太祖洪武二年冬十月，上欲以杨宪为丞相，问刘基。基素与宪厚，以为不可。上怪之，基曰：“宪有相才，无相器。夫宰相者，持心如水，以义理为权衡，而已不与焉者也。今宪不然，能无败乎！”上曰：“汪广洋何如？”基曰：“此褊浅。”上曰：“胡惟庸何如？”基曰：“小犊耳，将偾辕而破犁。”上曰：“吾之相，无踰于先生。”基曰：“臣非不自知。臣疾恶太深，又不耐繁剧，为之，且负大恩。天下何患无才，愿明主悉心求之。如目前诸人，臣诚未见其可也。”
六年秋七月，以胡惟庸为中书左丞相。
八年夏四月，诚意伯刘基卒。初，上既相胡惟庸，基大戚曰：“使吾言不验，苍生之福也；言而验者，其如苍生何！”因忧愤增疾。基尝为上陈瓯、闽事。盖瓯、闽之间，有隙地曰淡洋，其南抵闽界曰三魁，为鹾盗薮，方氏所由乱，基奏于其地立巡检司以控扼之。其奸民弗便也，相率挟逃戍之卒以叛，而大豪复阴持其窔。基使子琏上书奏之，而不先白中书省。惟庸故衔基，使刑部尚书吴云劾之，以淡洋踞山海有王气，欲图为墓地，民勿与，则建立司之策以窘其人，致激变。疏入，上下有司，惟庸请加以重辟，又欲逮基子琏狱。上皆不问，而第令移文使基知。基乃驰入朝见上，不敢辨，惟引咎自责而已，亦不敢言归。俄有疾，惟庸觇上念基怠，乃阳为好者，以正月朔，挟医来视疾。基饮之，觉有物积胸中如拳石。间以白上，上不省也。又三月，浸剧。使使问之，知不能起，驿舟护归青田。亡何，竟卒。
十三年春正月，左丞相胡惟庸谋不轨伏诛。自杨宪、汪广洋既败，惟庸总中书政，专生杀黜陟，以恣威福。内外诸司封事入奏，惟庸先取视之，有病已者，辄匿不闻，由是奔竞之徒趋其门下。魏国公徐达深嫉其奸邪，常从容言于上，惟庸衔之。达有阍者福寿，惟庸阴诱致为已用，为福寿所发。惟庸故起家宁国令，时太师李善长秉政，惟庸馈遗善长黄金二百两，遂得召入为太常卿，累迁中书参政，遂与善长深相结，以兄女妻善长从子佑，贪贿弄权，益无所忌。一日，其定远旧宅井中忽出竹笋，出水高数尺，谀者争言为丞相瑞应，又言其祖父三世冢上，夜有光烛天，于是惟庸稍自负，有邪谋矣。会惟庸家人为奸利事，道关，榜辱关吏，吏奏之。帝怒，杀家人，惟庸谢不知。帝又究故诚意伯死状，惟庸惧且见发，乃计曰：“主上草菅勋旧臣，何有我！死等耳，宁先发，毋为人束手寂寂。”而是时吉安侯陆仲亨、平凉侯费聚者，常犯法，帝切责之。二人惧，惟庸阴以权利胁诱之。二人素戆勇，又见惟庸用事，因与往来，久之益密。惟庸与御史大夫陈宁坐省中，阅天下军马籍，令都督毛骧取卫士刘遇宝及亡命魏文进等为心膂，曰：“吾有用尔也。”太仆寺丞李存义，善长之弟，惟庸之婿父也，以亲故，往来惟庸家，惟庸令存义阴说善长以邪谋。惟庸又使指挥林贤下海招倭军，约期来会，又遣元臣封绩致书，称臣于元，请兵为外应，皆未发。会惟庸子乘马奔入挽辂中，马死，惟庸杀挽辂者。上怒，命偿其死。惟庸逆谋益急。而是时日本贡使适私见惟庸，惟庸约其王，令以舟载精兵千人，伪为贡者，及期，会府中力士掩执帝，度可取取之；不可，则掠库物泛海就日本，有成约。
正月戊戌，惟庸因诡言第中井出醴泉，邀帝临幸，帝许之。驾出西华门，内使云奇冲跸道，勒马衔言状，气方勃，舌駃不能达意。太祖怒其不敬，左右挝捶乱下。云奇右臂将折，垂毙，犹指贼臣第，弗为痛缩。上悟，乃登城望其第，藏兵复壁间，刀槊林立。即发羽林掩捕，考掠具状，磔于市，并其党御史大夫陈宁、中丞涂节等皆伏诛，僚属党与凡万五千人，株连甚众。群臣请诛李善长、陆仲亨等，上曰：“朕初起兵时，李善长来谒军门曰：‘有天有日矣。’是时朕年二十七，善长年四十一。所言多合吾意，遂命掌书记，赞计划。功成，爵以上公，以女与其子。陆仲亨年十七，父母兄弟俱亡，恐为乱兵所掠，持一升麦藏于草间，朕见之，呼曰：‘来！’遂从朕。既长，以功封侯。此皆吾初起时股肱心膂，吾不忍罪之，其勿问。”
