建文帝，讳允炆，太祖之孙，懿文太子之子也。洪武十年十有一月己卯生。生六年，而其兄雄英卒。又十年而懿文卒。上年六十有五矣，御东角门，对群臣泣。翰林学士刘三吾进曰：“皇孙富于春秋，正位储极，四海系心，皇上无过忧！”上曰：“善！”是年为二十有五年九月庚寅，立为皇太孙。三十有一年五月甲寅，上不豫，每旦视朝如故。闰五月甲申，上大渐，召兵部尚书齐泰，授顾命。乙酉崩于西宫，遗诏止诸王入临。辛卯，皇太孙即位，以明年为建文元年，大赦天下。上皇祖考谥曰“高皇帝”，庙号“太祖皇”，祖妣曰“高皇后”。是月葬太祖于孝陵。丙申，追封皇考懿文太子为“孝康皇帝”，庙号“兴宗”；皇妣敬妃常氏为“孝康皇后”。尊母吕氏为皇太后，妃马氏为皇后，子文奎为太子。追封兄雄英为虞怀王，封弟允熥为吴王，允熥为衡王，允熞为徐王。追封江都郡主为长公主，宗人府仪宾耿璇为驸马都尉。命齐泰及太常卿黄子澄参与机务。六月，以蹇义为吏部右侍郎，夏原吉为户部右侍郎，董伦为礼部左侍郎兼翰林学士，王景彰为礼部右侍郎兼翰林侍讲，练子宁为副都御史，王坤为国子博士，戴元礼为太医院。召汉中府学教授方孝孺为翰林侍讲，与董伦同备顾问。
秋七月，徙置周王于蒙化。王讳橚，太祖高皇帝第五子，孝慈高后产也。生而忠敬，慈孝惠和，太祖、高后甚钟爱。洪武三年，封于吴；十三年，改封周之国开封。
初，太祖大渐时，帝为皇太孙，御东角门。黄子澄侍，帝曰：“诸王各拥重兵，位崇势逼，何以制之？”子澄曰：“汉平七国而天下宁。”帝曰：“诚如此，谋吴无忧矣！”及践位，召子澄谓曰：“先生忆昔东角门之言乎？”对曰：“不敢忘！然事贵密。”子澄退，与齐泰谋。泰欲伐燕，子澄曰：“不可！燕兵最精，卒难图。不如先取周。周乃同母，去其手足，而后燕可图也。”两人议定，白于帝，乃命曹国公李景隆帅师备边，假道开封，围王宫，遂执王及世子至京师，坐以不轨，备罹窘辱。世子不忍父之非辜，遂自诬，伏。由是王得末减，乃阖宫迁之云南。蒙化有司防之严，撙物以给，仍留世子于京师。又数月，命再审鞫世子，承伏如初，乃责置临安。
八月，以云南左布政使张紞为吏部尚书，右布政使陈迪为吏部尚书，都督佥事何福为征北大将军，帅师征百夷，都督佥事徐凯副之。九月，长星殒有声。乙酉，云南总兵官西平侯沭春卒。
冬十月，何福进兵金齿讨百夷，乎之。召北平总兵都督杨文还京师。
十有一月，以工部侍郎张紞为北平左布政使，河南卫指挥佥事谢贵为北平都指挥使，伺察燕事。
沐春谥“惠襄”，无子，弟晟嗣西平侯，镇守云南。何福以平夷功进右副都督同知。诏求直言，举山林岩穴怀才抱德之士。以浙江左布政使王钝为户部尚书，进士曾凤韶为监察御史，国子学录张智为司业皇子学训导，邹缉为助教燕府训导，康汝楫为安岳知县。诏征南将军都督佥事顾成班师。罢北平、河南、山东、山西、陕西五省及淮安、徐州学校贡士。
十有二月以郑赐为工部尚书，陈彦回为徽州知府，韩宜可为右副都御史，谪监察御史解缙为河州卫吏，以入临非旨。是岁承天门灾。
洪武三十有二年（即建文元年）春正月庚辰，有事于南郊，以太祖高皇帝配礼成。帝御奉天殿，受群臣贺。明日，赐天下高年米肉帛絮有差。更定官制。诏修《太祖高皇帝实录》，以魏国公徐辉祖监修，礼部左侍郎兼翰林学士董伦、礼部右侍郎兼翰林学士五景彰、翰林侍讲方孝孺为总裁，太常少卿廖升、侍讲学士高巽志为副总裁，修撰李贯、博士王绅、教授胡昭、审理副杨士奇、知县叶惠仲、训导罗恢、吏目程本立为纂修官。本立迁都御史，寻坐祀事不敬，降秩仍预纂修。
二月命都督韩观治兵德州，都督宋成治兵甘肃。废梁国公胡显为庶人，安置临襄，以楚府姻亲之故。分遣右都御史景昭、侍郎夏原吉、给事中徐思勉等凡二十四人充采访使巡行天下。
三月，封孟炯为永安王。丁亥，帝视太学，改侍郎黄观为礼部侍郎，左都御史景清、副都御史练子宁为御史大夫，监察御史戴德彝为左拾遗，都督府经历胡闰为右补阙。时北平按察佥事汤宗希合帝意，言按察使陈瑛受燕府金钱，有异谋，词连右布政使曹昱、副使张琏，俱逮诏狱。瑛安置广西，昱为民，琏铜陵典史。帝用齐、黄之策敕都督宋忠帅边兵三万及燕府护卫健卒戍开平，都督徐凯戍临清，都尉兼都督佥事耿璇戍山海关。又召燕府铁骑指挥关童等还京师，调北平、永清两卫官军戍彰德、顺德。
