淺！今藩主不憚屈折，繕表以成鴻勳。老親臺標名銅柱，其立威甚遠，而持心甚厚，此又伏波所不逮者也！茲耑員以聽提命，其中款曲有未合節，煩為指示，尤所厚望！臨楮無任依馳』！
初八日，即差鄭平英、林維榮齎降表暨與琅書，劉國軒差朱紹熙、曾蜚同行，坐雙帆艍船二只，過澎湖見琅，欲削髮稱臣，仍居臺灣，永為朝廷屏翰。琅曰：『此議若澎湖未戰之先，傾心向化，本軍門自當與督、撫合疏題請。今門戶已破，勢窮事逼，始著爾等前來求撫，明系詭譎，非出真誠！況本軍門奉命專征進剿，汝主果有真心，當令劉武平、馮忠誠二人親詣軍前，將臺灣人民、土地悉入版圖，候旨定奪。如有別議，惟有誓師而已』。即將鄭平英、林維榮咨送督、撫，立遣曾蜚、朱紹熙二人仍回臺灣傳諭。遂上疏曰：『為偽藩專差齎書求撫，據情具題，仰祈睿鑑事。竊照臣奉命專征，整頓舟師，於六月十六至二十二日在澎湖，連日與賊鏖戰，砲火雨點。仰賴皇上威靈、官兵用命，渠鎮賊夥，俱被焚殺殆盡，遂克取澎湖三十六島。業於六月二十六日繕疏恭報外，擬乘勝長驅，搗入臺灣，如摧枯拉朽。惟大小戰船被砲打損，破壞甚多。臣姑將次號之船可以補葺者，載送砲傷官兵，回廈調理；將船整固，令其順載柴米火藥弓矢，前來澎湖，以急軍需。至打壞鳥船，見泊澎湖，即當用工修葺。所需木料、油灰、釘鐵、棕麻等項匠作各項，為數不少，刻在要需，誠難稍緩。臣治師遠島，祗恐呼應不靈，隨於閏六月初三、初六等日移咨督臣，亟行採備；仍備八槳船料一百只，一並檄委漳州海防同知王錫九督運，解到澎湖，以應整葺製造，用濟我師到臺灣穿淺入港，渡載官兵登岸之用。至於臣標水陸鎮營被砲傷死官兵三百餘員名、熕傷一千八百餘員名。陣傷之兵，雖給資醫治，未能痊可荷戈。臣計進剿臺灣之時，宜留大鳥艍船二十只、趕繒雙帆船三十只，共五十只；應用官兵四千員名留守，屯劄澎湖，以為兩頭聲援策應。然新附投誠兵眾，未便遽用；而征兵不足，禦剿乏人，業並咨移督臣，選調精壯陸師官兵四千員名前來補用，聽命調遣去後。臣雖殫力疾呼，尤慮汪洋風濤遠隔，實為獨力難支。惟分撥船兵在於八罩、將軍澳、南大嶼、東西甘吉、龍門港、吼門、吉貝嶼等島，倍加巡瞭，以扼其吭。乃殘孽敗遁之餘，見臣水陸官兵逼臨門庭，安插投誠，撫綏地方，民人樂業，雞犬不驚。臺灣兵民，聞之俱各解體。此閏六月初八日，偽藩鄭克塽、巨魁劉國軒差偽禮官鄭平英、偽賓客司林維榮、偽員曾蜚、朱紹熙等賫具降表一道並與臣書二封、另致督臣書二封，駕趕繒雙帆艍船二只，到澎湖臣軍前納款，請降待命。惟馮錫范與鄭克塽欲求原居臺灣，承祀祖先，照管物業，懇臣指示。臣思此議未妥。若在未進師撲剿之時，逆孽早歸來降，當為題請。今澎湖既得，窮逼之際，始差鄭平英等前來求撫，明系詭譎緩兵之計，難以遽信。臣任專征，止宜主剿、不宜議撫。將鄭平英、林維榮二員並書二封咨送督臣看守，候旨定奪。查鄭克塽年尚幼稚，未諳大體；操縱指揮，權皆出於劉國軒、馮錫范二人。茲特令曾蜚、朱紹熙回臺灣傳諭：若果真心投誠，必須國軒、錫范二人來臣軍前面降，將人民、土地悉入版圖，其偽官兵遵朝廷安輯。若偽藩等悉如臣言，臣當體皇上好生之德，以拯數十萬之生靈，具疏題請我皇上赦其前罪，畀之新恩，敕行督、撫二臣撫綏安插。臣因船隻被砲擊壞，暫在整葺，未得乘勝搗剿。其所要需船料匠作，俟解到，即晝夜兼工整造。若船隻修備，風信稍利，殘孽若不從臣之議，即督師進發。當此國軒一戰敗遁，魂落魄喪，臺灣人民風鶴草木皆兵之際，無難殄滅，淨盡根株，以慰宸衷。謹將偽藩鄭克塽原具降表及鄭克塽、劉國軒致臣原書進上御覽，恭聽睿裁，迅賜敕旨！其鄭克塽所致臣書，茫然拆閱，乃臣之罪！緣系恭報偽藩求撫事宜，貼黃難盡，伏乞皇上全覽施行！為此具本，謹密題請旨』。
