十二月十六日（己酉），上諭內閣曰：恆瑞在鹽水港一味株守，毫無寸進，實屬無能，難勝將軍之任，著即來京候旨。至福州將軍員缺，前曾有旨欲將鄂輝調補。因現在保寧已補授伊犁將軍，李世傑仍調補四川總督；該省地方緊要，且毗連西藏，統轄番夷，俱有應辦事件；李世傑係屬漢人，且已年老，恐辦理公務精神不能周到。鄂輝在川有年，該處事宜較為熟諳，將來台灣事竣後，應令仍回成都將軍原任，以資駕輕就熟。至常青剿捕台灣逆匪，雖未能督率將弁剋期奏績，但自駐守郡城以來，賊匪屢經攻擾，伊已年老尚能臨陣殺賊，將郡城保護無虞；並節次派撥弁兵援應嘉義，調度尚屬有方。雖不宜復任總督，但伊從前曾任福州將軍，熟悉該處情形，且以閩浙總督調補該處，將來呼應較靈，於辦理一切善後事宜更為得力；所有福州將軍員缺，即著常青補授。將來大功告成後，即留於台灣帶同普吉保辦理善後事宜。
同日，孫士毅奏言：聞將軍福康安於十一月十七、八日，攻得斗六門，即統兵直抵大里杙賊巢。先期遍加曉諭，賊黨聞之畏懼，當即從大里杙紛紛出降；有被賊攔阻者，有攔阻不住被賊戕害者，亦有竟從大里杙殺出接應官兵者。至十一月二十三、四等日，福康安領大兵奮力殺進，已將大里杙賊巢攻破。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、李侍堯、孫士毅曰：昨據李侍堯奏到官兵攻破大里杙等情，與孫士毅所奏大略相同。此信，自係確實。想福康安等奏報之摺，業已在途；即日可到。現在大兵剿洗賊巢，搜捕逆黨，想賊首、賊目自無難即日就獲，成功蕆事。佇奏捷音，朕心甚為欣慰。孫士毅自辦理調兵、運餉諸務以來，俱能不分畛域，實心經理，甚屬可嘉！俟大功告竣後，當賞給世職；著先賞戴雙眼花翎，以示優眷。至昨據福康安奏，柴大紀、蔡攀龍守城打仗各情形，多不確實一節；朕因此事反覆思之，竟至徹夜不能成寐。向來綠營將弁冒功謊報，積習原所不免；但以天下之大，地方事務在在需人任使，遇有軍務，勢不能祗仗滿洲官兵，竟置綠營於不用。此次，台灣逆匪滋事以來，該處領兵將弁雖俱未能振作有為，然就現在該處將領而論，柴大紀、蔡攀龍二人，尚能奮勇出力。柴大紀駐守縣城已經半載，經賊目百計攻圍、時時窺伺，柴大紀能督率兵民力為捍衛，卒能保護無虞。雖伊節次奏報斬獲首級、奪取器械等事或間有虛詞謊報，此亦綠營積習，情事所有；但伊困守圍城，不辭勞瘁，亦當略其短而取其長。柴大紀設果如福康安所云，為人詭譎取巧，則當縣城被圍緊急之時，朕曾經降旨諭令柴大紀，如力不能支，不妨帶兵出城，另圖進取；柴大紀何難委城而出，以為脫身之計。即縣為賊所据，百姓為賊所得，亦得藉口遵旨而行，朕亦難治以棄城不守之罪。乃柴大紀於奉到前旨後，堅持定見，竭力固守，不忍將城內數萬生靈委之於賊，是柴大紀尚知以國事為重。朕閱其奏摺，為之墮淚，豈福康安目擊情形，尚不心存憫惻，轉事苛求，不能以朕之心為心乎？即如柴大紀前奏賊匪攻城時，用大板木車，中藏鎗砲分路攻犯，被官兵砲擊碎枋車一節；若果是虛詞，現在福康安奏到，進抵縣城時，追殺賊匪，奪獲攻城大車二輛；又於興化店地方，賊匪經官兵追趕，大砲、鳥鎗遍地遺棄，俱為我兵所得等語。