夏四月，荆州告变，谓湘王柏私造宝钞，残虐杀人，乃遣使让王。王曰：“吾为高皇帝子，南面而王。先帝疾不及视，葬不及会，抱兹沉痛，何乐于生？又将辱于奴隶乎？”因恸哭，具服赴火而死，葬江陵，赐谥曰“戾”。未几，青州等府告变，锢齐王楩于京师，幽代王桂于大同，置岷王楩于漳州，并废为庶人。京师地震，日赤无光。监察御史尹昌隆上言：“阴盛阳微，奸臣专擅之致！”执政者恶之，贬昌隆为福宁知县。当是时，文皇于诸王中最长，兵力最强，朝廷深疑，而长史葛诚又时时告密。文皇知之，因托疾不出久之，称疾笃。张昺、谢贵入问，文皇盛夏犹重裘拥火。昺、贵出，叹息。教授俞逢臣附耳曰：“王无恙，不得帝心，故耳已。”而三都督谋燕益急。
五月，太祖小祥。时燕世子及弟高煦、高燧以会葬尚留京师。文皇疾奏，乞三子归视。齐泰因之欲请并收，黄子澄曰：“不可！事觉，彼先为备，不若且还，令勿疑也。”乃悉遣归。
六月，赠待制王祎为翰林学士，谥“文节”。以秦府长史茅大芳为御史大夫，右补阙胡闰为大理卿，仁寿县主簿楼琏为翰林侍读，汉阳知县王叔英为翰林修撰。翌日，又召解缙为翰林侍诏，赵谅为留守左卫指挥佥事。诏逮燕府官属，而昺、贵与都指挥使张信受密旨擒王，以长史诚及指挥卢振为内应。信受命，日以为忧。其母疑而问之，信以实对。母曰：“不可！吾闻而父尝云王气在燕，果尔非汝所能擒也！”信闻之益忧，不知所从。未几，复有敕趣之，信艴然曰：“何太甚乎！”乃潜入府，告其故。昺司吏李友直又窃昺密疏以献，文皇乃召姚广孝等共谋防御。时昺、贵已帅北平在城七卫军士布列城中，以栅断燕府四门。文皇曰：“我病不出，虽塞可也。”已而军士乘城，擐甲执兵，飞矢入王城，四面鼓噪，文皇始惧，计亦莫知所出。
秋七月壬申，会遣逮官校中使至文皇，尽缚官校置庭中。召昺、贵付所逮者，昺、贵不来。复使逮官校中使以所就逮名往，乃至。卫士甚众，及门，门者嗬止之，惟昺、贵入。文皇曳杖赐宴。酒数行，谓昺、贵曰：“吾奉藩于兹，未尝干扰官民。尔等何为离间？”遂掷杖起，出其伏甲，擒昺、贵，询之，乃知皆齐泰、黄子澄所为也。文皇即日上书，自陈不报乃遵祖训帅兵靖难。以指挥张玉、朱能、邱福俱为都指挥佥事。兵将出，右布政使郭资、按察使墨麟、都指挥使李浚、陈恭，宛平知县贺寅皆从之。即命资等视事如故。时都指挥俞昺闻靖难兵起，守居庸，马宣守蓟州，宋忠守怀来，宣与镇抚会浚以蓟州兵攻北平不克，俱死之，蓟州遂降。甲戌，靖难兵破居庸，复破怀来，都指挥彭聚、孙泰战死，宋忠、俞贞俱被执。自是遵化、密云、开平、龙门守将皆归附。忠、贞既败死，宣府震惊。谷王橞奔京师。丙戌，永平指挥陈旭、赵彝、郭亮以城降。戊子，文皇复上书不报。庚寅，大宁总兵刘贞、都督陈亨、都指挥卜万引大宁兵十万出松亭关，次沙河，进攻遵化。壬辰，靖难兵拔遵化，贞等退保松亭关。亨阴附燕，忌万不敢发。文皇知之，贻万书，盛誉万，极诋毁亨。密付所获大宁卒，俾归致，且厚赉之。同获卒窃闻，因守者，请得偕行，惟命亦毋庸赏。诸得遣不赏者恚，至即发其事。贞、亨得卒书，遂执万下狱。是时，帝锐文治，日与方孝孺辈讨论周官法度，以为北兵不足忧。黄子澄谓：“北兵素强，且兼有营、蓟之旅，不早图恐河北遂失。”乃命长兴侯耿炳文为征北大将军，驸马都尉李坚、都督宁忠为左、右副将军，安陆侯吴杰、江阴侯吴高、都督盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐开、李文、陈晖，平安各将偏师步骑，号百万，数道并进，期捣北平。檄河南、山东、山西三省合给军饷。改建北平布政使司于真定，以刑部尚书暴昭出掌司事，征云南兵入京备征。
