八月十五日（庚戌），李侍堯奏言：所募新兵，入伍未及一月，雖上緊操演，而技藝尚未嫻習；所製鎗械亦未齊全，現挑各營舊鎗使之演放，必須一、兩月後，方可調用。是以，臣飛檄督撫兩標及水師一營、城守一營現存額兵內，挑湊一千，派將備管帶，即由五虎門出口，赴北淡水，隨同徐鼎士協力堵剿。已移咨撫臣即在省城料理，點派起程，計十日內即可至北淡水。至內地募兵一事，臣前接台灣道永福所稟，官兵已直抵諸羅，魏大斌、柴大紀等，並外會合，即可乘勢進剿，不難指日滅賊。是以臣奏明，三次募兵一萬有餘，之外可毋庸再募。今准常青寄來摺稿，則魏大斌等進抵諸羅後，又無信息，恐係賊人故意撤圍，俾官兵抵縣，卻又於後梗阻道路，使所運糧餉、火藥，不能前往接濟。是不惟柴大紀被圍，而魏大斌等又在賊圍之中。雖據常青已派兵前往接應，但看來事勢或尚須量為預備。則內地募兵必須多多益善，擬於水、陸各營再募兵一萬，及早訓練。所有鳥鎗等軍械，亦飭司速撥銀兩，令各營分頭製造。臣惟有日夜催趲，以期應用，不致遲誤。再，臣接據副將徐鼎士、同知徐夢麟等稟稱：現在林爽文在諸羅攻圍，未暇歸巢，實為有機可乘。查鹿仔港在大里杙之南，須步步仰攻；而自大甲過溪為岸並社等處，係賊之背，乘高而下，易於俯製。若鹿仔港攻其南，大甲攻其北，可使賊腹背受敵。又本月十一、二等日，聞賊營中時有砲聲，探係賊夥自相攻殺。該同知又訪有何清鳳與賊目何安邦交好，因令何清鳳轉為開導。據稱，何安邦情願立功贖罪。是此時尤可乘虛進剿等語。查徐鼎士及守備潘國材等、兵一千八百餘名，已駐大甲；又有食糧義勇三千名，並岸社義民、熟番共四千名，今又增派官兵一千名，由五虎門前往；正可壯軍聲而作士氣，是又增剿賊之一路。軍一面知會藍元枚相度情形，或應進攻斗六門一帶，或即與徐鼎士彼此訂期徑攻大里杙，務當奮力前進，勿致坐失事機。再漳泉一帶，現在尚有早禾可食，計九、十月間，必須平糶，直至明年青黃不接之時，約二、三十萬石，可以敷用。台地除接應兵糧及鄉勇、難民外，現在賊匪勢又鴟張，其實俱係脅從，房屋已燒，貲糧已罄，不得不從賊搶擄，以延旦夕。近接將軍常青摺稿稱：各莊民又有改悔出結歸莊者，大兵進剿必多自拔來歸；然不稍資其生計，俾得暫可度日，則無食之民仍無所賴，未免觀望不前。若來投者即加以撫卹安插，使得重延殘喘，復為良民，則脅從之徒，誰不相攜而至。是米之在漳泉，固所以綏靖地方，而米之到台灣，尤足以散賊黨，而省兵力。是宜多為解運，源源接濟。今浙省所撥之十萬石，將次到齊，八月中浙江、江南、江西之米，又可到一、二十萬石，擬先行解往台灣南北兩路，以供支應官兵、義勇口糧及招撫脅從之用。其內地平糶等事，九、十月間，各省米又必有解到者，以之分運各處平糶，自可陸續應手。至台灣撫恤安插之事，臣現咨會常青、藍元枚，並飭辦理糧餉之臬司李永祺及台灣道府等：官兵隨路廓清，有被脅來投者，隨時察看情形，或就各村莊煮賑，或量給錢米，俾得存活；一面勸諭伊等及時補種番薯之類，以資口食。則賊夥日益解散，逆首自易就擒。至軍前既有隨路撫恤等事，需用佐雜人員必多，臣里多行挑選，派令解運銀糧前往，即酌量留於該處委用。內地現有揀發一等舉人陸續到閩，可以差委，亦不致乏員。