湛然圆澄禅师语录，八卷，明圆澄说，明凡录，葛寅亮序，有塔铭，行状。附宗门或问并序一卷，柳浈等编，（序题禅宗或问，尾题参禅释难或问，附补遗，尾题补问。）又附达观和尚招殃传。补录或问及招殃传。收上堂等语录。收入《续藏经》第一辑第二编第三十一套。

全一卷。又作湛然禅师慨古录。明代曹洞宗僧湛然圆澄撰。收于卍续藏第一一四册。圆澄慨叹当时禅林规矩荡然而渐趋腐败堕落，恐因丛林自身之萎顿，而引致类于‘三武’之法难，故列举六祖以降，唐、宋时代活泼生动之机缘实例，恳切提撕，以唤起道心，重振宗风。由本书亦可略窥明末禅门之概况。

涅槃经会疏解，三十六卷，元师正分科，明圆澄会疏并序及后记，沉豫昌跋，叶明琪跋。以上二种大都同于重订交科本，仍省略之，单载序跋。（参见嘉灭至土、卍三二。）

金刚三昧经注解，四卷，明圆澄注并序，明河跋。

楞严经臆说，一卷，明圆澄注并序。明代释圆澄撰。《楞严经臆说》一书,是对 《楞严经》的注疏。《楞严经》全称为 《大佛顶如来密因修证了义诸菩萨万行首楞严经》,略称除 《楞严经》外,还有 《大佛顶首楞严经》、《首楞严经》、《大佛顶经》。该经由唐代般刺蜜帝译,共十卷。该经主要内容是,“一切世间诸所有物,皆即菩提妙明元心;心精遍圆,含裹十方。”因众生不明自心“性净妙本”,故流转生死,当修禅定,以破各种“颠

佛典注疏。明万历三十一年(1603)圆澄注。四卷。是后秦鸠摩罗什译《思益梵天所问经》的注释书。在释第一品中,作者认为:法分五教,说有五时,此经“准贤首所判,第四顿教,大乘所收,在方等之时”。本书撰成后,即刻本流通。今见载于日本《续藏经》。

法华经意语，一卷，明圆澄说并序，明海重订并序。