十一月初三日（丙寅），上諭內閣曰：朕於軍旅之事，有功必賞，有罪必誅，從不肯稍存姑息。即如此次台灣帶兵之郝壯猷，因賊匪復擾鳳山，棄城不守，不待大學士九卿核擬，即將伊於軍營正法。其貴林、楊起麟、邱能成諸人，皆因奮勇剿賊，臨陣捐軀，即敕部從優議卹，一律得給世襲。刑賞昭然，惟人自取。今台灣領兵各員，俱能爭先效用，未必不因郝壯猷覆轍在前，共知儆勵。蓋兵可百年不用，不可一日不備。而信賞必罰，絲毫難以假借。此後，身膺閫寄者，當咸知凜惕，遇行軍之際，務須身先士卒，剋敵致果；共曉然於功罪所分，視乎勇怯。如能共矢藎誠，著有勞績，必躬膺茂賞，承受渥恩。若畏怯倖生，必致自蹈重愆，身罹憲典。庶幾人知敵愾，士皆用命，毋負朕整飭戎行，諄諄告誡之至意。
上又諭內閣曰：台灣逆匪林爽文糾眾倡亂以來，提督柴大紀統兵剿捕。收復諸羅後，賊匪屢經攻擾，城內義民幫同官兵奮力守禦，保護無虞。該處民人急公嚮義，眾志成城，應錫嘉名，以旌斯邑。著將「諸羅縣」改為「嘉義縣」，俾闔縣良民倍加奮勵，以昭獎勵。
臣等謹按，逆匪林爽文糾眾倡亂，以嘉義為南北兩路要衝，百計滋擾。當福康安援兵未集之時，嘉義被圍已及五月，賴城內義民多方保護，危而獲安。雖以柴大紀怯懦無能，為義民等遮留，因得堅守待援，保全闔邑數萬生靈之命。迨夫大兵云集，重圍立解、賊人喪膽、遂成破竹之勢。是義民守禦之功，實台郡全局所繫。國家教澤涵濡，恩意周渥，小民急公奉上，出於至誠，用能同心協力，繕完守備，屹若金湯。我皇上旌其嚮義，錫以嘉名，有勇知方，洵史冊所罕覯也。
同日，書麟奏言：川省運米二十萬石，沿江押護員弁，稽查催趲，各船俱揚帆順流而下。遇晚停泊，即督率兵役徹夜巡邏防範，並無盜賣及攙和情弊，亦不敢片刻稽延。一面咨明督臣李世傑、江蘇撫臣閔鶚元，飭屬豫備海船接收轉運。奏入，報聞。
初四日（丁卯），常青奏言：總兵梁朝桂帶兵一千名，於二十九日由海道前往鹽水港協助，想此時早已到彼。計鹽水港本有之兵並派去各兵，共有五千餘名，尚有義民等協同禦剿，軍聲尚為壯盛。嗣聞鹿仔草莊於八月二十八日被賊焚劫，兵民退回鹽水港。緣鹿仔草、鹽水港二處，本有遊擊楊起麟、邱能成分駐防守，與縣城相為犄角，但柴大紀自夏秋以來，賊匪不時侵擾縣城，又調遊擊楊起麟、邱能成往諸羅護守，固以縣城為重，而鹿仔草之失，實因兵力單弱之所致也。今鹿仔草雖失，尚有小路數處可通諸羅縣城。臣恐鹽水港人情惶惑，飛催樂朝桂星速趕赴，加意防範；並飭令縣丞徐英，前往安撫民人，多招義勇與官兵協力堵禦。再，臣自南路屢派官兵赴援，必須鹿仔港亦派官兵自北路齊赴，則賊勢必將分散。前已三次飛札普吉保於新到兵內，酌量抽撥，由笨港一帶應援諸羅。又飭總兵李化龍，如到鹿仔港，即帶兵三千星速赴援。茲擄普吉保咨稱：留李化龍在鹿仔港固守，即親帶官兵前往西螺、斗六一帶，打通道路。臣仍飛札該鎮務與恆瑞、柴大紀等豫先關合，訂期並舉，則賊人首尾不能相顧，不但可解諸羅之圍，即可乘勢進剿，立破賊巢。至南路賊匪各處盤踞，九月初三、初六、初八等日，俱來侵犯營盤。臣督率官兵迎擊，約計鎗砲斃賊五、六十人。