再查澎湖係鹿耳門之門戶，該處距鹿耳門洋面三百餘並；鹽水港、笨港兩口，則又在鹿耳門之北，相去更遠；鹿仔草係入鹽水港後，在內港起岸至諸羅之馬頭，並非沿海港口。今鹽水港有遊擊楊起麟劄營，鹿仔草亦有遊擊邱能成駐守，而笨港被賊搶擄之後，臣恐賊匪出海滋事，已撥繒船二隻、水師兵二百名，前往鹿仔港防護。近據台灣道府稟稱：府城近日有北淡水米船到來，是以糧價漸平等語。北淡水由海道至府城，必從笨港口經過；今北淡水之米可以至府，則笨港尚無賊匪滋擾可知。至澎湖雖添兵五百，究屬單薄，沿海一帶並須預為防範；前所續派前往鹿仔港之兵二百及鹿耳門之兵二百，尚恐不敷應用。一面於新募水師兵內，擇其稍習鳥鎗者，酌派六百名前往澎湖及各港口，協同舊派之四百名，往來梭織防護，斷不至稍有疏失。再，浙省駐防滿兵，已到二百五十名；粵駐防滿兵，已到六百名；俱隨即登舟候風，計初十以內，所有滿漢官兵，皆可到齊配渡。至洋面卻案繁多，實由該營員怠巡已慣，視緝盜為具文；近又因水師屢調之後，存營兵少，不能輪流更換，以致曠誤。是以，臣前奏請於沿海各營照派往台灣班兵之數，先募補十之二、三，及時操練，以備巡防。昨募足五千後，又增募五千；現又增募萬餘名，俱係水陸兼募。自此，水師各營既有新募之兵及時操練，一面即可將舊兵多為抽派，廣布巡船；輪流在洋嚴緝盜賊，兼同地方文員所撥差役護送官米船隻，以免疏虞。查金門、海壇、閩安、烽火門各鎮協營，所轄海道相連，每營不過二、三百里，如果各於所轄之二、三百里內，實力巡查，則匪船自無從寄泊。臣今嚴飭各營，每營派兵四百名，配載繒艍各船，分作兩班，每班二百名，專派傭弁帶領各兵，於所轄之洋面輪流出巡。一月一換，如有失事，按照所轄之洋面嚴參治罪。
同日，徐嗣曾奏言：浙省六起滿兵，已經全數過省。接准督臣咨，再撥兵一千名，由五虎門配渡，竟赴淡水接濟徐鼎士。囑臣留省料理。當即督同將備將各兵迅迅挑派，一面上緊僱備船隻，一應糧餉、軍火、器械等項，部署停妥。適於初二日接據副將徐鼎士、同知徐夢麟稟稱：『自抵大甲後，官兵先後到齊，並募集義民、番勇分隘劄營，連戰剋勝。探聞諸羅柴大紀於六月二十八、九日兩日，與賊鏖戰，賊目葉省、蔡福俱斃於砲，餘賊死者無數；林爽文僅以身免，竄聚斗六門，不敢回漳。聞大里杙等處巢穴，存賊尚有萬餘。查大甲溪自南而西，過大肚溪十餘里，即近鹿仔港；由北而東，自犁頭店至烏日莊，即近大里杙賊巢。七月十一、二等日，聞賊營時有砲聲，密差偵探，係犁頭店賊夥自相攻殺。現在，官兵一千七百餘名，所募義民、番勇共七千餘名，俟得鹿仔港大兵密訂進期；先在大肚溪等處聲援，即分兵兩路：一攻大肚，以斷賊營之右；一攻烏日莊，以絕賊營之左。烏日一破，縱使大里杙勢甚完固，架以大砲四面環轟，如拉枯朽。更得兵一枝劄營南投，隔斷虎仔坑陳泮賊巢，使其不能應援；而林圯埔，水沙連等處賊匪，亦不敢蠢動。並已預遣妥人前往結好生番，在內擒獻，以絕林爽文逃入內山去路。腹心之患既除，餘賊以次搜捕，勢如瓦解。商之各備弁義勇人等，無不眾口同聲，及鋒欲試。惟需添兵一、二千名，迅速由大安進口，幫守大甲。徐鼎士等即統帶官兵義勇，再添義民數千隨同進剿，益壯聲勢。並請發餉銀五萬兩，以備軍需各項費用』等語。