二月十三日（辛亥），任承恩奏言：統領官兵於十二月十三日開行，因風雨阻滯，直至正月初四夜放洋，於初六日全抵鹿仔港。登岸後，正分派小船撥渡兵械，忽起風暴，小船不能擺渡，延至初十日始能全行上岸安營。連日審察地方形勢，偵探賊匪情形，林爽文等仍分屯諸羅縣城及鐵線橋地方，阻截南北道路。署鹿仔港守備陳邦光糾約鹿仔港義民林湊等，乘虛擒捉賊目，收復鹿仔港、彰化。而賊目陳泮、吳領等，仍復擁眾踞住彰屬東南山之虎仔坑、萬丹城一帶地方，勾結內山生番，日擾四處村莊。又彰屬大里杙等處，系林爽文等住居起事之地，其中匪夥時出滋擾。臣伏思鹿仔港為台北咽喉要口，居民稠密，現今各處避難人民群集雜處，奸匪亦遂混跡其間，人心時覺驚惶；又逼近虎仔坑、大里杙賊巢，必須先行掃蕩，俾要口得以寧輯。臣即於十一日分派遊擊穆騰額、守備潘國材帶兵五百名，由員林進剿中路南投各莊；遊擊海亮帶兵三百名並鄉勇、熟番人等，進剿南路嵌頂各莊；守備常萬雄帶兵三百名、並鄉勇等，進剿北路北投各莊，以次會剿虎仔坑等處。並派都司馬元勳帶兵三百名，駐紮大加冬，防範濁水溪後路。茲遊擊穆騰額于十二日至許厝察、上湳仔、下湳仔等莊，賊匪聞風逃遁，當將賊莊三處盡行焚燬。十三日帶兵登山，行至半嶺，遇賊。即行佔住左山梁，用槍橫擊，打死賊人甚多。隨即飭令署守備沈勇雲帶兵分往林厝仔、施厝坪，搜燬賊莊。賊眾蜂擁迎拒，官兵用槍砲進攻，賊人四散逃竄，計燒燬賊莊六處、殺賊首級八夥、奪獲藤牌、槍砲等械。又遊擊海亮十三日進攻嵌頂，賊匪數百人踞住山梁，用石打下。即令藤牌前攩，槍砲伏後，扒山仰攻，打死賊匪十餘名，賊始退走。官兵追趕上山，將及三條崙地方，賊匪又復拒敵。隨用槍砲打斃賊人甚眾，餘賊奔竄，經官兵民番奮勇追殺，割獻首級、耳、辮，奪獲槍、刀等械，共燒燬內灣、竹腳寮、宮下仔、粗坑頭、三條崙、松柏坑、竹仔坑七處賊莊。又守備常萬雄十三日進攻北投莊，槍砲打死十餘人，賊匪敗退。進至月眉莊，賊匪又來抵拒，當即督兵槍斃四人，殺死二人，奪獲槍、箭等械，焚燬上茄老、下茄老、月眉莊、北投、林仔頭、溪舟等處賊莊各等情。又連日，據各莊義民、兵役、社番人等，擒獻賊偽號將軍林里生、並賊夥高玉等十三名，並呈繳渠賊王芬首級一夥。訊據林里生供稱：林爽文封做掃北大將軍，曾經攻破竹塹城。又夥賊高玉等隨同林爽文，或攻彰化縣，或攻諸羅縣，俱各供認不諱。因林里生一犯，現患病沉重，當即凌遲處死。其餘各犯概行處斬。又王芬首級，訊之賊黨林里生等合認屬實。鋪戶、居民無不稱快。臣將該犯首級並林里生首級，一同梟示。其呈繳擒獻之各莊貢生張明義、生員張植槐、民人錢凌碧、邱景廠、蔡運世、施烜光、大肚社熟番通事烏肉典、岸里社熟番通事潘明慈、貢生潘士興、兵丁方得章、陳論、林世忠等，均行分別獎賞。又據運糧官黃嘉訓訪有彰化縣兵房書辦劉志賢，曾受林爽文偽封鹿仔港同知，公然到任，鞭扑平民，擅收鹽課，需索船規。即親率跟役拿獲，訊供不諱，即日解送督臣審辦。更訪得在港居民，有乘機搶奪之徒，未便姑容，致滋騷擾，當飭參將福蘭泰拿獲楊禮等十一犯，挑斷腳筋，以示懲創。臣仍嚴督將備將虎仔坑一帶賊莊，克日剿平；陳泮、吳領二犯，務期拿獲。再將官兵調赴大里杙一帶，搜剿林爽文賊巢淨盡後，臣即當親統官兵南下，會同水師提臣黃仕簡商酌機宜，同心並力迅擒首逆，盡殲匪黨。又到港後，據被害臺灣府知府孫景燧家人丁壽呈繳臺灣府印信一顆，又被害彰化縣知縣俞峻家人毛榮呈繳彰化縣印信一顆，又鹿仔港被害巡檢馮啟宗之子馮廷玉呈繳鹿仔港巡檢印信一夥，並僉稱：各故員未經被害之前，手將印信交付收藏，並言：『我死是該當，印系官物，未敢遺失，你速帶去逃避，等大兵到日呈繳』各等語。隨將印信三顆驗明封固，統候克復諸羅之後，委員賫交臺灣道永福收貯。仍即飛咨督撫二臣查辦。