兵民受傷者十餘人。現據督臣李侍堯已調水陸提標兵三千名到廈門配渡，並聞督臣孫士毅已調廣西兵三千名到潮州。臣已札知二督臣速發此項兵到台灣軍營遣用。此項兵到，臣一面留兵守城，一面帶兵趨赴北路，會集諸羅，與參贊、鎮將等合兵攻擊大里著，殲擒首逆。至臣軍營官兵，節次撥往諸羅一萬有餘，所有營盤之兵雖止四千餘，尚足防禦。惟諸羅柴大紀等，自副將蔡攀龍等到縣以後，旬日有餘，尚無文報。恆瑞現駐鹽水港，應俟有普吉保帶兵攻打西螺、斗六門一帶之信，即與柴大紀關會夾擊。但恆瑞帶兵三千去後，又派總兵梁朝桂帶兵一千趕赴，此時諒必一同駐劄。該處尚有義民協助。今府城各義民，又情願往鹽水港幫同打通諸羅，立功自效。臣復派千總王國志、董國瑞帶水師兵二百名，並管帶府城義民二千前往。柴大紀聞知前後兵民齊到鹽水港，自必與恆瑞、普吉保會合進剿，以通往來諸羅道路。
同日柴大紀奏言：十五日辰刻，賊匪率眾來攻東、西、北三門營盤，鎗砲較前更多。臣同特剋什布及德成額、官保等，往來督戰，調參將潘韜、遊擊李隆飛往西門三苞竹一帶夾攻。賊匪退逃。北門外賊匪從台斗坑、北社尾二路繞至，與官兵對放鎗砲，被大砲轟斃多匪。內打死執大旂賊二名，又連環鳥鎗打死數十人。官兵、義民奮勇而前，殺賊甚多，賊眾四散。惟東門賊匪尚不肯退，臣親帶隊伍、義民，由台斗坑田洋橫沖，魏大斌等官兵由云霄厝殺出，遊擊林光玉由王田岡小徑斜擊，殺賊數十人，獲鳥鎗、賊旗、雜械等項。二十日辰刻，賊匪率夥千人，在東門外之姜母寮、王田岡兩處搶割稻穀。臣飛飭遊擊李隆、林光玉等帶領兵丁、義民馳赴該處，分頭剿捕；臣帶兵在八掌溪墘接應。遊擊李隆至姜母寮，鎗砲打死十數人，賊匪棄谷奔逃。獲鳥鎗、令旗等件，榖三十餘石。林光玉至王田岡，賊匪數百在田割稻，一半與官兵抵敵，被鎗砲擊死賊匪十餘名，賊盡捨所割之稻，由山逕逃竄。獲濕榖四十餘石，均交縣收存，以作軍糧。兵丁、義民，俱無損傷。二十一日巳刻，賊匪數千來攻東、北營盤。臣同侍衛德成額等，督率官兵齊放大砲，打死賊匪數十名。賊恃有鎗砲，竟不畏懼，旋退旋來。魏大斌、詹殿擢、林光玉等，督率弁兵、義民在云霄厝抵敵。又報西門外店仔尾賊眾來攻營盤，臣隨飛往督戰，連放大砲，打死賊匪數十名。復調遊擊李隆、參將潘韜，帶隊伍、義民前來夾攻，打死賊匪數十名。賊盡逃往各莊，竹圍茂密，難以前進。其東、北二門之賊，亦經殺退。追過台斗坑，因禾稻茂盛、田塍狹小，不便遠追，俱令收軍。二十三日午刻，匪萬餘來攻東、西、北三處營盤。臣同侍衛等往來督令鎗砲連環齊轟，北門外賊匪被大砲打死十數名。賊隨攏向東邊，遊擊林光玉施放大砲，又打死十數名。臣督率官兵、義民由台斗坑前田洋攻其右，遊擊林光玉帶兵從山仔頂攻其左，魏大斌帶官兵自云霄厝一直沖殺，鎗砲打死數十人，賊隨退逃。時西門外店仔尾賊匪鎗砲甚多，勢更鴟張，臣飛調遊擊李隆、參將潘韜、官兵、義民從右殺來，施放大砲，打死賊匪七、八十名。官兵、義民一同追殺，賊逃過八獎溪。獲賊旗、賊械等項。因大雨收軍。二十六日巳刻，賊匪萬餘復來侵犯東、西、北三門營盤。臣同參將特剋什布等督戰，遊擊林光玉施放大砲，打死數十名。