八月己酉，炳文兵三十万次真定，都督徐凯兵十万次河间。时潘忠守郑州，杨松守雄县，相为声援。壬子，靖难兵至涿州，乃秣马蓐食，日晡渡白沟河，夜半抵雄县，围其城，众始觉，乃登城大骂。燕军愤恨，黎明破其城，尽杀守陴士卒。松与所部九千人俱战而死。文皇闻诸将恣杀乃谕之曰：“我之举义，所以安社稷，保生民，岂以多杀为尚？！尔等乖我所为，是非求生，而欲速死也！”诸将惧，皆免冠谢，文皇怒始释。是日，文皇曰：“潘忠不虞城破，必引众来援。”先令谭渊帅兵千余，过月样桥，潜伏水中，以茭草一束蒙其首，路旁伏勇士数人。望忠至，即举炮。水中伏起据桥，忠果趋桥不得。渊帅众腹背夹击，忠败被执，遂至郑州，尽夺战马辎重。辛酉，靖难兵次无极。壬戌，次真定。炳文出城大战，败绩。两副将李坚、宁忠及都督顾成、都指挥刘燧皆被执坚道殂。丙寅，靖难兵还北平。帝闻炳文败绩，始有忧色。谓子澄曰“奈何？”子澄对曰：“胜败兵家常事，无足虑。今我士马精强，兵甲坚利，彼区区一隅，岂能当天下之力？增兵五十万必奏捷矣！”帝曰：“孰堪将者？”子澄曰：“景隆可以当之。前不用炳文而用景隆，岂有此失？”于是遣景隆代炳文驰至军中。齐泰等虑辽王、宁王通燕，召二王入卫，宁王不至，诏削其护卫。监察御史韩都上封事，其略曰：“窃闻兵久不解，屡削藩封。臣以为过也。何则以诸王言之？亲，则太祖遗体；贵，则孝康手足；尊，则陛下诸父也！罪虽可废，而祖之遗体不可残亲之手足，不可去诸父之恩，不可亏也。且使二帝在天之灵见其子弟辄遭戮辱，亦必不忍。臣每念至此，未尝不流涕也。此皆竖儒持偏见，废大公，或病藩封太重，日谋削夺以至于此。方周、岷二王以无过被执，执法者文其罪，遂使二王父子流离播迁，唇亡齿寒，人人自危。二王既窜，湘亦被焚，而代、齐又告反矣！彼为计者以为兵不举则祸不免，是非朝廷激变邪？及燕举兵迄今两月，我前后调兵不止五十余万，而乃一矢无获，谓之国有谋臣可乎？将有二心，卒不用命，以遗君父忧，谁执其咎？谚曰：‘亲者割之不断，疏者续之不坚。’陛下诚不察此，必有噬脐之悔！”疏入不省。
九月戊辰，江阴侯高，都督耿璇、杨文帅辽东兵围永平。
戊寅，大将军景隆与山东参政铁铉合兵趋河间，靖难兵援永平。壬辰，高等退保山海关。
冬十月戊戌，靖难兵出刘家口，壬寅袭破大宁。都指挥朱鉴死之，辽王植奔京师。丁未，宁王权及都指挥房宽、指挥徐理、陈亨、陈文皆归燕。景隆闻靖难兵在大宁，引兵攻北平，筑垒九门。景隆攻丽正门，几破，城中妇女并乘城掷瓦石。景隆少却，军于郑村坝。甲寅，文皇尽得大宁之众，分为五军，以张玉将中军，郑亨、何寿副之；朱能将左军，朱荣、李浚副之；李彬将右军，徐理、孟善副之；徐忠将前军，陈文、吴远副之；房宽将后军，叶允中、毛整副之。辛酉，靖难兵入松亭关。
十有一月庚午，次白河。是夜，河冰忽合，众忻然而渡，趋援北平。辛未，玉等与景隆战于郑村坝，景隆败绩，奔德州。玉等乘胜，遂破紫荆关。乙亥，文皇再上书自陈，不报。
十有二月，燕间辽东守将江阴侯高削爵，安置广东，专命杨文守辽东。庚申，靖难兵攻广昌，守将汤胜以城降。诏进景隆太子太师初，景隆被命北伐也，实子澄荐之。及军败，子澄匿不以闻。帝一日问子澄：“比闻军中不利，果何如？”对曰：“我军屡战屡胜，彼已退走德州，旦夕捷音当至矣。”越三日，景隆以厄退燕兵闻，故进秩且遣使赉赐貂裘、文绮、内酝等物。复命魏国公辉祖、都督瞿能帅师会景隆北伐，御史大夫陈性善为监军，户部司务钱芹为行军署都督。是月，省躬殿成迁肃王于兰州，以叶砥为翰林编修，梁潜为阳春知县，胡俨为桐城知县，颜伯玮为沛县知县，袁义为都督佥事，诛留守左卫指挥同知李申。申，燕府仪宾让之父也。
洪武三十有三年（即建文二年）春正月丙寅，靖难兵攻蔚州，守将王忠、李远以城降。湖广参议杨砥上言：“臣闻帝尧之德亲九族，和万邦，不宜加兵燕藩。自翦其辅枝叶尽，而本根拨矣！”帝怒砥，褫其秩，安置辽东。置后湖祗候所。
二月，封孟焯为寿昌王，赞仪为靖江王。辛丑，靖难兵由居庸还北平。壬寅，以礼部尚书陈迪、右侍郎黄观知，贡举翰林学士董伦、太常少卿高巽志充考试官，右拾遗朱逢吉、吏部郎中陈旭及史官叶惠仲、吴勤、赵友士、张秉彝为同考试官，御史王度、俞吉士为监试官。甲子，改都察院为御史府。
三月丙寅，策礼部贡士吴溥等一百一十人，以胡广为第一，王艮次之，李贯又次之。