臣竊思大里杙一帶，久為逆首盤踞，深溝高壘，營巢愈密，以為將來抵死負嵎之所。而南路、中路、鹿仔港官兵俱為賊牽製，未能分兵進逼。惟淡水一路，自竹塹城以北，此時搜捕漸淨，官兵俱駐大甲溪。該處迫近賊巢，地勢又較便捷，果能乘隙進搗，將逆黨私蓄一炬而盡，使逆首勢孤力竭，不難指日就擒。即或攻圍稍需時日，賊仍退而返顧，則南路之勢已解，官兵便可移而向北，並力齊攻，亦可迅速蕆事。細核該將、丞等所稟，似屬實有所見。其稟內所請餉銀，先經督臣撥銀五萬兩解往，日內定已應手。惟兵力稍單，正在亟需策應，而奉旨添兵，適值該處稟到請兵之日。現在，船隻俱已僱齊，飭令該兵等多帶火藥，已於初四日登舟，候風開駕。復經督臣飭司添撥銀三萬兩、米六千石，委試用知縣王履吉押附兵船帶往，糧餉已極充裕。又查上年調兵渡淡水時，因竹塹、新莊等處，皆有賊擾，今兵由八里坌上岸，前抵大甲溪尚有二百餘里，山徑亦多迂折。臣細訪路徑，照依徐鼎士所稟，由五虎門出口，直抵大安港登岸，相去大甲止有十里並，較為便捷。是以，即僱募熟悉此路之舵水人等，徑由該處進發，以期早資接應。均奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、李侍堯、藍元枚、柴大紀、徐嗣曾曰：魏大斌援應諸羅，而邱能成所押糧餉、火藥，仍被賊匪梗阻，不能前進。看來，竟係賊人狡計，將魏大斌放出重圍，聽其入城，仍將糧餉截斷，道路梗阻，則柴大紀雖與魏大斌會合，仍不能剿殺賊匪。而諸羅添此應援之兵，糧餉又被截斷，更恐軍糧不給，是賊匪奸計顯而易見。數日待柴大紀奏摺未至，正為此焦心！但前據常青奏，接據巡檢邵宗堯稟報，鹿仔草官兵已抵縣城，所有解柙餉銀隨同前進等語，則又似所解糧餉等項，亦已前抵諸羅。如果所報屬實，則官兵自可無乏食之慮；否則，有兵無糧，其勢豈不更為急迫！著常青、李侍堯將所運諸羅糧餉、火藥，究竟仍在鹿仔草或係全行運到，及鹿仔草道路曾否打通不致梗阻之處，迅速馳奏。至柴大紀處，雖援兵已至，勢尚單弱；且據李侍堯奏，徐鼎士稟報賊首林爽文、現在諸羅攻圍，是該處賊勢尚熾。常青急應遵照前旨，親統大兵迅赴諸羅，合力攻剿。至徐鼎士稟稱，令鹿仔港大兵密訂進期，在大肚溪等處聲援，而徐鼎士分兵兩路，一攻大肚，一次烏日莊，斷賊左右。烏日一破，即以大砲轟擊大里杙，使賊人腹背受敵，又可乘高而下，為搗穴擒渠之要策。藍元枚，前已有旨令其統兵徑赴諸羅，會合常青、柴大紀，今大甲一路既有可乘之機，該參贊又當與徐鼎士速行訂期夾攻，以期會合直搗賊巢。用兵之道，原貴相機而動，不必拘定前旨。並著李侍堯、藍元枚傳諭徐鼎士，若能率兵民乘機進剿，傾其巢穴，則逆匪賊黨聞風解體，更無難迅速掃除撲滅。是平台之功，徐鼎士實為第一，將來受朕恩眷，豈復可量耶！徐鼎士務須加倍努力，速成大功。至徐鼎士所稟賊營中時有砲聲，探係犁頭店賊夥自相攻殺；又訪有何清鳳與賊目何安邦交好，因令何清鳳開導何安邦立功贖罪一節，此係極好機會，藍元枚近在該處，何以並未奏及？賊人夥黨既自相殘殺，已有內潰之勢，常青、藍元枚等，急應乘機招集，或剿、或撫，以解散賊黨。至李侍堯所奏一切經理妥協，甚愜朕懷！徐嗣曾照料過兵及撥運糧餉前赴淡水所辦亦好。至從前洋面被劫各案，實由該營員廢弛懈怠，視巡緝為具文，以致匪徒公行無忌。事定後，急當嚴行查參，俾弁員知所警戒。並著該督於審辦此案，隨時具摺陳奏一次，並將有無獲犯，一併據實具奏。