賊隨轉向云霄厝蜂擁前來。又同魏大斌、詹殿擢等督令官兵施放大砲，連環疊進，並飭遊擊林光玉帶兵民由山仔頂圍殺，斃賊多名。賊隨沿山奔逃。其北門外賊匪由埤仔頭竹圍內擁出，鎗砲與官兵對打。把總楊起鵬連放大砲，兵丁、義民一齊奮勇向前，協力鏖戰，鎗砲打死及殺死賊匪計百餘名，追過台斗坑。惟西門外賊匪鎗砲較多，冒死逼近營盤，臣帶把總蔡開祥並鎗砲手，飛往攻擊，轟死賊匪百餘名。臣見賊勢稍退，率參將潘韜、守備邵振綱各官兵一齊趕出，署諸羅縣陳良翼、教諭江浩飭令義民奮勇向前協殺；至申刻，又打死賊匪百餘名。二十七日辰刻，賊眾復來侵犯四門營盤。臣同參將特剋什布、侍衛德成額、官保等，督率官兵、義民協力堵殺；先令大砲連轟，各打死賊匪甚多，即率鎗手並打進步連環，義民緊隨協助，賊被鎗打死者百餘名。時東、南、北賊匪，俱經殺敗，追趕過溪，四散逃匿。惟西門外新店尾、番社口二處賊匪，鎗砲對打，雖被官兵打死多人，而旋退旋來，抵死不懼。臣等奮勇向前力戰，至未刻，打死執大旂賊二名，賊退。追過田洋，因田中禾盛、水滿，未便遠追。俸滿巡檢吳元、都司羅光照等被傷。獲大旂二面、鉛子二包、火藥一桶、鳥鎗及長柄刀雜械等項。八月初二日辰刻，逆賊糾眾復犯諸羅東北角云霄厝營盤。臣同侍衛德成額、官保、參將特剋什布等，督率官兵、義民向前抵敵；遊擊林光玉施放大砲，賊眾被砲打死數十。隨飭帶兵從山仔頂轉來夾攻，鎗砲打死賊匪百餘人。忽台斗坑擁出賊匪數千，來犯北門營盤，臣隨趕回督率守備陳明德、把總楊起鵬，施放大砲轟擊，鎗手連環進步，自辰至未，大砲打死賊匪甚多。官兵、義民奮勇爭先，殺死賊匪三、四十人，賊眾四散逃走。追過台斗坑，收軍。獲賊旗、賊械等項。初五日巳刻，賊匪七、八千來攻西、北營盤。臣等在西門新店尾施放大砲，打死賊匪多人；內執大旂賊一名。官兵、義民追殺過田洋，賊眾退入三苞竹莊內。其北門外賊匪，經把總楊起鵬施放大砲、連環轟擊，打死賊匪數十人，賊逃過溪。忽東邊山仔頂復擁出賊匪千餘，來攻云霄厝；隨督率官兵、義民前往堵禦。臣復調遊擊林光玉帶隊伍從東夾攻，鎗砲打死賊匪甚多，賊遂奔逃。恐有埋伏，收軍。又聞賊匪在諸羅東邊云厝莊地方，搬搶民間糧食。隨於初九日黎明，先令遊擊林光玉帶領隊伍並義民同往搜捕，又調詹殿擢、田藍玉等率領官兵、義民往北巡哨，以防賊匪前來攔截。行至埤仔頭北社尾，即有賊匪二、三千從莊內擁出，被官兵連環疊進，打死賊匪百餘名，賊始退去。復報西門外番仔溝亦有賊匪三、四千來攻新店尾及番社口各營盤。臣隨馳往該處督率官兵奮勇力戰，大砲連環斃賊甚多。至未刻，西、北二處賊眾，分逃過牛攔溪、三苞竹等處。隨收軍回營。其遊擊林光玉所帶隊伍，至盧厝莊殺退賊匪，搶去糧食亦經收回。查義民等奪獲賊榖、地瓜幹約有四百餘石，賞給各義民作口糧。獲賊旂、賊械等項。二十日巳刻，賊匪萬餘復來攻西、南、北三門營盤。臣等往來督戰，各營盤大砲疊轟，共斃賊匪數十名，鳥鎗連環打死賊匪甚多。至未刻，南門外賊匪隨退，惟西、北二門賊匪愈殺愈多。臣飛調魏大斌帶領官兵，自東殺至北；李隆率帶隊伍，自南殺至西，兩路夾攻，共打死賊匪百餘名，獲大旗三面並賊械等項。