夏四月丙申，景隆兵次德州，武定侯郭英与安陆侯杰次真定，会兵六十万号百万，并力北伐。帝遣中官赐景隆玺书斧钺。景隆得玺书斧钺益骄恣。庚子，靖难兵出北平，壬寅次武清，癸卯次固安，癸丑度白沟河，遇平安伏兵，击破之。己未，景隆、英、杰俱会于白沟。庚申，瞿能父子与燕将房宽接战，英等分兵为两翼，擒斩数百人，杀其将陈亨。大军矢石如雨，射中文皇马。凡三被创，而三易马。矢三服皆尽，乃提剑左右击，剑锋亦缺折，退走登堤。景隆疑有伏，不敢进追。高煦见事急，以骑兵数千趋文皇所。会大风起，景隆旗折，军乱。文皇帅煦复驰入阵大战。燕军斩俞通、渊及瞿能父子，纵火燔诸营。景隆、英、杰俱奔溃，委弃辎重无算。景隆玺书斧钺尽为燕军所获。是役也，杀、溺死者二十万人，景隆单骑还德州。壬戌，靖难兵围德州。
五月辛未，景隆自德州潜出，奔济南。癸酉，燕将张信入德州，夺军饷百万，转掠济南。参政铁铉、都督盛庸、参赞高魏自临邑入济南。丁丑，文皇遣都指挥陈旭守德州。己卯，帅兵遂围济南，攻之急。铉与庸、巍日夜防御，乘间大挫之。辛巳，燕军引水灌城，济南人大惧。铉曰：“无恐！计且破之。”令登陴人皆哭，呼曰：“旦夕且降。”尽辍守具，出千人城外，伏地请。文皇大喜，遂下令退兵受降。铉于是悬铁板城上，伏壮土堵中。及文皇入，下铁板，伤其马首。文皇弃马，取从马以归。堵中伏发，文皇击退，复合兵围济南。是时，齐泰、黄子澄闻景隆等数败，济南危急，乃谋罢兵。壬午，命尚宝丞李得成使燕，文皇谕得成曰： “吾尝三上书陈达，申恳皆不见，答不复。敢渎尔归报朝廷。自古听谗邪以残骨肉鲜不覆败。我为藩王，尚复何求？而谗人交构，发兵见屠。是以不得已用兵自救，犹日望有回旋之恩。夫明主之治天下，不忘所尊，不弛所亲，举其大而略其细，是以九族睦而天下平。今欲转祸为福如反掌耳，诛奸谗以谢祖宗，去新法以复旧制，施恩宗亲，罢兵息民，以保国家无穷之休。若狃于权奸必翦支属，但恐支属尽而国家亦危矣！”言讫流涕，左右皆流涕。得成还自济南，具言之。帝怒，下得成狱。
六月诏置诸藩宾辅，以楚府仪宾马注为孝陵卫指挥佥事。秋七月，平安等帅兵二十万亟趋德州，夺燕饷，守将陈旭惧，遁归北平。
八月戊申，济南围解。以铁铉为山东左布政使，有功将士姜贵等五十四人升赏有差。帝以景隆屡战屡北，召还京师。命左都督盛庸代总戎事，仍以济南功封庸历城侯，佩平燕将军印；铉进兵部尚书，参赞军务。及景隆入见，赦不诛。子澄谏，不听。翌日，御史大夫子宁执景隆于朝班，且泣且数请诛之，亦不听。
九月壬戌朔，承天门成，诏改为皋门，又改午门为端门，端门为应门，前门为路门，谨身殿为正心殿。罢华盖、文华、武英、文渊诸殿大学士。是日，尚书郑沂乞老，改孝孺为文学博士。乙丑，靖难兵还北平。
冬十月乙未，兵部侍郎卢渊以罪罢。清远戍卒罗义上书乞敦亲罢兵，不报。历城侯庸帅众次德州，安陆侯杰次真定，徐凯次沧州，相为犄角以困北平。沧州城溃，凯督士卒修筑。丙午，靖难兵佯出攻辽东，至通州循河而南。戊午渡直沽。军土衔枚夜行，厥明抵沧州城下。凯等仓卒出御，不战而溃。凯及都督程暹、都指挥赵浒、胡原、李英、张杰皆彼执。时降燕者数万人。燕将谭渊夜坑杀降卒三千人，凯等皆降。
十有一月壬申，靖难兵次临清，甲戌次大名。
十有二月甲午，次汶上。庸、铉帅兵蹑其后，先锋孙霖营滑口，燕将朱荣、刘江袭破霖营。都指挥唐礼被执，霖退走。乙卯，靖难兵次东昌。庸军背城而阵，燕以骑兵击左翼不应，击右翼亦不应。文皇因深入庸麾，伏起被围数重，左、右翼夹攻，文皇窘甚。及暮，朱能、周长以铁骑奋击，文皇溃围而出。燕军为火器所乘，大败，杀燕将张玉。丙辰，复战又败，燕步卒先走，庸乘之杀伤万计。丁巳，庸传檄真定、沧州诸将，水陆犄角邀其归路。靖难兵由间道还北平。
是岁，以徐实为兵部侍郎，刘季篪为刑部侍郎，唐愚为翰林侍读，邹瑾为大理寺丞。诏举优通文学之士。
洪武三十有四年（即建文三年）春正月辛酉，作凝命神宝成。是日，历城侯庸遣使献东昌之捷。丁丑，帝告捷于郊庙。
二月乙巳，文皇复帅众出北平，己酉次保定。庸合诸军二十万，三月己卯次夹河。庚辰，靖难兵亦次夹河。辛巳，两军方成列，文皇以三骑觇庸军而还。庸见三骑，即遣数十骑追之。文皇勒马控弦以待迫骑近，引兵射殪一人；已复追，又殪一人。如是运殪数人，追骑不敢逼。文皇乃以万五千人薄庸军，庸军拥盾层垒自蔽。靖难兵以木攻之。自辰至未，胜负未决。两军退，稍憩。忽东北风起，尘埃蔽空，庸军昏暗不辨咫尺，燕将乘风纵火，趣兵击之，庸军大败。都指挥楚智、庄德俱死之，燕将谭渊亦被众军所歼。庸是夜走还德州。癸未，安陆侯杰、都督平安自真定帅众次单家桥来援庸军。甲申，靖难兵掩至，杰等不及阵而败，死者无算。