可見柴大紀前奏賊匪大車架砲攻城之處，實有其事，並非虛詞之一證。又柴大紀所奏縣城糧食匱乏，地瓜、花生俱盡，以油■〈米八〉充食之語；雖縣城被圍時，義民等尚有捐助糧米，零星接濟兵民，未必遽至盡食油■〈米凡〉。但當情形緊急之際，各路援兵並未即時前進。柴大紀目睹縣城糧食垂盡，至以日食油糝為詞，希冀援兵速到；而普吉保、恆瑞兩路尚復觀望不進；若再實言少有糧米，則兩路之救援更緩。此時縣城之存亡尚未可知，又安怪柴大紀之過甚其詞耶？今幸福康安等統兵速進，縣城圍解，甫獲更生。此等措語未實之處，朕尚加之寬宥，寧福康安不為之原諒耶？至蔡攀龍，現據福康安到彼查詢，於援應柴大紀時，進城後仍被賊截斷後路，損去多兵，未能破解賊圍，亦並無自城內殺出打通道路之事。但蔡攀龍屢次打仗殺賊，曾經常青等保奏頗為奮勇；伊帶兵赴援時，沿途遇賊接仗，督兵力戰，究能前抵縣城，協同守禦。是蔡攀龍在領兵將弁中，尚為奮勉，朕已加恩擢授提督，福康安此時亦可無庸過加責備。即云台灣逆匪糾眾倡亂，由於地方文武平日貪索擾累，以致激成事端，朕非不知。但該處百姓休養生聚有年，即使地方官貪黷斂怨，亦可據實上控，豈可公然叛逆？況官吏騷擾地方，剝削百姓，自係文職為多；至武職所轄，不過營伍兵丁，並不經管地方事務。縱使從中婪索，然較之地方文職所得，不過十之一、二，豈得以此歸咎柴大紀、蔡攀龍二人？此次破賊解圍，官兵會合攻剿，固屬福康安、海蘭察督率巴圖魯侍衛等奮勇力戰之功；該處綠營將弁俱屬懦怯無用。但就該處帶兵之員而論，其中勇怯不齊，亦應絜短較長，有所區別；豈可一概抹殺？即將來平定之後，焉能止留滿洲巴圖魯百餘人駐守，將綠營將弁概行撤回之理？看來，柴大紀、蔡攀龍二人，未免因俱係提督大員，且屢經恩旨褒嘉，或稍涉自滿，在福康安前禮節或有不謹，致為福康安所憎，遂爾直揭其短乎！況柴大紀、蔡攀龍俱現任提督，水陸將弁兵丁皆所統轄，福康安即有不滿伊二人之處，然其功究不可泯，亦應外示優容。若遽加之聲色，則所屬將弁兵丁見統轄大員全無顏面，未免心存輕視，竟至呼應不靈，從而解體，於事大有關係。即使伊二人實有綠營習氣，不可信任，福康安何妨俟大功告成到京時，密為面奏，亦不為遲，何必於此時遽以此形之奏牘耶。朕於柴大紀、蔡攀龍二人，並非先有成見，不過念其守城打仗，勤苦出力，曲加軫念。福康安非他人可比，猶當仰體朕心，略短取長，方得公忠體國之道。況柴大紀已加恩封以伯爵，蔡攀龍業經超擢提督，福康安所奏各情節，並無確據，又豈可轉沒其功，遽加以無名之罪耶？總之，柴大紀、蔡攀龍二人功過自有定論，福康安此時總以坦懷相待，不稍露詞色為是。
臣等謹案，福康安初次參奏柴大紀時，未經列款入奏。我皇上念柴大紀在嘉義數月，積有微勞，不肯因未有指實之言，即行查辦；降旨訓諭，至於再三。迨後，柴大紀貪縱不職、廢弛營伍，種種劣跡全行敗露，始命福康安、李侍堯等查明參奏。具見皇上體卹周至，惟恐宣勞效力之臣，稍為屈抑。凡有人心者，宜何如感激圖報乎！