守備楊彲因傷重身故；其所帶兵弁，委員接管。再，諸羅被困兩月有餘，八月二十九日收得義民運來番銀一千六百三十圓，並無糧餉運到。差探賊情，因兩次援兵損失甚多，遂思乘勢連攻，以重困諸羅。於本月二十一、二、三、二十六等日，率眾萬餘疊次環攻，俱經臣同特剋什布、德成額等奮勇堵殺，鎗砲打死賊匪六、七百人。獲賊旂五面，書偽鎮南大將軍、偽西路左先鋒等字樣；獲行營砲一門、鳥鎗、腰刀、竹牌、雜械等項。賊逃入十四甲、牛稠山、埤堵等處；竹圍茂密，內藏大砲，外有溝渠，我兵不能逼近，收軍回營。侍衛官保、遊擊邱能成被傷。生擒賊匪二名，審明正法。惟被賊圍困，糧餉兩缺，藥鉛不足，兵民均以花生、牛隻充腸，危急情形較前愈甚。而官兵、義民、百姓、番眾，俱能忍餓禦賊，並無懈志；惟有益加鼓勵，設法固守，以待大兵齊集。
同日，普吉保奏言：剋復笨港後，親督官兵，分派參將張朝龍、海亮搜剿；焚燒各賊巢，計尖山、宜梧等處二十六村莊。其有挈眷逃出者，嚴禁官兵、鄉勇不得阻撓。十九日，探聞笨港潰散賊匪復糾約斗六、西螺各路夥黨，率眾萬餘，分路前後繞截。隨分布官兵各路抵禦，自辰至酉，鎗砲攻擊，竟日不退。賊匪蔓延田坎，佔住沙岡。臣於東莊口率領遊擊海亮、千總李漢陞，帶同官兵直撲上山，賊匪始行潰散。當被鎗砲打死百十餘人。惟時各路官兵，人人奮進，即漳州隊內各兵，亦皆踴躍直前，賊匪抵敵不住。適護副將琢靈阿帶同守備宋國興，由到云霄厝堵截前來；參將張朝龍帶同守備王德俊，由山仔腳衝殺夾攻；共計打死賊匪三百餘名，奪獲長鎗、器械五十餘件。二十日，賊匪復出滋擾，臣仍督率將備、員弁帶領官兵水堵殺，自辰至未，鎗砲打死賊匪一百餘名，奪獲器械二十餘件。元長各村居民，見官兵連日剿殺賊匪，歡聲動地，現在紛紛來歸者，不計其數，均經妥為安撫。惟是賊匪東散西聚，出沒靡常；雖屢經挫敗，然蓄謀詭譎，糧道後路，最關緊要。業經十八、二十一等日密遣妥人飛稟恆瑞、柴大紀，訂期會攻，尚未接准移覆。一俟訂期既定、後路廓清，臣即親帶官兵前進。再，九月二十九日，探得賊匪屯踞附近土庫地方，臣親率官兵剿捕。賊匪散布田坎，竟日抗拒。連用鎗砲，打死約有三、四十人，賊始退散。三十日，逆首林爽文復糾約賊夥，三面攻擊營盤。臣督率將領，分派官兵、鄉勇奮力堵殺，自辰至申，鎗砲打死賊匪甚多，割獲首級、耳記並奪獲火藥、鉛子、皮牌、長鎗、刀械各項。兵丁、鄉勇，亦有傷亡者。十月初四日，聞賊匪屯聚崙尾莊等處，臣傳集熟悉道路鄉勇，派撥官兵，定於初五日黎明進剿。聞諸羅砲聲甚急，隨潛行前赴崙尾埤、田心仔莊一帶剿捕；見該處地多竹林、蔗園，路徑窄狹，恐有埋伏，督令官兵、鄉勇小心防範。賊匪星散田坎，赤身跣足，前來迎敵。橫施鎗砲，官兵奮力向前，正在鎗砲攻擊之際，竹園內復突出賊人數十，蜂擁應援。官兵、鄉勇奮力抵殺，用連環、鳥鎗傷斃賊匪甚多，餘賊漸退。賊莊多係塔蓋草寮，當令放火焚燒；詎意賊匪散而復聚，仍然抗拒。又被鎗砲打死數十人，並生擒賊犯六名，餘賊始潰。計焚燒賊寮共三百餘處，割獲首級、耳記，奪獲器械多件。並將出力各官兵、鄉勇獎賞鼓勵。