闰三月，罢兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄以谢燕，以尚书茹常掌兵部事。泰、子澄虽解秩然实用事。乙未，安陆侯杰军滹沱河，北去靖难兵七十里。文皇谍知，亦帅众渡河。杰闻靖难兵渡河，复移军槁城。己亥，杰列营城西南，靖难兵分步卒击其三面。杰发火器、大弩射文皇不中，矢集燕旗如猬毛。平安结楼阵，间高数丈。文皇舍诸军直趋楼下。安见文皇驰至，急下楼而走，杰军亦败。都指挥邓戬、陈鹏皆被执，杰等还真定。己酉，靖难兵次顺德。辛亥次广平。是日，帝贻书文皇，谪斥兵部尚书泰、太常卿子澄，欲罢兵息民。癸丑，文皇复上书曰：“比闻奸臣泰、子澄皆已窜逐，臣家长少皆忻喜有更生之望，即以此意遍告将士。将士曰： ‘诚所愿见，但虑非诚心，而奸臣为退避之计以缓我耳！如出诚心，则盛庸、吴杰之众当悉召还，而犹聚境上侵迫不已。则是奸臣之身虽退，而其计实行也！臣思其言，恐亦或然。夫圣人感人，至诚而已。至诚可孚豚鱼，而况人乎？！陛下推诚待下，谁不说从？若徒示以去奸臣之名，而实用其计，非独撒陛下之藩篱，将遂倾陛下之堂室。莽、操之事，前览甚明。此不特智者而后知也！”书至，帝召孝孺视书，对曰：“今诸军大集，燕兵久羁大名，暑雨为沴，不战自罢。急令辽东诸军攻永平，真定诸军攻北平，彼顾巢穴归援，我以大军蹑其后，必成擒矣！我固缓之而奏，适至且与报往返逾月。彼心懈而众离，我谋定而势合。”帝曰：“善！”立命孝孺草诏罢兵，命大理少卿薛嵓持报燕，又刻榜谕数千授嵓，密布中军令其解散。诸将士见榜谕，怒甚，欲杀嵓。文皇曰：“不可！此天子命使也。”留寘左右，慰谕数日，遣中使护嵓出境，语之曰：“归为老臣谢天子。天子于臣至亲，臣父天子大父，天子父臣同产兄也。天子素爱臣，一旦为权奸谗构，以至于此，臣亦不得已为自救之计耳。幸蒙罢兵之诏，臣不胜忻戴。但奸臣尚在，大军未还，臣将士心存狐疑，未肯遽散。望陛下诛此奸臣数人，散归天下兵马，臣父子一童一骑归罪阙下，惟陛下命之！”
夏四月，嵓归入见，备述文皇之意。帝语孝孺曰：“诚如嵓言，曲在朝廷。齐、黄误我矣！”孝孺曰：“嵓受燕贿，故为之说。”遂罢议。
五月癸卯，历城侯庸、安陆侯杰出兵扼燕饷道。文皇令指挥武胜上书曰：“顷蒙遣大理少卿薛嵓下诏军中，谕以偃兵息民。虽臣将士不能无疑，臣之父子盖已仰戴陛下之仁矣。嵓归未十日，吴杰等频叠发兵，绝臣饷道，杀臣将校。将校守臣约束，不敢赴斗。而彼欲求衅略不见舍，与比下诏旨背驰，诚有以中将士之疑孤。臣父子之所仰戴矣，臣之忠诚，计嵓归已达，惟陛下扩明奋断，以安天下，臣亦有保全之望矣！”帝览书曰：“燕王本皇考孝康皇帝母弟，于族为叔父，奈何必用兵为也？”召谕意孝孺。孝孺对曰：“陛下欲罢兵，兵一罢即难复聚。彼或长驱犯阙，何以御之？今军声大振，不日有捷书来闻。愿陛下无惑甘言。”遂缚胜下狱。是日，刑部左侍郎王良以勘燕事不合，旨出为浙江肃政按察使。
六月辛酉，文皇闻胜下狱，知前诏旨非实。乃遣李远至济宁，又至沛县，焚饷舟万艘。漕卒散走，京师震惊。是时，观海卫指挥张寿与客私语国事：“危急皆由北伐之误。”执政者闻而恶之，言于帝，寿坐妖言诛。自是无敢言国事者。秋七月，命太仆少卿祝孟献使朝鲜市马。己丑，靖难兵袭彰德不克。癸巳，文皇遣都指挥张礼破尾尖寨。丙申，林县守将以城降。丁酉，平安邀击燕将刘江于平村。戊戌，帝使锦衣卫千户张安贻燕世子书。先是孝孺闻高煦、高燧不睦于世子，屡谗于父；内使黄俨素奸险，世子恶之。俨曰事，高燧与世子守北平，高煦从文皇军中时时倾世子。孝孺言于帝曰：“兵家贵间，燕父子兄弟可间也！”帝曰：“奈何间之？”孝孺告其故，帝曰：“善。”立命孝孺草书贻世子，令归朝，且许王燕地。世子得书不启函，并安致文皇所。燧及俨先已驰使告文皇：“世子且反！”文皇疑，问高煦，煦曰：“世子夙与太孙雅善。”语未竟，世子书至。文皇览书，乃叹曰：“几杀吾子！”纵安还。壬寅，大同守将都指挥房昭引兵由紫荆关趋西水寨。