十七日（庚戌），李侍堯奏言：接福康安來咨，調取同知、通判、知縣、雜職等十六員。查台地辦理糧餉等事，奉派有各省保舉道府人員及本省丞倅等官，交李永祺委用。今賊巢已破，一切撫綏安插以及承應各項差使，自須多員經理，臣即遴選妥員如數派往，以資差遣。其內地各缺，現有分發一等舉人，可以委署，毋庸另請揀發。至軍需銀兩，除陸續解往台地各軍營一百六十八萬兩外，福康安起程時，雖又委員賫解五十萬兩隨往，續又撥解府城二十五萬兩、鹿仔港二十萬兩；但現在用兵正當緊要之時，所有軍餉自須寬裕備辦，始得應手。昨准福康安咨取一百二十萬兩，臣現亦照數撥解。惟是，前後統計共解過台地三百八十餘萬兩。而內地過兵運餉夫價、船價以及製備軍裝、發給新募兵餉等項，支用亦多，雖現在尚未用完，將來或有需接濟之處，再行酌撥，以資預備。奏入。
上諭內閣曰：現在台灣剿捕逆匪，大功即日告竣，一切善後事宜，需用較多，自當寬為儲備，以資接濟。著戶部於附近鄰省內，再酌撥銀二百萬兩，令該督撫派員迅速解赴閩省，交該督等存貯備用。
二十三日（丙辰），福康安、海蘭察、恆瑞、鄂輝同奏言：二十日黎明，進剿斗六門，約行十餘里，有賊匪萬餘分據大埔林、中林、大埔尾三莊，阻截道路。該三莊東西相去各數里，而賊之剽悍多聚中林；我兵會攻一處，賊匪必左右抄截，互相救應。隨商令恆瑞、普吉保等進攻大埔林，鄂輝、袁國璜等進攻大埔尾，左右並進；海蘭察帶領額爾登保、穆剋登阿、春寧、張朝龍及巴圖魯侍衛章京等專攻中林；臣福康安帶領巴圖魯章京、特爾登轍等及副將張芝元、參將吳宗茂各員，往來督催。中林賊匪排列莊外，蜂湧前來。海蘭察即率領巴圖魯侍衛等，直前馳射，賊匪鎗砲甚多，拚死抗拒，我兵倍加奮勇，不避鎗砲，殺散賊匪，攻剋中林。其大埔林、大埔尾兩處賊莊，經恆瑞、鄂輝等奮勇剿殺，同時並潰，官兵追殺二十餘里，賊匪棄城奔逃，不能返顧。沿途殺賊六、七百名，鎗斃騎馬賊目十餘人，積屍遍野，無暇割取首級，將器械馬匹全行奪獲。日晡時，追至菴古坑地方。該處係賊目蔡福巢穴，周圍挖壕立柵，外釘木板，內築土牆，防守頗堅。臣等帶兵直抵柵前，見敗逃賊匪紛紛竄入，守柵之賊俱露驚惶；官兵遂乘勢一齊擁進，斫殺賊匪不可勝計。維時天色已暮，馬力漸疲，本應稍為休息，但查斗六門距庵古坑三十餘里，為適中四達之地，得此要隘，無難直抵賊巢；賊匪當屢經挫衄之後，心膽已寒，官兵乘勝疾驅，勢在必剋；隨催兵連夜前進。途中拏獲活賊，據供，賊人最畏騎馬衝突，現於路口開挖陷坑，密布竹簽，希圖抗拒。臣以賊匪狡計最多，不可不防；現在稻田收穫，泥潦漸幹，即繞道由稻田行走。二十一日齊至斗六門。賊匪聚集甚多，並將附近村莊賊黨撤回抵禦。我兵四面進攻，用利刃長刀斫倒竹圍，奪據賊卡；轉因其拚死抗拒，得以痛加殲戮。直至午刻後，賊匪抵敵不住，四散奔竄，遂將斗六門收復。該處為賊人久佔之地，居民皆已從賊；除臨陣殺死外，村內藏匿者尚有三百餘人，業已全數搜出，盡行正法。連日以來，殺賊一千數百名，各處村莊震懾軍威，扶老挈幼投赴軍前者，紛紛不絕。西螺民莊、番社，亦於是日投出。臣妥為撫輯。