共獲犯洪達等六名，訊明正法。伏思元長莊，相距鹿仔港八十里，後路賊匪時出滋擾，糧餉、藥鉛若由旱路運送，恐中途被截，所關匪細。現有五條港水路可以舟運，曾將糧餉運到一次。自港登岸，離營盤僅只二十並，臣派撥官兵沿途護衛，可保無虞。惟土庫之賊，勾通斗六門夥黨，屢要抄襲後路，臣惟有身先士卒，痛加剿洗，以除後患。均奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、海蘭察、柴大紀、李侍堯、普吉保曰：常青自駐守府城，數月以來，雖未能奮力進取，不免稍事因循。今據節次奏到派兵援應諸羅、鹽水港及在府城堵禦剿賊各情形，於調度機宜，尚為妥協。看來，常青雖係年老，究係經事較多，尚可以資任使。恆瑞到鹽水港後，雖未能將附近賊匪悉力剿散、打通道路，而閱昨日奏到各摺，伊在彼安撫莊民、堵禦賊匪諸事，亦尚有料理。前曾諭令福康安將常青留於府城，委以南路剿賊之事；恆瑞著令解任回京候旨；今常青、恆瑞所辦諸務，俱尚能奮勉，著福康安酌量情形，如伊二人在彼均尚能得力，不妨俱著留於該處，以資協助帶兵。柴大紀前次檄調楊起麟、邱能成之兵赴縣，亦因該處被圍緊急，存城兵力無多，而各路援兵不能即至，亦迫於事勢之不得不然。今普吉保已收復笨港，與柴大紀、恆瑞訂期夾攻，自已早經會合；其鹿仔草一帶屯聚賊匪，無難乘勢掃除。是，柴大紀調用楊起麟、邱能成之兵，未為大錯，福康安亦不必因鹿仔草一事，將柴大紀加之責備也。至粵西兵三千，早經全抵廈門，福康安帶領同赴鹿仔港，不可又派往府城。其李侍堯所派閩兵三千，昨據李侍堯奏，其先到之一千五百名已經撥赴恆瑞處，現令鄭國卿帶兵一千五百名前赴常青處應用。常青處既有此項兵力接濟，自已足敷剿捕。諸羅城外屯集賊匪，於七、八兩月，屢次糾合夥黨，肆行侵擾，俱經柴大紀督率將弁等竭力堵禦，殺賊甚多。城內官兵、義民及番眾等同心固結，並無懈志，實為勤苦出力。其打仗出力之員弁等，俱應優加陞賞。內如特剋什布、德成額、官保等，於賊匪滋擾營盤時，往來督戰，殺死多賊，最為奮勇。特剋什布，昨已有旨令福康安於軍中遇有應陞之副將缺出，即行陞用。德成額現已因其出力陞補健銳營前鋒參領，仍著福康安留心察看，此後如該員再能奮勇立功。即據實奏聞，即以副都統補用。官保在西門剿賊被傷較重，亦著福康安查明，如果打仗奮勉，即奏明以應陞之缺陞用。此外在事出力員弁，並著福康安一體查核，於軍營現出各缺內，酌量奏請陞補。至魏大斌，已有旨降為都司以觀後效，今在云霄厝等處連次打仗，殺退賊匪，尚知勉力奮勇，著福康安遇有軍營副將缺出，即將魏大斌奏請補用，俾益加感奮，立功自效。賊人狡詐伎倆，往往於官兵後路攔截餉道，今普吉保設法將糧餉、火藥由水路運送，極合機宜。而土庫一帶賊匪勾通斗六門夥黨，思欲抄截官兵後路，普吉保現在帶兵將該處賊匪痛加剿洗，所辦亦好。現在福康安同海蘭察等帶領巴圖魯侍衛章京等，前抵鹿仔港；粵西、川、黔之兵，俱陸續齊集，軍威壯盛；而柴大紀、恆瑞、普吉保各路，亦俱連次得勝，士氣振奮，聲勢聯絡。即日福康妄統領重兵會合攻剿，諒此么■〈麻上骨下〉小醜，豈能苟延殘喘。朕日夕盼望捷音之至。