八月，云南、老挝及八百刁板面遣使入贡。丁巳，靖难兵渡滹沱河。丙子，文皇闻安陆侯杰遣将韦谅以兵万余转饷给房昭军，命都指挥朱荣帅兵三万邀击破之。
九月壬辰，靖难兵次定州，欲攻西水寨。甲辰，都指挥花英、郑琦帅步骑三万援西水寨。
冬十月丙辰，英等列营峨眉山下。是时围寨已久，寨军多南人，天寒思归。会月夜，文皇命四面皆吴歌，南军闻之殒泣。有潜下寨降者。诘朝，文皇帅兵出阵后合战房昭、韦谅，不能支，退走。英琦及都指挥王恭、指挥詹忠皆被执，西水寨遂破。己卯，靖难兵还北平。是月翰林修撰王艮卒。
十有一月，都督杨文帅辽东兵围永平不克，庚戌移兵攻昌黎，遇燕将刘江，战败。指挥王雄等七十一人皆被执。辛亥，京师置神武中卫，盱眙置镇淮卫，又置沛丰卫，军民指挥使司以备燕。
十有二月，以驸马都尉梅殷守淮安。丙寅，靖难兵出北平，壬午次蠡县。是月，《太祖高皇帝实录》成；皇少子文圭生。以龚泰为礼科都给事中，陈洽为吏部郎中，罗恢为国子学录，程通为辽府长史，改程本立为江西肃政按察司副使。
洪武三十有五年（即建丈四年）春正月，召周王舍之京师。甲申，燕将李远次槁城。历城侯庸亦遣葛进以马步兵万余乘冰渡滹沱河。方半渡，会远至。进见远兵少，敛退系马林间，以步卒逆战。远佯败，分兵潜解所系马。前军奋击，进退失马，遂大败。斩首四千余级，进仅以身免。戊戌，靖难兵破东阿，遂破东平。指挥詹璟被执，吏目郑华战死。庚子，靖难兵拔汶上，守将薛鹏被执。辛丑，兵将入兖。文皇下令曰：“曲阜，孔子之乡；邹县，孟子之乡。师入境有损一草一木者，杀无赦。”庚戌，靖难兵攻沛县，守将指挥王显以城降，知县颜伯玮及主簿唐子清、典史黄谦俱死之。
二月甲寅，靖难兵拔济阳，执教谕王省，纵之。省还，升明伦堂，集诸生，大哭，诸生亦大哭。省触堂柱而死。甲戌，文皇次徐州。乙卯，遣使祭徐王墓，禁其樵采。
三月甲申，靖难兵由徐州遂趋宿州，辛卯次蒙城，壬辰次涡河。甲午，平安等逆战，败绩。获铁骑指挥火耳灰及哈三帖木儿，平安变服遁走。
夏四月甲寅，安徙淝河；乙卯，与燕将王真、陈文等复战。真后队不继，安麾兵围数匝。真度不免，乃自刭；文亦被杀。是役也，文皇督战急，几为安朔所及，马蹶，文皇乃脱。裨将丁良、宋彬被执，燕军大惧。丙辰，安营于小河南；靖难兵营于小河北。甲戌，魏国公辉祖移军援安，与燕军战于齐眉山下。辉祖斩燕将李彬等十余人，燕兵退走。乙亥，燕诸将欲还小河东，俟隙而动，文皇不听。丙子，何福引兵会安，燕军益惧。会京师讹闻燕军北归，召辉祖入卫。丁丑，安军次灵璧，靖难兵遮其饷道，福等来援。己卯，战败，指挥宋瑄死之。于是安及参将马浦、徐真，都指挥孙成、礼部侍郎陈性善、大理寺丞彭与民、钦天监副刘伯完、指挥王贵皆被执。性善、与民、伯完，文皇皆纵之还。性善愧愤，跃马入河而死。黄子澄闻诸军屡战屡踣，乃抚膺恸曰：“大事去矣！吾辈万死不足以赎误国之罪！”
五月己丑，靖难兵攻泗州，守将周景初以城降。是日，文皇谒祖陵，已诸父老人见，赐以牛酒慰劳。辛卯，历城侯庸帅步兵、战舰次淮南，靖难兵次淮北。燕将朱能、邱福潜济出庸后，庸惧，不战而退。靖难兵遂乘胜渡淮，拔盱眙。壬辰，兵次扬州。江都知县张本修治城守之具。其母曰：“历数有归，守之何益？！” 本悟，遂与指挥王礼谋执监察御史王彬、守将指挥崇刚以城降。彬、刚不屈，皆死之。癸巳，衡府纪善、周是修，靖江府直史萧用道上书，论国大计，且指斥误国之罪。执政者怒，大诟二子，二子不动。子宁曰：“国事至此，尚不容言邪？”诟者乃止。壬寅，帝下罪己之诏，遣礼部侍郎黄观、国子祭酒张显宗、翰林修撰王叔英与子宁分道征兵于上游诸郡。明日，令庆成郡主如燕。文皇见郡主，恸哭，郡主亦泣下沾襟。少顷，郡主以割地请，文皇曰： “吾所受先帝封土且不保，割地何用？吾此来，欲得奸臣耳，志在清朝廷，安社稷，不在土地。但得罪人，即谒孝陵，朝天子，求释诸王之囚，归守旧藩耳。此议盖奸臣，欲缓我以待援兵，吾岂为所欺哉？”郡主默然，遂辞。归，具陈其语。帝出，以谕孝孺，孝孺失色。帝曰：“奈何？”孝孺曰：“长江天堑，北岸舟楫俱已焚毁，且遏截甚严，彼岂能飞渡邪？”帝心稍慰。