該村民情願充當義勇，隨同剿賊；臣即派署同知黃嘉訓帶領前往，將西螺、東螺餘匪搜捕淨盡。現在中路一帶，業已肅清。普爾普亦自郡城開通道路事竣北來。臣等即日整兵進搗賊巢，擒拏首逆。查林爽文自諸羅敗竄後，連夜遁回；或赴水沙連，或赴大里杙，尚無確信。臣等擬由水沙連至大里杙一帶山路，跟蹤追捕，並一面行知舒亮、徐鼎士、徐夢麟由烏日莊等處前來會合。此次，巴圖魯侍衛章京、滿漢屯土官兵等，甚為奮勇出力，每戰皆勝。且台灣道里遙遠，較內地里數不啻加倍，官兵等晝夜進攻，不遑寢食；沿途繞道行走，涉溪過墈，並未稍形疲乏。看此情形，將來一到賊巢，自可剋期奏捷。
同日，李侍堯奏言：據蚶江通判陳惇稟稱，將軍於十一月二十五日攻開大里杙後，有生番稟說，大里杙左右並後邊都藏有賊人。官兵在犁頭店地方劄營，二十七日，官兵進去搜山。三十日生番又到營稟稱，願往拏林爽文獻功等語。又據船戶紀三回稱，在淡水聞說二十五日大兵攻開大里杙，賊人都逃入內山國姓埔地方。初二日有義民到淡水云，將軍諭令義民各自歸莊耕種。如今台灣南北道路都通，文報往來無阻。北路每米一石賣錢二千五百文等語。該兵丁、船戶所言，雖係得自傳聞，但前後印證攻破大里杙日期，俱屬相同。而賊已失其所守，福康安等乘勝攻剿，必能馭用生番，使賊首不致竄逸。均奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、海蘭察、李侍堯曰：賊匪經官兵屢次剿殺，勢力窮蹙，望風逃竄。斗六門既已攻剋，逆首林爽文自必逃至水沙連、大里杙一帶，希圖潛匿。現在，福康安等乘勝剿捕，自已跟隨追獲，逆首林爽文等想已就擒。前據李侍堯、孫士毅先後奏報，已聞有二十五日攻剋大里杙之信；本日李侍堯摺內，又有二十七日官兵由犁頭店進去搜山；並稱三十日生番等到營稟稱，願拏林爽文獻功等語，其信自屬確實。此時，福康安等，想已將水沙連、大里杙等處賊莊乘勝攻剋。但尚未據奏到，或係因風阻滯，未能速達。現在，林爽文究於何日擒獲，盼望捷音更為殷切。賊匪等罪惡貫盈，天奪其魄。現在大兵四路剿捕，設逆首林爽文等乘間由海道竄逸，則洋面遼闊，官兵不慣乘船，轉致難於跟尋。今幸逃入內山，而官兵等於山路坦途，兩俱便易，況該處生番又不肯將伊容留，懇請擒出獻功，此正逆首等自投羅網，定可立就擒縛。設使生番等不明順逆，私自容留，乘此全勝兵威，直入內山，將逆首擒拏亦屬易事。普爾普前經福康安等派往郡城一帶打通道路，今業已事竣，回至北路；而府城外賊目陶烏復帶領匪黨自行投出，懇請效力贖罪。本日李侍堯奏，亦稱台灣南北兩路俱通，文報往來無阻；北路每米一石賣錢二千五百文等語。是南北道路業已打通，府城一帶賊匪聞北路官軍連次剋捷，賊首業經逃竄，自有渙散之勢。常青此時自當督率將弁，將南潭、中洲等處賊匪剿殺淨盡，收復鳳山，擒拏賊目莊大田，廓清南路。