十六日，曾蜚、朱紹熙二人回帆，到臺灣見塽、國軒、錫范，備述琅言：如有不依，惟當誓師決戰。塽茫然而躊躇。七月初五日，軒啟塽曰：『人心風鶴，守則有變；士卒瘡痍，戰則難料。當請降聽天，勿貽後悔』！塽從之，令鄭德瀟再修降表曰：『延平王佩招討大將軍印臣鄭克塽謹奏：為舉國內附，仰冀聖恩事。竊臣生自海邦，稚懵無識；謬繼創垂之緒，有乖傾向之誠。邇者樓船西來、旌旗東指，簞壺爰迎於周旅，干羽煩舞於虞階。自省重愆，誠為莫贖！然思皇靈之赫濯，信知天命有攸歸。逆者亡，順者昌，乃覆載待物之廣大；貳而討，服而舍，諒聖王與人之甚寬。用遵往時之成命，爰邀此日之殊恩；翼守宗祧以勿失，永作屏翰於東方。業有降表具奏外，及接提督臣施琅來書，以復居故土，不敢主張。臣思既傾心而向化，何難納土以輸誠？茲特繕具表章，並延平王印一顆、冊一副及武平侯臣劉國軒印一顆、忠誠伯臣馮錫范印一顆，敬遣副使劉國昌、馮錫韓齎赴軍前，繳奏版籍、土地、人民，待命境上。數千里之封疆，悉歸土宇；百餘萬之戶口，並屬版圖。遵海而南，永息波濤之驚；普天之下，均沾雨露之濡。實聖德之漸被無方，斯遐區之襁負恐後。獨念臣全家骨肉，強半孺呱；本系南人，不諳北土。合無乞就近閩地方，撥賜田莊、廬屋，俾免流移之苦，且獲養膽之資；則蒙高厚之生成，當誓丹青以啣結。至於明室宗親，格外優待；通邦士庶，軫念綏柔；文武諸官，加恩遷擢；前附將領，一體垂仁。夙昔結怨，盡與捐除；籍沒產業，俱行賜復。尤當廣推寬大之仁，明布維新之令。使夫群情允愜，共鼓舞於春風；萬彙熙恬，同泳遊於化日。斯誠微臣無厭之請，邀望朝廷不次之恩者也！為此激切具本奏聞，伏候敕旨』。十一日，差錫范胞弟兵官馮錫圭、工官陳夢煒、國軒之弟國昌，錫范又遣其胞弟錫韓同曾蜚、朱紹熙，坐趕繒船再到澎湖。
時有寧靖王朱術桂，字天球，原分封荊州，因避張獻忠亂入閩依成功。迨至癸卯年十月，兩島俱破，又從鄭經之銅山。繼而渡臺，建府於府西赤嵌城傍。人品雄偉，美髯、弘聲；善書翰，喜佩劍；沈潛寡言，勇敢無驕。鄭氏將帥以及兵民，咸尊敬之。迨聞澎湖敗績，仰天嘆曰：『主幼臣強、將驕兵悍，又逢此荒亂，是天時、地利、人和三者咸失！將來托足，正不知在於何處』？迨至議降，復嘆曰：『是吾歸報高皇之日』！遂將所有產業悉分賞其所耕佃戶，所居之府舍與釋氏為剎供佛（後琅抵臺，設天后宮；前祀天后，後奉佛祖，旁祠王護法）。其元配羅氏早逝，惟有侍姬袁氏、蔡氏、荷姑、梅姊、秀姑五人而已。術桂諭五人，聽其自擇配。袁氏、蔡氏同請曰：『妾等侍殿下有年，殿下既毅然盡忠，妾雖婦人，頗知大義，亦願盡節，相隨殿下；豈易念失志乎』？荷姑、梅姊、秀姑亦不肯再事他人。術桂奇之曰：『汝等莫非矯言，作一時之雅觀』？五姬齊聲曰：『殿下如不信，願先死殿下前，九泉相待』。桂大喜，即各制新衣以候。十一早，見馮錫圭等賫降表出鹿耳門，即對五姬曰：『是死日矣』！備棺六，各沐浴更衣，設席環坐歡飲。飲畢，五姬向桂叩首曰：『妾等先死以候殿下』！起而自縊。桂各為放下收殮，虛一棺以自待。冠服乘輿出，與鄭克塽、國軒、錫范、繩武、洪磊等諸當事言別，又與左右鄰老辭。遂大開門戶，命僧人守候，遂望北叩首二祖、列宗。起，又向東拜謝父母。畢，援筆書曰：『余自壬午流賊破荊州，攜家南下，甲申避亂閩海。總為幾根頭髮，保全遺體。遠潛外國，今已四十餘年，歲六十有二。時逢大難，全髮冠裳，歸報高皇！生事畢矣，無怍無愧』。又題一絕云：『艱辛避海外，總為幾莖髮；於今事已畢，祖宗應容納！宣宗九世孫術桂書』。