六月癸丑朔。靖难兵次浦子口，魏国公辉祖及开国公常鼎帅师击败之。文皇议欲暂还。是夜，都督佥事陈瑄以舟师迎，而燕将吴庸等亦具舟集瓜步以待。甲寅，文皇将渡江，祝曰：“余为奸臣所迫，不得已起兵御祸，誓清君侧以安宗社。余有弗厌于神者，不得渡此江。”翌日乙卯，微风轻飏，水波不兴。文皇既渡大军，相顾错愕。历城侯庸乃徙营高资港，帅兵逆战。文皇命高煦为前锋，鼓噪先登，文皇以骑兵督其后。庸军败绩，失亡无算。庸单骑退走。戊午，镇江守将童俊以城降。庚申，文皇次于龙潭。帝遣李景隆、茹瑞、王佐如龙潭再议割地。文皇曰：“吾此来只欲得奸臣耳！奸臣得，吾即解甲免胄，谢罪阙下。”景隆等惧，不敢对。壬戌，景隆等归告。癸亥，帝令景隆如龙潭申前议，景隆有难色，遂命诸王偕行。文皇见诸王，怆然泣下，相劳苦。诸王俱述割地之意。文皇曰：“割地何为？不得奸臣，吾必不已！”诸王反命。帝会群臣，恸哭。或劝帝幸浙江，或劝幸湖湘，孝孺请坚守京城以待四方援兵。议未决，齐泰奔广德，黄子澄奔苏州。帝闻之，骂曰：“事起自汝辈，乃今弃我去邪！”明日，靖难兵进薄都城，都督徐增寿欲出迎。大理丞邹瑾、御史魏冕知之，帅同官十八人即殿前殴之几死。是日，会辍朝，二人复大呼，请声彻大内。帝闻之，杀徐增寿，诏诸王群臣分守九门，而金川门属谷王橞及景隆。乙丑侵晨，靖难兵至，橞与景隆开门迎纳。文皇遂安兵而入，市肆不易，都人大悦。文皇至燕邸，廷臣尽迎。帝与左右数人徘徊殿廷，亦欲出迎，复叹曰：“何面目相见乎？！”乃退。少顷，宫中火起，帝逊位，遂崩。实六月十三日也。文皇闻帝崩，乃恸哭曰：“吾此来欲效周公辅少主耳，何不亮而遽至此乎？！”遂驻营龙江发哀，命有司治丧。葬事中，外募兵皆解散。是日，谕军民臣寮曰：“曩者奸臣潜蓄异志，删刈支属。余祗承祖训，帅兵诛之。今幸内难肃清，其有罪者齐泰、黄子澄等二十五人，余不敢赦；其无罪者或有乘时以私怨中之，非余意，违者必治不贷！”丙寅，诸王及群臣谓文皇乃高皇嫡子，且长，四海归心，宜为嗣，请即帝位。文皇曰：“吾始逼于难，不得已以兵救祸，誓除奸慝，以安社稷。不意少主为奸臣所蔽，固不亮余心，自绝于天。今缵承洪业，当择有才德者顾。余菲薄，岂足负荷？”诸王及群臣再请，不允。丁卯，燕诸将上表劝进，文皇曰：“吾与尔等初举义，图免祸难耳，敢冀富贵邪？”戊辰，诸王及群臣诣燕邸复请，亦不允。己巳，文皇谒孝陵归，诸王群臣备法驾迎于道左，军民耆老以万计，遮文皇马，不得行，文皇固拒。诸王群臣曰：“臣等为宗庙社稷计，不敢忽，谨奉天子玺符再拜上！” 文皇曰：“诸王群臣以为奉宗庙，宜莫如余。宗庙事重，余不足称。今为众心所戴，余辞不获，勉循众志，然宜协心辅余不逮！”遂诣奉天殿，即皇帝位，革除建文四年，仍称洪武。谕府部：“凡建文中改易皇考政令，悉复旧。”庚午，诏复周、齐、代、岷四王爵土，又封有勋为汝南王，有烜为顺阳王，有爝为祥符王，有熹为新安王，有光为永宁王，有煽为汝阳王，有炉为镇平王，有弗为宜阳王，尚烐为兴平王，尚灶为永寿王，尚灴为安定王，济熿为平阳王，济熇为广昌王，贤烶为乐安王，贤焌为长山王，贤[1234]为平原王。辛未，升燕山护卫为亲军指挥使司。召文学博士方孝孺草诏，孝孺不往，迫之，以衰麻见。上怒，逮诣诏狱。是日，纪善、周是修留书别，杨士奇等具衣冠入应天府，学自经于东庑。上闻之，叹曰：“彼食其禄，自尽其心耳！”于是，大理丞邹瑾、太常少卿廖升、翰林侍讲楼琏、给事中龚泰、监察御史魏冕皆自裁。未几，获兵部尚书铁铉、礼部尚书陈迪、刑部尚书暴昭、侍郎侯泰，户部侍郎郭任、卓敬，御史大夫练子宁、茅大芳，大理少卿胡闰与文学博士孝孺。上俱欲用之，示其意，铉等执不从，遂就刑。壬申。上以天子礼葬建文君及皇后马氏。翌日，诏复懿文皇太子懿，敬皇太子妃旧称，罢其庙祀，迁主于园陵。改封吴王允熥为广泽王，衡王允爁为怀恩王，徐王允熙为敷惠王。废魏国公辉祖为庶人，寻被□卒于狱。执齐泰、黄子澄。召驸马都尉梅殷及都□杨文、陈晖、韩观、黄中等还京师，所领将士各还原卫，勇士悉放归农。丁丑，杀齐泰、黄子澄，皆夷其族。时礼部侍郎黄观、礼科给事中黄钺、翰林修撰王叔英、监察御史曾凤韶、浙江按察使王良、江西按察副使程本立、督府断事高巍皆使于外，闻靖难兵入都城，观、钺皆投水；叔英、凤韶、本立、巍皆雉经；良举火自焚；翰林编修程济、按察佥事胡子义、宁波知府王琏、卫辉知府孙镇、郎中梁田玉、中书舍人宋和、郭节皆弃官而去。其它变易姓名，隐迹山谷者不可胜纪。