上又諭內閣曰：斗六門為南北要隘，久經賊匪屯佔。福康安統領官兵將中林，大埔尾、大埔林各莊同時攻潰，乘勝疾驅，連夜前進剿殺賊匪，將斗六門收復；官兵奮勇力戰，不避鎗砲，甚屬可嘉！現據李侍堯奏，探聞官兵已攻破大里杙賊巢，賊匪逃入內山；生番等稟稱，欲將逆首林爽文擒獲獻出等語。想福康安等奏報之摺，自已在途，即日捷音可到。俟大功告竣，再行另降諭旨外，福康安、海蘭察、鄂輝、恆瑞、普吉保、袁國璜，著先行交部議敘。至普爾普現已打通府城道路，仍回北路協同進剿，亦屬出力；普爾普著交部議敘。所有福康安等奏到格外出力之侍衛章京及鎮將官弁等，除賞給巴圖魯名號及陞等賞翎各員外，其餘在事出力之侍衛章京、鎮將官弁等，俱著查明一併咨部議敘。
二十四日（丁已），上命軍機大臣傳諭福康安、李侍堯曰：閱福康安等奏摺內，節經派委鎮將等分路攻剿；而柴大紀、蔡攀龍二人，祗令在嘉義縣防守及招安李七等項細事，並未派令打仗一次，自係福康安於柴大紀、蔡攀龍二人意存不滿，是以不加委任。但伊二人如果狡猾難信，亦必實有劣跡可據。柴大紀力捍圍城，已及半載；細思伊平日居官如果貪殘剝削，實有取怨於民之處，則當縣城被圍緊急時，百姓焉肯為之出力死守？即柴大紀果有貪跡，亦係合郡文武效尤成習，未可歸罪於柴大紀一人。而伊於保守縣城不辭勞瘁，其功豈可盡泯？至蔡攀龍援救縣城，雖未能殺透賊圍、打通道路，但伊在台灣將弁中尚為出力能事，亦屬可用。且伊前此不過遊擊，尚非若柴大紀之職司專閫可比，自更難肆其貪虐。而伊打仗殺賊，素為奮勉；前據孫士毅奏，粵省之人，亦知蔡攀龍為賊所畏。即使其才具中平，原可核其功罪兩不相掩。今福康安於伊二人，獨不加以委任，不獨柴大紀、蔡攀龍自覺無顏，即其所轄弁兵見將軍於兩提督大員毫不加以詞色，恐致呼應不靈，殊有關係。著傳諭福康安於柴大紀、蔡攀龍二人，仍宜加委用，令其自效，以勵眾心。況福康安等督兵打仗，屢戰屢捷，朕業經懋賞酬庸，加封公爵、四團龍褂、寶石帽頂；而福康安竟不能以朕之心為心，於柴大紀、蔡攀龍之功，概行抹煞耶！福康安現在遠涉重洋，宣勞著績，固深為朕所嘉許，但於此事冒昧陳奏，朕不得不加以訓誡。福康安惟當化其成見，勿為人言所惑，休休有容，以期毋負任使。況二武夫，亦不值福康安留心偏見也。再，恆瑞自駐劄鹽水港，坐擁多兵，株守不進，並未援應柴大紀；而轉以賊多兵少，率請添調數萬大兵，是其畏葸無能，實無可解免。是以屢經降旨嚴飭，並將伊革去將軍，令福康安查參具奏。今閱福康安奏到之摺，不但不將伊參劾，且摺內聲敘伊帶兵打仗之處，頗似露其奮勉。此時，福康安等統領大兵乘銳深入，豈少恆瑞一人？且恆瑞若不再一同前進，豈復尚有人心！儻恆瑞果能奮勉，則當福康安未到之先，帶兵赴援；何以並不見鼓勇寸進？今祗係因人成事，即有斬獲，亦何足為功？乃福康安於恆瑞頗留地步。看來，福康安於柴大紀等過事吹求，而於恆瑞又不免因係親戚，曲為瞻徇，其何以服眾心，而示公正耶！至台灣現在剿捕事務，即日告竣，所有該處地方官平日廢弛擾累，釀成事端之處，亦應確切查辦。即如永福在台灣府城協同防守，雖有微勞，但係道員，任彼數年，該管地方致有逆匪肆擾，伊本不能辭咎。其防守府城，原屬伊分內之事，且賊匪攻擾時，有常青在府城督率兵民，竭力堵剿；永福不過隨同守禦。伊身係滿洲，於賊匪滋擾之際，豈有不幫同常青禦賊，而轉委城從賊之理？