上又諭內閣曰：普吉保前由大突溪往笨港剿賊，剋復笨港，已降旨交部議敘。茲復督率將弁、兵丁奮力剿殺，前後打死賊匪五、六百人，奪獲器械甚多，奮勇可嘉！除普吉保業經議敘優賞外，其隨同出力之官弁，並著將軍福康安一併查明，咨部分別議敘，以示獎勵。
初五日（戊辰），恆瑞奏言：現在賊勢甚大，賊目甚夥，處處俱被賊人佔據，民人領受腰牌者，不過為後日立足地步，並非其心不敢從賊。臣所領之兵僅有五千，只能防守鹽水港、新店海口，實不能向前進取；普吉保亦帶兵五千駐劄笨港，不能前進，坐視諸羅被賊圍困，不能救援。倘諸羅一失，鹽水港亦難防守。目今全台地方，僅餘沿海一帶及府城、鹽水港、笨港、鹿仔港等處；餘俱被賊佔據，其勢漸大。數日以來，風勢又猛，海中舟不能行，福康安又無到來信息，臣實在不勝憂懼。看來此事不動大兵，難以完結。倘賊眾入山，更費周章。台灣地方遼闊，風土與內地不同，臣愚以為暫守已經恢復地方與接續後路，即需兵二、三萬人；直搗大並里、水沙連、大武隴等處賊巢，剿捕賊目，亦需兵二、三萬人。又接到普吉保來札，稱伊若帶兵前進，恐後進無兵接續。並聞諸羅城內糧餉、火藥不能接濟，臣即使帶兵能抵諸羅，亦仍不能殺出，於事無益。且新店、海門距鹿耳門甚近，倘鹽水港再有疏失，其事更大。臣現與梁朝桂等酌派兵一千五百名，駐守新店海口；再派兵五百名，駐守鹽水港。其李侍堯派撥之兵，已到九百名，皆係召募新兵，現同梁朝桂上緊訓練。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、海蘭察、李侍堯、孫士毅、柴大紀、普吉保曰：連日據柴大紀、普吉保等奏報，該二處屢得勝仗，現在訂期會合夾攻；而常青處亦節次奏到，屢經打仗殺賊；雖未進取，而自守實屬有餘。是剿捕事務，各路俱大有轉機，何以恆瑞獨為此驚惶無措之語？自係恆瑞少不更事，怯懦無能，是以遇事張皇，茫無主見。即如所稱諸羅城內糧餉、火藥不能接濟，若有疏失，則鹽水港亦難保守等語，試思柴大紀被賊圍擾已經數月，城中糧餉、火藥早屬不敷，柴大紀激勵兵民悉力守禦，並能剿殺賊匪。況節據李侍堯、柴大紀奏，蔡攀龍等接應諸羅，多僱夫役將糧餉、火藥隨同運進，柴大紀兩次赴府城、鹽水港調運番錢，復經奪獲賊匪所割之稻田四十餘石及濕榖、地瓜幹四百餘石，散給兵民，作為口食。是該處糧餉、火藥時有接濟，雖至匱乏，尚可儘力支持。現在方與普吉保約會夾攻，而福康安統領大兵即日前進，聲勢壯盛，正可乘銳進剿。豈有數月以來該處縣城俱能保守無虞，而福康安未到十餘日之前，柴大紀轉不能設法捍衛，竟至委城而去之理？且常青在府城駐守，亦時有賊擾，常青督兵堵禦，屢有斬獲，並未稍涉惶恐，形諸奏牘；可見常青雖係年老，究經事較多，心有定見，於剿捕事宜，尚有把握。此時大兵云集，正在振作士氣，剋期進剿之時，乃恆瑞過於張皇，率為此奏，若將士等為此言所惑，以致心懷疑懼，阻其銳氣，所關甚重。福康安與恆瑞係屬親戚，且福康安於此事本不免稍存畏難之見，恆瑞所言自尤易於聽信。