秋七月壬午朔，类于南郊，诏告天下。遣使祭告祖陵、皇陵、历代帝王陵。改谥湘王曰“献”，妃曰“献妃”。召吏部尚书张紞、户部尚书王钝，谕之曰： “卿二人久事先朝，习知典故。今老矣！其解职务，月给尚书半俸，居京师视时政。有戾旧制者，直以告朕。”是夜，紞自经于部之后堂。其妻与二媵、二子隶六人相继投水而死。钝遁不果，左授浙江左布政使以归。诏至漳州府学，教授陈思贤帅诸生为旧君位哭，临郡人执送京师。思贤暨诸生六人皆死之。是月，以郑赐为刑部尚书，郁新为工部尚书，蹇义、陈洽为吏部左、右侍郎，夏原吉、古朴为户部左、右侍郎，宋礼为礼部侍郎，黄福为工部侍郎，方宾为兵部侍郎，黄信、陈瑛为副都御史，刘翥、杨得安、俞士吉为佥都御史，李至刚为通政使。
八月，诏谕安南、暹罗、爪哇、琉球、日本，西洋苏门答刺、占城诸国。己未，秦王如京师。以袁廷玉为太常寺丞。癸丑，代王及其世子逊瑞如京师。是时，岷王与西平侯晟交恶，诏为平之，复命王佐副晟协守。壬戌，晋王如京师。丙寅，执左都御史景清。先是，星者奏：“文曲犯帝座甚急！”上固疑。及见清衣绯而入，委蛇不去，上呼左右收之，得衣衽中所匿利剑。因诘责，清亦吐实而死。己巳，以夏原吉为户部尚书，金忠为工部侍郎。免畿内今年丁夫之役。下谷府长史刘璟狱。璟，诚意伯基之子也。北伐时从王朝京师，献十六策不用。璟病免至，是召不起，逮赴诏狱，辫发自经死。又逮礼部侍郎黄魁、太常少卿卢原质、左拾遗戴德彝、监察御史高翔、晋府长史程通、苏州知府姚善、徽州知府陈彦回，俱以不屈就市。
九月甲申，大封功臣。以都督佥事丘福为淇国公，朱能为成国公，张武为成阳侯，陈圭为泰宁侯，孟善为保定侯，郑亨为武安侯，火真为同安侯，顾成为镇远侯，王忠为靖安侯，徐忠为永康侯，张信为隆平侯，李远为安平侯，郭亮为安成侯，都指挥使王聪为武城侯，房宽为思恩侯；唐云为新昌伯，刘才为广恩伯，徐理为武康伯，都指挥佥事徐祥为兴安伯，孝浚为襄城伯，孙岩为应城伯，赵彝为忻城伯，陈旭为云阳伯，房胜为富昌伯，指挥使张辅为信安伯，谭忠为新宁伯。又以翊戴功封都尉王宁为永春侯，尚书茹常为忠诚伯，都督佥事王佐为顺昌伯，陈瑄为平江伯，曹国公景隆加禄一千石。其余将校升赏有差。上犹虑论功有未当者，复命福等议拟以闻，福等乃言：“信安伯辅屡立奇勋，父又死难；都督李彬、陈贤、张兴、陈志、王友俱有先锋摧敌之功，与伯刘才埒、陈亨子懋、王真子通俱未授爵，宜准谭忠例请。”上从之，进封辅为新城侯，彬为丰城侯，懋为宁阳侯，贤为荣昌伯，兴为安乡伯，志为遂安伯，友为靖远伯，通为武毅伯。翌日，追封都督同知张玉为荣国公，谥“忠显”；陈亨为泾国公，谥“襄敏”；徐增寿为阳武侯；寻进封定国公，谥“忠湣”；都指挥谭渊为崇安侯，谥“壮节”；百户王真为金乡侯，谥 “忠壮”。以蹇义为吏部尚书，刘俊为兵部尚书，黄福为工部尚书。诏诸蕃入贡者互市如故。己丑，庆王如京师，周世子有炖自临安入朝，越三日。壬辰，颁世子有敦金宝，周王言于上曰：“向者不轨之诬，非世子自婴其祸，无逮今矣！”上亦感叹，作《纯孝歌》以赐。丁酉，蜀王如京师，诏大赉臣民。车里军民宣慰使司宣慰使刁暹答遣使入贡。戊申，命齐王复国青州，谷王徙国长沙。是日，以解缙、胡广为侍讲，杨荣为修撰，杨士奇、黄淮为编修；金幼孜、胡俨为检讨，并直文渊阁专典机务。
冬十月，宁王及楚世子孟烷如京师。戊午，诏重修《太祖高皇帝实录》，以曹国公景隆为监修，侍讲解缙为总裁，吏部郎中徐旭等为纂修官。己未，召罗义为户科给事中，杨砥为鸿胪卿，张琏为通政使，姚广孝为僧录司左善世。戊寅，置大宁、营州、兴州三卫。
十有一月，作奉先殿成。壬辰，册妃徐氏为皇后。后，武宁王达女也。进郭资为户部尚书，雒佥为礼部尚书，各视事如故。十有二月，陈瑛请追论建文时效死诸臣，诏不许。