即云逆匪滋事，由於府、縣激成，而府、縣等皆係永福所屬，平日何以漫無管束，以致釀成巨案？永福在台灣道任內，有無貪黷劣跡，著李侍堯確切查訪，據實具奏，不得姑息。即從前被賊戕害各員，如孫景燧、董啟埏、劉亨基、長庚、湯大奎等，雖俱為賊所害，但其平日居官實在有何貪縱不職劣跡，以致激變之處，亦應仍將其實在款跡，逐加查究。孫景燧等皆係永福屬員，其在任劣跡，永福自無不知，安有任其激成事端，置之不問之理。李侍堯當嚴加查訪，據實參奏。
上又諭內閣曰：此次，福康安等統領將弁，剿捕台灣北路逆匪，奮勇打仗，所向剋捷，將賊匪屯佔要隘各處先後收復，屢著勞績。其隨同打仗兵丁，奮勇力戰，不避鎗砲，踴躍爭先，甚屬出力；自應一體加恩賞賚。除湖南、貴州二省派往兵丁，雖已配渡尚未前抵該處外；其四川屯練降番及廣西等省兵丁，隨同將領前抵諸羅殺散賊匪，及攻剋斗六門等處，均能打仗出力；自應一併加恩，用獎勞勩。著福康安查明此次隨同打仗兵丁，其實在出力者，每名賞給一月錢糧；其出力稍次者，每名賞給半月錢糧，以昭鼓勵。
二十五日（戊午），上命軍機大臣傳諭福康安、李侍堯曰：德成自浙江差竣回京，召見時，偶詢及柴大紀平日居官聲名如何，德成在浙有無傳聞？據奏：風聞柴大紀自復任台灣總兵以後，縱恣自大，且居官貪黷較之地方文職猶甚。並將台灣所轄守兵，私令渡回內地貿易牟利，駐守之兵所存無幾。上年逆匪林爽文等滋事不法，其始，不過會匪黨夥聽從附和，人數不多。因存城之兵無幾，不能即時搜捕，賊匪糾眾肆擾；距府城止三十餘里，而柴大紀尚不思前往堵禦。經永福催令出城，始與賊打仗。又因兵少敗卹，以致賊匪益肆猖獗，不可復製等語。果如所奏，是柴大紀在總兵任內貪縱不職、骫法牟利。於賊匪起事之初，任意玩視，使賊匪得以鴟張，蔓延日久。竟由柴大紀貪縱廢弛，釀激事變，其平日劣跡，已屬確有可據。浙江既有聲聞，福建自更有議論；而福康安前此奏到之摺，竟未言及，祗含糊其詞，實大不是矣。柴大紀自駐守嘉義縣城後，賊匪屢次攻擾，守護無虞。經朕降旨，設力不能支，不妨率眾出城，而柴大紀始終固守，其功固不可泯。但伊於總兵任內，似此藐視法紀，貽誤地方，則其罪不難委卸。朕用人行政從無適莫之見，有功必賞，有罪必懲，斷不肯稍涉顢頇，為息事老人。福康安到彼後，於柴大紀種種劣跡，自必有所見聞，即應訪查明確，將其實在款跡，據實參奏。乃僅稱其沾染綠營氣習，狡詐難信；而於柴大紀平日如何侵貪激變之處，並未逐款指出，祗含糊具奏，豈欲待朕自為揣度耶？試思柴大紀係守城有功之人，若止憑含糊無據之詞，豈能將伊治以無名之罪！今朕於召見德成，無意中偶然詢及，始悉此等情節。而德成於朕詢問時，初猶以柴大紀屢次邀恩懋賞，未肯遽行陳奏；經朕再四開導，始一一直陳。福康安受恩深重，非他人可比，乃於柴大紀平日罪狀，並未列款入告，福康安豈德成之不若耶？著傳旨嚴行申飭，並著將柴大紀實在款跡詳悉查明，並詢之永福等果否實有前項骫法營私之處，即行據實參奏。至李侍堯自調任閩省駐劄廈門，於柴大紀平日居官聲名狼籍及廢弛玩誤之處，豈無屬員稟報，來往傳聞？