同日，黃仕簡奏言：臺灣五方雜處，逆匪膽敢恣行不法，罪大惡極。其間或被迫脅隨行者，自必不少，是欲殲其渠魁，必亟散其黨羽。臣先經飛檄示知台地民人，現在帶領官兵進剿，凡被賊匪迫脅隨行者，速須解散，無致悉被刑誅，嚴切曉示在案。先聞賊匪於正月初四、五等日，要來再攻郡城，迨臣統領官兵到台，初四、五等日，逆賊不敢復來迫攻。緣郡城最關緊要，臣隨將到台官兵，先即一面四路堵御，一面相度機宜，發兵進剿。日內陸路提臣任承恩亦即續帶官兵及金門、南澳、銅山等標營兵丁到台，自可調度分發，南北夾攻。均奏入。

上命軍機大臣傳諭常青曰：本日據任承恩奏到，派撥官兵於鹿仔港一帶焚燬賊莊、擒殺匪夥一摺，所辦雖略有頭緒，但殺賊甚少。前經降旨諭令任承恩俟常青到臺灣後，即馳驛來京升見。但此時任承恩正在帶兵剿捕，著常青於到日察看情形，如果任承恩奮勉得力，即令其在彼率領將弁追捕賊匪，以期迅速蕆事；若伊在彼不甚得力，即據實具奏，仍遵照前旨飭令赴京升見，候朕面訊一切。現在該處領兵大員，尚有總兵柴大紀、郝壯猷、普吉保三人，足資帶兵剿捕也。

上又命軍機大臣傳諭李侍堯、常青曰：任承恩派兵分路進剿，共有千四百名，又有鄉勇等幫同剿捕，而所殺賊人首級、割取耳記，為數甚少。前此，署守備陳邦光以微末員弁，尚能督率兵民多殺賊眾，並擒要犯高文麟等四名，出力可嘉，任承恩等轉不及該弁，寧不之愧乎？現在，賊眾既分屯諸羅縣城及鐵線橋地方，黃仕簡、任承恩二人，務宜親督弁兵，南北夾攻，以期一舉集事，勿再遲延。至摺內所稱各莊生監義民人等，擒獻賊目，並呈繳逆渠王芬首級一顆。此等擒獻賊匪之生監義民，如官兵未到之先，本未從賊，及見官兵到彼，即擒賊來獻，自應優加獎賞；若先被賊逼脅觀望附從，後見官兵勢盛，懼而擒獻，只可免其治罪，不得令其倖功。著常青於到臺灣後，查明分別核辦。至林爽文、王芬，系此案首犯，今王芬雖已殲斃，若林爽文復臨陣被戮，或情急自戕，轉使逆首倖逃，憲典無以示懲；著常青於到臺灣時，務須設法將林爽文生擒解京，方為妥善。其呈出之王芬首級，並著覆驗明確，查明系何人所殺；若此時不能詳加辨認，設將來又有王芬其人，尚復成何事體？該督不可不慎也！劉志賢身充書吏，竟敢受賊偽職，公然到任，實屬罪大惡極。凡應行緣坐者，一概不可寬宥，該督於訊供後，一並派員妥速解京。至拿獲乘機搶奪之楊禮等十一犯，雖已挑斷腳筋，但該犯等輒敢乘機搶奪，騷擾良善，即與賊匪無異，僅以挑斷腳筋完結，不足示儆；並著常青查明搶奪屬實，即將該犯正法示眾。再據黃仕簡奏，欲殲其渠魁，必先散其黨羽等語。所奏非是。此等辦法，或因起事之初，兵少賊多，為一時權宜之計則可；今軍威壯盛，自應趁此兵力蕩洗賊巢，勿使轉留餘孽。若黨羽既散，將來如何按名究辨；況大兵一撤，賊夥散而復聚，豈不更煩兵力？此皆伊等平日將就完案之見。此次，林爽文等糾聚滋事，即由從前姑息養廱所致。今該犯等肆逆至此，豈可不殲戮淨盡，以絕根株。且現據任承恩奏，賊人勾結內山生番，日出滋擾，可見賊人自知罪在必死，負嵎煽聚，非痛加剿洗，勢必仍行肆擾。現在兵力既盛，亦不難將所結之生番等，一並剿辦。上年戕害同知潘凱一案，即系生番滋事，倘能趁此剪除，將來內山等處俱成熟番，不更一勞永逸乎。著傳諭常青即遵照節次所降諭旨，相機妥辦，總以剿賊務盡，勿留後患為要。