癸卯，诏罢中书省，升六部官秩。仿古六卿之制，改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府。《祖训》云：“自古三公论道，六卿分职，不闻设立丞相。自秦始制丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋虽有贤相，然其中多小人专权乱政。今罢丞相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下庶务，事皆朝廷总之。”
十二月，致仕学士承旨宋濂以孙慎坐胡惟庸党被刑，藉其家，械濂至京。上怒，欲诛之，皇后谏曰：“民间延一师，尚始终不忘恭敬。宋先生亲教太子诸王，岂忍杀之！且宋先生家居，宁知朝廷事耶？”上意解，濂得发茂州安置。行至
州，以疾卒。
十四年春二月，有诉浦江郑氏交通胡惟庸者。时四方仇怨相告讦，凡指为胡党，率相收坐重狱。郑氏素以孝义闻，兄弟六人，吏捕之急，诸兄争欲行，其弟郑湜曰：“弟在，乃使诸兄罹刑辟耶！”独诣吏请行。仲兄濂先有事京师，暨弟至，迎谓曰：“吾家长，当任罪，弟无与焉。”湜曰：“兄老，吾往辨之。万一不直，弟当伏辜。”二人争入狱。上闻，俱召至廷，劳勉之，谓近臣曰：“有人如此，而肯从人为非耶！”即宥之，擢湜为福建布政司参议。
二十三年夏五月乙卯，太师李善长自缢，虞部郎中王国用上书讼冤，略曰：“人情之爱其子，必甚于爱其兄弟之子。善长于胡惟庸，侄之亲耳，于陛下，则子之亲也。使善长佐惟庸成事，亦不过勋臣第一而已矣，太师、国公、男尚主，女纳妃而已矣。且善长岂不知天命之不可幸求，当元之季，欲为此者何限？莫不世绝宫污，不保首领，此善长之所熟见也。人年迈，精神意虑鼓舞倦矣。偷安苟容，则善长有之，曾谓有血气之强暴感动其中也哉？且善长子事陛下，托骨肉无纤芥之嫌。凡为此者，必有深仇急变，大不得己，而后父子之间或至相挟以求脱祸，未有平居晏然，都无形迹，而忽起此谋者，此理之所必无也。若谓天象告变，大臣当灾，则杀人以应天象，夫岂上天之意哉！今不幸已失刑，而臣恳恻为陛下明之，犹愿陛下作戒于将来也。天下孰不曰：‘功如李善长，又何如哉？’臣恐四方之解体也。”不报。国用疏，解缙代草也。
命刑部以肃清逆党事播告天下，南朝鲜公李善长，列侯胡美、唐胜宗、陆仲亨、费聚，已故侯顾时、陈德、华云龙、王志、杨璟、朱亮祖、梅思祖、陆聚、金朝兴、黄彬、薛显，都督毛骧、陈万亮、耿忠、于琥凡二十人。
二十五年秋八月丙子，靖宁侯叶升坐交通胡惟庸，伏诛。
太祖洪武十一年秋八月，命西平侯沐英为征西将军，率都督蓝玉等统兵征西番。玉，开平王常遇春妇弟也，长身頳面，有勇略。从遇春麾下，每战先登陷阵，所当无前。遇春素称于上，上亦以遇春故宠异之，累功至都督佥事。至是，同英讨西番，擒其渠瘿脖子，斩获以千计，获马二万余匹，牛羊十余万，还，封永昌侯。
十四年秋九月，命永昌侯蓝玉以征南副将军同颍川侯傅友德讨云南，转战平之。
二十年春正月，命永昌侯蓝玉为右副将军，同宋国公冯胜袭金山，纳哈出降之，并降其众十余万。胜以诖误召还，即军中拜玉为大将军。
二十一年夏四月，大将军蓝玉袭捕鱼儿海，获元主次子地保奴、后妃公主百三十余人；吴王朵儿只等将相宫校三十人，男女七万，马驼五万。上大悦，下玺书褒玉，比之卫青、李靖。
秋七月戊寅，大将军蓝玉遣人送元主次子地保奴及后妃公主等至京。既而有言玉私元主妃事，上大怒，曰：“玉无礼如此，岂大将军所为哉！”元主妃闻之，惶惧自尽。玉还朝，上切责之，戒以率德改行。
十二月壬戌，封永昌侯蓝玉为凉国公。先是，拟封玉梁国公，至是，改封凉，镌其过于券。
二十三年春正月，西番蛮人复叛，命凉国公蓝玉率都指挥瞿能往大渡河邀击之。玉讨平岩川、杂道，克散毛峒，擒土目刺惹等万余人，置大水田千户所。进平施南、忠建二宣抚司叛蛮。还，增岁禄，赐黄金、文绮，寻诏还乡。