同日，琅玕奏言：浙省自嘉興入境，首站以至錢塘，向用馬遞；自富陽以至江山，向用夫遞。上年添設腰站，每腰站一處，用夫遞者撥夫八名，用馬遞者撥馬四匹、夫四名；人夫接遞之正、腰站十九處，每處酌添夫八名。並因西安縣至閩省浦城縣交界，計程二百四十餘里，皆崇山峻嶺，遞送維艱；若腰站四十里始行更換，人力易致疲乏。飭令於正站、腰站之外，每十里設夫八名，接替遞送。並派委佐雜各員，分段專管，輪流稽查，刊發填報單式，飭令臬司隨時查核。其餘，運送軍裝並火藥鉛彈餉鞘等項，需用人夫為數甚多；額設扛運人夫，斷不敷用，均飭隨時添僱。統俟事竣後，核明僱添確數，按照軍需則例，據實造冊報部請銷。再，現在福康安等馳赴台灣，自嘉興府起至衢州府屬之西安縣，俱係水路，所有一切船隻及由省城至江口應用馬匹，已飭管理驛站之臬司歸景照妥為辦理。其由西安江山赴閩，係屬陸路，所需馬匹，已飛咨提臣就近酌調衢州鎮等處營馬應用。至浙江運閩米石，用船甚多，俱係兩省合力僱辦。茲欽奉諭旨，念及商販，令臣等量其緩急，酌籌妥辦。是米石既可分緩急，船隻亦從容易辦。惟是海船全資風力，此時將屆深秋，西北風當令，運閩赴南可以遄行，而自南赴北自不能如夏令之便捷。現在川省米石既起運迅速，其續運之米自跟接而來，若兩湖之米不相照應，一時發運，恐船隻不敷配載，致擁擠海口，徒滋守候；抑且各商船聞海口屯米過多，致啟隱避之弊。查浙省兩次運閩之米，據委員稟報，在泉廈兌收者，已有九萬一千一百餘石。浙省採買之米及江南、江西續經起運者，亦可接踵而至。此時，閩省已有米石接濟，可以無虞缺乏；此等運閩米石，止須源源接濟，以備應用，原不必同時到齊。懇敕下兩湖督撫臣將應運米石，如已起運者，聽其運赴海口，臣等酌量隨時起運；如尚未起運者，暫停發運，俟川省末起米船全行過楚後，將楚省之米運赴海口，換船起運。如此稍為通融，庶船隻可以陸續購僱，不致掣肘。奏入。
上命軍機大臣傳諭琅玕曰：湖北、湖南米石，已一併由江西五福一帶接運赴閩。現在江浙兩省僱備海船已覺竭蹶，該撫此時祗須遵照昨降諭旨，將川省運閩之米，陸續僱備海運船隻；其楚省米石，即由江西陸路運往。俾海陸兩路源源分運接濟，以備應用，自可無虞缺乏。著琅玕將現在接濟川省米石出口船隻，計算足敷運送者，預為僱備，其楚省運米船隻，毋庸封僱，致滋擁擠稽遲。
十七日（壬子），藍元枚奏言：賊黨近日因被官兵各路剿殺，脅從之眾，未免解體。經臣出示曉諭，乘間來歸者，頗不乏人。惟是賊匪詭計多端，恐有奸細冒充，仍嚴密查防。至台灣南北道路被賊阻隔，往來文報俱由海洋遞送，經嚴飭各海口員弁實力稽查。現督臣李侍堯又派撥哨船二隻前來巡查，更為有益。此時，鹿仔港一帶洋面，頗覺安靜。二林海口，現有守備張牽廷帶兵五百同義民駐劄。查自二林以南村莊，係賊匪出沒之所，第東螺、西螺一帶數十莊，先經臣差該地武生陳大用，鍾奇英等愷切曉諭，令其保守村莊，各安生業。本月十七日，乘其不備，官兵分路攻剿西螺賊匪，該地百姓俱無助賊。