書畢，鄭克塽率劉國軒、馮錫范、洪磊、陳繩武等咸至。桂延入，謂克塽曰：『承令先祖、先尊之庇有年，茲非桂輕爾言別，奈天寬海闊，無可托足，不得不回報高皇、列聖之在天』！克塽與國軒等惟咨嗟耳（當時應俯首負慚也）。桂又謝曰：『有勞相送』！即與塽等作揖。投繯，顏色如故，雖死猶生。塽命禮官鄭斌並所囑僧人收殮。越十日，擬與原配羅氏並殉節袁氏、蔡氏、荷姑、梅姊、秀姑葬於竹滬（今鳳山懸長治里）；斌以其地窄，將袁、蔡五人別葬於大林（今臺灣縣仁和里地方）。通國聞之，悉咨嗟嘆息。先是初十日夜，有星如斗殞於東南方（余書至此，贊以二絕云：『天地乾坤無可寄，飄然海國全其身；於今天命誠如此，不負朱家一偉人』！『四海飄蓬何處棲？廈傾一木總難支。願留數莖白頭髮，歸見高皇喜有子』）。
十五日，琅在澎湖修葺船隻，以便進剿。忽報馮錫圭等船齎降表並書至，而何士隆亦到。琅細詰情由，知其真誠無偽。十六日，遣侍衛吳啟爵、筆帖式常在同馮錫圭、陳夢煒、曾蜚、朱紹熙帶告示往臺灣曉諭偽官兵民等遵制削髮，並令其齎繳印敕。示曰：『為安撫輸誠文武官員兵民，以廣聖恩事。照得聖朝定鼎以來，法素從寬，恩恆惟厚；撫順剿逆，區宇咸寧。臺灣未靖，本提督奉旨專征，蓋欲拯絕島之生靈，俾海疆於奠安。茲偽延平王及武平侯識天意之有在、樂皇仁之無偏，遣協理兵工二官、副使二員，賫具表章敕印前來歸命；土地人民，悉入版圖。本提督體朝廷好生之德，念至誠求撫之心，現為題請：仰邀浩蕩洪慈，安輯咸宜，合就曉諭。為此示仰臺灣地方軍兵士庶等知悉：示到，各兵民立即削髮！本提督刻日親臨安插，軍紀素嚴，秋毫無犯。今既革心歸誠，官則不失爵秩之畀，民則皆獲綏輯之安。兵丁入伍歸農，聽從其便；各自安生樂業。無事徬徨驚心！俞旨下頒，新恩遍及。本提督言出金石，決不爾負。須至示者』。琅即題報臺灣就撫疏曰：『題為恭報臺灣就撫事宜，仰祈睿鑑事。竊照澎湖克捷，海逆已失其險。康熙二十二年閏六月初八日，偽藩鄭克塽、渠魁劉國軒差偽官鄭平英、林維榮，曾蜚、朱紹熙等齎送降表並書，來澎湖軍前來撫。臣慮其詭譎緩兵，難以遽信，遂令曾蜚、朱紹熙回臺灣傳諭：若果真心投誠，必須劉國軒、馮錫范來臣軍前面降，將民人土地悉入版圖；其偽官兵遵制削髮，移入內地，悉聽朝廷安輯。若偽藩等悉如臣言，臣當體皇上好生之德，以拯四海之生靈，題請赦其前罪，撫綏安輯。業於閏六月十一日將降表並書具疏進上御覽在案。茲七月十五日鄭克塽復差偽兵官馮錫圭、偽工官陳夢煒、劉國軒遣胞弟偽副使劉國昌、馮錫范遣胞弟偽副使馮錫韓同曾蜚、朱紹熙賫送降本稿前來澎湖軍前回話，一一依臣前言。其防守南北淡水偽左武衛將軍何祐、偽左先鋒鎮李茂等所帶賊眾，今俱弔回臺灣，南北淡水已無防守矣；何祐等差齎密稟到臣納款。是臺灣南北地方，俱已效順。又據曾蜚等稟稱：鄭克塽、劉國軒及兵民人等，咸懇臣發給告示張掛，諭令削髮，俾得遵依；早發一日，則民早獲一日之安。臣因仰體浩蕩洪慈，服舍來安，乃敢給示撫綏。矧鄭逆自來遠阻聲教，未被聖化，非如吳、耿諸逆受恩背叛者比；諒荷皇上廣開面網，赦其前非，俾沾德意。即將劉國昌、馮錫韓見留軍前；隨於十六日，遣侍衛吳啟爵、六品筆帖式常在同馮錫圭、陳夢煒、曾蜚、朱紹熙帶安插告示五張，先往臺灣曉諭，驗看各偽官兵民等削髮，令其催齎偽藩鄭克塽、劉國軒、馮錫范等敕印並繕謄降本前來交繳，以便臣代為齎進。則此事似可妥當也。臣俟各船修葺齊備，一面統率船兵，親抵臺灣，看其形勢，暫行安輯。其所議造八槳船隻及再調陸師官兵，已移咨督臣停止矣。第查臺灣土地千餘里、戶口數十萬，地在敻海之表，或去或留；偽官兵戶口繁多，當作何安輯？事關重大。