初九日（己未），上即皇帝位。
二十九日（己卯），山西道御史余缙疏言：『舟山宜守，小门宜防；请于小门安置炮位，严添防戍，以保全东南疆土」。下部速议行。
二月二十八日（戊申），户部议覆：『江南总督郎廷佐疏言临江、临海百姓修理烽墩，奉法惟谨，应予豁免丁徭，略示优恤』。从之。
－－以上见「大清圣祖仁皇帝实录」卷一。
三月初九日（戊午），平西王吴三桂疏报擒获龙吉兆，克平马乃土司。下部知之。
十一日（庚申），广东广西总督李栖凤报雷县西海贼黄占三等率众投诚。下部知之。
十六日（乙丑），授浙江提督田雄二等候、福建提督马得功三等侯。
－－以上见「大清圣祖仁皇帝实录」卷二。
夏六月十七日（甲午），兵部议覆：『平西王吴三桂疏言「李党余孽偷生房、竹，地接汉、兴：布置堤防，正须严密。以王一正标兵驻汉，计划甚周。惟是房、竹之可达汉中者二路：一为兴安、一为西乡渔渡坝，实为汉南门户。今兴安驻兵五千，足资捍御；惟西乡无兵，虽设有渔渡坝游击，宁足以当一面？且汉中尚有臣下存城官兵，王一正兵马宜驻西乡，以防逆贼入汉之路。汉城去西乡不过二百余里，呼吸可通，声势联络；守西乡，即所以守汉也。倘臣下官兵家口迁移之后，汉中照设一镇，以资弹压，庶为妥便」。应如所请』。从之。
二十六日（癸卯），福建巡抚徐永桢疏报提督马？功剿平逆贼李月高、许于敬，其余党下海者皆掩杀无余。下部察叙。
二十八日（乙巳），四川陕西总督李国英疏报：『逆贼郝承裔降而复叛，臣提兵亲赴嘉定，密檄提、镇诸臣合营进剿，贼鼠窜沉黎；我兵星驰尾袭，旋就擒俘。其溃散箐莽者，成擒成招，靡有漏网；恢复千余里之封疆，拯救数万人于水火。有功人员，均请议叙』。得旨：『官兵分路进剥斩关长驱，郝承裔就擒就俘；具见调度有方，将士效力。在事有功人员，俱着察叙具奏』。
秋七月初三日（庚戌），福建总督李率泰疏报伪总兵林俊奇等共六十一员、为兵人等共一千三百十九名口投诚。下部议叙。
二十一日（戊辰），湖广总督张长庚疏报阵斩伪总兵刘偁，并获其党周文栋。命诛之。
－－以上见「大清圣祖仁皇帝实录」卷三。
闰七月初六日（癸未），安南将军内大臣达素疏执：『据海澄公黄梧招抚郑芝龙属下伪都督万仪、万禄等，擒伪中匡伯张进、伪总兵朱受，拆毁所据铜山城垣房屋，率伪官一百八员、兵四千四百名、兵民家口万余渡海来归』。得旨：『万仪、万禄等识时向化，倾心投诚，殊可嘉尚；着从优议叙。海澄公黄梧实心效绩，招徕有方；着并议叙』。
十四日（辛卯），谕吏部、兵部：『海寇入犯江南时，提督梁化凤奋勇效力，同满兵击败贼众；及贼奔窜，往犯崇明，梁化凤星往应援，保全孤城，功亦不小。叙功时，授世职阿达哈哈番，止足偿其江宁捷功；应再叙崇明捷功，加授世职，以示鼓励。至于崇明城文武各官坚心竭力，拒贼全城，深为可嘉；亦应各加世职，以示鼓励：俱着察明从优议叙。彼时江南地方数百里内从贼者多，惟安庆固守城池，不肯从逆，亦属可嘉；守城各官，亦着察叙具奏』。
二十五日（壬寅），叙崇明守城功，授提督梁化凤三等阿思尼哈番，袭替八次；文武官弁，各依功次授世职』。
八月初六日（壬子），吏部遵旨议覆：『尹大器举首郑芝龙在狱私与逆子郑成功往来通信，密行事款，鞫勘俱实；应授拖沙喇哈番』。得旨：『尹大器着授拜他喇布勒哈番』。
十三日（己未），谕户部：『前因江南、浙江、福建、广东濒海地方逼近贼巢，海逆不时侵犯，以致生民不获宁宇；故尽令迁移内地，实为保全民生。今若不速给田地、居屋，小民何以资生？着该督抚详察酌给，务须亲身料理，安插得所，使小民尽沾实惠；不得但委属员，草率了事！尔部即遵谕速行』。
九月初十日（丙戌）谕刑部：『近览尔部章奏，徐胜等被掳下海，旋经投归，仍按律拟罪。但念此辈先虽从贼，乃能不忘故土，乘间来归，着免罪。以后凡有此等投诚者；俱着免罪』。
兵部题：『铜山伪都督郭义、蔡禄、罗珰等率众投诚，应请议叙』。得旨：『郭义、蔡禄俱授左都督，加太子太保，仍给三等阿思阿尼哈番，世袭八次；罗珰授右都督，仍给三等阿达哈哈番，世袭四次』。
十一日（丁亥），调云南贵州总督赵廷臣为浙江总督，浙江总督赵国祚为山东总督，改江南江西总督郎廷佐为江南总督，广东广西总督李栖凤为广东总督。
－－以上见「大清圣祖仁皇帝实录」卷四。
冬十月初三日（己酉），海贼郑芝龙并其子郑世恩、郑世荫等照谋叛律族诛。郑芝豹当郑成功变叛时即投诚来归，并其子俱免死。
十二日（戊午），兵部题：『新投诚官员，应分旗安置。见到伪汉阳王马进忠子都督佥事马自德准入正黄旗、伪国公沐天波子沐忠显准入正白旗、未到伪延安王艾能奇子左都督艾承业准入镶黄旗，照依品级赏赉；内沐忠显无职衔，应不给俸』。得旨：『沐忠显著照阿哈尼哈番品级赏赉』。
十四日（庚申），以浙江定海县舟山地方人民内徙，免其顺治九年至十二年未完额赋。
二十五日（辛未），升福建同安副将施琅为同安总兵官。
十一月十二日（丁亥），四川陕西总督李国英疏报伪伯杨秉印率众投诚。命授左都督职衔，仍给全俸，赏裘、马等物。
－－以上见「大清圣祖仁皇帝实录」卷五。