而海蘭察及巴圖魯侍衛章京等，大半與恆瑞熟識，若聞恆瑞之言，俱不免心存猶豫，稍懷恇怯，何以集事？朕甚憂之！著傳諭福康安，務須堅持定見，切勿為恆瑞之言所惑。昨因恆瑞連次奏到各摺，尚有料理，是以諭令福康安到彼酌量，如尚能得力，不妨將伊暫留該處效用。今觀恆瑞所奏，恇怯若此，徒亂人意。伊雖年力尚壯，而福康安現在所帶巴圖魯侍衛章京及該處鎮將等，勝於恆瑞者正不乏人，恆瑞竟不必留於該處矣。彼雖懇求軍營效力，亦不可聽。著福康安即令其來京候旨，不可因係親戚，稍存回護。總之賊匪雖多，不過一時烏合，祗須於初次打仗時，將賊匪痛加殲戳一、二次，則賊首、賊目望風膽落，其餘附賊黨夥，自必紛紛瓦解，豈有必須一兵抵一賊之理。即如現在各村莊民人具呈請領腰牌，可見伊等皆知賊匪易於撲滅，惟恐大兵一到難以別白，豫為將來自全地步。本係心持兩端，若見官軍剋捷，自無不堅心歸順，協力助剿。是賊黨雖多，易聚易散，無難一舉蕩平，何必以賊多兵少為慮！若如恆瑞所奏，防守、攻擊動須兵五、六萬，毋論無此辦法，且鄰近省分俱已派撥多兵，勢難再調；其較遠省分，即速行續調，行走動需時日，亦已緩不濟急。柴大紀處豈能曠日持久，待此援兵乎？福康安此時，竟當親統大兵，鼓勇直前接應。普吉保一路，不必以鹿仔港為慮。鹿仔港現有李化龍在彼駐守，尚能保護無虞，此時官軍四路云集，聲威百倍，鹿仔港自可無慮。並著福康安豫行知會普吉保，一得進兵信息，即先行帶兵直前奮剿，速抵嘉義縣。福康安亦即帶兵隨後策應。如福康安因大兵行走不能迅速，即將所帶巴圖魯侍衛章京等酌派數十人，令其先往幫同普吉保奮力攻剿。況普吉保後路，即係福康安帶兵前進之路。福康安統領如許勁將、強兵接踵繼進，於所過地方，遇有屯聚賊匪，乘勢剿殺，肅清道路，正可聯絡一氣，併力進攻。且大兵所過村莊，將賊殺散後，其所積米糧即可以資兵食。恆瑞所奏賊匪屢有增添之語，想必係諸羅賊匪見普吉保、恆瑞統領官兵，密邇縣城，賊匪聞風畏懼，添集夥黨，欲為抵禦我兵之計。而恆瑞株守一隅，見該處賊匪較多，遂爾過甚其辭。殊不知南北兩路兵氣已為振作，賊匪漸有渙散之勢，而福康安又統領生力新兵萬餘，自當所向剋捷。貴州、湖南勁兵，又當陸續將到，斷可無須再添兵力。若福康安到彼，或以現在官兵尚覺不敷，實有必須添調之處，則廣東及福建本省，已諭令李侍堯、孫士毅廣行召募新兵，豫備調用。福康安即一面先行檄調，一面據寶奏聞，亦無不可。從來行軍之道，不在兵多，而在將兵得人。豈有福康安同海蘭察及如許巴圖魯侍衛章京將弁而不能掃穴擒渠之理乎？福康安惟當悉心籌畫，勿為人言所惑。
初六日（己巳），李侍堯奏言：楊廷理等稟稱：『諸羅賊匪因鹽水港、笨港兩路援兵未進，自初五日至初十日，晝夜攻城。兵民竭力抵禦，十一日賊始退踞各莊，仍前梗截道路。現在城中糧、藥俱盡，勢甚危急，若遲數日援兵不至，實難力守』等語。是本月望前，兩路兵尚未進發。看來，普吉保欲待恆瑞同進，恆瑞又欲待鄭國卿到，分兵駐鹽水港，始行進兵。是以彼此相待，又稽時日。鹽水港為水路要口，現在府城至諸羅之陸路久已不通，惟恃此一港為進兵之門戶，萬一稍有疏虞，更難辦理。是恆瑞劄駐鹽水港，或實有未可輕動之勢。