他的先祖黑厮是参加元末起义的种菜农民，因向明军报警立功，朱元璋令复其家，但手诏上误写其姓为李，所以吕坤一作李姓。 　神宗时，吕坤任至刑部侍邮。这时，他已察觉到社会内部所蕴藏的危机。在致孙鑛的信件中，他曾形容当时“民心如实炮，捻一点而烈焰震天；国势如溃瓜，手一动而流液满地矣”（去伪斋集卷五答孙月峰）。万历二十五年，吕坤上疏陈天下安危，着重抨击明朝政府所设大工

大学传释治平曰如保赤子心诚求之至论洁矩大道曰忠信以得之盖王道本于诚意保苍赤安社稷非可以声音笑貌为也士君子遭时遘主孰不亟自表