《温疫论》，温病著作。二卷。明·吴有性撰于1642年。1641年山东、浙江等省疫病流行，医者以伤寒治法无效，枉死颇多。吴氏推究病源，指出是温疫，系感染“异气”（又名杂气或戾气）所致，病由口鼻而入。对瘟疫病因和传染途径的认识，较之前人有较大突破。吴氏参考古今医案，创造了一些较有实用价值的治法。书中详论温疫病因、初起、传变诸症及治法等内容。是在《伤寒论》成书1400年之后医学史上又一部具有划时代意义的有关外感病的论著。它第一次认识到温疫感染于戾气、具有传染性，开温病学说之先河。后世许多温病论著皆受此书的影响和启发。乾隆年间，复有洪天锡补注本，书名《补注温疫论》。嗣后又有郑重光补注本，名为《温疫论补注》，1955年由人民卫生出版社影印出版。此外又有《医门普度温疫论》，系清·孔毓礼、龚绍林等据吴氏原著加评，其原文和编排次序与《温疫论补注》略异；下卷并集喻嘉言、林起龙、刘宏璧等有关疫病的论述，并附名方及前人疫症治案等。现有数十种清刻本及《中国医学大成》本。

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