臺灣舊隸福建，稱臺灣府；後設臺灣道。光緒乙酉，建行省，升淡水廳為臺北府，設巡撫駐焉；閩浙總督實兼領臺灣。劉銘傳為巡撫，振興百務：鐵路、商輪、屯墾、開礦，新政備舉。今日人所經營盡美者，皆本銘傳之舊以為擴張者也。
邵友濂繼為巡撫，而中、日方失和，海疆戒嚴；乃命福建水師提督楊岐珍、廣東南澳鎮總兵劉永福率所部防臺。永福增募兵，仍稱黑旗。中、法之戰，永福起於越南，以黑旗兵屢挫法軍；唐景崧獨身走越南，招之。中、法和議成，粵督張之洞薦授總兵，駐欽州。唐景崧以法、越罷戰後，由吏部主事授臺灣道；旋擢藩司。朝廷方倚景崧知兵，而提督李本清與之交惡，遂求去；以提督綦高會代守滬尾；旋復以提督廖得勝代高會。兩月之間，滬尾三易將矣。援朝鮮之師既敗，遼東城邑相繼陷。友濂書生不知兵，密求，樞府內調；朝廷以景崧才，付以兵事；乃以景崧署巡撫，而調友濂撫湘。景崧與永福共事於越南後，積不相能；景崧既署撫，乃移永福軍臺南，景崧自任守臺北。
日兵艦攻澎湖媽祖宮，守將擊之，傷其兩艘。日人將攻文良港，而先攻媽祖宮以牽綴華軍，使不為備；乃潛登文良港。澎湖至臺北電線中斷，日軍遂佔澎湖；海道中梗，軍械之購自外洋者盡為日奪，澎湖乃孤懸矣。
時更有李文奎之變。文奎故直隸游匪，從淮軍渡臺，充撫轅親兵。副將方某為武巡捕，以文奎犯令革退；轉事中軍黃翼德，充什長。翼德募兵於粵，方某署中軍；復以事革文奎，文奎乃大恨；其黨徒遍城中及署內外，思伺隙報之。景崧婿余某內渡，文奎率黨劫其裝於道；護勇逃歸者，文奎追之；方副將自撫署出，文奎徑斫其顱；反奔入門，踣而斃。中軍護勇內應，爭發鎗；景崧遣差官出視，及儀門中刃返。叛徒將入殺景崧；景崧出，叛兵猝見巡撫懾焉，斂刃立，並告無事，景崧慰之。以文奎徒黨眾，因令文奎充營官以安之。楊岐珍率所部入援，與叛軍對擊，傷居民十余人；景崧命止之。以文奎募緝捕一營屯基隆，而張示別緝殺方副將之賊，為掩飾計。將領多離心，兵浸驕不可制矣。
及割臺議起，臺灣舉人以會試在都，上書力爭；不報。割臺信益急，主事邱逢甲建議自主，臺民爭贊之。乃議建民主國，開議院，制藍地黃虎國旗，議戴景崧為總統。四月和議成，卒割臺灣；朝命景崧率軍民內渡。臺民乃決自主，上「臺灣民主國」總統印綬於景崧，鼓吹前導，紳民數千人詣撫署；景崧朝服出，望闕九叩首謝罪，旋北面受任，大哭而入。即撫署為總統府，電告自主，有『遙奉正朔，永作屏藩』語。命陳季同介法人求各國承認自主，皆不答。設內部、外部、軍部以下各大臣；省官不願留者，聽其內渡。提督楊岐珍等，歸於福州。