今臣又差武生陳大用、陳飄香等，分頭前往海豐港、麥仔寮沿海各村莊，遍貼告示，面為曉諭，使海濱百姓咸知大義，糾集鄉勇共禦賊匪，則賊勢益孤，便易設法剿捕。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、李侍堯、藍元枚、柴大紀曰：前以藍元枚奏，殺退西螺賊匪，擬即統領兵弁相機剿捕；又伊族人藍啟能等在彰化投出，懇求安插，所辦尚屬妥協。方以藍元枚係本省人，統本省官兵，可資倚任，是以加恩獎勵。藍元枚自應倍加奮勵，速圖奏績。且前因兵力單弱，奏請增添，業據李侍堯奏到，粵兵、漳兵皆經陸續配渡開洋，自已早抵鹿仔港。該參贊正應乘其銳氣，鼓勇前進，以期迅速集事。今閱所奏情形，止係遵旨曉諭被脅賊眾，防範海口各事。且據稱台灣南北道路被賊陰隔，往來文報不無遲滯，是則更應速領官兵，前往剿殺，打通道路。乃既未前往剿殺，而於作何調度會合之處，亦並未陳奏。看其光景，竟係株守鹿仔港，一籌莫展矣。即云持重，亦不應恇怯遷延若此。前此，任承恩在鹿仔港時，心存觀望，束手無策，以致曠日持久，貽誤機宜，是以降旨革職，拏問治罪。藍元枚尤非若任承恩可比，若復踵前轍，觀望不前，則藍元枚獲罪尤重，不可不慎！著先傳旨嚴行申飭。前因徐鼎士擬由大甲分兵攻擊大里杙之北，並約會藍元枚從鹿仔港進兵大肚溪，以期並外應合，俾賊人腹背受敵，搗其巢穴，因諭令藍元枚即由大肚溪進兵夾擊。不知徐鼎士此策知會藍元枚否？如藍元枚接奉前赴諸羅之旨，已領兵自北而南，固屬甚善。否則，亟應帶兵速赴大肚溪，會同徐鼎士夾攻大里杙賊巢，機不可失。藍元枚務須倍加奮勉，力圖自效，勿再因循遲誤。再，柴大紀於魏大斌前抵諸羅後，如何攻剿殺賊？遊擊邱能成所押軍裝、火藥，於何時在鹿仔草殺退賊匪、前赴諸羅？尚未據續有奏報。並著常青、藍元枚、柴大紀各行迅速馳奏。至福康安，已有旨令其星速遄行。今看常青、藍元枚於剿捕事宜，竟無定見，當必須福康安前往督辦，方能蕆事。福康安在途行走，務須益加緊急，及早到彼督率調度，以期迅奏膚功。再賊首林爽文糾眾謀逆，罪大惡極，覆載不容，其祖墳自必近在漳州一帶，著李侍堯密委妥員將林爽文祖墓先行刨挖，到骨揚灰，以申國憲，而快人心，亦損賊勢之一法也。
十九日（甲寅），李侍堯奏言：山豬毛各粵莊義民最為勇猛，賊人屢攻俱為所敗。其隨同瑚圖里等到府及留在軍前助剿之處，或出自情願。即如瑚圖里等於六月二十二日到府，旋據同知吳元琪稟稱，七月初三、四等日，逆匪莊大田遣許光來等往攻山豬毛粵莊，被粵民殺退；而七月十四日，常青等往剿南潭時，所留軍前之粵民，最為出力。看來，竟係該義民自度無內顧之處，願在軍前殺賊。常青前奏未曾聲敘明白，是以上廑聖懷。至恆瑞前往台灣時，臣見其虛心商酌，深知以國事為重；到台灣後，聞其諸事與常青和衷辦理並無意見不和，此臣所深知者。惟魏大斌等往搜諸羅為賊所阻，常青僅遣田藍玉帶兵前往；及田藍玉仍不能進，又遣特剋什布、張萬魁帶兵前往，共撥兵三千九百名，而常青並未親自赴緩。雖或因府城外賊勢有未可移動營盤之處，然究不免為賊所綴，未能扼要製勝。茲蒙以常青是否可了此事之處埀詢，察看此事情形，總以能打通諸羅為第一關鍵。