明初的两种刻本（其一，景泰年间杨林玉收集本书流行之遗稿予以刊行；其二，成化初王季献增加一些附方，重刊于西蜀）均有后世医家增附的一些内容，程氏为了尽可能恢复原著面貌，予以删订校正，亦即当前的流传本。

卷首有“十二经见证”“不治已病治未病”等六篇医论；全书分列各科病证一百篇，以内科杂病为主，兼及其他各科。论述病证，先引朱氏原论，次则记述朱氏门人戴元礼有关辨证等方面的论述，并介绍治疗方剂。其中各病症的附录部分，对于病名解释病因、证候、治疗等方面有相当深入的分析。全书比较集中和全面地反映了朱氏“阳常有余，阴常不足”的学说以及气、血、痰、郁诸病治疗见解和丰富经验，其临床治疗虽重视补阳，但不拘泥专方、治法也比较灵活机变。是一部研究内科杂病和朱氏学说的重要著作。

程氏称誉朱氏的学术经验“集先贤之大成”，确也并不为过。末附故丹溪先生朱公石表辞、丹溪翁传两篇。该书问世后流行颇广、影响较大，现有多种明、清刻本。1949年后有排印本。此外又有《丹溪心法附录》二十卷，共七种（除《丹溪心法》外，尚合刊有朱震亨《医学发明》、《脉诀指掌》、《金匮钩玄》、《活法机要》、及戴思恭《证治要诀》、《证治要诀类方》六种）。

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