至普吉保離諸羅至二十餘里，所帶兵有五千餘名，既聞官諸羅兵甚急，應即奮勉殺入，以解重圍；乃必待恆瑞同進，似不免意存觀望。臣前派往之三千兵，內遊擊張旡咎先到之一千五百名兵，已於初九日赴鹽水港；而鄭國卿帶領之一千五百名兵，亦已放洋，計此時必當全到；則恆瑞自可分兵駐鹽水港，一面知會普吉保兩路並進。但未知諸羅兵力是否尚能堅待。又，李永祺稟稱：普保吉保已移營月眉莊，離諸羅不過十餘里等語；亦未知是否確實？臣前據各官九月中所稟，似兵事大有轉機；今據楊廷理所稟稱情形，則仍未得手。數日之間，奏報前後不符，臣實深惶悚焦急！看來，此事總須福康安到彼調度鼓勵，方能奏效。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、海蘭察、李侍堯、柴大紀曰：昨恆瑞奏到台灣情形，所慮賊多兵少之處，殊不可信。恆瑞在鹽水港有兵五千，據奏業經派一千四百名駐守新店海口，又派五百名兵駐守鹽水港，是恆瑞尚有兵三千餘名。伊既知官兵後路亟須防範，即應酌量該處情形，豫行設計。尚有賊匪潛出滋擾，即奮力堵其來路剿殺，使賊匪無從逞其狡計。如慮賊匪分路繞截，即應豫先知會柴大紀，令其帶兵出城跟蹤追殺，內外夾擊，並令梁朝桂前後策應，隨時堵禦，自可無虞後顧。何至一籌莫展，徒事張皇！即如從前平定兩金川，前後派調之兵，共有十萬；而此次剿捕台灣賊匪，福建本省前後所調滿漢官兵，已二萬有餘，粵省節次派調官兵又有一萬三、四千名，加以浙江、川、黔、粵西、湖南等省，陸續添調之兵又不下萬四、五千；合之台灣原有額設兵萬餘，統計已幾及六萬，兵力實為厚集。況金川係土司地方，番眾久經生聚，且其地勢險隘，碉卡林立，而官兵深入攻剿、直搗巢穴、展拓疆宇、隸我版圖，彼時不過需兵十萬，即剋奏膚功。今台灣本屬內地，逆匪林爽文等不過編戶細民，糾眾倡亂，一時蟻聚；況泉州、廣東義民皆屬急公效義，較之平定金川，難易奚啻倍蓰。而恆瑞輒以賊多兵少，張大其詞，徒亂人意！剿賊製勝之道，全在主將之一心。如能立志堅定，胸有成算，則運籌決勝，自當所向無前，將士等亦俱勇氣百倍。若將兵之人，先不免心在猶豫，中無把握，即使增益多兵，亦難望其勇往得力。福康安當堅持定見。至柴大紀一路，賊匪勢尚猖獗，該處屢經賊匪圍擾，數月以來，柴大紀激勵兵民，多方捍禦，縣城保護無虞。此時，該處賊匪因見官軍應援未至，晝夜攻城，雖勢在急迫，但據李侍堯奏，探聞普吉保現已移營月眉莊，離縣城不過十餘里。或普吉保已帶兵前進，殺賊解圍，亦未可定。且柴大紀固守縣城已經數月，設遇縣城力不能守之時，自必遵照前旨，帶兵出城；非前赴恆瑞處，即赴普吉保處，仍可合並一路，整軍再圖剋復。且縣城存貯糧餉、火藥等項，俱已用盡，城內民人又俱隨出，是該處止係空城，即被賊匪一時搶佔，無所資藉，亦必旋即收復。至普吉保一路，現有兵五千餘名，雖據李侍堯奏，十月望前尚未向縣城進發，自係普吉保因後路官兵不能接應，未敢輕進。今福康安已剋期進發，普吉保處有大兵隨後接應，倍當奮力進剿，直抵縣城，與柴大紀並外應合，併力攻剿，以期剋捷，不必以後路為慮。