如常青果能親自率兵前往，打通諸羅道路，與柴大紀、魏大斌等會合，則軍聲已振，賊勢自衰。柴大紀最為奮勇，臨機應變，調度得宜，若既得與常青會合一處，必能協心併力，共圖進剿。兼以內地續調之兵，現在陸續配渡，不日可到，似即可乘勢搗穴擒渠，完結此事。但目下五、六日內，未得諸羅信息，萬一諸羅一時不能得手，則常青恐不免著忙。可否於武臣中，如海蘭察者，授為參贊大臣，令其前來會同常青督率料理？賊匪雖多，究係烏合之眾，自不難摧敗。在海蘭察久歷戎行，來當重任，自必期於妥辦；且係頭品大臣，同舟共濟，亦無待常青之駕馭，然後出力。而常青處事亦極明白，決不肯各立意見，自當坦懷商度，相與有成，則剿匪之事，似即可及早告竣。再廣東駐防滿兵一千五百名，副都統博清額帶領，已於七月十三、八月初一、初二、初三等日，全數抵廈，俱已配渡，現在候風開駕。浙江駐防滿兵，亦陸續到有四起，隨即登舟。江寧將軍永慶，已於初五日抵廈。尚有二起，日內亦可到齊。至粵省最後之綠營兵一千五百名，隨滿兵後行走，亦於初五日到廈；七百名即由廈門配渡前赴鹿仔港，得有順風，即當放洋。奏入。
上命軍機大臣傳諭福康安、常青、李侍堯、藍元枚、柴大紀曰：前因常青等辦理剿捕事務未得把握，是以諭令福康安同海蘭察等帶領巴圖魯侍衛章京等馳赴台灣，督同進剿，以期迅速蕆事。朕非不知軍中主帥不可屢易。特念此事前已誤於黃仕簡、任承恩二人觀望因循，以致日久未能辦結。猶意此等賊匪不過麼■〈麻上骨下〉草竊，無難速就殲除，是以就近令常青前往台灣更換。常青到彼後，籌畫調度，尚俱妥協，已出朕望外，但究係年老，未能諳練軍旅。藍元枚，恆瑞又更事未多，駐守數月，總未能相機進取。因思此事一誤豈容再誤；若於賊匪起事之初，即派福康安同海蘭察帶領巴圖魯等侍衛百餘人，及早馳往，則賊匪定已早就殲擒，何致曠日持久，尚未蕆事。今已失之於前，此時不得不派福康安前往接辦。此朕不得已之苦心。現在福康安、海蘭察帶同侍衛章京等兼程前進，不日即可到彼。所謂「成事不說」。至福康安於途次遇有常青、李侍堯等六百里加緊軍報，仍可啟看；若大里杙已經摧破，林爽文、莊大田等並就殲擒，則福康安一聞此信，或抵泉州後，即可旋回。其善後事宜，固常青所優為，無須福康安前往幫辦。倘大里杙雖已摧破，而賊首、賊目尚未就擒，或林爽文、莊大田止擒獲一人，未能蕆事，則福康安仍當遠渡台灣督同剿捕，以期迅奏膚功。至常青等，所請添兵，彼時尚未全到，雖進剿稍需時日，朕亦不加責備。常青等若能於福康安未到以前，將首夥各犯弋獲，則平定全台仍是伊等之功。常青等不必心懷疑懼，惟當悉心籌畫，奮勇自效，速圖奏績。
二十日（乙卯），上命軍機大臣傳諭福康安、常青、李侍堯、藍元枚、柴大紀曰：柴大紀處半月以來，總未據續有奏報，甚為煩悶。因思魏大斌應援之兵，既已會合柴大紀，即不能進攻大里杙賊巢，自應令魏大斌分兵出城，將從前經過道路，如鹿仔草一帶屯聚賊匪，先行剿散，廓清道路。縱使魏大斌不能分身，亦應於將弁中擇其勇幹可恃者，令其帶兵出城剿捕。何以魏大斌到彼，柴大紀仍復漫無舉動？豈添此魏大斌兵力，徒令幫守縣城，甘心受賊圍困，而不思乘其新到銳氣，相機進剿耶？著傳諭柴大紀急應設法籌畫，倍加奮勉。