所當亟請皇上迅賜睿裁，敕差才能戶、兵二部迅速前來，會同督、撫主裁料理，安置得宜，畢此大事，俾臣得即勾當班師。從此金甌永固、玉燭常調，可無廑南顧矣。此番澎湖克捷、臺灣就撫，實賴皇上洪福齊天、威靈遠暨，乃克見成效。但臣鹵莽武夫，性質愚戇，直道行事，不肯遺賊以為君父憂。荷蒙皇上豢養之恩，特加之遇，無足稱報；誓必掃靖海氛，少效涓埃耳。今臣年逾六十，筋力衰邁，難勝封疆大任。但孤忠獨立，既不肯苟合，又不能彌縫；征剿臺灣之舉，乃面奉諄諄，俞旨專征，是以臣竭力死效，堅不可徇，務期蕩平。極知深拂人意，災必逮身！茲賊島既平，臣職已盡，早不引退，將來必為禍階！伏乞皇上恩賜，召臣回京，俾得時覲天顏，臣所深願也。謹將偽藩抄來疏稿恭進御覽。緣系恭報臺灣就撫事宜，貼黃難盡，伏乞皇上全覽乾斷，迅賜敕旨施行！為此具本，謹密題請旨』。
十八日，皇上接督提捷報，大悅，敕兵部停天下選期，與征剿澎、臺有功者先選。
十九日，吳啟爵同馮錫圭到臺灣，鄭克塽率劉國軒、馮錫范等諸文武，齊集海埏迎接。相見各致意外，啟爵曰：『諸公識時順天，我皇上寬仁大德，自當高爵厚祿，以為國家柱石。且提督誓為安輯得宜，保舉重用，決無負諸公之一片真誠歸順也』。遂出提督告示五張，遞與克塽。塽交國軒，通衢張掛。於二十二日，克塽令兵民悉遵制削髮。塽與國軒等諸文武官，候面琅削髮。
姚啟聖於六月十四日在銅山送施琅出師，隨回漳州。越三日，往福州。甫至南臺，即接澎湖大捷之報，頓足曰：『皆林寶之誤我也』（寶原海上宿將，啟聖題為左營；凡平海事，悉以詢之。當欲出師先，啟聖問寶，欲與琅同去。寶以六月颶風不測，澎湖山嶼低矮難攻，故啟聖中止）。迨至鄭平英等至省城見啟聖，請願就撫；聖大悅，與巡撫金鋐計議，檄參將洪範同傳宣楊俊功齎咨文到澎湖與琅，將督標左營參將林寶所帶官兵配坐船隻，悉行吊回。又差候選同知林昇同撫標官頭鄭瑞生、遊擊孫熙駕船二只，從福州港放洋直過。奈南風頂頭，延至二十日申刻方到臺灣，而鄭克塽已令兵民於是日向午（一作是早）剃頭矣。克塽、國軒亦厚待督、撫各使。
二十七日，塽差馮錫圭、陳夢煒、吳啟爵、常在齎降本，並繳延平王冊一付、金印一顆、輔政公鄭聰印一顆及武平侯忠誠伯左武衛等印，前到澎湖見琅。琅細詢啟爵與常在在臺灣情形，二人一一詳陳，果兵民真誠無偽；又備述督、撫差林昇、鄭瑞生、孫熙三人於二十日下午到臺，見兵民悉剃頭髮矣，各嗟嘆悔遲。琅嘆曰：『均是為朝廷辦事，何不通知而直往？豈不貽笑於劉國軒乎？從來大將不能成功於外者，即此可知也！今臺灣得平，實我朝威靈與生民之福』。即將齎到冊印咨移督院主稿轉繳；又密囑啟爵、常在曰：『本軍門有一另疏，汝等同劉國昌至省，倘督院固執己見不肯代繳，汝等即將本疏速齎進京』。其疏曰：『為恭報臺灣兵民削髮，偽藩齎繳冊印事。緣照偽藩鄭克塽差偽兵官馮錫圭、工官陳夢煒、劉國軒遣其胞弟副使劉國昌、馮錫范遣其胞弟副使馮錫韓，齎降本稿到澎湖軍前，一一悉聽臣言。臣察其真誠向化，於本年七月十六日差侍衛吳啟爵、筆帖式常在前往臺灣，看驗偽兵官削髮。業將情由並將偽藩本稿於七月二十四日具題繳報外，此番偽藩差官求撫，蓋因澎湖失險，故革心歸誠。臣就近差遣看驗薙髮，無非畢此剿撫大事。乃吳啟爵等於七月十九日到臺灣，而督臣亦差候選同知林昇、撫臣差官頭鄭瑞生、遊擊孫熙駕船二只，於二十日到臺灣，並無到澎湖知會，枉道直去臺灣，懇其就撫。是將軍國之事，故作兩途歧視，毋乃有輕國體而貽笑於逆眾者乎？且臣於閏六月二十一日因偽官鄭平英、林惟榮到處張蓋乘轎，自尊無忌，咨移督臣，有「搖尾乞憐，袒肉求降」等語；督臣所差之員，將此公文並督臣自題疏稿抄送臺灣與偽藩等看閱，致使賊眾危疑，抱恨於臣。