二十四年冬十月，命凉国公蓝玉往陕西训练军士。
二十五年夏四月，凉国公蓝玉捕逃寇祁者孙，遂略西番罕东之地。玉兵入罕东，遣都督宋晟徇阿真州，番众皆远遁。而会蜀故降月鲁帖木儿反建昌，使玉移师讨之。至则裨将瞿能已大破其众，月鲁帖木儿走柏兴。玉以计诱缚其父子，送京师斩之，尽降其余党，便宜请增设诸卫，且请籍民为兵。上报设诸卫，而不许籍民。遂班师。
二十六年春正月乙酉，凉国公蓝玉谋不轨，伏诛。初，胡惟庸之叛，有称玉与其谋者。上以其功大，宥不问。后诸老将多没，乃擢为大将，总兵征伐，甚称上意。尝措置陕西边事，至兰川，坠马微伤，手诏慰劳之，比于中山、开平二王。然玉素不学，性复很愎，见上待之厚，又自恃功伐，专恣横暴。畜庄奴假子数千人，出入乘势渔猎。尝占东昌民田，民讼之。御史按问，玉执御史，捶而逐之。先是，北征还，私其珍宝驼马无算。度喜峰关，吏以夜，不即纳，玉大怒，纵兵毁关而入。上闻之，不乐，并诘责其私元主妃，玉慢不省。尝见上，命坐或侍宴饮，玉动止傲慢，无人臣礼。及总兵在外，擅升降将校，黥刺军士，甚至违诏出师，恣作威福，以胁制其下。至是，征西还，意图升爵。及命为太傅，玉攘袂大言曰：“我固不当为太师也！”恒怏怏，不乐居宋、颍二公下。间奏事，上不从，玉惧，退语所亲曰：“上疑我矣。”乃谋反。当是时，鹤庆侯张翼、普定侯陈桓、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣、都督黄恪、吏部尚书詹徽、侍郎傅友文及诸武臣尝为玉部将者，玉乃遣亲信召之，晨夜会私宅谋议，集士卒及诸家奴，伏甲将为变。约束已定，为锦衣卫指挥蒋瓛所告。命群臣讯状具实，磔于市，夷三族。彻侯、功臣、文武大吏以至偏裨将卒，坐党论死者，可二万人，蔓衍过于胡惟庸。三月辛酉，会宁侯张温、都督萧用、沈阳侯察罕，坐蓝玉党伏诛。
九月，诏：“胡党蓝党，除已捕在官者外，其未发，不究。”
谷应泰曰：
昔者太公赐履，南至穆陵，鬻熊论封，奄有江汉。以故土田圭瓒，勒之景钟，而彤弓卢矢，铭之太常，用以分王功臣，永保厥世，甚盛典也。乃高帝刑马，绾豨伏锧，阖闾誓国，伍胥属镂，遗介推于绵上，试文种于地下，弓藏鸟尽，良足悲矣。明太祖力战中原，躬擐甲冑，栉风沐雨，赖茅土之爪牙，枕戈卧鼓，藉苴林之虓虎。
洪武三年，大告武成，论功行赏，公爵者十人，侯爵者二十八人，铁券丹书，誓诸白水，河带山砺，爰及苗裔，主非无劳之赐，臣亦非无功之奉也。独奈何惟庸复壁藏兵，蓝玉家奴衷甲，张敖不轨，逼汉祖于柏人，宣武称兵，追黄须于姑孰，遂乃爵除五等，祸及三宗。然而推其始初，胡以倾邪升鼎耳，蓝以宠利居成功，不学无术，器小任重，宜其及也。乃论者以光武保全功臣，所封不过大县数四，所加不过特进朝请，故君臣之恩，始终不替，《鹿鸣》、《天保》，若鱼水焉。然予考太祖之分封也，至尊贵者，无过南朝鲜食禄四千石，魏国食禄五千石，未尝裂土自王也。至任用者，出师则本于庙算，还军则归之禁旅，亦未尝得专征伐也。凡此内安外攘，势若犬牙；强干弱枝，何难控御。而乃以一人跋扈，遂疑尾大之图，仓卒启机，傅会难明之事，株连者四万，失侯者二十，周内深文，亦云惨矣！
夫淮阴、阳夏，就令关通，彭越、栾布，罪无相及。而况皂隶之后，渐乃式微；酎金之举，以次削除。宁有朝登盟府，夕系槛车，口血未干，爰书遂拟。以致善长自缢，景濂道亡，萧何三木而就征，望之仰药而自杀。岂尚功之典不设于齐侯，而议功之条不载于《周礼》耶？虽然，高帝晚年，甘露庆云，屡书于册，而醴泉之诈兴，贬爵削封，播告于外，而伏甲之谋起，是则胡、蓝之衅，抑亦凤德之衰也。至若徐中山之忠志无疵，李岐阳之好学饬行，汤信公之听命唯谨，沐西平之居贵不骄，并皆攀龙鳞而有功，履虎尾而不咥。呜呼！与毕、散之徒争烈矣。