日本兵艦大集，先攻基隆。吳國華守三貂嶺，遇日偵探隊擊之，斃日兵官一。營官包幹臣奉命來助戰，奪日兵官首級以歸，遽報大捷；吏民皆賀。國華方逐日軍，遽回兵追乾臣，日軍遂佔三貂嶺。分統李文忠等方會師援基隆，而日軍已大集，文忠等戰皆敗。景崧命黃義德屯八堵，為胡友勝後援；義德遽馳歸，詭言『獅球嶺已失，八堵不能駐軍；日人懸金六十萬購總統頭，故馳歸防內亂』。景崧不敢詰也。是夜，義德所部軍索饟，大譁。翌晨，日軍佔獅球嶺，城中驚擾；幕客熊瑞圖請退守新竹，巡捕吳覲庭以鎗擬瑞圖，禁之言。傍晚，潰兵爭入城；客勇、土勇互鬥，屍遍地。總統府火發，景崧微服挈一子、妾易男服雜逃民中竄出城，附英輪至於廈門。游兵大掠三日，日軍尚未至；德商畢狄蘭以書告日軍，乃以兵來收城。景崧歸老於鄉。庚子勤王軍謀起事漢口，約景崧舉事於桂林；漢口事敗，亦無發景崧者。光緒壬寅，客死廣州。
劉永福守臺南；臺北既陷，鎮道以下官吏相繼內渡，臺民上民主總統印綬於永福。永福不受，仍稱「幫辦」，設防守。部署稍定，而日兵艦至，窺安平口；永福自擊日艦，幾沉之。
日軍攻新竹，相拒月余；大小二十余戰，互有傷亡。日人購奸民導僻徑抄臺軍後路，分統楊紫云戰歿；吳彭年赴援不及，乃守大甲溪。義民長徐驤之軍為日軍追入深箐中，徐驤繞出其後擊之，日軍砲無所施，大敗；獲日兵數十。時庫帑既匱，僅恃鈔票為挹注，軍饟益不支；永福先遣員渡廈門求款，並電乞沿海督、撫助饟，絕無應者。饟絕械罄，永福憂惶無策。臺灣土匪為內間，引日軍深入；匪集愈眾，日軍用為前鋒。吳彭年伏兵大甲溪，候日軍至，猛擊之；日軍敗渡河，徐驤伏兵乘其半渡奮擊之，日兵大敗。七月，日大隊攻大甲溪，相持未下；忽譁傳大營陷，軍皆驚退。蓋新楚軍統領李惟義奉命為後援，日軍以金啗土匪冒稱日軍襲之，惟義驚遁，營遂潰；前敵乃大挫，袁錫清力戰死之。
日軍據大甲溪，永福令諸軍嚴守彰化。徐驤屢以伏兵撓日軍，義民亦迭起抗之；日軍屢窘，多傷亡。日軍仍利用土匪導攻八卦山，吳彭年死守，力竭殉之；日軍奪八卦山，俯瞰彰化城，彰化降。
日軍連陷云林、苗栗二縣，進逼嘉義；誤入山谷，民團林義成等塞谷口盡殲之。臺南山谷險阻，深箐叢雜；民團潛伏，遇敵猝起。日軍不習地勢，屢戰恆敗釁。臺北、臺中各城邑聞臺南義聲，皆思奮起，圖恢復；日大軍乃嚴備之。
臺南援絕饟竭，相持數月，軍皆饑困。日軍以全力攻臺南，徐驤等尚力戰；驤每戰必居前敵，卒中砲死。嘉義守將王德標以地雷達日營，夜半地雷發，日軍死亡百余人，日軍驚退；以死將士多，大憤，聚巨砲猛轟嘉義，破之。僅余臺南孤城，永福死守。
日本臺灣總督樺山資紀貽書永福謂：『公以孤軍持絕地，數月不下，公已無負於臺民。今困守孤城，尺地以外皆敵軍，徒傷民命何益？倘率所部去臺，當以禮送公去』。永福拒之，詞甚峻。日軍乃大攻城，永福自發砲殆日軍數十人。相持數日，城中軍饑甚，譁潰；土匪蜂起奪城，迎日軍。永福逃登德國商輪，日兵大索四次不獲；蓋德人深佩永福，秘藏之也。永福內渡至廈門，旋歸於廣東之欽州。永福守臺南數月，以饟糈並絕而敗，世猶諒之。