其臺灣地方形勢，兵民削髮，安輯事宜，應去應留，頭緒多端，不便繁入疏稿；吳啟爵、常在親履其地，俱悉其情，茲專差二員赴闕披陳面奏。本月二十七日，偽藩鄭克塽復差馮錫圭、陳夢煒同吳啟爵、常在齎具降本一道及繳延平冊一副、印一顆、輔政公鄭聰印一顆、武平侯劉國軒印一顆、忠誠伯馮錫范印一顆、左武衛將軍何祐印一顆；偽藩鄭克塽擬將所繳印冊令偽副使劉國昌親齎進京，臣即令同吳啟爵一齊登程。其馮錫韓適值抱病，不得就道，臣留在軍前。因見督臣如此爭執，是以將鄭克塽奏本一封、冊一付、印五顆發交吳啟爵、常在送赴督臣衙門，聽其主稿具題齎繳去後。倘督臣不為代繳，臣一面囑吳啟爵等即行齎進。臣當即親臨臺灣，先將要緊之人載入內地安插。但偽官兵民戶口繁多，仰祈皇上迅差戶、兵二部前來主裁，料理得宜。臣奉命專征剿，業已勾當，仰候俞旨，以便班師。其安插事宜，悉交督臣自行料理。鄭克塽尚有招討大將軍印一顆，據稱有戶口兵馬各項冊籍俱未攢造，因暫留用候繳。合將偽藩鄭克塽所具兵民削髮奏本一道，繳進御覽。其鄭克塽、劉國軒、馮錫范、何祐等及文武大小各偽官，俱在候旨削髮。緣系偽藩繳印事理，貼黃難盡。伏乞皇上俯賜全覽，並祈敕旨施行』！
劉國軒知督，提二人各執己見爭功不睦，恐臺灣新附，心懷危疑：若有一、二宵小從中鼓煽，其咎誰歸？一面差紅旗官巡輯，密布提防；一面遣曾蜚同何士隆過澎湖，請琅速到臺灣彈壓。琅接軒書，即整備船隻，令何士隆、曾蜚回覆鄭克塽、劉國軒預接王師。八月初九日琅拜疏曰：『題為恭報微臣先抵臺灣安輯，仰祈睿鑑事。竊惟澎湖克捷、臺灣求撫，兵民俱已削髮，臣業經前後具疏齎繳偽藩鄭克塽降表，進上御覽，應當候旨，欽遵奉行。兼以出征官兵所需糧餉，督臣即於六月十一日回省，悉皆臣撥船過洋，來往載運發給。今各鎮營官兵秋季糧餉，過四十餘日尚未運到，故未得前去臺灣。如督標所撥付朱天貴等坐趕繒船、雙帆艍船，於六月二十二夜內，朱興即帶一十三只徑不請令，私自逃回；尚有五十一只，配載官兵二千二百五十六名，督臣於閏六月十二日差參將洪範、傳宣楊俊功齎咨文到澎湖守候，盡行弔回矣。茲本月初八日，偽藩鄭克塽修書差副使何士隆同曾蜚齎送前來偽武平侯劉國軒、偽忠誠伯馮錫范各致書一封到澎湖臣軍前，稱說：臺灣兵民數十萬，恐人心危疑不一，事久生端，請臣速去安輯。臣立即會同行間各鎮臣酌派各船留守澎湖，以為接運糧糈之用；臣統率水陸官兵船隻，擬於十一日開駕，前抵臺灣彈壓，暫行安輯，將要緊之人先載入內地。仍移咨督、撫或親臨安插、或酌委有司前來料理。仰候敕差戶、兵部臣到時，與督、撫二臣商酌，安插得宜。臣到臺灣，察閱人民土地情形，另疏題報。更有請者：臣右眼自六月十六日衝擊賊■〈舟宗〉，被銃打傷，醫治至今，兩月有餘，猶昏昧未明，勉強在軍調度。剿撫之事勾當，臣職已盡，伏乞俞旨准臣班師回汛調治，俯賜睿裁施行！為此具本，謹密題請旨』。
十一日，琅統吳英、林賢、陳昌、楊嘉瑞、陳龍等鎮協營守備，配坐船隻，從澎湖開駕進發。鄭克塽得何士隆、曾蜚回信，知琅將到；乃差士隆同禮官鄭斌暨父老彩旗鼓樂，坐小船出鹿耳門迎接。克塽率國軒、錫范、繩武、洪磊、何祐、黃良驥等文武俱列隊，並番民等齊集海埏，恭迎王師。琅等諸船因風輕微，至十三日方到。但鹿耳門港路紆迴，自相撞衝，觸壞船十有餘只。塽令何祐飛駕快哨引港，祐即隨其轉灣處樹青為號（樹青以長木豎海底，上用樹葉縛之，俾駕船者便於觀誌港路出入。今至各港路猶然），方進臺灣，登岸劄營。會克塽國軒等，歡愛倍加。禁止搔擾百姓，士民安堵樂業，農不易畝、工不閉肆。