且德成現在浙江已人言藉藉、款跡多端，豈有李侍堯近在本省為總督，轉無聞見之理？況柴大紀籍隸浙江，而其鄉評如此，更非荒唐，其事自屬確實；李侍堯自應據實劾參。即因柴大紀守城有功，朕亦自有裁奪；乃李侍堯見柴大紀經朕屢加恩獎，輒思容隱不言，殊不知朕於臣下功罪，從不肯絲毫假借。即如李侍堯從前歷任總督，素能辦事，受朕恩眷最優，後因在云、貴、陝、甘任內兩次獲咎，即將伊按例治罪；今於辦理台灣軍務，頗能奮勉，朕仍疊次加恩。可見朕於黜■〈徙，阝代彳〉予奪，一秉至公，初無成見；即李侍堯所身受者而言，已可共證。今李侍堯於柴大紀有心瞻顧徇隱，實屬辜恩昧良。前因李侍堯派撥官兵、接運糧餉各事宜，經理妥速，已疊次加恩晉錫宮銜、賞戴雙眼花翎，即日大功告竣，本欲給還原襲伯爵，以示優獎；今伊似此心存欺隱，看來，竟係不深知朕之一切秉公、賞罰明斷。伊無福承受朕恩，豈可再膺懋賞給還伯爵耶。朕臨御以來，勵精圖治，五十二年如一日。如福康安、李侍堯此等存心行事，或在朕九旬、百歲之時，妄思朦混或可，今清明在躬，無遠勿矚，即歸政以前，猶日孜孜不敢寧息，豈肯於一切政務，稍涉含糊。即諸臣中小有過失，朕非不曲加寬假，至於用人行政，以及關係地方吏治、軍國大事，則是非曲直，從來核實辦理；賞功罰罪，權衡至當，安能任臣下之顢頇了事耶。所有德成指出柴大紀各款，及此外有何別項劣跡，並著福康安、李侍堯各行嚴查密訪，據實參奏，毋得再有瞻徇，致干重咎。
上命軍機大臣傳諭李侍堯、琅玕曰：前經降旨加封柴大紀伯爵並賞給銀一萬兩，令琅玕於浙江庫項內支銀五千兩給伊家屬，並諭令李侍堯於閩省藩庫內撥銀五千兩，解送柴大紀處給予使用。現在另降諭旨訪查柴大紀激變殃民等事，所有前項銀兩，未便徑行賞給。著傳諭李侍堯、琅玕接奉此旨，將前項銀兩暫停給發，另候旨辦理。
二十六日（己未），常青奏言：近日南路被脅人民聞知北路大兵痛殲賊匪，自當各求生路，漸次歸莊。今查十一月十七、十八、二十等日，尚有賊匪一、二千在府城小南門、大北門外騷擾，臣隨派侍衛雅爾疆阿、翼長官福等帶領弁兵，分投迎剿，鎗砲斃賊甚多；又各追趕五、六里，殺賊十餘名。看來，俱係脅從之徒，易於潰散。此時，賊黨勢孤，必將潛逃竄伏；臣現於府城沿山要隘處，加意堵禦。其沿海要口，已有李侍堯派到繒船官弁兵丁，在鹿耳門外往來巡邏，臣又派江寧將軍永慶、副都統博清額、總兵陸廷柱輪流前往稽查。並據台灣道永福，多備小船，選派兵役率同廳縣佐雜，分路設立水卡；該道仍不時親往督拏。儻有賊匪竄至，定可立即擒獲，必不至有搶奪船隻逃入洋面之事。所辦似為周密。至於東港一口，現在有兵駐劄，俾商販糧食得以往來。其有避難歸莊者，仍飭地方官隨時撫恤。再查南路鳳山一帶，踞莊抗拒從賊已久之人，未免畏罪不前。臣現飭令台灣道永福，凡遠近莊民，除前經該道給發腰牌各安生理外，再行按莊愷切曉諭，概許輸誠復業。如果通莊俱係良民，以後或有賊黨入莊，即令該莊人眾立刻拏解，併蹤跡莊大田藏匿處所，共相擒獻，立予重賞。其查出負固不服之莊，計李侍堯調來內地共一千名，亦將到營，臣臨時妥酌前往搜剿。