同日，海壇鎮總兵郝壯猷奏言：承準督臣常青照會，令挑派粗壯兵丁四百名，配足軍裝、器械，齊集閩安，前赴進剿。隨即派兵起程，於十二月十五日到閩安。適副將丁朝雄、參將那穆素里管帶督標海壇、閩安烽火兵丁共一千五百名，陸續亦到；臣即令分配船隻，於十二月十九日由閩安開駕，到平海放洋。緣連日風暴，至五十二年正月初三夜，抵鹿耳門。水師提臣黃仕簡船隻亦到，初四日一同登岸進城。即將到台官兵分派各要隘處所，嚴加堵截。一面會商水師提督臣黃仕簡，相機帶兵進剿。奏入。

上諭內閣曰：據郝壯猷奏，奉派帶兵起程到臺灣日期一摺，所奏甚不明晰。該總兵經總督派令前往進剿逆匪，既已率領官兵於初四日登岸，自應奮勉出力，迅速剿捕；並將賊匪現在情形，詳悉聲敘，方得窽要。乃摺內並未敘明，祗將起程及行抵臺灣日期，敷衍陳奏，於剿賊事宜，全無頭緒，郝壯猷著傳旨嚴行申飭。該總兵接奉此旨，務須奮勇殺賊，毋得稍有疏懈，致干咎戾。

上又諭內閣曰：臺灣逆匪林爽文糾眾滋事，現據任承恩奏，臺灣府知府孫景燧、彰化縣知縣俞峻、鹿仔港巡檢馮啟宗，同時被害，各將印信令家屬呈繳等語。孫景燧等守御城池，猝被戕害，殊堪憐憫！著交部從優議卹。

十四日（壬子），上諭內閣曰：此次臺灣逆匪林爽文等糾眾謀逆，到處搶掠，義民鄉勇人等隨同官兵奮勇殺賊，守御郡城，甚屬可嘉！業經降旨令該督等查明優賞。惟念逆匪滋事之初，經過地方，百姓田廬牲畜被其蹂躪劫掠，及避賊遷徒流離者，殊為可憫！亦宜一體加恩，普施惠澤。所有臺灣府全屬五十二年應徵地丁錢糧，悉行蠲免，以副朕優加軫卹之至意。並著該督撫接奉此旨，即日謄黃遍諭各處。該部遵諭速行。

臣等謹按臺灣一歲三熟，比戶盈寧，久享升平之福。茲猝被林爽文肆虐，各處村莊受其蹂躪者不少。我皇上於該處鄉勇、義民，已捐稅錫銜，恩施廣被。復以賊匪所過地方，被其劫掠及兵燹流離者，情殊可憫，如傷在抱，巽命載申，於臺灣府全屬五十二年錢糧，悉行蠲免。海外編氓，無一不在皇仁涵煦之中，真與天同量矣。

