本書（二冊二九七面一七八、二○○字）分編四卷，係據清同治朝「籌辦夷務始末」卷九十三至一百選輯而成；由於選輯重心在於同治十三年（甲戌）日本藉口琉球難民被臺灣先住民殺害事件出兵臺灣及其善後事宜，因題曰「同治甲戌日兵侵臺始末」。「籌辦夷務始末」之巴裁，乃將與洋務（即所謂「夷務」）有關之朝廷諭旨以及樞臣疆吏摺奏暨與外國往來照會書札編年、紀月、接日詳載。本書各卷之起訖：卷一自當年三月至六月，卷二自七月至八月，卷三全屬九月，卷四自十月至十二月。在此十個月中，共得二百多件文件。由此，可窺見當年日本如何出兵臺灣、巡視臺灣大臣沈葆楨如何交涉與布置、總理各國事務衙門如何與日使柳原前光及大久保利通在北京反覆爭辯以及中日雙方如何獲得協議。

此外，本書「弁言」曾言「同治朝籌辦夷務始末」所見同治七年英人在臺灣違約鬧事資料將編入「臺案彙錄乙集」；但後有變更，前項資料收納於第二○三種「籌辦夷務始末選輯」中，附此說明。