與國軒等談竟日夜，各恨相見之晚。隨分送克塽、國軒等諸文武官員袍、褂、靴、帽，擇吉於十八日薙髮。所有各社土番接踵而至，皆悉賞其袍、帽、銀牌及煙、布之類，皆欣然踴躍。安插已定，遂恭報入臺灣日期疏曰：『題為恭報舟師已抵臺灣，投誠官兵急需糧餉，伏乞敕旨應給事。緣照臣總統水陸官兵船隻於本年八月十一日自澎湖開駕進發，業已題報在案。其澎湖地方，臣酌撥水陸官兵共三千員名、大小船三十餘只，留守山海防禦。臣於本月十三日到臺灣鹿耳門，偽藩鄭克塽遣小船前來接引入港，偽侯劉國軒、偽伯馮錫范率領各偽文武官員到軍前迎接。急隨於本月十八日削髮，臣逐一分發袍、帽、外套、靴全副。其各鄉社百姓以及土番壺漿迎師，接踵而至。臣宣布皇仁，酌量給賞銀牌、袍、帽、靴、煙、布疋，悉歡欣踴躍。其故明監國魯王世子朱桓呈繳金冊一副，同瀘溪王朱慈爌、巴東王朱江、樂安王朱浚、舒城王朱竣、奉南王朱熺、益王宗室朱鎬等，亦赴軍前投見。詢稱：寧靖王朱術桂聞大師克取澎湖，即全家自縊而死。臣就朱慈爌等追取各原受冊印；據稱流落多年，貧窘銷用，見各住草地耕種度活。茲朱桓等宗室數人，應載入內地，移交督、撫，聽其主裁安插。惟臣舟師今抵臺灣，細閱港道紆迴，地勢窄狹，波濤湍息，可謂至險至固。臣雖用兵頗能籌度，及至此觀看周詳，若非皇上威靈遠震，未可力鬪取勝也。顧輸誠向化之舉，在各偽文武官員悉懷疑畏，獨偽侯劉國軒決意傾心，以生死聽命於朝廷，免貽生靈塗炭。此其人毅然慷慨，見機力主歸命，遂使我師不用戰攻而得全國，其功不少。倘荷皇上寬恩，授以爵秩，當有可效之才也。又閱土地肥饒，出產五穀，沃野千里。人民土番雜處，甚為稠密。應去應留，臣經具疏題請，未奉敕旨。仰冀迅賜睿奪，俾得欽奉遵行。更有請者，臺灣偽官兵，聽其歸農者甚多，而入伍者亦不少，當即暫給糧食，以安新附者之心。若承交接管，此項糧餉何從以應？臣於本年八月初八日承兵部劄付：覆奉俞旨：其願入伍投誠兵丁，著即補經制缺額數內，欽遵在案。第查此時額缺零星，查補無幾。再四籌維，閩、粵、江、浙四省溢設營兵，蓋因臺灣負抗、飄突靡常，故增添堵禦。今臺灣既平，海外可以無患。請就福建內地陸營先行酌量裁撤，將所裁溢額之糧餉暫給投誠之兵需，可無外費公帑，亦移緩就急，一時權宜策應之計也。臣一面題請，一面挪撥發給。俟凱旋之日，應撤應留，以聽部議定奪。臣現今出師臺灣，船隻來往，越過兩重海洋，水程遼遠。值茲秋冬，北風盛發，阻滯難行，動經匝月不等，非比春夏可以計期而至。伏乞皇上睿鑑，迅飭部議：或如臣所議裁汰、或應就何項措給，敕下督、撫，著令作速遵行，以應發給投誠兵需，庶免懸空矣。茲在臺灣，如鹿耳門、大港、隙仔港、馬沙港、蟯港、打狗港、上下淡水等處，俱已調撥船兵，分布守禦。臣帶水陸鎮營官兵，一半登岸駐劄，一半在船。至偽藩鄭克塽、偽侯伯劉國軒、馮錫范等及各眷口，應即一併載入內地。緣此時風勁浪狂，舟楫難行，容俟九月杪風浪稍平，即撥載移送督、撫安插。所有偽官印劄、兵民戶口等項繁多，一時彙造，未得就緒。俟其造明，交繳到臣，即具疏齎進。緣系恭報舟師已抵臺灣事理，貼黃難盡，伏乞皇上俯賜全覽施行！謹密題請旨』。
二十二日，施琅奉牲幣，祭告成功之廟，有曰：『自南安侯入臺，臺地始有民居。逮賜姓啟土，世為岩疆，莫可誰何！今琅賴天子威靈，將帥之力，克有茲土，不辭滅國之誅，所以忠朝廷而報父兄之職也！但琅起卒伍，於賜姓有魚水之歡。中間微嫌，釀成大戾。琅於賜姓，剪為仇敵，情猶臣主；蘆中窮士，義所不為！公義私恩，如是而已』！祭畢淚下。