同日，常青奏言：二月初一日申刻，准提臣任承恩咨稱：『統領各兵船於正月初十日全行上岸，及派撥官兵、鄉勇、熟番分路進剿。據遊擊穆騰額、海亮、守備常萬雄等稟報：「於十二、十三日進攻各莊，槍砲打死賊人甚多，各有奪獲軍械並焚燬各處賊莊」。俟搜剿賊巢餘匪後，即統兵南下與水師提督會商剿捕』等因。查該提臣自抵鹿仔港即已分兵剿捕，焚燬賊巢，使匪徒無頓身之地。現在南北兩路，可互壯聲援，並力搜洗。且首逆林爽文，前據臺灣鎮稟報，訪聞被砲打傷，早陰褫其魄；而王芬系助惡大憝，又經義民人等割獻首級；其餘逆夥定可不日殲除。再臣前委署理臺灣府廳及各縣員缺，因印信尚無下落，飭將府經縣丞等印信、關防暫行給用。今據孫景燧家人呈繳臺灣府印信一顆、俞峻家人呈繳彰化縣印信一顆，又鹿仔港巡檢馮啟宗之子呈繳鹿仔港巡檢印信一顆，俱經驗明封固，賫交臺灣道收貯；隨飭知該道分給各署員備用，將借給內地印信、關防繳回。仍查追理番諸羅、鳳山各廳縣被失關防、印信及武職關防，務獲。奏入。

上命軍機大臣傳諭李侍堯、常青、黃仕簡、任承恩曰：本日常青奏，接據陸路提督咨報剿賊情形一摺，皆系任承恩業經奏聞之事，何用六百里加緊，徒勞驛站。林爽文系此案首犯，必須生擒解京，盡法懲治，方足以申國法，而快人心。據稱該鎮訪聞林爽文被砲打傷之語，畢竟有何確據？大里杙等處，即系賊人巢穴，林爽文又逃往何處？若因林爽文有被砲打傷之語，將弁等不能將首犯生擒，或又捏報因傷身死，希圖將就完結，致首逆重犯倖逃顯戮；設將來又有林爽文復出，非獨黃仕簡、任承恩罪無可寬，即常青亦恐不能當此重戾。至王芬一犯，據義民等將首級呈繳，亦恐不足深信，昨有旨著常青等確查覆奏。若此時未經驗明確據，將來他處又有王芬其人，一經發覺，惟常青等是問。

同日，孫士毅奏言：上年十二月接准閩省咨文，挑備戰兵，以資策應。臣才庸識淺，不知輕重緩急，惑於漳、潮接壤，民情疑恐，親赴彈壓，茲自知錯謬，不禁慚悚交集！現在，已於正月二十一日起，先將督標官兵陸續撤回歸伍；其先赴閩省之水師一千名，昨接閩、浙督臣知會，現在暫駐漳州，用資彈壓；其駐紮黃罔等處水陸兵丁，現與署提臣彭承堯商酌，俟再得閩省剿賊確信，亦即分起撤回。惟粵省惠、潮民人入天地會者，諒復不少；此種匪會，非別項邪教止圖誆騙錢財者可比，必須徹底查辦，淨絕根株。臬可姚棻現已行調來潮，專司督緝。署提臣彭承堯仍暫駐潮州，督率料理。臣即於正月二十六日起程回省。奏入。

上命軍機大臣傳諭孫士毅曰：前因孫士毅接准閩省咨文立即調發弁兵親赴潮州，不過見其遇事急公，而不權事理之輕重緩急；且恐粵東內地民人心懷疑惑，是以降旨飭諭。現在黃仕簡、任承恩齊抵臺灣，分路進剿，賊匪四散逃竄，各莊生監義民擒獻賊目、賊夥，並割取賊渠王芬首級呈繳，大兵會剿，餘黨自可即日蕩平。此時大局已定，孫士毅又當親往稽查彈壓；況惠、潮民人入天會匪會者不少，其從外竄逃入境及內地勾引入會之人，均應逐一搜捕，不留餘孽。若孫士毅往來督緝，豈不較總兵彭承堯及道府等更為有益。乃該督率行回省，全不知事體緩急，因時制宜，何以拘泥錯謬若此？著傳旨申飭。該督接奉此旨，即仍前往潮州一帶督率辦理。

十六日（甲寅），上命軍機大臣傳諭李侍堯曰：前據常青奏，黃仕簡等帶兵登舟開駕以後，屢被風信阻回，朕當即於次日清晨，齋心默禱，叩天虔告，以祈神佑。嗣據該提督等節次奏報，風水順利，所帶官兵船隻於二月初三、初六等日，先後俱抵臺灣，克期進剿。可見誠敬感孚，聿昭靈應，朕欣慰之餘，益生寅凜。著李侍堯即親詣天后宮，虔申報謝，以答神庥。