至內山一帶，前已飭令台灣縣知縣王露差人賫札往諭番社，今再令該知縣仍遣熟諳番情之人，前赴各社諭令擒賊，許以獎賞，不致逆匪潛逸稽誅。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、李侍堯曰：常青奏到之摺，尚無取勝消息，不過接奉諭旨敷衍塞責，亦何顏為此奏耶？看來常青一路，兵力本覺單弱，李侍堯由內地調往之兵，亦屬無多，又尚未到；而府城原有官兵，未免師老力疲，其氣已餒。今賊匪尚在郡城各門分路滋擾，青常此時應酌量情形，若有機可乘，自當帶兵將附近賊匪悉力搜捕；若自揣兵力不敷，仍應遵照前旨固守府城。現在福康安已攻剋斗六門，並有攻破大里杙賊巢之信，逆首林爽文定可即日就擒。其南路賊匪聞北路官軍屢次剋捷，自必聞風膽落；且經常青曉諭各莊民人，如遇賊黨入莊即行拏解，並蹤跡莊大田藏匿處所，共相擒獻，給予重賞。當此賊首潰竄之時，其餘黨羽日就解散，或其夥匪自謀生路，竟將莊大田縛獻，亦未可定。且逆首林爽文之次即係莊大田，均為渠魁首惡。即日福康安拏擒林爽文後，斷無將莊大田竟置不辦之理。自應乘屢勝兵威，於北路賊匪搜剿淨盡後，前往南路與常青會合一處，併力剿捕，務將賊目莊大田及黨夥各要犯，悉數拏獲，方可謂之蕆事。其洋面一帶，仍著常青嚴飭將弁實力巡緝，截其逃竄之路，勿令賊人得以奪船入海。現在常青處兵力不多，即未能拏獲莊大田，朕亦不加之深責。若於海口要隘，不能督飭將弁嚴密巡訪、實力查緝，或致莊大田及他要犯得以由海路逃逸，令常青自思伊當得何罪耶？本日，令軍機大臣提訊任承恩，據供：曾聞柴大紀操守平常，聲名狼籍，並不管束兵丁，任其遊蕩。上年十一月，柴大紀巡閱各營，本應由彰化至淡水等處查閱；因聞林爽文滋事，並不前往查辦，轉回至府城。後來林爽文攻擾府城時，聞柴大紀尚在城內；經永福催令打仗，始帶兵出城，在城外十餘里地方駐劄等語。與昨日德成所奏，大略相同，似無虛假。柴大紀種種劣跡，德成在浙省尚有風聞，而任承恩於四十九年到提督任時，亦已聞其聲名狼籍、廢弛營伍；可見人言藉藉，已非一日。乃福康安、李侍堯含糊徇隱，即治罪亦所應得。今經朕嚴行訓飭福康安、李侍堯，務將德成指出柴大紀各款及任承恩所供各情節，並此外尚有何劣跡，一併據實查參，候朕裁酌。朕於福康安、李侍堯恩眷素優，今因此事竟不免煩勞朕心，為朕所憎；然朕之憎伊二人，亦有輕重。福康安雖未將柴大紀實在款跡指出參劾，但究已具摺陳奏；且福康安甫到台灣，為時未久，或未能訪查確實；又正值剿捕賊匪之際，無暇詳悉聲敘，尚可原諒；然已屬非是。至李侍堯調任閩浙總督已及一年，柴大紀種種劣跡，久已物議沸騰，傳播鄰省。即任承恩前在陸路提督任內，台灣非其所轄，亦早有所聞；而李侍堯並無一字奏及。朕之待李侍堯恩施格外，乃伊如此瞻徇欺隱，實屬昧良負恩，無福承受優眷。此事，雖徐嗣曾亦係該省巡撫，未經具奏，但伊係漢人，平日信任亦非李侍堯可比；而李侍堯尚然如此，朕亦難怪徐嗣曾之不奏矣。著李侍堯即將因何並不據屬參奏、有心徇隱之處，明白回奏。