二十三日，琅率吳英、國軒等踏勘南北二路，見其山川峭峻、土地膏腴，茂林修竹，人煙輻輳，且番民雜處耕種，實海外之雄鎮。若棄而不守，則將來不但宵小竊據，亦必為紅毛所圖；其貽害地方，又不僅吾閩一省。自當請留，以作邊海屏藩。二十六日，琅回。二十八日，即將朱桓等諸宗室撥船載過廈門，咨交督、撫安插。
九月初一日，國軒面琅請曰：『臺灣業已安平，交公料理。軒豈可久居於此，以生外議？宜單騎進京陛見，生死付之朝廷』。琅是之，即撥船與之。初六日，國軒辭克塽、錫范等，先渡海。至省，見啟聖、金鋐，馳驛進京。琅一面發還各省難民，又撥船護送鄭克塽、馮錫范、洪磊、陳繩武、劉國昌、何祐、林陞、李茂等諸文武眷口過廈，聽啟聖安插。國軒至京陛見，聖祖大悅，即授為天津衛總兵。迨鄭克塽、馮錫范到京陛見，授克塽正黃旗漢軍公、錫范正白旗漢軍伯，賜第宅居京師。
十一月，琅見諸凡業已就緒，遂將臺灣地方交吳英總統把守。二十二日，班師。至澎湖，巡視調理。二十五日，親祭陣亡諸將士。二十六日，開船，是夜放洋。二十七日，午刻到廈門。
十二月初一日，琅往福省，與部堂蘇、督、撫會議臺灣棄留。眾以留恐無益，棄虞有害，各議不一。琅遂決意主留，題疏曰：『題為恭陳臺灣棄留之利害，仰祈睿鑑裁奪事。竊照臺灣地方，北連吳會，南接粵嶠，延袤數千里，山川峻峭，港道紆迴，乃江、浙、閩、粵四省之左護。隔離澎湖一大洋，水路三更餘遙。查明季設水澎標於金門所，出汛至澎湖而止，水道亦有七更餘遙。臺灣一地，原為化外，土番雜處，未入版圖也；然其時中國之民潛至生聚於其間者，已不下萬人。鄭芝龍為海寇時，以為巢穴。及崇禎元年，芝龍就撫，將此地稅與紅毛為互市之所。紅毛遂聯絡土番，撫納內地人民，成一海外之國，漸作邊患。至順治十八年，為海逆鄭成功所踞；糾集亡命，挾誘土番，荼毒海疆，窺伺南北，侵犯江、浙。傳及其孫克塽，六十餘年，無時不仰廑宸衷。臣奉旨征討，親歷其地，備見野沃土膏，物產利溥，耕桑並耦，漁鹽滋生，滿山皆屬茂林，遍處俱植修竹，硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮以及一切日用之需，無所不有。向之所少者，布帛耳；茲則木棉盛出，經織不乏。且舟帆四達，絲縷踵至；飭禁雖嚴，終難杜絕。實肥饒之區，險阻之域。逆孽乃一旦凜天威、懷聖德，納土歸命，此誠天以未闢之方輿，資皇上東南之保障，永絕邊海之禍，豈人力所能致哉？夫地方既入版圖，土番、人民皆屬赤子；善後之計，尤宜周詳！此地若棄為荒陬，復置度外，則今臺灣人居稠密，戶口繁息，農、工、商、賈一行徙棄，安土重遷，失業流離，殊費經營，實非良策！況以有限之船，渡無限之民，非閱數年，難以報竣。使渡載不盡，苟且塞責，則該地之深山窮谷竄伏潛匿者，實繁有徒，和同土番從而嘯聚，假以內地之逃軍閃民，急則走險，糾黨為祟，造舟制器，剽掠濱海。此所謂藉寇兵而齎盜糧，固昭然較著者。甚至此地原為紅毛聚處，無時不在涎貪，亦必乘隙以圖。一為紅毛所有，則彼性狡黠，所到之處，善能鼓惑人心；重以夾板船隻，精壯堅大，從來海外所不敵。未有土地可以托足，尚無伎倆；若再得此地，數千里之膏腴，復附依泊，必倡合黨夥，窺竊邊場，逼近門庭。此乃種禍後來，沿海諸省，斷難晏然無虞。爾時，復動師遠征，兩涉大洋，汪波不測，恐未易再建成效。如僅守澎湖而棄臺灣，則孤懸海中，土地單薄，界於臺灣、遠隔金廈，豈不受制於彼而能一朝居哉？是守臺灣，即所以固澎湖也。臺灣澎湖一守，兼之沿邊水師汛防嚴密，各相犄角，聲氣關通，應援易及，可以寧息。況昔日鄭逆之所以得負抗逋誅者，以臺灣為老巢、以澎湖為門戶，四通八達，游移肆虐，任其所之；我之舟師往來有阻。今地方既為我得，在在官兵星羅棋佈，風期順利，片帆可至，雖有奸萌不敢復發。臣業與部臣蘇拜、撫臣金鎔等會議之中，部臣、撫臣以未履其地，未敢造次；臣閱歷周詳，不敢遽議輕棄者也。伏思皇上建極以來，仁風遐揚、威聲遠播，四海賓貢、萬國咸寧！日月所照，霜露所墜，凡有血氣，莫不臣服！以斯方拓之土，奚難設守以為東南之藩籬？且海氛既靖，內地溢設之官兵，盡可陸續汰減，以之分防臺灣、澎湖兩處。臺灣設總兵一員、水師副將一員、陸師參將二員、兵八千名；澎湖設水師副將一員、兵二千名。通共計兵一萬名，足以固守，又無添兵增餉之費。其防守總兵、副將、參、遊等官，定以三年或二年轉陞內地，無致久任，永為成例。在我皇上優爵重祿，推心置腹；大小將弁誰不勉勵竭忠？然當此地方初闢，該地正賦、雜餉，殊宜蠲豁。現在一萬之兵食，權行全給；三年後開徵，可以佐需。抑且寓兵於農，亦能濟用，可以減省，無庸盡資內地之轉輸也。蓋籌天下之形勢，必求萬全。臺灣雖屬外島，實關四省之要害。勿謂彼中耕種，猶能少資兵食，固當議留；即為不毛荒壤，必藉內地輓轉運輸，亦斷斷乎其不可棄！惟棄留之際，利害攸關，恐有知而不言之愆。如我朝兵力，比於前代，何等強盛！當時封疆大臣，無經國遠猷，矢志圖賊；狃於目前苟安為計，遷五省邊地以避寇患，致賊勢愈熾而生民顛沛。往事不臧，延禍及今，重遺朝廷宵旰之憂。臣仰荷皇恩，天高地厚；行年六十有餘，衰老餘生，頻虞報稱末由。熟審該地形勢，而不敢不言。蓋臣今日知而不言，至後世萬一滋蔓難圖，竊恐皇上責臣以緘默之罪，臣又焉所自逭？故當此地方削平，定計去留，莫敢擔承，臣思棄之必釀成大禍，留之誠永固邊圉。會議之際，臣雖諄諄極道，難盡其辭。在部臣、撫臣等耳目未經，又不能盡悉其概。是以臣於會議具疏之外，不避冒瀆，以其利害，自行詳細披陳。但事關朝廷封疆，重大，棄留出自乾斷！外臺灣地圖一張，附馬塘遞進御覽。綠系備陳臺灣去留事宜，貼黃難盡，伏乞皇上睿鑑全覽施行』！聖祖覽琅疏，下部議。議：臺灣偽為承天府、萬年州、天興州，今改為臺灣府，轄三縣：以附郭為臺灣縣，南路為鳳山縣、北路為諸羅縣（一本作『令改為嘉義縣，又於淡水增設彰化一縣』）。仍設道官一員，兼轄廈門地方；又在於一萬額制兵內撥出五百多名、守備一員，轄之，為道標。其營制陞轉額設，悉依施琅所議。議上，奉旨：『依議』。遂收入版圖，設置學官教化，永為海外文物富饒之邦矣（東旭詩曰：新闢天南海外方，人民安堵不須忙；雨順風調昇平福；一統山河帝祚長！附紀：廈門鼓浪嶼當於萬曆甲辰三月初十日雷震一石，其文曰：『草雞夜鳴，長耳大尾。銜鼠干頭，拍水而起。殺人如麻，血成海水。揚眉於東，傾陷馬耳。生女滅雞，十倍相倚。志在四方，一人也爾。庚小熙皞，太平伊始』。當時人多不解其意。今事後，方覺其「草雞夜鳴，長耳大尾」，湊來是鄭字，應在鄭芝龍也。「銜鼠干頭」，天干之頭是甲、銜鼠是子，成功是甲子年生也。「拍水而起」是應成功之踞金、廈。「殺人如麻，血成海水」，是應成功之征戰害民。「揚眉於東」，是應成功之踞臺灣。「傾陷馬耳」，是應「馮」字，言馮錫范專權。「生女滅雞，十倍相倚」；「十倍」為「兆」、「生女」合成「姚」字，應在姚啟聖。「志在四方，一人也爾」，合之為「施」，應施琅也。「庚小熙皞」，庚小為「康」字，應在康熙癸亥年之平山海為一。而「太平伊始」，實賴姚、施二人之功。觀此，可見沿海遭劫數十年者，莫非天也，人復何憾焉！余甲子仲冬至臺灣，曾有一律曰：霸氣已消王氣興，荒夷圖入版圖名；升沉有數干戈息，禮樂無私教化行。月冷雄魂應墜淚，史香吊鬼豈虛聲。看來世事皆前定，白日寒雲不勝情（吊鬼指寧靖王）。